应用5.8S rDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类

对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分，而供试的9个小孢子种之间差异很小，不能根据对所选区段的序列分析加以区分。传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria, 其分类地位需进一步研究。

5.8S rDNA-ITS区片段的序列分析在坛紫菜种质鉴定中的应用

为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1208～1219bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区(包括ITS1和ITS2)序列都存在一定差异,序列同源性在95.82%～99.73%之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7%～95.0%之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。

烟台海域暴发浒苔ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。

小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^(TM)公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫(Baylisascaris transfuga注册号AB571304)相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫(Baylisascaris schroederi注册号JN210912)相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫(Ascaris suum注册号AB571302)相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫(Ascaris lumbricoides注册号AB571296)相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫(Baylisascaris procyonis注册号AB053230)相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。

我国部分区域链格孢属rDNAITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属(AlternariaNees)34个菌株进行ITS基因(ITS1-5.8S-ITS2)的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明:5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。