ATP4A联合ATP4B可作为胃癌早期诊断及判断预后的生物标志物

目的利用生物信息学筛选出潜在的具有早期诊断及判断胃癌预后的生物标志物。方法应用GEO2R从GEO数据集筛选出差异表达基因,应用GO/KEGG进行功能富集分析,使用STRING工具生成蛋白互作网络,再利用Cytoscape的MCODE插件鉴定出Hub基因。使用HPA分析Hub基因在胃癌组织中的表达情况,基于Kaplan-Meier分析预后生存曲线。结果从GSE13911、GSE19826、GSE29272三个数据集得到105个有交集的DEGs,它们主要参与代谢途径。筛选出蛋白互作节点共75个,最后得到10个Hub基因,其中发现ATP4A和ATP4B有明显相关性(r=0.699,P<0.001),且发现ATP4A和ATP4B在胃癌组织细胞浆中表达升高,与预后差呈正相关。结论ATP4A和ATP4B可能作为胃癌潜在的早期诊断及判断预后的生物标志物。

PMCA1-4及其A端和C端剪接变异体在成年大鼠前庭组织中的表达

目的研究质膜钙ATP酶异构体1-4(plasma membrane Ca^(2+)-ATPase 1-4,PMCA1-4)在成年大鼠前庭组织的分布部位,及其A端和C端剪接变异体的表达类型。方法选择8周龄健康SD大鼠,解剖出内耳器官行前庭切片,同时取前庭椭圆囊斑和球囊斑提取总RNA。通过免疫荧光方法检测PMCA1-4在成年大鼠内耳前庭组织的表达部位,通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测PMCA1-4的A端和C端剪接变异体在成年大鼠前庭组织的表达类型。结果球囊和椭圆囊荧光染色切片中,于毛细胞和支持细胞的胞体外侧膜可见PMCA1表达,毛细胞纤毛中可见PMCA2强表达,毛细胞和支持细胞的胞体外侧膜可见PMCA3弱表达,PMCA4几乎不表达。4种PMCA亚型在球囊表达的剪接体分别为PMCA1x/b、PMCA2w/b、PMCA3z/(a,b)和PMCA4x/b,它们在椭圆囊的表达类型与球囊相同。结论PMCA1-4在成年大鼠前庭器官的表达部位存在差异,这4种PMCA亚型的剪接体类型也各不相同。这种差异性可能是为了满足前庭组织和亚细胞结构域对Ca2+调节的特殊需求。

1-苯基2-硫脲对Tg(abcb4:eGFP)斑马鱼肿瘤多重耐药相关基因表达的影响

目的探讨去色素药物1-苯基2-硫脲(PTU)对Tg(abcb4:eGFP)斑马鱼肿瘤多重耐药相关基因abcb4及其标记基因egfp表达的影响及可能机制。方法选取受精后24 h(24 hpf)Tg(abcb4:eGFP)斑马鱼胚胎做药物暴露实验,分为Control、PTU以及PTU+RES 3个组;持续用药96 h,通过荧光显微镜拍照检测各组斑马鱼胃肠道荧光强度;RT-qPCR检测abcb4、egfp及pxr基因mRNA,Western Blot检测abcb4、egfp蛋白(Abcb4、eGFP)的表达,罗丹明B积累实验检测不同组Abcb4功能。结果与Control组相比,PTU组Tg(abcb4:eGFP)斑马鱼荧光表达增强(P<0.01),PTU+RES组荧光变化不明显(P>0.05);PTU组abcb4、egfp及pxr基因mRNA表达均增加(P<0.005),PTU+RES组pxr基因mRNA表达增加(P<0.005),abcb4、egfp基因mRNA表达无明显变化(P>0.05);PTU组abcb4、egfp蛋白表达均增加(P<0.005),PTU+RES组无明显变化(P>0.05);PTU组Abcb4功能增强(P<0.01),PTU+RES组无明显变化(P>0.05)。结论PTU可诱导Tg(abcb4:eGFP)斑马鱼abcb4和egfp表达增加,核因子pxr可能参与PTU对abcb4和egfp的诱导调节过程,在应用PTU去色素处理的Tg(abcb4:eGFP)斑马鱼进行药物筛选时需注意PTU对abcb4和egfp表达的影响。

