Coffin-Siris综合征携带ARID1B基因变异1例并文献复习

本文报道了1例喂养困难、体质量增长不良、特殊面容、第五趾末关节缺如的6月龄女婴,基因检测显示ARID1B基因c.1818 C>A(p.Cys6062228*)变异,诊断为Coffin-Siris综合征,复习相关文献,以提高医生对该病的认识,避免漏诊。

ARID1B基因变异致Coffin-Siris综合征1例报告并文献复习

目的探讨ARID1B基因变异致Coffin-Siris综合征的临床及遗传特征。方法回顾分析1例ARID1B基因变异致Coffin-Siris综合征患儿的临床资料及分子遗传学检测结果,并复习相关文献。结果患儿,男,2岁8个月,因智力运动发育落后就诊。患儿生后就有喂养困难,体质量增长不良,特殊面容(头皮毛发稀疏、发际低、拱形浓眉、长睫毛、鼻翼宽、鼻梁低、上唇薄、下唇厚而外翻、唇毛明显),四肢肌张力低下,右足趾甲小。全外显子测序显示ARID1B基因存在c.6257T>C(p.Leu 2086 Pro)杂合错义变异,父母未发现上述变异,为新生变异。文献共检索到已报道因ARID1B基因所致Coffin-Siris综合征患者86例,患儿临床特征与已报道病例基本相符。结论Coffin-Siris综合征为罕见的常染色体显性遗传病,可累及多个系统,基因检测可协助诊断。

ARID1B基因变异致Coffin-Siris综合征2例患儿的遗传学分析

目的分析2例无明显原因精神运动发育迟缓、面容异常的患儿的基因特征,加强对Coffin-Siris综合征(CSS)的认识与了解。方法选取2019年7月至2021年1月因"发育迟缓"就诊于中国人民解放军联勤保障部队第九八〇医院新生儿科的2例CSS患儿,其中男性1例,女性1例,及其家系成员2代,共计7人作为研究对象。收集患儿及家庭成员的临床资料和家族史,对患儿进行详细的体格检查,完善实验室及相关辅助检查。对患儿及其父母进行全外显子组测序(WES)和基因组拷贝数变异测序(CNV-seq),确认变异基因位点及拷贝数变异(CNV)。结果患儿1为8月龄女性,存在小头畸形、房间隔缺损、第五指/趾侧弯、四肢肌张力低下。患儿2为2岁6个月男性,存在语言迟缓、社交障碍、毛发浓密,第五指无弯曲。基因检测发现患儿1在ARID1B基因存在第8~21外显子杂合缺失,家系验证显示其父母均为野生型,考虑为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)和美国分子病理学会发布的序列变异解读标准和指南,该变异评级为致病性变异(PVS1+PS2+PM2_Supporting)。患儿2的ARID1B基因存在1个杂合变异c.4263-6(IVS17)T>G,转录组测序结果显示该变异会影响正常剪接,致第17内含子中5 bp序列滞留,家系验证显示其父母均为野生型,考虑为新发变异。根据ACMG变异标准与指南,c.4263-6(IVS17)T>G评级为致病性变异(PS2+PM2_Supporting+PP3+PS3)。结论利用WES和CNV-seq技术确诊了2例CSS患儿,发现的变异拓展了CSS新的致病基因变异谱,为家庭遗传咨询提供了可靠的依据。

非典型智力障碍伴射精障碍患者1例的ARID1B基因变异分析

目的探讨1例非典型智力障碍伴射精障碍患者的临床特征与遗传学病因。方法选取2021年11月18日于空军军医大学第一附属医院就诊的1例非典型智力障碍伴射精障碍患者为研究对象。采集患者相关临床资料,抽取患者及其父母外周静脉血样,应用全外显子组测序(WES)对患者进行基因检测,采用Sanger测序进行家系验证,并对候选变异进行致病性分析。结果本研究患者为26岁男性,临床表现为非典型智力障碍伴射精障碍。WES检测结果提示,患者携带ARID1B基因c.5776C>T(p.Arg1926X)杂合变异。经Sanger测序验证,患者父母均未携带该变异,提示该变异为新发变异。ARID1B基因c.5776C>T(p.Arg1926X)变异在1000 Genomes、ExAC、gnomAD及ClinVar等数据库中已见报道;dbSNP数据库检索结果显示,该变异在正常人群中的携带频率为0.0004%;Mutation Taster、CADD及MutPred等在线软件预测结果显示,该变异为有害性变异;Clustal Omega在线软件分析结果显示,该变异位点编码氨基酸在不同物种间高度保守;PyMOL软件分析结果显示,该变异可能影响编码蛋白功能;根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)与ClinGen联合制订的相关指南与标准,该变异被判定为致病性变异。结论ARID1B基因c.5776C>T(p.Arg1926X)变异可能是本研究患者智力障碍伴射精障碍的遗传学病因,拓宽了ARID1B基因的变异谱与表型谱,为患者的治疗提供了参考依据。

