姜曲海猪ATP2B1基因克隆、生物信息学及组织表达分析

克隆姜曲海猪质膜钙转运ATP酶1(ATPase Plasma Membrane Ca2+Transporting 1,ATP2B1)基因CDS区序列,对其进行生物信息学分析,并探究ATP2B1基因在不同日龄姜曲海猪子宫组织的表达水平,以期为研究ATP2B1基因在姜曲海猪繁殖性能方面的作用提供参考依据,采用RT-PCR技术扩增姜曲海猪子宫ATP2B1基因CDS区序列,利用生物信息学软件对其进行分析,利用实时荧光定量PCR检测ATP2B1基因在1月龄和8月龄姜曲海猪子宫组织中的表达量。结果显示,姜曲海猪ATP2B1基因CDS区全长3 663 bp,编码1 220个氨基酸,与野猪同源性最高、亲缘关系最近。姜曲海猪ATP2B1蛋白分子质量约为134 737.94 u,原子总数为19 102个,理论等电点(pI)为5.63,带正电荷、负电荷的氨基酸数分别为141、161个。该蛋白最可能位于细胞膜上,为跨膜、非分泌型疏水蛋白质,有159个磷酸化位点和5个N-糖基化位点,无规则卷曲在预测的二级结构中占比最大。实时荧光定量PCR结果显示,ATP2B1基因在8月龄姜曲海猪子宫组织中的表达量显著低于1月龄姜曲海猪子宫组织(P<0.05)。本试验为探明ATP2B1基因对猪繁殖性状的影响提供了分子理论依据。

云南汉族ATP2B1基因标签SNPs与原发性高血压的关系

目的探讨I型细胞膜钙离子转运酶（ATP281）基因标签单核苷酸多态（SNPs）与云南汉族原发性高血压（EH）的相关性。方法用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法，检测1020例云南汉族人（EH组和对照组各510例）A凇B1基因12个标签SNPs（rs10506974、m10506975、rs2854371、rs957525、rs3741895、rs2681472、rs2070759、rs12423192、rs1050395、rs11105357、rs11105358和m7975689）和ATP2B1基因附近区域的rs17249754位点的多态性。结果rs17249754位点基因型和等位基因频率在EH组和对照组间的分布均具有显著性差异（P〈0．01），Logistic回归分析发现，rs17249754位点AA基因型和A等位基因使EH患病风险显著性降低（OR=0．60，95％C10．40～0．89，校正P〈0．05；OR：0．73，95％C10．60～0．88，校正P〈0．01）。结论ATP281基因附近区域rs17249754位点与云南汉族人群EH相关，rs17249754A等位基因可能是降低云南汉族EH风险的保护因子。

CDH13、ATP2B1的单核苷酸多态性与子痫前期发病的关系研究

目的探讨CDH13、ATP2B1的单核苷酸多态性(SNP)与子痫前期发病的关系。方法采用回顾性研究方法,选取2018年6月至2019年6月于济南市第五人民医院妇产科诊断为子痫前期的患者共48例作为研究组,以及同期进行孕检的健康孕妇192例作为对照组,所有纳入对象均为中国汉族妇女。选择CDH13基因的SNP位点rs11646213和ATP2B1基因的SNP位点rs2681472进行检测,分析两者与子痫前期发病的关系。结果CDH13 rs11646213位点的等位基因表现为AA、AT、TT型,其中TT型的比率较少,CDH13的SNP位点rs11646213是子痫前期发生的易感基因位点(OR=1.983,P<0.001)。ATP2B1rs2681472位点的等位基因表现为TT、CT、CC型,其中CC型表达的比率较少,ATP2B1的SNP rs2681472不是子痫前期发生的易感基因位点(OR=1.054,P=0.534)。结论CDH13的SNP位点rs11646213与中国汉族妇女子痫前期发生密切相关,而ATP2B1 rs2681472不是子痫前期发生的易感基因位点。

