Agilent2100分析仪在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用

目的Agilent 2100分析仪在基因组外非编码重复序列片段的聚合酶链反应(REP-PCR)同源性分析中的应用并评估该系统。方法应用REP设计引物并进行PCR扩增,用Agilent2100分析仪DL7500 Labch ip芯片进行产物分析。结果51株碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌中,耐药菌株分为4大型别(A、B、C、D),其中A型共48株,分别为A1型33株,A2型13株,A3型和A4型各1株;B、C、D型各1株;18株碳青霉烯类敏感菌株中,有2株与A1型别一致,其他菌株型别都不一致。结论基于REP-PCR的Agilent2100同源性分析具有快速、易于操作、高重复性和高分辨率、结果定量处理和多种形式输出等优点,可作为临床同源性分析鉴定和分型的一线工具。

Agilent2100 Bioanalyzer在人乳头瘤病毒检测中的应用

目的探讨Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(简称Bioanalyzer)在人乳头瘤病毒(HPV)的PCR检测和分型中的应用。方法先分别进行通用引物介导PCR(GP-PCR)和型特异性引物介导PCR,扩增HPV高保守区(L1区)的共同序列和各型(包括HPV6、11、16和18型)的特异性序列,然后分别用常规的琼脂糖凝胶电泳技术和Bioanalyzer对PCR产物进行检测,并比较两种检测方法的准确度、重复性和灵敏度。结果Bioanalyzer在确定片段长度时的准确度和重复性比琼脂糖凝胶电泳高,前者的准确度在95%以上,后者仅为85%;Bioanalyzer的检测灵敏度比琼脂糖凝胶电泳高100倍。结论Bioanalyzer芯片分析系统结合PCR方法可对HPV进行特异、准确、稳定、灵敏的检测和型别鉴定,具有重要的推广价值。

REP-PCR分型法用于白假丝酵母菌群分析

目的运用Agilent生物分析仪对临床白假丝酵母菌进行重复序列(REP)-聚合酶链反应(PCR)分型,并分析其流行趋势。方法设计REP引物,进行PCR扩增,用DL7500 Labchip芯片在Agilent 2100生物分析仪上对产物做微流电泳,获得虚拟凝胶视图,再运用GelCompareⅡ软件对其DNA指纹图谱做聚类分析。结果白假丝酵母菌菌株指纹图谱相似度较高,>80%以上。被分析的100株临床株可分为9个基因型。结论REP-PCR的Agilent 2100同源性分析具有快速、易于操作、高重复性和高分辨率等优点,可广泛用于流行病学调查与研究。

Agilent 2100 Bioanalyzer在基因差异表达研究中的应用

目的观察Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(以下简称Bioanalyzer)在基因差异表达研究中的应用。方法应用限制性显示技术分别从正常和热休克处理后的酿酒酵母细胞中分离出cDNA片段,然后再用Bioanalyzer和传统的琼脂糖凝胶电泳技术对RD-PCR产物进行检测分析。结果Bioanalyzer能更快速、敏感地分离和显示差异表达的基因片段,并且通过对差异片段进行定量比较,发现了数个表达有明显差异的基因片段。结论Bioanalyzer在基因差异表达研究中具有重要的应用价值。

用聚丙烯酰胺凝胶电泳和微流体芯片电泳鉴别6种液态奶

目的:研究6种液态奶制品蛋白电泳图谱的区别,建立奶制品的蛋白质学鉴别方法。方法:以5种纯牛奶、羊奶、水牛奶、骆驼奶、牦牛奶、黄豆浆为研究对象,通过SDS-PAGE和Agilent 2100微流体芯片电泳法进行分析比较。结果:骆驼奶、黄豆浆与其他研究对象的图谱有明显区别,而牛奶、羊奶、水牛奶、牦牛奶的差异却不是很大;采用微流体芯片电泳可有效地对豆奶、骆驼奶进行区分,还可在一定程度上鉴别牛奶、羊奶、水牛奶和牦牛奶。结论:Agilent2100系统作为一种新型半自动微流体芯片技术,可以快速、高效、准确地应用于液态奶制品的蛋白成分分析及鉴别。

血清蛋白芯片表达谱在DVT疾病法医鉴定中的应用研究

目的利用蛋白芯片技术获取人体和大鼠深静脉血栓(deep venous thrombosis,DVT)组与对照组血清蛋白表达谱的蛋白峰差异,探讨蛋白表达谱与深静脉血栓形成的相关性,为DVT临床和法医学诊断提供依据。方法采用蛋白芯片技术检测DVT患者和正常人(n=10)的血清样本,获得血清蛋白芯片表达谱。建立标准化SD大鼠下腔静脉血栓模型,大鼠被随机分为DVT组和对照组(n=10),蛋白芯片技术检测获得各组血清蛋白表达谱;采用SIMCA-P 14.1软件的正交偏最小二乘判别(orthogonal partial least square-discriminant analysis,OPLS-DA)模型和Python软件的随机森林(Random forest,RF)算法模型对人体和大鼠数据进行判别分析。结果DVT患者和正常人血清蛋白表达峰存在差异,OPLS-DA模型对DVT组和对照组准确判别,R^(2)X=0.631,R^(2)Y=0.928,Q^(2)=0.796;动物模型DVT组与对照组的血清蛋白表达峰亦存在差异,OPLS-DA模型可以将DVT组和对照组准确判别,R^(2)X=0.735,R^(2)Y=0.953,Q^(2)=0.900;人体和动物模型血清中共有8个分子量相似的血清蛋白峰,RF算法模型准确率为100%,人体预测准确率为65%。结论蛋白芯片技术可以快速获取DVT人体和大鼠血清蛋白表达谱,建立OPLS-DA模型和RF模型能对DVT组和对照组进行分类预测分析,为DVT疾病诊断和法医学鉴定提供新的辅助方法。