两个Coffin-Siris综合征家系的ARID1B基因变异分析

目的通过对两个Coffin-Siris综合征家系先证者的临床表征及基因变异分析,揭示其可能的遗传发病机制,为家系的遗传咨询提供依据。方法应用全外显子组测序技术对两例先证者进行致病原因筛查,结合临床表型确定可能致病的候选基因,用Sanger测序法对先证者及其家系成员进行变异验证。结果WES检测结果显示家系1先证者ARID1B基因存在c.5467delG(p.Gly1823fs)杂合变异。家系2先证者检出ARID1B基因c.5584delA(p.Lys1862fs)杂合变异。Sanger测序结果表明两家系先证者父母ARID1B基因均为野生型,经检索人类变异数据库,两变异均为未报道过的新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南,ARID1B基因的c.5467delG和c.5584delA变异均为致病变异(PVS1+PS2+PM2)。结论ARID1B基因c.5467delG(p.Gly1823fs)及c.5584delA(p.Lys1862fs)可能分别为两家系的致病原因,基因检测结果为家系的遗传咨询提供了依据。

蛋白酪氨酸磷脂酶-1B基因Pro387Leu变异与2型糖尿病的相关性研究

目的 探讨广州地区汉族人中蛋白酪氨酸磷脂酶 1B(PTP 1B)基因Pro387Leu变异与2型糖尿病 (T2DM)的相关性。 方法 随机选取无亲缘关系的广州地区汉族人 5 6 7例 ,其中T2DM患者 32 9例 ,正常对照 2 38例 ,应用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)进行Pro387Leu变异的检测。 结果 正常对照组PTP 1BLeu 387携带者及Leu 387等位基因频率分别是 0 8%、0 4 % ,T2DM组相应为 0 6 %、0 3% ,两组比较差异无统计学意义 (P >0 0 5 )。 结论 PTP 1B基因Pro387Leu变异与汉族人T2DM的发生不相关。

福建省羊传染性脓疱病毒F1L、B2L和VIR基因的遗传变异分析

为探明2014年-2015年在福建省流行的羊传染性脓疱病毒(ORFV)遗传变异情况,对10株ORFV流行毒株的F1L、B2L和VIR基因进行克隆、测序及分析。结果表明,10株ORFV F1L基因之间的核苷酸序列同源性为97.6%~100%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.3%~97.1%;同NZ2参考株比较,FJ-YT2014缺失2个氨基酸;10株ORFV B2L基因之间核苷酸序列同源性为97.5%~99.9%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.7%~99.5%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.7%~97.7%;10株ORFV VIR基因之间的核苷酸序列同源性为95.8%~99.5%,与国内株的核苷酸序列同源性为94.6%~99.6%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为94.6%~96.4%。基于基因核苷酸序列的遗传进化分析表明,10株ORFV F1L基因与福建省分离株、山西株和新疆株亲缘关系较近;10株ORFV B2L基因与新疆、山西、德国毒株亲缘关系较近;10株ORFV VIR基因与台湾、新疆株亲缘关系较近。结果提示,当前福建省流行的ORFV F1L、B2L和VIR基因尚未出现明显变异,但是其F1L、B2L和VIR基因核苷酸序列之间普遍存在异质性。

Peters’异常患者Sox11及CYP1B1基因变异分析

【目的】研究中国人Peters’异常患者Sox11及CYP1B1基因变异情况。【方法】从眼遗传疾病库中选取13例Peters’异常的先证者以及100例正常对照,采用直接测序的方法分析Sox11及CYP1B1基因的外显子及其相邻内含子基因变异情况;通过测序识别的基因突变,使用HA-SSCP分析的方法,在100例正常对照中做进一步评估。筛查中国人群Peters’异常患者Sox11及CYP1B1基因基因变异,并研究其相关表型。【结果】在13例Peters’异常的患者中检测到一个Sox11同义突变,一个CYP1B1错义突变,在正常对照中未发现此基因突变。【结论】本研究首次对Peters’异常患者进行Sox11进行基因筛查,并验证了CYP1B1是Peters’异常的致病基因之一,进一步扩大了Peters’异常患者CYP1B1基因突变的突变频谱,增加了我们对基因型与表型之间关系的认识,并有望为将来该疾病致病机制的基因学及功能学方面的研究提供基础。

