CALCOCO1与恶性肿瘤的发生发展

钙结合和螺旋结构域1(CALCOCO1)是近年来新发现的一种自噬调节蛋白,其在选择性自噬中有重要作用。编码基因CALCOCO1位于12q13.13,其编码的CALCOCO1蛋白,通过与ATG8家族蛋白结合,锚定于内质网及高尔基体上,参与内质网及高尔基体自噬,从而参与选择性自噬和早期阶段的自噬体形成。当mTOR通路被激活后,mTOR可通过自噬依赖途径调节CALCOCO1的表达。CALCOCO1在恶性肿瘤的发生、转移及治疗等方面都发挥作用。

蚕豆自噬基因鉴定及响应干旱胁迫分析

【目的】根据转录组测序结果鉴定蚕豆自噬(Augophagy, ATG)基因,分析其对干旱胁迫的响应,为深入研究该类基因在干旱胁迫下的作用机制提供理论参考。【方法】利用蚕豆干旱胁迫转录组测序(RNA-seq)数据,根据swiss-port、NCBI、Ensemble等数据库的注释,筛选和鉴定蚕豆ATG基因;通过Smart、MEGA-X、MEME等软件进行保守结构域、亚细胞定位预测、系统发育树和motif等进行生物信息学分析。基于转录组数据,分析ATG基因在蚕豆CDAS105(耐旱)和鄂蚕1号(敏感)品种中干旱胁迫下的表达差异。【结果】筛选注释得到12个蚕豆ATG基因,均含有Autophagy结构域。根据C端结构域的不同将其分成5个亚族:ATG3、ATG6、ATG8、ATG18和ATG26。蚕豆ATG基因与拟南芥、玉米、水稻、酵母共同构建的进化树,发现同一C端结构域的基因聚集在一起。亚细胞定位预测结果显示:11个蚕豆ATG基因定位于细胞外,1个ATG蛋白定位于细胞质中。基因结构分析表明,蚕豆ATG家族基因的DNA序列中均无内含子,且均由UTR区和CDS区组成。保守基序分析鉴定出这些蛋白含有20个mortif。基于干旱胁迫转录组数据的ATG基因表达模式分析结果显示,ATG18b、ATG18c和ATG8a在干旱处理16或64 h后在抗旱品种中较敏感品种表达上调,且ATG8a在抗旱品种中随着干旱处理时间的增加表达进一步增强。【结论】从蚕豆中鉴定得到了12个ATG基因,分布于5个亚家族,ATG8a、ATG18b和ATG18c响应干旱胁迫,可以作为潜在的基因资源改良蚕豆种子萌发耐旱能力。