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牛ASCL2基因生物信息学分析
1
作者
王梦楠
吴茜红
+3 位作者
赵姝君
王敬姣
李冬杰
李世杰
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期645-651,共7页
在人与小鼠中,ASCL2基因是一个母源表达的印记基因,在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构...
在人与小鼠中,ASCL2基因是一个母源表达的印记基因,在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测,为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明:这21种哺乳动物问的遗传距离小于0.536,且牛与猪遗传距离最小,为0.106,与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示,在牛中,该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示,启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内,此区域包括大量潜在转录因子结合位点,并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明,ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子,有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。
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关键词
牛
ascl2基因
生物信息学
启动子
CPG岛
下载PDF
职称材料
题名
牛ASCL2基因生物信息学分析
1
作者
王梦楠
吴茜红
赵姝君
王敬姣
李冬杰
李世杰
机构
河北农业大学生命科学学院
河北科技大学生物科学与工程学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期645-651,共7页
基金
国家自然科学基金(31372312)
河北省自然基金项目(C2011204001)共同资助
文摘
在人与小鼠中,ASCL2基因是一个母源表达的印记基因,在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测,为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明:这21种哺乳动物问的遗传距离小于0.536,且牛与猪遗传距离最小,为0.106,与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示,在牛中,该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示,启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内,此区域包括大量潜在转录因子结合位点,并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明,ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子,有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。
关键词
牛
ascl2基因
生物信息学
启动子
CPG岛
Keywords
Bovine, A SCL
2
gene, Bioinformatic analysis, Promoter, CpG islands
分类号
S823 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牛ASCL2基因生物信息学分析
王梦楠
吴茜红
赵姝君
王敬姣
李冬杰
李世杰
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2013
0
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