小鼠和大鼠NS5ATP4同源基因序列的生物信息学分析

目的:克隆、鉴定、分析小鼠和大鼠NS5ATP4基因序列, 确定编码产物序列,并对于其与人的NSSATP4基因及其编码产物的序列的同源性进行分析. 方法:利用基因芯片技术获得了人NS5ATP4的cDNA序列,利用生物信息学技术确定小鼠、大鼠的NS5ATP4的基因及其编码产物的序列,并对于其同源性进行生物信息学分析. 结果:利用生物信息学技术确定了小鼠和大鼠的NS5ATP4 的基因及其编码产物的序列,小鼠和大鼠的NS5ATP4编码基因区分别由762和756个核苷酸(nt)组成.编码产物分别由263和261个氨基酸残基(aa)组成.与人NS5ATP4基因和蛋白质一级结构序列的同源性分别为90.29%,84.25%和95.65%,86.96%. 结论:应用生物信息学技术确定了小鼠和大鼠的NS5ATP4 的基因及编码产物的序列.

新基因NS5ATP4表达产物下调细胞周期素B2基因表达的研究

目的探讨新基因NS5ATP4表达产物对细胞周期素B2(cyclinB2)基因启动子转录的调节作用。方法根据文献确定细胞周期素B2的启动子区域,聚合酶链反应(PCR)扩增细胞周期素基因因启动子(B2p),克隆至真核报告基因表达载体pCAT3Basic中,构建pCAT3cyclinB2p报告载体;以该质粒转染肝癌细胞系HepG2细胞系,用酶联免疫吸附法(ELISA)检测报告基因氯霉素乙酰转移酶(CAT)的表达活性并与pcDNA3.1()NS5ATP4共转染HepG2细胞系,用ELISA法检测CAT的表达活性。结果成功获得细胞周期素B2启动子的正确克隆。pCAT3cyclinB2p和pcDNA3.1()NS5ATP4共转染的HepG2细胞的CAT表达活性是pCAT3Basic空载体的10倍,pCAT3cyclinB2p的0.14倍。结论本文克隆的细胞周期素B2启动子有顺式调节下游基因表达的活性,NS5ATP4对细胞周期素B2基因的转录具有下调作用。

遗传性远端肾小管性酸中毒合并耳聋相关基因Atp6v0a4在小鼠内耳发育过程中的表达

目的常染色体隐性遗传远端肾小管酸中毒是一种严重的酸碱平衡紊乱性疾病,常常合并有感音神经性聋,ATP6V0A4被证实是其致病的相关基因,目前仍不明确致病机制。我们拟通过研究Atp6v0a4在不同发育阶段小鼠的内耳表达来探究ATP6V0A4在听觉系统形成中的作用。方法选择不同发育时期健康的昆明小鼠(E18,P1,P7,P14,P21),应用免疫荧光标记技术结合激光共聚焦显微镜观察Atp6v0a4蛋白在内耳的定位与表达。West-ern-blot定性定量研究该蛋白在不同时期小鼠内耳蛋白表达变化。结果 Atp6v0a4蛋白主要表达部位为耳蜗内毛细胞、外毛细胞、血管纹、内淋巴囊以及螺旋神经节,且在不同发育阶段表达位置稳定。Western-blot结果提示Atp6v0a4在小鼠内耳广泛表达,在不同发育阶段,Atp6v0a4在Corti’s器及螺旋神经节及血管纹中表达相对稳定,而在前庭组织中表达下降。结论通过对不同发育阶段的小鼠耳蜗切片进行Atp6v0a4蛋白表达分析研究,明确了Atp6v0a4在小鼠内耳的表达,为深入研究Atp6v0a4在内耳发育过程中的作用和致聋机制奠定了基础。