仔猪腹泻相关候选基因ATP2B1与HRH1在小肠组织中的表达分析

以ATP2B1、HRH1基因作为仔猪腹泻相关的候选基因,在2个品种63头猪的小肠组织中,采用实时荧光定量PCR技术对肠毒素大肠杆菌(ETEC)F4受体不同黏附表型个体进行表达量的比较分析,以验证其基因功能和作为仔猪腹泻相关候选基因的可能性.结果表明:ATP2B1基因在不同黏附表型间的表达量有显著的差异,而HRH1基因在品种间以及黏附表型间表达量差异均不显著.ATP2B1基因可望作为F4ab受体的相关候选基因,而HRH1基因仍需进一步研究.

2个猪品种的ATP2B1基因表达与ETEC F4粘附性关联分析

以ATP2B1基因作为仔猪腹泻相关的候选基因,在2个品种63头猪的小肠组织中,采用实时荧光定量PCR技术对肠毒素大肠杆菌(ETEC)F4受体不同黏附表型个体进行表达量的比较分析,以验证其基因功能和作为仔猪腹泻相关候选基因的可能性。结果表明:ATP2B1基因在不同黏附表型间的表达量有显著的差异,可望作为F4ab受体的相关侯选基因。

低盐胁迫下松江鲈ATP1A3和ATP2B1基因的表达变化规律

为了探究Na+/K+-ATP酶和Ca2+-ATP酶在松江鲈(Trachidermus fasciatus)应对低盐胁迫过程中的调节作用,本研究基于前期转录组数据,获取目标基因ATP1A3(Na+/K+-ATP酶α3亚基基因)和ATP2B1(Ca2+-ATP酶1基因)的序列信息并进行了系统进化分析。利用实时荧光定量PCR技术检测了松江鲈的鳃、肠、肾脏和肝脏组织中2个基因在2种低盐胁迫处理(盐度渐变处理,盐度变化速率为1.1/h;盐度骤变处理,盐度变化速率为27/h)下,不同时间点(0 h、12 h、24 h和48 h)的表达水平。系统进化分析结果表明,ATP1A3和ATP2B1基因分别聚类形成独立分支;在各基因分支中,松江鲈与已报道的鲈形目和鲽形目等鱼类共同聚在硬骨鱼类分支中。在2种低盐胁迫处理下,2个基因在鳃、肠、肾脏和肝脏组织中的表达量呈现不同的变化趋势。鳃组织中ATP1A3表达量在盐度渐变处理下先上升后下降,ATP2B1表达量仅在24 h显著升高;盐度骤变处理下,ATP1A3表达量显著下降,ATP2B1表达量显著上升。2种盐度渐变处理下,肠组织中ATP1A3表达量均在24 h显著下降;ATP2B1表达量在盐度渐变处理下显著上升,盐度骤变处理下在24 h显著上升。在盐度渐变处理下,肾脏组织中2个基因的表达量均在24 h显著上升至最大值;ATP1A3表达量在盐度骤变处理下显著上升,ATP2B1表达量在12 h和48 h显著上升。肝脏组织中2个基因的表达量在盐度渐变处理下均无显著变化;盐度骤变处理下,ATP1A3表达量持续显著上升,ATP2B1表达量在48 h显著上升。结果表明,低盐胁迫处理显著影响了ATP1A3和ATP2B1基因的表达水平,但2个基因的表达量变化规律存在显著性差异。上述结果为探讨Na+/K+-ATP酶和Ca2+-ATP酶在鱼类渗透压调节过程中的作用及洄游性鱼类适应盐度变化的分子调控机制提供了理论依据。

