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基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究
1
作者
王洁
张旭敏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第1期135-142,共8页
随着质谱技术及各种定量方法的不断完善和发展,定量蛋白质组学的方法不断地被应用到各类生物学研究中。蛋白质组学定性定量数据的处理主要通过一些多功能的商业化或者开源软件来进行,如常用的数据分析软件Proteome Discoverer和Maxquan...
随着质谱技术及各种定量方法的不断完善和发展,定量蛋白质组学的方法不断地被应用到各类生物学研究中。蛋白质组学定性定量数据的处理主要通过一些多功能的商业化或者开源软件来进行,如常用的数据分析软件Proteome Discoverer和Maxquant。但是在通过化学标记对蛋白质N末端乙酰化程度进行定量这一方面,Proteome Discoverer和Maxquant在一定程度上存在准确性不高和完整度不够的问题。于是本研究针对自己的实验特点,通过Java算法编写了相应的定量程序Acequant来完成N末端乙酰化程度的相对定量。本研究将该程序在已有相关报道的He La cell上进行了验证,Acequant共定量到1 587个蛋白质N末端,而Proteome Discoverer和Maxquant分别只定量到42个和306个N末端。同时,手动验证原始图谱也证实了Acequant定量的准确性更好。于是,本研究将此方法进一步应用到秀丽隐杆线虫N末端乙酰化的研究中,并初步发现了线虫整体的N末端乙酰化状态,为进一步的N末端研究提供了支持。
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关键词
定量蛋白质组学
质谱
化学标记相对定量
N末端乙酰化
acequant
原文传递
题名
基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究
1
作者
王洁
张旭敏
机构
复旦大学生命科学学院生物化学与分子生物学系遗传工程国家重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第1期135-142,共8页
基金
国家自然科学基金(31470806
31300264)资助
文摘
随着质谱技术及各种定量方法的不断完善和发展,定量蛋白质组学的方法不断地被应用到各类生物学研究中。蛋白质组学定性定量数据的处理主要通过一些多功能的商业化或者开源软件来进行,如常用的数据分析软件Proteome Discoverer和Maxquant。但是在通过化学标记对蛋白质N末端乙酰化程度进行定量这一方面,Proteome Discoverer和Maxquant在一定程度上存在准确性不高和完整度不够的问题。于是本研究针对自己的实验特点,通过Java算法编写了相应的定量程序Acequant来完成N末端乙酰化程度的相对定量。本研究将该程序在已有相关报道的He La cell上进行了验证,Acequant共定量到1 587个蛋白质N末端,而Proteome Discoverer和Maxquant分别只定量到42个和306个N末端。同时,手动验证原始图谱也证实了Acequant定量的准确性更好。于是,本研究将此方法进一步应用到秀丽隐杆线虫N末端乙酰化的研究中,并初步发现了线虫整体的N末端乙酰化状态,为进一步的N末端研究提供了支持。
关键词
定量蛋白质组学
质谱
化学标记相对定量
N末端乙酰化
acequant
Keywords
Quantitative proteomics
Mass spectrometry
Relatively quantitative with chemical markers
N-terminal acetylation
acequant
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究
王洁
张旭敏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
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