氧化铈-钒酸铁/凹土对染料废水脱色处理

把凹土作为载体来制备对废水进行脱色的催化剂,是现在废水脱色处理研究的热点。将CeO_2-FeVO_4/ATP和H_2O_2组成非均相类Fenton体系对红色基GP染料废水进行脱色研究。主要考察研究CeO_2-FeVO_4/ATP的加入量、脱色时间、脱色温度、pH值以及H_2O_2用量对染料废水脱色率的影响。实验结果表明:在CeO_2-FeVO_4/ATP的加入量为2 g/L,脱色时间为1 h,pH值为6,脱色温度为313 K,H_2O_2用量为9 mL/L时脱色率达到99%。

猪ATP6V0A4基因启动子核心区的筛选与分析

ATP6V0A4基因编码V-ATP酶的一个亚基,与H+转运相关,是遗传性远端肾小管性酸中毒的致病基因。在前期研究中发现,民猪在遭受冷应激后其背脂中ATP6V0A4基因的转录水平发生了显著上升(P<0.05)。为了分析ATP6V0A4基因在转录水平的调控机制,构建了一系列长度不同的含有该基因5′端启动子区域的双荧光素酶报告基因质粒,转染PK15细胞并检测双荧光素酶的相对活性。根据检测结果,利用重叠PCR技术定点靶序列,预判可能存在的转录调控因子。结果发现,该基因启动子区的-1504~-1 bp片段具有转录活性,通过2轮启动子截短试验后判定-265~-1 bp区域内存在正调控元件,-581~-265 bp区域内存在负调控元件。定向缺失-205~-190 bp,-120~-110 bp小片段后,确定-205~-190 bp区域内存在调控该基因转录的正调控元件结合位点,通过在线软件预测后发现E2F3、SP2、EGR1、E2F6、CTCFL、E2F1、SP1和ETF可能是该基因的正调控转录因子。首次克隆了猪的ATP6V0A4基因的启动子区域并进行了转录因子结合位点的筛选与鉴定,为后续研究其在冷应激状态下的转录调控奠定了基础。

转基因重组质粒ATP4B-SV40T-IRES-GFP的构建及鉴定

目的:构建ATP4B-SV40T-IRES-GFP重组质粒并进行鉴定.方法:根据小鼠ATP4B启动子序列设计引物,获得的小鼠ATP4B基因启动子序列,并加入限制性内切酶酶切位点.将其装入载体IRES-GFP,获得重组载体ATP4B-IRES-GFP并进行酶切鉴定.之后将SV40T基因克隆入ATP4B-IRES-GFP载体,并用限制性内切酶PstI和AseⅠ进行验证.结果:将小鼠ATP4B启动子序列插入IRES-GFP载体,经过酶切验证获得正确的ATP4B-IRES-GFP质粒;将SV40T片段插入ATP4B-IRES-GFP,质粒测序及酶切结果验证获得正确的ATP4B-SV40T-IRES-GFP重组质粒.显微注射入小鼠受精卵可获得阳性小鼠.结论:成功构建ATP4B-SV40T-IRES-GFP重组质粒,可用于下一步构建原发性胃癌转基因小鼠.

食蟹猴疟原虫 (Plasmodium cynomolgi)中一个真核翻译起始因子4A(eIF-4A)同源蛋白的cDNA克隆、表达和ATP酶活性测定(英文)

真核翻译起始因子 4A(eukaryoticinitiationfactor 4A ,eIF 4A)是DEAD盒蛋白家族的ATP依赖性的RNA解旋酶类中的一个原型成员 .它在真核细胞的蛋白质合成的起始过程中起着关键性作用 .通过PCR扩增和放射探针杂交相结合的方法筛选食蟹猴疟原虫 (Plasmodiumcynomolgi)的cDNA文库 ,克隆了一个eIF 4A同源蛋白的完整cDNA序列 ,命名为CH1F .CH1F全长 1 75 3bp ,包含一个1 1 97bp的完整阅读框 ,推测编码一个由 398个氨基酸组成的蛋白 .对CH1F的蛋白序列用BlastP进行搜索和分析 ,提示它应该是DEAD盒家族的一个eIF 4A同源蛋白 ;用DNAStar将其与许多典型的DEAD盒蛋白序列进行比对分析 ,结果显示 :比起其它的DEAD盒蛋白 ,它与eIF 4A或eIF 4A的同源蛋白具有更高的同源性和更多序列上的相似结构域 .将包含完整阅读框的片段亚克隆进表达载体pET 2 8a (+) ,在大肠杆菌DH5α中表达 ,产生的融合蛋白大小在 4 5kD左右 .对该融合蛋白进行纯化、重新折叠和初步鉴定 .ATP酶活性检测显示 ,该融合蛋白只有很低的ATP酶活性 ,而且它的ATP酶活性似乎不依赖于核酸底物 .对这一检测结果给出 3种可能的原因 .这一检测结果与根据序列分析得到的推论———CH1F蛋白可能是一个eIF