山东汉族人群ATP2B1基因单核苷酸多态性与原发性高血压的关系

探讨山东汉族人群细胞膜钙离子转运酶1(ATP2B1)基因单核苷酸多态性与原发性高血压的关系。方法选择450例山东地区汉族原发性高血压患者为病例组,450例健康体检者为对照组。采用高分辨率溶解曲线法观察ATP2B1基因6个单核苷酸多态性位点(rs2854371、rs957525、rs2681472、rs2070759、rs11105357和rs17249754)的基因型。结果两组受检者ATP2B1基因上述6个单核苷酸多态性位点基因型和等位基因分布相比,P均>0.05。结论山东汉族人群ATP2B1基因单核苷酸多态性与原发性高血压无关。

ATP2B1基因多态性与高血压关系的研究进展

原发性高血压作为一种复杂疾病,其致病机理除了环境因素诱因外,遗传占有很大一部分。近年来随着测序技术的飞速发展,全基因组关联分析作为一种高效的统计遗传学手段使人们对多因素疾病背后复杂的遗传因素认识不断加深。现今已知与原发性高血压的关联的基因高达150多种,其中又以ATP2B1最为显著。无论是在欧洲还是东亚,其在不同人种中与原发性高血压的关联都具有显著的统计学意义。在此通过本文来探讨ATP2B1基因多态性与原发性高血压的关系。

The Genetic Polymorphism of ATP2B1 associated with Essential Hypertension

Objective:The pathogenesis for hypertension is complicated. Except environmental factors, genetic variations are a large part of reasons account for hypertension. With the rapid development of sequencing techniques, genome wide association study (GWAS) provide an effective method for understanding the complicated genetic backgroundof multifactorial diseases. More than 150 genes associated with essential hypertension were knew today, of which, ATP2B1 is most prominent. Whether in Europe or in East Asia, the association between essential hypertension and ATP2B1 is statistically significant in different people with different genetic background. Here we reviewed the relationship between genetic polymorphisms of ATP2B1 and essential hypertension.

ATP2B1基因单核苷酸多态性及基因-吸烟交互作用与原发性高血压的关联研究

目的：探讨ATP2B1基因单核苷酸多态性及基因-吸烟交互作用与原发性高血压的关联性。方法以医院资料为基础采用病例对照方法，分析哈尔滨医科大学附属第二医院1280例原发性高血压住院患者和1010名当地汉族健康体检对照者。使用德国QIAGEN公司试剂盒提取人血全基因组DNA，应用Snapshot技术检测ATP2B1基因rs17249754位点和对照位点rs6253单核苷酸多态性，利用SPSS 19.0统计软件进行数据分析。结果 ATP2B1基因rs17249754位点等位基因G的频率在病例组和对照组间的差异有统计学意义（OR＝1.223，95%CI：1.083～1.381，P＝0.001），调整性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒后，差异有统计学意义（OR＝1.212，95%CI：1.070～1.373， P＝0.003）。对照位点rs6253等位基因频率在两组间的差异无统计学意义。在不同的生物学模式下，基因型频率的分布均表现出显著差异性：加性模型OR＝1.469，95%CI：1.121～1.925，P＝0.005；显性模型OR＝1.324，95%CI：1.029～1.704，P＝0.029；隐性模型OR＝1.123，95%CI：1.031～1.223，P＝0.008。病例组中，吸烟者所占的比例显著高于对照组（P＝0.005）。调整性别、年龄、BMI、饮酒后，基因位点rs17249754和吸烟的交互作用对原发性高血压的影响无统计学意义（OR＝1.024，95%CI：0.614～1.707）。结论 ATP2B1基因rs17249754位点单核苷酸多态性与北方汉族人群原发性高血压的易感性显著关联；基因与吸烟的交互作用未发现与原发性高血压相关联。

ATP2B1基因多态性与老年高血压动脉硬化的相关性

目的探讨ATP2B1基因多态性与老年高血压患者动脉硬化的相关性。方法采用SnaPshot技术分析185例高血压患者ATP2B1rs2681472多态性;检测臂-踝脉搏波传导速度(ba-PWV)和踝臂指数(ABI)。结果 ATP2B1rs2681472三种基因型之间,携带T等位基因患者(CT/TT)的ba-PWV和ABI值较CC基因型更高(P<0.05)。多元回归分析显示,ATP2B1rs2681472多态性是影响ba-PWV和ABI的主要因素。结论 ATP2B1rs2681472基因多态性与老年高血压患者的动脉硬化相关。

