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盐穗木miR167d和预测靶基因ARF8在盐胁迫下的表达与相关性分析 被引量:2
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作者 张慧珍 黄世平 +1 位作者 杨瑞瑞 曾幼玲 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2080-2088,共9页
【目的】盐穗木(Halostachys caspica)是一种藜科多年生盐生灌木,对盐分适应性极强。miR167是作用于生长素信号通路上的内源非编码小RNA分子,它通过靶向生长素响应因子ARFs(auxin response factors)来调控生长素响应基因的表达。研究从... 【目的】盐穗木(Halostachys caspica)是一种藜科多年生盐生灌木,对盐分适应性极强。miR167是作用于生长素信号通路上的内源非编码小RNA分子,它通过靶向生长素响应因子ARFs(auxin response factors)来调控生长素响应基因的表达。研究从高盐(600 mmol/L NaCl)处理48 h盐穗木根的小RNA文库中筛选到差异表达的miR167d,并从该物种的转录组数据中预测到其靶基因ARF8。该文开展了高盐胁迫下盐穗木miR167d和预测靶基因ARF8的表达模式和相关性分析。【方法】通过荧光定量PCR试验检测和分析高盐胁迫下盐穗木miR167d和预测靶基因的表达模式和相关性;利用烟草瞬时表达试验间接地鉴定盐穗木miR167d对预测靶基因ARF8的靶向关系;采用同源克隆方法结合RACE技术获得盐穗木miR167d的靶基因ARF8的全长序列,并进行生物信息学分析。【结果】(1) 600 mmol/L NaCl处理盐穗木,其同化枝中miR167d和ARF8的表达均受到诱导,胁迫48 h时,miR167d的表达最高并与靶基因的表达呈现显著的负相关性,HcARF8基因的表达随胁迫处理时间的延长呈现先增加后下降的趋势,推测盐穗木miR167d和ARF8两基因可能在响应盐胁迫过程中发挥作用。(2)构建融合GFP的含预测靶基因HcARF8的植物表达载体并转化农杆菌,烟草瞬时表达试验的结果表明,拟南芥miR167d对盐穗木ARF8基因具有剪切作用,间接证明盐穗木miR167d对预测的靶基因HcARF8具有靶向切割作用。(3)克隆获得的盐穗木ARF8基因全长2 861 bp,ORF 2 442 bp,编码813个氨基酸,在编码区与盐穗木miR167d高度互补匹配。生物信息学分析该基因编码的蛋白高度保守,与同科植物甜菜ARF8同源性达到87%,都具有能与生长素相关元件(B3 DNA绑定元件、生长素响应元件,生长素诱导转录IAA超家族的元件)结合的功能域。【结论】盐穗木miR167d和HcARF8基因具有靶向关系,高盐胁迫处理盐穗木,其同化枝中两基因的表达都受到诱导并呈现显著的负相关性。这些结果为后续阐明盐穗木miR167d与其作用的靶基因ARF8的生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 盐穗木 盐胁迫 miR167d arf8 表达模式 相关性
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拟南芥突变体arf8和nph4/arf7的长下胚轴表型的初步研究
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作者 田长恩 周玉萍 +1 位作者 Hideki Muto Kotaro T Yamamoto 《广州大学学报(自然科学版)》 CAS 2011年第4期32-35,共4页
通过对拟南芥(Arabidopsis thaliana)ARF8和NPH4/ARF7基因的突变体以及有关双突变体的下胚轴长度的表型和遗传分析,探讨了arf8-1、nph4-102和nph4-107长下胚轴表型的起源.结果表明,ARF8基因的其他突变体arf8-2、arf8-3和arf8-4都没有表... 通过对拟南芥(Arabidopsis thaliana)ARF8和NPH4/ARF7基因的突变体以及有关双突变体的下胚轴长度的表型和遗传分析,探讨了arf8-1、nph4-102和nph4-107长下胚轴表型的起源.结果表明,ARF8基因的其他突变体arf8-2、arf8-3和arf8-4都没有表现出类似于arf8-1的长下胚轴表型;在与ARF8同源性较高的NPH4/ARF7的突变体中,突变位点与arf8-1相似的nph4-102和nph4-107表现出与arf8-1相似的长下胚轴表型和不完全显性的遗传方式;双突变体arf8-1 nph4-102的下胚轴长度比两个单突变体的长,说明arf8-1与nph4-102在长下胚轴表型上存在加性效应.因此,arf8-1、nph4-102和nph4-107的长下胚轴表型极可能源于相应突变体蛋白的产生,而非相关基因功能的缺失. 展开更多
关键词 生长素反应因子7 生长素反应因子8 arf8 nph4/arf7 长下胚轴表型
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番茄生长素反应因子ARF8的生物信息学分析
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作者 方颖 《辽宁农业科学》 2016年第5期5-9,共5页
生长素是一种重要的植物激素,它影响植物的生长发育。生长素应答因子(ARFs)是一类受生长素调节的转录因子家族,在生长素信号的传导途径中起着重要的作用,但在番茄中的具体作用机制还不清楚。研究以番茄ARF8基因为对象,运用生物信息学方... 生长素是一种重要的植物激素,它影响植物的生长发育。生长素应答因子(ARFs)是一类受生长素调节的转录因子家族,在生长素信号的传导途径中起着重要的作用,但在番茄中的具体作用机制还不清楚。研究以番茄ARF8基因为对象,运用生物信息学方法对ARF8进行分析,为进一步研究其作用机制奠定基础。生物信息学分析结果表明,该蛋白质分子量为94276.7Da,等电点p I为5.96,呈弱酸性,为亲水性蛋白。ARF8所编码的蛋白质不存在信号肽,说明其属于非分泌型蛋白质,定位在细胞核中,Auxin-resp结构域是生长素响应的转录因子的保守区域,ARF8在两个保守结构域之间富含谷氨酰胺,所以起激活转录的作用。 展开更多
