中国绵羊ASIP基因突变研究

研究通过直接测序法检测ASIP基因编码区和部分内含子区域突变位点,以确定ASIP基因突变是否影响中国绵羊的被毛表型变化.结果表明:2个缺失突变(9-bp,c.10-18,D9;5-bp,c.100-105,D5)位于ASIP基因第2外显子上,3个SNPs(g.672G>A,g.1580G>A和g.1617G>A)位于第2内含子区域;D9和D5缺失突变在10个绵羊群体中都存在,而且在‘岷县黑裘皮绵羊’和‘多浪羊’群体内各出现1只D5D5基因型个体,在所有检测个体中没有发现D9D9基因型;结合绵羊被毛表型相关分析,D9和D5缺失突变与所研究的绵羊品种被毛表型不存在相关或不完全相关,即ASIP基因编码的蛋白质区域变异不能解释中国绵羊群体毛色表型的变异.

阿勒泰羊与新疆细毛羊ASIP基因多态性与被毛颜色的相关性

利用PCR—SSCP方法检测了阿勒泰羊和新疆细毛羊ASIP基因的多态性位点，并分析各SNPs位点与被毛毛色之间的关系。结果表明，阿勒泰羊ASIP基因外显子2（g.100—104bp）存在5碱基丢失（D5：AGGAA），外显子4（g．5172bp：T→A）存在非同义性突变（Ser→Cys）；新疆细毛羊中只发现ASIP基因外显子2（g．100-104bp）存在5碱基丢失（D5：AGGAA）；阿勒泰羊AMP基因2处SNPs与被毛毛色不相关（P〉0．05），而新疆细毛羊ASIP基因5碱基丢失与被毛毛色极显著相关（P〈0．01）。

水貂ASIP基因单倍型检测及其皮肤组织mRNA差异表达分析

试验旨在探究鼠灰色(agouti signaling protein,ASIP)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)形成的单倍型及皮肤组织差异表达mRNA对水貂被毛色素沉积的影响。通过PCR扩增、Sanger测序技术对金州黑水貂、红眼白水貂和名威银蓝水貂ASIP基因进行SNPs单倍型检测分析,利用实时荧光定量PCR技术检测3种毛色皮肤组织ASIP基因的表达量,分析单倍型及mRNA差异表达与毛色表型的相关性。结果表明,301个样本中共检测到10个SNPs,内含子2中4个SNPs(G18A、A159G、G235T、C1189T)共形成10种单倍型(Hap1~Hap10),其中Hap1(GAGC)和Hap2(GAGT)是3种不同毛色水貂群体的共享单倍型;部分内含子3中6个SNPs(C252T、A290C、G298C、A340G、T343C、T379C)形成4种单倍型(Hap1~Hap4),且Hap2(CCCGCC)是名威银蓝水貂群体的主体单倍型。5个位点(A290C、G298C、A340G、T343C、T379C)均处于完全连锁不平衡状态。实时荧光定量PCR检测显示,金州黑水貂和名威银蓝水貂ASIP基因mRNA表达量分别是红眼白水貂的1.25和0.95倍,三者间差异不显著(P>0.05)。研究结果初步提示,ASIP基因调控水貂不同毛色表型形成的分子机制可能存在差异。

野猪ASIP基因的突变位点及其与毛色表型的相关性研究

本试验旨在研究影响动物被毛颜色变化的功能基因ASIP在野猪群体里的变异及其与被毛表型之间的相关性。通过直接测序法搜寻ASIP基因编码区、5′-UTR、3′-UTR和部分内含子区域突变位点。结果表明:在ASIP基因的3′-UTR区域识别了一个T→C突变位点(ASIP.c 695T→C),而在其它区域没用发现。通过群体内多态性检测,7个毛色类型的野猪在此突变位点都是CC或CT基因型,而长白猪群全部是TT基因型。从这个结果得出具有不同毛色的野猪群体可能是由突变位点C等位基因引起,不能排除还有其它毛色功能基因参与野猪被毛的形成。研究为进一步了解野猪ASIP毛色功能基因在其群体内的遗传变异奠定了理论基础。