ATP2B1基因多态性与患者发生缺血性卒中的相关性研究

目的 探讨三磷酸腺苷(ATP)2B1基因多态性与患者缺血性卒中(cerebral ischemic stroke, CI)发病的相关性。方法 纳入CI患者(观察组)和体检健康者(对照组)各100例,抽取4 mL静脉血,对ATP2B1基因启动子区rs19203、rs13412和rs28313的单核苷酸多态性进行分类。检测基因型分布频率是否符合遗传平衡规律,分析等位基因及基因多态性位点与CI发生的相关性。并进一步分析ATP2B1基因多态性与CI患者不同血管内皮生长因子(VEGF)表达水平的关系。结果 观察组吸烟史、酗酒史、空腹血糖、入院收缩压及舒张压与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05),Hardy-Weinberg分析显示3个ATP2B1基因位点的多态性符合遗传平衡分布(r^(2)<0.33)。遗传相关分析显示,ATP2B1 rs19203和rs13412多态性和等位基因与CI的发生具有统计学相关性(P<0.05),rs28313多态性和等位基因与CI的发生无明显相关(P>0.05)。rs19203和rs13412多态性与VEGF的表达水平之间存在统计学相关性(P<0.05)。结论 ATP2B1基因启动子区的rs19203和rs13412与CI的发生和VEGF表达有关。

ATP2B1基因多态性协同PTEN水平与新疆地区子痫前期及妊娠结局的关系

目的分析质膜Ca^(2+)-ATP酶1(ATP2B1)基因多态性协同第10号染色体缺失性磷酸酶和张力蛋白同源物基因(PTEN)水平与新疆地区子痫前期及妊娠结局的关系。方法将2019年1月至2020年2月就诊于新疆维吾尔自治区人民医院的90例子痫前期患者纳入病例组,另将同期于该院孕检的100例孕妇纳入健康组。通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术测定两组ATP2B1基因rs2681472、rs17249754、rs2070759位点的单核苷酸多态性(SNP),分析不同位点对应PTEN水平的差异,并分析ATP2B1基因多态性协同PTEN水平与子痫前期及妊娠结局的关系。结果病例组ATP2B1基因rs2681472位点TT基因型频率比对照组高(P<0.05);两组rs2681472位点C、T等位基因频率相比,差异有统计学意义(P<0.05);病例组ATP2B1基因rs17249754、rs2070759位点不同基因型及等位基因频率与对照组相比,差异均无统计学意义(P>0.05);病例组PTEN水平[(120.13±30.65)ng/L]比对照组[(213.06±25.94)ng/L]低(P<0.05);ATP2B1基因rs2681472位点TT型的PTEN水平<CT型<CC型,差异有统计学意义(P<0.05);ATP2B1基因rs2681472位点多态性协同PTEN水平预测子痫前期的ROC曲线下面积为0.873;不良妊娠组ATP2B1基因rs2681472位点TT基因型频率比正常妊娠组高,PTEN水平比正常妊娠组低(P<0.05)。结论对于新疆地区,ATP2B1基因rs2681472位点中的TT基因型可能是诱发子痫前期及不良妊娠结局的风险因素,且协同PTEN水平有助于预测子痫前期。

