vicK基因ATP结合位点对变异链球菌生物学功能的影响

目的构建变异链球菌UA159 vicK ATP缺失突变株,研究vicK基因ATP结合位点对变异链球菌生长、产酸耐酸、细胞外多糖(exopolysaccharides,EPS)和生物膜形成等生物学功能的影响。方法quick change法构建vicK ATP缺失突变质粒,同时引入Sma lI,Sma lI插入kan基因盒(lox71-kan-lox66),建立vicK ATP缺失同源重组载体。所获载体转化变异链球菌,卡那霉素筛选阳性菌。pCrePA质粒转化阳性菌,30℃移除kan基因,37℃去除pCrePA,同源重组法获得无标记基因组vicK ATP缺失突变株。表达纯化VicK ATP缺失蛋白,并验证其ATP激酶活性。结果成功构建UA159 vicK ATP缺失突变株和补偿株。vicK ATP突变株生长速率和pH值下降均较野生株缓慢;实验株随致死性酸处理时间延长,生存率呈下降趋势,但突变株生存率较野生株高,即耐酸性增强;突变株EPS和生物膜形成较野生株明显减少。结论vicK基因ATP结合位点对变异链球菌的生长、产酸、酸耐受、EPS和生物膜形成起着重要调控作用。

基于深度学习的蛋白质⁃ATP结合位点预测

为了提高识别蛋白质-ATP结合位点预测精度,提出了基于Inception架构的深度网络模型Inception_base,同时对网络模型和训练策略进行优化和改进,提出了新的网络模型Inception_evolution。通过两组数据集在该模型上测试,获得AUC分别为0.885和0.918,均优于其他对比机器学习方法。实验结果表明,深度学习方法可以应用于蛋白质-ATP结合位点预测问题中,该模型能够更精确预测蛋白质-ATP结合位点。