ATP4B在不同程度胃黏膜病变中的表达及其与幽门螺杆菌感染的关系

目的研究ATP4B在胃黏膜病变演化过程中的表达变化,并探讨其与幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染的关系。方法根据组织形态学检查将221例胃镜活检标本分为慢性浅表性胃炎(CSG)、慢性萎缩性胃炎(CAG)、肠上皮化生(IM)和异型增生(Dys)4组;采用免疫组织化学方法检测ATP4B的表达情况;根据胃镜检查时快速尿素酶试验结果确定Hp感染状态。结果 ATP4B表达水平随胃黏膜病变演化而降低,在4组的表达率分别为51.4%、15.4%、15.9%及5.0%,CSG组ATP4B表达水平显著高于其他各组(P<0.05)。CSG组中Hp阳性标本ATP4B的表达率为33.3%,显著低于其在Hp阴性标本中的表达率(59.7%,P<0.05);在另外3组中,Hp阳性标本与阴性标本ATP4B的表达率差异无统计学意义(P>0.05)。结论在胃黏膜病变演化过程中,ATP4B的表达随胃黏膜病变的进展而降低;Hp在胃黏膜病变演化的早期阶段抑制了ATP4B的表达。

质膜钙ATP酶异构体1～4的剪接体在新生大鼠前庭器官的表达

目的研究质膜钙ATP酶异构体(plasma membrane Ca^(2+)-ATPase isoforms,PMCAs)1~4(PMCA1~4)的A端和C端剪接变异体在新生大鼠前庭器官的表达。方法取出生2天的健康SD大鼠10只,断头后分离出前庭器官(椭圆囊斑和球囊斑),提取总RNA,通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,检测PMCA1~4的A端和C端剪接变异体的表达。结果在新生大鼠的椭圆囊斑和球囊斑PMCA1~4表达的剪接体分别为PMCA1x/b,PMCA2w/(a、b),PMCA3z/(a、b、c)和PMCA4(x、z)/b。结论在新生大鼠前庭器官,PMCA1、PMCA2、PMCA3和PMCA4之间表达的A端和C端剪接变异体类型均不同,这可能是由于椭圆囊斑和球囊斑对这些PMCA亚型有着不同的Ca2+调节需求。

应用高通量测序技术对远端肾小管酸中毒家系进行基因诊断

目的对2例远端肾小管酸中毒家系进行基因突变分析。方法收集远端肾小管酸中毒患儿病历资料,应用高通量测序技术对患儿基因组DNA进行突变筛查,Sanger测序方法对患儿及家系成员进行验证,对可疑突变进行生物信息学预测。结果测序结果显示病例1患儿携带ATP6V0A4基因c.1185delC和c.1418C>T复合杂合突变;病例2患儿携带ATP6V0A4基因c.639+1G>A和c.2227C>T复合杂合突变; 2例患儿的突变均分别遗传自父母。c.1418C>T和c.2227C>T突变均未见报道,经生物信息学预测为有害突变,根据美国医学遗传学与基因组学会遗传变异分类指南均归类为可能致病性变异。结论发现ATP6V0A4基因2个新的备选突变位点,为基因检测和诊断治疗提供借鉴。

粟酒裂殖酵母蛋白Atp4定位和功能的研究

研究粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中Atp4的定位和参与线粒体功能的机制。借助于基因敲除、荧光显微镜观察、线粒体提取、生化试剂处理和Western blotting等技术开展研究。在甘油培养基上,Δatp4突变菌株表现出生长缺陷,是线粒体呼吸缺陷菌;Fluorescence microscope观察到用GFP标记的Atp4和线粒体是共定位的;采用生化试剂TritonX-100和蛋白酶K处理以及碳酸钠处理Atp4-Flag和yHL6381线粒体,结果表明Atp4定位在线粒体内膜;Western blotting实验结果表明Atp4缺失导致Cob1、Cox1、Cox2和Atp6表达量剧烈下降,Cox3和Cox4蛋白表达量也有略微下降。综上所述,Atp4在线粒体内膜发挥功能,对于维持线粒体编码蛋白的正常表达至关重要,是线粒体呼吸链功能的发挥所必需的。