野生型与突变型ATP6V1B2基因表达载体的构建及功能鉴定

目的构建ATP6V1B2基因野生型及c.1516 C>T突变型和绿色荧光蛋白基因PEGFP的真核共表达载体,为指导ATP6V1B2基因的功能研究奠定基础。方法应用基因重组技术、限制性内切酶酶切技术、定点诱变及基因测序方法,构建并鉴定野生型(pIRES2-EGFP-ATP6V1B2)和突变型(pIRES2-EGFP-ATP6V1B2-c.1516 C>T)真核表达质粒。经脂质体介导转染293细胞系,荧光显微镜下观察二者的表达。检测转染细胞内V-ATPase的水解活性和H+转运活性。结果阳性重组子经酶切鉴定野生型和含有c.1516 C>T突变型ATP6V1B2基因片段,基因测序结果正确。重组野生型和突变型真核表达质粒转染293细胞系24小时后,荧光显微镜下可见胞浆内有绿色荧光表达。转染48小时后检测突变型真核表达质粒转染的细胞V-ATPase水解活性降低,细胞溶酶体PH值升高。结论本研究成功地构建了ATP6V1B2基因野生型及c.1516 C>T突变型和PEGFP基因的真核共表达载体,且能在293细胞系中表达,功能研究证实c.1516 C>T突变导致V-ATPase水解活性降低,H+转运活性下降,细胞溶酶体酸度减低。

DDOD综合征ATP6V1B2基因新发变异及遗传学分析

目的对一例DDOD综合征先证者进行基因突变检测和遗传学分析,探讨ATP6V1B2致病基因突变与先证者临床特征的联系,为该家系的遗传咨询提供依据。方法收集一例先天性感音神经性聋伴指骨、牙齿发育异常的先证者(女,6岁)及其父母的临床资料,提取先证者及父母的外周全血基因组DNA,采用二代测序(next-generation sequencing,NGS)法筛查先证者的潜在致病基因位点,用Sanger测序法对变异位点进行验证,用遗传学数据库资料和生物信息学分析软件对变异位点进行分析。结果二代测序和Sanger测序结果共同显示先证者存在ATP6V1B2 c.1517G>A (p.R506Q)杂合突变,其父母表型均正常且未检出相应的异常突变;遗传学数据资料和相关文献检索显示ATP6V1B2 c.1517G>A (p.R506Q)为新发突变;生物信息学软件分析显示,ATP6V1B2 c.1517G>A突变会对蛋白质的二级结构和理化性质产生一定影响,从而导致DDOD综合征者指骨和牙齿发育不全等表型异常。结论先证者ATP6V1B2 c.1517G>A (p.R506Q)为新发的致病性突变,该突变可能导致先天性聋伴甲发育不全综合征的发生。

ATP6V1B2基因变异所致显性遗传性耳聋-甲发育不全综合征的临床特点和遗传学分析

目的 探讨1例ATP6V1B2基因变异所致显性遗传性耳聋-甲发育不全综合征(DDOD综合征)的临床表型和遗传学特征。方法 回顾分析2023年4月于中山市小榄人民医院儿科收治的1例以耳聋、指(趾)甲畸形6年、语言发育落后5年为主诉的DDOD综合征患儿为研究对象。采集该患儿的临床数据资料,采用全医学外显子组测序(WES)对患儿及其父母行遗传学分析,并回顾国内外文献报道,归纳ATP6V1B2基因变异所致DDOD综合征病例的临床特点以及遗传学特征。结果 患儿,女,6岁龄,临床特点为耳聋、语言发育落后、指(趾)无指甲。全医学外显子测序结果提示其携带ATP6V1B2基因c.1516C>T无义变异,现国内尚未见本疾病的个案报道。连同7篇外文文献报道的11个家系,共检出ATP6V1B2基因变异2个,11个家系均为新发突变,有3例为显性遗传患者。结论 ATP6V1B2基因c.1516C>T(p.Arg506*)无义变异是本例患儿的致病原因。本研究丰富了ATP6V1B2变异引起的DDOD综合征临床特点。对于耳聋、指(趾)甲畸形、语言发育落后的患儿,需尽早完善基因检查明确病因。