1例基因1b型丙肝患者抗病毒治疗失败后发现NS5A耐药相关变异

1临床资料患者,女,51岁,因“乏力半个月”于2018年01月15日入院。既往:基因1b型丙型病毒性肝炎病史20年。辅助检查:肝胆脾CT(平扫+增强)提示肝硬化、脾大,肝脏右叶占位,大小约37 mm×21 mm,局部突向肝外,增强扫描呈“快进快出”方式强化,考虑恶性可能性大,肝门区见结节状软组织影,直径约10 mm,增强扫描明显强化,考虑肝门区淋巴结转移(见图1)。肿瘤标志物:甲胎蛋白1008.07 ng·mL^-1;肝功能:谷丙转氨酶50 U·L^-1、谷草转氨酶40 U·L^-1、总胆红素13.72 mmol·L^-1、直接胆红素2.68 mmol·L^-1、间接胆红素11.04 mmol·L^-1;丙型肝炎病毒(HCV)抗体16.460(阳性>5.00);HCVRNA测定:1.03×10^7 IU·mL^-1。2018年01月17日于吉林大学第二医院肝胆胰外科行腹腔镜下肝部分切除术,术后病理回报(肝)中分化肝细胞肝癌,肝组织有肝硬化样改变(见图2~3)。

一些小麦1B/1R易位系品质基因多样性分析

利用SDS-PAGE和A-A-PAGE分析了38份小麦1B/1R易位系Glu-1、Glu-3、Gli-1位点基因组成。结果表明,小麦1B/1R易位系中品质基因多样性降低,Glu-1、Glu-3编码的高、低分子量谷蛋白亚基种类减少,Glu-B1位点含有的优质亚基比例明显下降,Gli-1位点编码的醇溶蛋白比例增加,导致劣质。因此对于抗病品种品质改良要着重于改变其遗传组成尤其是Glu-1、Glu-3、Gli-1位点基因组成,尽可能打破Glu-3、Gli-1位点基因连锁关系,淘汰Glu-3位点基因的j,导入一些优良的品质基因。

浙江省柯萨奇病毒A16 VP1基因特征分析及B细胞抗原表位预测

目的了解浙江省柯萨奇病毒A16(CA16)VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位。方法在Gen Bank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNA Star中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位。结果浙江省CA16病毒基因型为B1基因型(34株)和A基因型(1株)。B1型中以B1b亚型(24株)占绝对优势,其次为B1a亚型(10株)。浙江省CA16流行株VP1核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~100%和89.5%~100%;VP1区氨基酸序列高度保守,但也存在部分变异。VP1中可能的B细胞抗原表位(氨基酸肽段)有13个,分别为10-20、30-38、57-62、73-79、98-106、118-123、159-168、173-177、184-189、240-246、265-273、274-284和289-295。结论浙江省CA16流行株存在A、B1 2个基因型,B1b和B1a为主要基因型,其VP1区氨基酸变异程度较低,VP1中13个预测的B细胞抗原表位可为CA16疫苗的研制提供科学依据。

ARID1A基因变异所致Coffin-Siris综合征2型1例胎儿的遗传学分析

目的探讨1例Coffin-Siris综合征2型(CSS 2)胎儿的遗传学病因。方法选取1例于2023年7月因"停经17+1周,发现胎儿畸形4 d"就诊于洛阳市妇幼保健院的超声异常胎儿作为研究对象,回顾性分析相关的临床资料。对胎儿的组织样本及其父母的外周血样进行核心家系全外显子组测序分析,对候选变异进行致病性分析,并通过Sanger测序进行家系验证。本研究通过洛阳市妇幼保健院医学伦理委员会的审查(伦理号:LYFY-YCCZ-2023011)。结果胎儿胎龄16+周时彩色多普勒超声提示双侧侧脑室扩张、小脑发育不良。全外显子组测序检测发现其ARID1A基因存在c.553C>T(p.Gln185Ter)杂合变异,Sanger测序验证为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关变异指南与标准被判定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2_Supporting)。结论ARID1A基因c.553C>T(p.Gln185Ter)杂合变异可能是胎儿脑发育畸形的遗传学病因。