ATP6V0A4基因变异致新生儿远端肾小管酸中毒1例报告及5年随访结果

目的分析新生儿远端肾小管酸中毒(DRTA)的基因型、临床特点及远期发育情况。方法回顾分析1例DRTA患儿的临床资料。结果足月顺产女婴,生后体质量不增、睡眠差、哭闹、轻度脱水等。多次血气分析提示严重的高氯性酸中毒、低钾血症,碱性尿液,肾脏钙质沉着。高通量基因测序显示患儿ATP6V0A4基因有复合杂合变异,分别是来自父亲的C.2351dupT移码变异(编码区第2351号插入胸腺嘧啶,导致氨基酸改变p.F785Ifs^(*)28)和来自母亲的C.1504dupT移码变异(编码区第1504号插入胸腺嘧啶,导致氨基酸改变p.Y 502 Lfs^(*)22),此变异为致病性变异,符合常染色体隐性DRTA诊断。患儿经枸橼酸合剂治疗5年,生长发育追赶至正常,无明显并发症。结论新生儿期DRTA,要高度警惕遗传性致病因素,必要时行基因测序以明确诊断,尽早干预。

Wnt/β-catenin信号通路参与化疗药物诱导的转基因斑马鱼abcb4基因的表达和耐药

目的探讨斑马鱼耐药基因ATP结合盒亚家族B成员4(ABCB4)与Wnt/β联蛋白(β-catenin)信号通路的关系。方法取野生型斑马鱼和转基因斑马鱼均设置空白对照组、阿霉素处理组、长春碱处理组、吉非替尼处理组、阿霉素联合吉非替尼处理组、长春碱联合吉非替尼处理组。每组100枚胚胎分别进行药物处理至第5天,每组取第5天斑马鱼幼鱼50枚进行实验。采用罗丹明123实验检测野生型斑马鱼耐药程度,酶标仪检测转基因的斑马鱼荧光强度,活细胞工作站检测荧光分布位置。Western blot法检测转基因的斑马鱼β-catenin、糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)、 ATP结合盒亚家族B成员4(ABCB4)、增强型绿色荧光蛋白(EGFP)的蛋白水平。结果罗丹明123实验证实经阿霉素和长春碱药物暴露后的斑马鱼体内产生耐药, EGFP荧光强度检测结果表明经阿霉素和长春碱药物暴露后的转基因斑马鱼荧光强度高,经阿霉素和长春碱药物暴露后的转基因斑马鱼体内β-catenin的累积升高伴随着EGFP和ABCB4蛋白的增加。结论斑马鱼体内Wnt/β-catenin信号通路参与斑马鱼abcb4基因的激活与耐药。

外周血CD4^(+)PD-1^(+)Tcells及CD4^(+)T淋巴细胞ATP含量与复发性卵巢癌疗效的相关性分析

目的 探讨外周血CD4^(+)程序性细胞死亡受体-1(PD-1)^(+)T cells及CD4^(+)T淋巴细胞三磷酸腺苷(ATP)含量与复发性卵巢癌疗效的相关性。方法 选取30例复发性卵巢癌患者为复发组,30例未复发卵巢癌患者为非复发组;另选取30名同期体检健康者作为对照组。评估外周血CD4^(+)PD-1^(+)T cells及CD4^(+)T淋巴细胞ATP含量与复发性卵巢癌疗效的相关性。结果 复发组和非复发组的CD4^(+)PD-1^(+)T cells较对照组明显升高(P<0.05)。复发组和非复发组的CD4^(+)T淋巴细胞ATP含量较对照组明显降低(P<0.05)。复发组治疗后CD4^(+)PD-1^(+)Tcells显著低于治疗前(P<0.05),治疗后CD4^(+)T淋巴细胞ATP含量显著高于治疗前(P<0.05)。CD4^(+)PD-1^(+)T cells与复发性卵巢癌疗效成负相关(r=-0.393,P=0.039),CD4^(+)T淋巴细胞ATP含量与复发性卵巢癌疗效成正相关(r=0.449,P=0.031)。结论 复发性卵巢癌患者外周血CD4^(+)PD-1^(+)T cells及CD4^(+)T淋巴细胞ATP含量与疗效密切相关。