ASIP基因第3外显子349位点多态性与中国家驴毛色表型相关研究

本研究以16个品种680头中国家驴为实验群体,通过PCR-RFLP方法检测ASIP基因第3外显子349位点的多态性,并分析其多态性与中国家驴毛色的关联性。结果表明:中国家驴ASIP基因第3外显子存在c.349T>C突变,纯黑色的驴基因型以CC型为主,德州驴、渤海驴、广灵驴和庆阳驴中的纯黑色驴全是CC型;非纯黑色驴主要是TT和CT基因型,没有检测到CC基因型。利用ASIP基因第3外显子PCR-RFLP标记可以把家驴中纯黑色和非纯黑色驴分开,作为家驴中纯黑色驴早期选种的分子标记。

hASIP基因在乳腺癌中的表达及其意义

目的:检测hASIP基因在人乳腺癌中的表达并分析其与临床病理指标的相关性,进一步探讨hASIP与乳腺癌的关系。方法:以RT-PCR法检测人乳腺癌及癌旁组织中hASIP的表达情况,并与临床及病理常用指标作对照分析。结果:hASIP-a在癌组织中的表达率为92.5%(49/53),在癌旁组织中的表达率为75.5%(40/53),两者之间有统计学差异(P<0.05)。hASIP-b在癌组织中的表达率为54.7%(29/53),在癌旁组织中的表达率为43.4%(23/53),两者之间无统计学差异(P>0.05)。以癌旁组织为参照,hASIP-a在癌组织中表达上调的占64.2%(34/53);hASIP-b在癌组织中表达上调的占32.1%(17/53)。两者之间有显著统计学差异(P<0.01)。hASIP-a高表达与乳腺癌病人年龄>50岁、肿瘤分期早、ER阳性、病理为除浸润性导管癌外的其它浸润性癌相关(P<0.05)。结论:hASIP-a在人乳腺癌中存在高表达。乳腺癌病人年龄>50岁、肿瘤分期早、ER阳性、病理为除浸润性导管癌外的其它浸润性癌,可能是hASIP-a高表达的相关因素。

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

【目的】揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记。【方法】参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响。【结果】从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T。其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上。Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低。Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致。【结论】在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因m RNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制。

不同毛色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织中黑色素分布及ASIP蛋白的表达定位

为了研究ASIP基因在中国美利奴细毛羊被毛颜色形成过程中的作用机制,试验分别选取体况良好的3只野生型纯白色中国美利奴细毛羊,20只纯白色、8只棕色和10只黑色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊背部的皮肤组织,通过H.E.染色对比样本皮肤组织结构及黑色素分布差异;采用免疫组织化学染色检测ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊白色、棕色、黑色3种皮肤组织中ASIP蛋白的表达定位情况。结果表明:野生型与ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的皮肤均由表皮、真皮、皮下结缔组织3部分组成,且表皮层最薄,各毛色皮肤结构组成无差异;黑色素颗粒主要分布于黑色、棕色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织的毛囊、毛干中,且黑色较棕色皮肤组织中分布的黑色素颗粒更为密集,而在白色被毛的野生型和ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织中均未发现黑色素颗粒;ASIP蛋白在白色被毛的ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的表皮、毛囊外根鞘、毛乳头周围的毛基质中大量存在,在棕色、黑色皮肤组织中几乎不存在。说明ASIP蛋白在特定部位的表达情况与ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的白色被毛毛色的发生相关。

畜禽羽色候选基因ASIP和TYRP1的研究进展

羽色是畜禽重要的品种特征之一,是一种易观察的表型性状。畜禽的羽色性状由许多基因控制,其中目前研究较多的主要有黑素皮质素受体1(MC1R)、刺鼠信号蛋白基因(ASIP)、黑素亲和素(MLPH)、溶质载体家族(SLC24A5、SLC45A2)、酪氨酸酶(TYR)家族(TYR、TYRP1、TYRP2)等,各基因间相互作用形成了不同的羽毛颜色。本文简要介绍黑色素的形成机理及研究概况,并对畜禽羽色相关基因ASIP和TYRP1的遗传机制及研究进展进行综述,以便为进一步研究畜禽羽色形成的分子遗传机制提供参考。