关键词 番茄 生长素 arf8 生物信息学分析
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外源IAA对番茄幼苗生长素反应因子ARF8基因表达的影响
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作者 方颖 《中国园艺文摘》 2017年第1期53-54,共2页
以普通栽培型番茄‘L-402’为试验材料,分别在5叶1心、6叶1心、7叶1心、8叶1心时期,取番茄幼苗的第1片真叶,采用Trizol法提取RNA,克隆番茄幼苗中的生长素反应因子ARF8基因,研究外源IAA对番茄幼苗生长素反应因子ARF8基因表达的影响。结... 以普通栽培型番茄‘L-402’为试验材料,分别在5叶1心、6叶1心、7叶1心、8叶1心时期,取番茄幼苗的第1片真叶,采用Trizol法提取RNA,克隆番茄幼苗中的生长素反应因子ARF8基因,研究外源IAA对番茄幼苗生长素反应因子ARF8基因表达的影响。结果表明:Trizol法提取番茄幼苗功能叶总RNA,条带清楚,可用于实时定量RT-PCR测定;50 mg/L和100 mg/L外源IAA处理后,在番茄幼苗6叶1心期极大地促进ARF8基因的表达。 展开更多
关键词 番茄 幼苗 IAA arf8 表达
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水稻(Oryza sativa L.)愈伤组织发育过程中Auxin-miR167-ARF8信号通路的研究 被引量:4
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作者 淳俊 王文国 +1 位作者 王胜华 陈放 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期863-868,共6页
采用荧光定量PCR(Real-time PCR),进行miR167及其靶基因ARF8表达水平的相对定量分析,初步得出水稻愈伤组织发育过程中Auxin-miR167-ARF8信号通路的调控情况.发现经过12h~24h的积累,2mg/L的2,4-D能够明显地上调miR167的表达水平,从而导... 采用荧光定量PCR(Real-time PCR),进行miR167及其靶基因ARF8表达水平的相对定量分析,初步得出水稻愈伤组织发育过程中Auxin-miR167-ARF8信号通路的调控情况.发现经过12h~24h的积累,2mg/L的2,4-D能够明显地上调miR167的表达水平,从而导致miR167的靶基因ARF8的表达量下降,这种变化在第7天的时候趋于平缓,直到形成愈伤组织,miR167和ARF8的表达量维持在一个相对稳定的水平.本实验为Auxin-miR167-ARF8信号通路的研究提供了切入点. 展开更多
关键词 水稻愈伤组织 MICRORNA 2 4-D miR167 arf8 Real-time PCR
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清见果实发育成熟过程中miR167及其靶基因ARF8的动态表达分析 被引量:2
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作者 罗近予 荣毅 +5 位作者 熊博 孙国超 廖玲 邱霞 代琳 汪志辉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第22期7264-7269,共6页
本研究以晚熟杂柑清见(Kiyomi tangor)为研究材料,测定了其果实发育成熟七个时间点的果肉及叶片中IAA的含量,并通过qRT-PCR分析了miR167及其靶基因ARF8的表达情况。结果,发现清见果肉IAA含量在果实膨大期和转色期出现一个双峰的动态变化... 本研究以晚熟杂柑清见(Kiyomi tangor)为研究材料,测定了其果实发育成熟七个时间点的果肉及叶片中IAA的含量,并通过qRT-PCR分析了miR167及其靶基因ARF8的表达情况。结果,发现清见果肉IAA含量在果实膨大期和转色期出现一个双峰的动态变化,叶片中IAA含量在花后180 d上升到达最大值后下降,表明叶片IAA可能在果实转色期向果肉转移,参与果实着色的相关代谢;果肉中ARF8在花后90 d前的表达出现显著上调时miR167以及miR167a/miR167b/miR167c的表达出现显著下调,叶片中ARF8在花后90 d显著下调时miR167以及miR167a/miR167b/miR167c显著上调,表明此时果肉及叶片内miR167以及miR167a/miR167b/miR167c与靶基因ARF8发生了相互抑制作用,此后miR167及miR167a/miR167b/miR167c表达出现变化时ARF8表达量几乎都保持在一个很低的水平,表明这些miRNA可能参与了其他基因的调控。 展开更多
关键词 清见 miR167 arf8 果实发育成熟 表达分析
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Isolation of a Mutant of Ferl Gene, Acting Synergistically with the ARF8 Gene to Control Development of the Anther and Filament in Arabidopsis 被引量:3
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作者 Chang-EnTIAN Shun-ZhiLIU KotaroYAMAMOTO 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2005年第3期327-333,共7页
