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Pneumocystis jirovecii diagnosed by next-generation sequencing of bronchoscopic alveolar lavage fluid: A case report and review of literature
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作者 Qing-Wei Cheng Hong-Li Shen +5 位作者 Zhi-Hui Dong Qian-Qian Zhang Ya-Fen Wang Jin Yan Yu-Sheng Wang Ning-Gang Zhang 《World Journal of Clinical Cases》 SCIE 2023年第4期866-873,共8页
BACKGROUND The advent of molecular targeted agents and immune checkpoint inhibitors has greatly improved the treatment of advanced renal cell carcinoma(RCC), thus significantly improving patient survival. The incidenc... BACKGROUND The advent of molecular targeted agents and immune checkpoint inhibitors has greatly improved the treatment of advanced renal cell carcinoma(RCC), thus significantly improving patient survival. The incidence of rare drug-related adverse events has gained increased attention.CASE SUMMARY We report a patient with advanced RCC treated with multiple lines of molecular targeted agents and immune checkpoint inhibitors, who developed a pulmonary infection after treatment with everolimus in combination with lenvatinib. Determining the pathogenic organism was difficult, but it was eventually identified as Pneumocystis jirovecii by next-generation sequencing(NGS) of bronchoscopic alveolar lavage fluid(BALF) and successfully treated with trimethoprim-sulfamethoxazole.CONCLUSION Rare pulmonary infections caused by molecular targeted agents are not uncommon in clinical practice, but their diagnosis is difficult. Evaluating BALF with NGS is a good method for rapid diagnosis of such infections. 展开更多
关键词 Renal cell carcinoma EVEROLIMUS Pneumocystis jirovecii pneumonia Next-generation sequencing Bronchoscopic alveolar lavage fluid Case report
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肺泡灌洗液mNGS检测神经外科重症下呼吸道感染病原的应用 被引量:1
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作者 杨帆 李冰 +1 位作者 张辉 陈劲松 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第5期830-833,838,共5页
目的分析宏基因二代测序(mNGS)技术对神经外科重症下呼吸道感染患者肺泡灌洗液中病原体和肺炎克雷伯菌耐药基因检测。方法选取2020年6月至2022年6月河南省人民医院收治的196例神经外科重症下呼吸道感染患者作为研究对象。采集患者的肺... 目的分析宏基因二代测序(mNGS)技术对神经外科重症下呼吸道感染患者肺泡灌洗液中病原体和肺炎克雷伯菌耐药基因检测。方法选取2020年6月至2022年6月河南省人民医院收治的196例神经外科重症下呼吸道感染患者作为研究对象。采集患者的肺泡灌洗液标本进行常规病原学与mNGS技术检测,对病原体进行分离鉴定,并计算2种检测方法的差异性;并检测肺炎克雷伯菌的耐药基因与药敏试验结果。结果常规病原学检测的阳性率为62.42%(122/196),mNGS技术检测阳性率为88.27%(173/196),mNGS技术检测高于常规病原学检测(χ^(2)=35.631,P<0.05);肺炎克雷伯菌经mNGS技术检出耐药基因包括超广谱β-内酰胺酶基因(SHV、TEM)与碳青霉烯酶基因(KPC);药敏试验结果显示,肺炎克雷伯菌对头孢唑林、头孢呋辛及头孢曲松的耐药率较高,分别为75.00%、66.67%及54.17%,对比阿培南及美罗培南的耐药率较低,分别为16.67%及12.50%。结论mNGS技术能够有效提高神经外科重症下呼吸道感染阳性检出率,可辅助评估肺炎克雷伯菌抗菌药物耐药性基因。 展开更多