家兔MC4R和ASIP基因的多态性筛选及生物信息学分析

以比利时公兔分别与加利福尼亚母兔、新西兰母兔和中国白母兔杂交兔为试验对象,用磁珠法动物基因组抽提试剂盒(血液)提取DNA并构建三组杂交兔的DNA池,采用双向测序技术对兔MC4R和ASIP基因SNPs进行筛选,结果在MC4R基因中发现了5个多态性位点:exon1-T33G、exon1-C52T、exon1-A101G、exon1-C105T、exon1-A492G,在ASIP基因中发现了2个多态位点:exon2-A185G和intron2-G64A。其中exon1-T33G、exon1-C105T、exon1-A492G为同义突变,intron2-G64A在内含子上,exon1-C52T、exon1-A101G和exon2-A185G为错义突变,分别使编码氨基酸由精氨酸(Arg)变为苏氨酸(Thr),天冬氨酸(Asp)变为甘氨酸(Gly)和组氨酸(His)变为精氨酸(Arg)。通过生物信息学对兔MC4R和ASIP基因突变前后RNA二级结构、蛋白质的二级结构和蛋白质的三级结构进行预测,其结果都有差异。

贵州矮马、西南马和伊犁马刺豚鼠信号蛋白基因的多态性

为了探索贵州矮马、西南马、伊犁马刺豚鼠信号蛋白(Agouti signaling protein,ASIP)基因与马品种毛色之间的关系,采用缺口PCR技术分析了141份贵州矮马、西南马、伊犁马的ASIP基因型,并进行克隆测序。结果表明,扩增出的793 bp和385 bp 2个片段为ASIP基因,793 bp片段中缺失一段11 bp的核苷酸,定义为a基因型,385 bp片段结构完整,定义为A基因型;3个马群体中A等位基因在骝毛中占优势;但aa基因型对应的毛色只有小部分为黑毛,绝大部分为栗毛、骝毛和复色毛,与已知的aa基因型决定黑毛的规律不相符,说明aa基因型可能不是中国马品种黑毛的决定基因型。

新疆巴什拜羊不同毛色与有关基因多态性分析

【目的】以不同毛色(红棕色73只,黑色53只,青灰色40只)新疆巴什拜羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术检测ASIP、TYR、TYRP1和TYRP2基因多态性,并分析其与被毛表型的相关性。【方法】采用随机抽样的方法选取出三种毛色的巴什拜羊,用枸橼酸钠抗凝管进行采血。运用软件PIC-CALC和POPGENE 32计算巴什拜羊ASIP、TYR、TYRP1和TYRP2基因的多态信息含量和基因型频率、等位基因频率、纯合度、杂合度、有效等位基因数,并对该位点基因型的分布进行Hardy-Weinberg平衡的卡方检验。将所得数据输入Excel表中进行整理,并用SPSS 19.0软件进行差异性分析。【结果】ASIP基因在不同毛色的巴什拜羊群体中有两种基因型分别为AA型和AB型,等位基因B为红色被毛群体中的优势等位基因;等位基因A为黑色和青灰色两种被毛群体中的优势等位基因。处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),红色被毛多态信息含量处于中度多态,而黑色和青灰色被毛多态信息含量处于低度多态。TYR基因在不同毛色的巴什拜羊群体中有两种基因型分别为AA型、AG型和GG型,等位基因G为3种毛色的优势等位基因TYR基因在巴什拜羊黑色和青色被毛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而红色被毛群体中处于不平衡状态(P<0.05)。TYRP1基因存在两种基因型:AA型和GG型,等位基因A为红色和青灰色两种毛色的优势等位基因;等位基因G为黑色被毛群体的优势等位基因。TYRP1基因在巴什拜羊群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。红色被毛多态信息含量处于高度多态,黑色和青灰色被毛多态信息含量处于低度多态。TYRP2基因PCR-SSCP检测结果没有显示多态。【结论】ASIP、TYR、TYRP1和TYRP2基因多态性与巴什拜羊的毛色性状有相关性。