牛ASCL2基因生物信息学分析

在人与小鼠中，ASCL2基因是一个母源表达的印记基因，在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测，为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明：这21种哺乳动物问的遗传距离小于0．536，且牛与猪遗传距离最小，为0．106，与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示，在牛中，该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示，启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内，此区域包括大量潜在转录因子结合位点，并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明，ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子，有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。