三例成骨发育不全胎儿的基因变异分析和产前诊断

目的:分析3例产前超声提示成骨发育不全胎儿的基因致病变异位点,为产前诊断和遗传咨询提供依据。方法:2019年4月至2019年9月,3例单胎妊娠孕妇产前超声提示胎儿成骨发育不全,均在武汉大学中南医院引产终止妊娠并取胎儿组织提取DNA行全外显子组测序,发现可疑致病位点后,利用Sanger测序对胎儿及其父母进行验证,根据ACMG指南判定位点的致病性。结果:胎儿1携带COL1A1基因新发致病性c.2533G>A(p.Gly845Arg)杂合错义变异;胎儿2携带COL1A1基因新发可能致病性c.932G>A(p.Gly311Asp)杂合错义变异;胎儿3为TMEM38B基因致病性c.286dupT(p.Cys96Leufs*3)纯合变异,父母均携带该位点杂合变异,检索人类基因突变数据库(HGMD)、EXAC等多个数据库均未收录,是此前未发表的新的TMEM38B基因变异位点。结论:COL1A1、TMEM38B基因突变可能是这3例成骨发育不全胎儿的致病原因。本研究结果丰富了成骨不全症(OI)基因突变谱,为患者的产前诊断和遗传咨询提供了重要依据。

ATP6V1B2基因变异所致显性遗传性耳聋-甲发育不全综合征的临床特点和遗传学分析

目的 探讨1例ATP6V1B2基因变异所致显性遗传性耳聋-甲发育不全综合征(DDOD综合征)的临床表型和遗传学特征。方法 回顾分析2023年4月于中山市小榄人民医院儿科收治的1例以耳聋、指(趾)甲畸形6年、语言发育落后5年为主诉的DDOD综合征患儿为研究对象。采集该患儿的临床数据资料,采用全医学外显子组测序(WES)对患儿及其父母行遗传学分析,并回顾国内外文献报道,归纳ATP6V1B2基因变异所致DDOD综合征病例的临床特点以及遗传学特征。结果 患儿,女,6岁龄,临床特点为耳聋、语言发育落后、指(趾)无指甲。全医学外显子测序结果提示其携带ATP6V1B2基因c.1516C>T无义变异,现国内尚未见本疾病的个案报道。连同7篇外文文献报道的11个家系,共检出ATP6V1B2基因变异2个,11个家系均为新发突变,有3例为显性遗传患者。结论 ATP6V1B2基因c.1516C>T(p.Arg506*)无义变异是本例患儿的致病原因。本研究丰富了ATP6V1B2变异引起的DDOD综合征临床特点。对于耳聋、指(趾)甲畸形、语言发育落后的患儿,需尽早完善基因检查明确病因。

lncRNA PVT1及miR-26b在增生型糖尿病视网膜病变患眼玻璃体、增生膜中的表达研究

目的探讨增生型糖尿病视网膜病变(PDR)患眼玻璃体、增生膜中长链非编码RNA浆细胞瘤变异易位基因1(lncRNA PVT1)、微小RNA-26b(miR-26b)表达水平及意义。方法选取2016年3月至2019年3月本院收治的单眼发病的糖尿病视网膜病变(DR)患者58例为研究对象(PDR组),另选取同期因特发性黄斑裂孔行玻璃体切除术患者35例作为对照组。采用实时荧光定量(qRT-PCR)法检测玻璃体和膜组织中lncRNA PVT1、miR-26b、血管内皮生长因子(VEGF)mRNA表达水平,并使用全自动生化分析仪检测血清常规指标。结果PDR组血清空腹血糖(FBG)、糖化血红蛋白(HbA1c)水平明显高于对照组,高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平明显低于对照组(P<0.05)。PDR组患眼玻璃体和膜组织中lncRNA PVT1、VEGF mRNA表达水平明显高于对照组,miR-26b表达水平明显低于对照组(P<0.05)。PDR组患眼玻璃体和增生膜中lncRNA PVT1表达水平与miR-26b、患者血清HDL-C表达水平呈负相关(P<0.05),与患者血清FBG、HbA1c、VEGF mRNA呈正相关(P<0.05)。PDR患眼玻璃体和增生膜中miR-26b表达水平均与患者血清FBG、HbA1c、VEGF mRNA呈负相关,与患者血清HDL-C呈正相关(P<0.05)。结论PDR患眼玻璃体和增生膜中lncRNA PVT1水平显著升高、miR-26b水平显著降低,二者之间可能存在相互作用,共同影响PDR进展。