冠心病新的长链非编码RNA loc338758生物学功能研究

目的中国人冠心病全基因组关联研究鉴定了4个新的冠心病易感区域,其中12q21.33区域中rs7136259位点附近有一个功能未知的长链非编码RNAloc338758,本研究旨在探索loc338758在动脉粥样硬化及冠心病发生中的生物学功能。方法应用实时荧光定量聚合酶链反应检测一般人群和冠心病患者、对照人群外周血单个核细胞RNA中loc338758及其邻近基因ATP2B1mRNA的表达水平;应用ENCODE数据库分析loc338758所在基因组片段的功能调控元件;应用双荧光素酶报告基因系统检测包含loc338758的基因组片段的转录调控作用;构建、包装过表达loc338758的腺病毒,在人脐静脉内皮细胞中过表达loc338758,应用实时荧光定量聚合酶链反应检测loc338758临近基因ATP2B1的mRNA表达水平,应用蛋白质印迹技术检测ATP2B1蛋白表达水平。结果在一般人群样本中loc338758mRNA水平与冠心病易感位点rs7136259的疾病风险等位基因T的基因型分布显著相关。与对照组相比,loc338758mRNA水平在冠心病病例组中显著上升,而ATP2B1基因mRNA表达水平在冠心病病例组中显著下降。ENCODE数据库分析显示在血管内皮细胞中loc338758所在基因组片段具有丰富的转录调控元件。双荧光素酶报告基因结果表明包含loc338758的基因组片段显著抑制基因的转录活性。在人脐静脉内皮细胞中腺病毒介导的loc338758过表达显著抑制ATP2B1基因mRNA和蛋白表达水平。结论冠心病易感区域12q21.33中新的长链非编码RNAloc338758具有抑制基因转录活性的作用,能够抑制临近基因ATP2B1的表达。提示loc338758可能通过负调控ATP2B1基因的表达,从而影响内皮细胞功能紊乱,参与动脉粥样硬化及冠心病的发生和发展。

耳聋甲发育不全综合征

遗传性耳聋是最常见的人类遗传疾病之一,平均1 000人中就有1名为出生时即形成听力障碍的先天性耳聋患者。遗传性耳聋具有广泛的遗传异质性,30%为综合征型耳聋,70%为非综合征型耳聋。人们对遗传性耳聋的认识是从综合征型耳聋家系的分析开始的,如Usher综合征、Waardenburg综合征等。

ATP6V1B2基因突变所致疾病及发病机制

ATP6V1B2(ATPase H+ transporting V1 subunit B2)基因突变可导致显性遗传性耳聋-甲发育不全(dominant deafness and onychodystrophy,DDOD,MIM124480)综合征和Zimmermann-Laband综合征2(ZLS2,MIM616455)。DDOD综合征的患者临床表现为先天性感音神经性耳聋和甲发育不良,最新研究表明患者还存在学习和认知问题。ZLS2综合征的患者表现为牙龈异常增生、甲发育不良和智力障碍,但是若突变位点偏向ATP6V1B2蛋白中心,则突出表现为智力障碍和癫痫,而没有明显的牙龈异常增生和甲发育不良。ATP6V1B2基因编码液泡型质子转运ATPase蛋白(vacuolar proton transporter ATPase,V-ATPase)V1结构域的中B2亚基,V-ATPase对维持细胞内和细胞器正常的酸碱环境至关重要。目前认为该基因的致病性变异所导致的V-ATPase功能障碍和溶酶体酸化异常可能是DDOD综合征和ZLS2发病的分子基础。对Atp6v1b2 c.1516C>T基因敲入小鼠的深入研究发现:Atp6v1b2Arg506X / Arg506X的小鼠存在明显认知障碍,海马CA1区受损可能是其病理基础。B2亚基和E亚基的相互作用减弱可能是V-ATPase功能障碍的潜在分子机制。深入分析比较ATP6V1B2基因致病突变所导致的疾病表型,并对致病突变进行功能研究有着重要的意义。