真菌中的脂质不对称调节和P4型ATP酶

脂质组分在双分子膜中不对称分布是广泛存在于真核细胞中的现象,有助于膜系统的出芽和融合,从而促进胞吞胞吐、蛋白分选运输等生理过程。多种蛋白参与维持脂质不对称,其中P4型ATP酶是重要的脂质转运体。P4型ATP酶又称脂质翻转酶,主要介导氨基磷脂的转位。在酿酒酵母、新生隐球菌、白念珠菌和构巢曲霉中,多种P4型ATP酶亚基的缺失导致蛋白运输失常,对唑类药物的敏感性升高,细胞壁完整性受损,毒力减低,在巨噬细胞中生存能力减弱等表型,提示脂质翻转酶的重要性及其作为抗真菌靶点的潜力。

ABCC4基因表达对前列腺癌免疫微环境的影响

目的:探究ATP结合盒亚家族C成员4(ABCC4)基因在前列腺癌(PCa)中的表达,分析ABCC4对PCa肿瘤免疫微环境(TME)的影响。方法:使用GEO数据库中的GEO2R计算PCa与癌旁组织的差异表达基因。通过GEPIA2数据库探究ABCC4基因在PCa中的表达。将从UCSC Xena数据库下载的TCGA中的PCa数据分为ABCC4基因高、低表达组。使用clusterprofafiler R包进行GO分析和基因集富集分析(GSEA)。利用TISIDB数据库、ESTIMATE和CIBERSORT分析ABCC4基因表达与免疫指标的相关性。结果:PCa组织中ABCC4基因表达高于癌旁组织(P<0.05)。ABCC4高表达组PCa患者生存能力较差。在GSEA中,ABCC4低表达组中Th1和Th2细胞分化通路被激活,ABCC4基因可能在PCa的TME中起作用。TISIDB分析证实ABCC4基因表达与NK和T细胞丰度呈负相关关系(P<0.05)。ABCC4基因高表达与免疫检查点基因低表达有关。ESTIMATE和CIBERSORT分析表明,ABCC4基因表达可抑制PCa的免疫细胞浸润,尤其CD8 T、NK和Tregs细胞。免疫荧光实验显示,ABCC4蛋白表达低可诱导更多的CD8 T细胞浸润(P<0.05)。结论:ABCC4基因调控PCa的TME的免疫细胞浸润,尤其对T细胞和NK细胞浸润有重要作用,从而影响PCa的发生及其免疫治疗。

人MRP4蛋白结构与功能预测

多药耐药相关蛋白4(multidrug resistance-associated protein 4,MRP4)是一种能够利用ATP水解产生的能量转运多种物质的六重跨膜蛋白。本研究应用Expasy、Jpred4、UniProt-KB、NCBI等公共数据库和在线软件分析其理化性质、蛋白结构、结构域、亚细胞定位、互作蛋白以及功能等信息,为其在多种生理病理过程中的作用与机制研究奠定基础。MRP4蛋白含有1325个氨基酸,相对分子质量约为149526.77,理论等电点为8.41。以α-螺旋为主,占比58.42%。含有2个跨膜结构域和2个ATP结合盒以及8个保守结构域。表观遗传学修饰位点56个,其中磷酸化位点27个,泛素化位点27个,乙酰化位点2个。MRP4蛋白分布于质膜上,具有ATP酶和跨膜转运蛋白活性,参与内外源性物质运输、前列腺素分泌、纤毛组装、信号转导运输等生命过程。本研究系统性梳理并整合了MRP4蛋白结构及功能等信息,为深入研究其在机体生命活动及疾病发生中的作用与机制奠定理论依据。