Auxin response factors (ARFs) play a central role in plants as transcriptional factors in response to auxin. The Arabidopsis ARF8 gene is a light-inducible gene and ARF8 protein might control auxin homeostasis in a ne... Auxin response factors (ARFs) play a central role in plants as transcriptional factors in response to auxin. The Arabidopsis ARF8 gene is a light-inducible gene and ARF8 protein might control auxin homeostasis in a negative feed-back fashion through regulation of GH3 gene expression. In a double mutant designated infertile line including arf8-1 (a T-DNA insertion mutant of ARF8), we isolated fertility1-1 (fer1-1), a mutant of Fer1, which acts synergistically with ARF8 to control the development of the anther and filament in Arabidopsis. Genetics analysis has demonstrated that fer 1-1 is a T-DNA insertion line, indicating that Fer1 might be cloned by inverse polymerase chain reaction (PCR) or the TAIL-PCR approach. Phenotypic identification and molecular analysis of fer 1-1 and the infertile line will be helpful to characterize the function of Fer1, to further study the function of ARF8, and to reveal the molecular mechanism underlying the interaction of Fer1 and ARF8 in controlling development of the anther and filament. 展开更多
关键词 ANTHER ARABIDOPSIS arf8-1 fer1-1 FILAMENT
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龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式 被引量:1
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作者 王静宇 申序 +5 位作者 陈晓慧 徐小萍 张舒婷 苏立遥 林玉玲 赖钟雄 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期146-157,共12页
为了解miR167家族成员的分子特性及其可能互作的靶标在龙眼体胚发生早期的调控机制,采用生物信息学分析方法进行龙眼miR167基因家族序列分析、二级结构预测、分子进化树分析、靶基因预测及其靶标特异表达的FPKM值分析,并采用实时荧光定... 为了解miR167家族成员的分子特性及其可能互作的靶标在龙眼体胚发生早期的调控机制,采用生物信息学分析方法进行龙眼miR167基因家族序列分析、二级结构预测、分子进化树分析、靶基因预测及其靶标特异表达的FPKM值分析,并采用实时荧光定量PCR技术(quantitave real-time PCR,qPCR)检测miR167家族在体胚发生早期的转录水平.结果显示,龙眼miR167前体序列存在一个长为20 nt的重叠区域,miR167b的中间序列区域和3’端与此区域存在多个碱基差异;龙眼miR167前体成员均能形成茎环结构,且最小折叠自由能介于-79.95--46.90 Kal/mol之间;分子进化树显示龙眼miR167前体成员分别与番木瓜(Carica papaya)、番茄(Solanum lycopersicum)、高粱(Sorghum bicolor)和大豆(Glycine max)亲缘关系最近,miR167a、c、d、f在成熟体进化树中聚于同一支,靶标预测结果显示它们可能调控6个相同的靶基因,即E3泛素连接酶BIG BROTHER(BB)、AIRP2,MYB转录因子和生长素应答因子(ARF6、ARF8、ARF6-3),miR167b则单独分布于另一支中,并可能调控2个特异靶标,即赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(LSD1)和细胞周期素(cyclin-C1-2-like);qPCR结果显示dlo-miR167a、c、d的表达均呈上调趋势,dlo-miR167d、f在3个阶段的表达水平较低;FPKM值显示ARF6/8、BB在体胚发生早期的表达模式与dlo-miR167a、c、d趋于一致,与AIRP2呈负相关.本研究表明在体胚发生早期ARF6/8和BB可能不受龙眼miR167的靶向调控,miR167可能通过靶向AIRP2参与早期体胚发生的形态建成,提示龙眼miR167基因功能的协同性和独立性并存.(图9表3参54) 展开更多
关键词 龙眼 miR167家族 体胚发生早期 qPCR 靶基因 ARF6/8
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