ARID1B基因新发错义变异致精神发育迟滞一例

目的分析1例精神发育迟滞患儿的临床表型及遗传学特点,明确其致病原因。方法应用二代测序对患儿进行遗传学检测并对变异位点进行生物信息学软件分析。结果全外显子组高通量测序显示患儿携带新发的ARID1B基因c.4035G>C(p.Gln1345His)杂合变异,该变异国内外尚无报道。生物信息学软件分析该位点变异导致蛋白结构不稳定,致病性高。结论ARID1B基因错义变异可能导致患儿精神发育迟滞,变异的检出可以为家系的遗传咨询及产前诊断提供依据。

B细胞阴性严重联合免疫缺陷患儿1例的临床表型及RAG1基因变异分析

目的报道1例以暴发性心肌炎为临床表现的B细胞阴性严重联合免疫缺陷(B-SCID)患儿,并对其进行基因变异分析。方法选取2021年1月31日就诊于福建省妇幼保健院的B-SCID患儿1例为研究对象。对患儿及其父母进行全外显子组测序,并通过Sanger测序对候选变异进行家系验证。结果患儿为女性,2个月11天,出生后反复发生皮肤及肺部感染,此次因合并暴发性心肌炎入院,实验室检查提示IgG降低,外周血T淋巴细胞、B淋巴细胞、NK细胞严重缺乏。全外显子组测序结果提示患儿存在RAG1基因c.C3007T(p.Q1003X)纯合无义变异,患儿父母均为携带者,该变异既往未见报道,根据ACMG相关标准判断为疑似致病。结论确诊了1例RAG1基因变异相关的B-SCID,丰富了RAG1基因的变异谱,同时为患儿家庭的遗传咨询提供了线索。

ARID1B基因新发突变致Coffin-Siris综合征1例报告并文献复习

Coffin-Siris综合征(Coffin-Siris syndrome,CSS,OMIM 135900)是1970年由Coffin和Siris两位学者首先报道的一种常染色体显性遗传疾病[1],其典型的临床特征包括面部特征粗糙、不同程度的生长发育迟滞、多毛症、喂养困难、第五指/趾发育不全、听力障碍、癫痫发作等,此外还可合并有胃肠道、心脏、泌尿生殖道及中枢神经系统的畸形表现[2]。

三阴乳腺癌中MIR892B和CDK1的基因拷贝数变异与患者恶性进展的相关性分析

目的探讨三阴乳腺癌(TNBC)中MIR892B和CDK1的基因拷贝数变异(CNV)与患者恶性进展的相关性。方法从癌症基因组图谱数据库(TCGA)中,获得153例TNBC患者的全基因组CNV数据和预后数据。GISTIC2.0软件分析肿瘤中全基因组CNV情况,筛选出CNV的热点基因,并与患者5年进展预后进行相关性分析。收集整理2012年1月至2015年12月在江门市中心医院就诊的88例TNBC患者资料,荧光定量PCR检测肿瘤组织中MIR892B和CDK1基因CNV,并分析其与患者预后的相关性。结果TCGA中全基因组区段的分析显示,3p26.1、10q21.2和19q12在32例5年有进展患者肿瘤组织中明显扩增,6p21.1、11q13.4和Xq27.3在27例无进展的患者肿瘤组织中明显扩增;4p13和12q24.32在有进展患者肿瘤组织中明显缺失,13q22.2和19p13.3在无进展患者肿瘤组织中有明显缺失。在TCGA及江门市中心医院样品中,仅有MIR892B(Xq27.3)的扩增情况与TNBC患者5年发生进展事件相关,且MIR892B(Xq27.3)的非扩增或CDK1(10q21.2)扩增的TNBC患者5年生存预后较差(P<0.001)。结论TNBC中MIR892B和CDK1的基因CNV与患者恶性进展相关。

西昌市鸡蛔虫线粒体cyt b和nad1基因的遗传变异分析

为研究西昌市鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发生关系,用线粒体细胞色素b(cyt b)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ(nad1)基因全序列分析了17个鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异,并用cyt b和nad1序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的种系发育关系。测序结果显示:17株鸡蛔虫cyt b和nad1全序列长度分别为1 104 bp和876 bp,碱基变异率分别为02.4%和02.3%;分别检测到10个和7个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.897±0.056和0.824±0.064,核苷酸多样性分别为0.004 70±0.001 61和0.004 21±0.001 65,平均遗传距离分别为0.005和0.004。构建的种系发育树均显示17个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且cyt b基因比nad1基因更适合作为研究鸡蛔虫种内遗传变异的分子标记。