关键词 下呼吸道感染 宏基因二代测序 肺泡灌洗液 肺炎克雷伯菌 耐药基因
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支气管肺泡灌洗液二代宏基因测序在肺部感染病原学诊断中的应用
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作者 邢国强 王方艳 +6 位作者 殷德平 王良 赵娜 栾兆吉 侯玉涛 王萍 薛玉文 《中国医药科学》 2024年第13期186-189,共4页
目的探讨支气管肺泡灌洗液二代宏基因测序在肺部感染病原学诊断中的应用。方法选取淄博市第一医院2020年1月至2022年1月收治的80例肺部感染患者作为研究对象,通过病历号数字表抽签法将患者分为观察组(n=40)和对照组(n=40)。患者均接受... 目的探讨支气管肺泡灌洗液二代宏基因测序在肺部感染病原学诊断中的应用。方法选取淄博市第一医院2020年1月至2022年1月收治的80例肺部感染患者作为研究对象,通过病历号数字表抽签法将患者分为观察组(n=40)和对照组(n=40)。患者均接受支气管肺泡灌洗液检查,观察组在此基础上给予肺泡灌洗液二代宏基因测序检查。比较两组患者的支气管肺泡灌洗液病原菌分布情况、病原菌检出率以及治疗后的临床指标。结果本次80例肺部感染患者的肺泡灌洗液中共分离并获得96株病原菌。其中革兰氏阳性菌总共20株,占20.83%,其中以肺炎链球菌和金色葡萄球菌为主;革兰阴性菌总共72株,占75.00%,主要以鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和流感嗜血杆菌为主;真菌总共3株,占3.12%,以白色念珠菌为主;对照组40例患者,通过常规病原菌检测结果检出阳性28例,占70.00%;观察组40例患者,通过二代宏基因测序结果检出阳性37例,占92.50%,相较于对照组,观察组检出率显著更高(P<0.05);相较于对照组,观察组患者30 d内和90 d内病死率均显著更低(P<0.05)。结论支气管肺泡灌洗液二代宏基因测序在肺部感染病原学诊断中的运用价值高,可有效提高检出率,可帮助临床上给予对应治疗。 展开更多
关键词 支气管 肺泡灌洗液 二代宏基因测序 肺部感染
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不同取材方法及检测技术在重症肺炎病原学诊断中的应用 被引量:1
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作者 刘龙群 唐敏 +2 位作者 张维维 吴可人 杨艳 《黑龙江医学》 2024年第3期271-273,共3页
目的:不同取材方法标本的合格率、不同微生物检测技术结果阳性率有差异,探究不同取材方法及检测技术在重症肺炎病原学诊断中的应用,以期提高病原学诊断的准确性。方法:回顾性分析2018年1月—2020年12月中国人民解放军联勤保障部队第九... 目的:不同取材方法标本的合格率、不同微生物检测技术结果阳性率有差异,探究不同取材方法及检测技术在重症肺炎病原学诊断中的应用,以期提高病原学诊断的准确性。方法:回顾性分析2018年1月—2020年12月中国人民解放军联勤保障部队第九〇四医院收治的123例重症肺炎患者的临床资料,同时收集患者经鼻或气管插管留痰培养、肺泡灌洗液培养、肺泡灌洗液宏基因组二代测序技术(mNGS)病原检测等数据,对标本的合格率及阳性率进行分析。结果:123例患者中经鼻或者气管插管留痰标本合格率70%、病原菌生长41例(33.3%),肺泡灌洗液标本合格率92%、病原菌生长76例(61.8%)、肺泡灌洗液mNGS病原菌核酸片段检出107例(86.9%)。经抗感染、抗休克、器官支持等治疗后,115例患者治愈出院,8例死亡。结论:肺泡灌洗液mNGS可以提高重症肺炎患者病原诊断阳性率,可为临床治疗提供依据。 展开更多
关键词 重症肺炎 肺泡灌洗液 宏基因组二代测序技术 痰培养
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肺泡灌洗液tNGS技术在下呼吸道感染患者中的应用
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作者 李培根 白英连 +2 位作者 黄秋惠 黄华 汪明星 《中国卫生标准管理》 2024年第17期126-130,共5页
目的探讨肺泡灌洗液多重靶向扩增-高通量测序法(targeted next-generation sequencing,tNGS)技术在下呼吸道感染患者中的应用效果。方法选取2022年1月—2023年5月于广东省连州市人民医院住院的176例下呼吸道感染患者为研究对象,所有患... 目的探讨肺泡灌洗液多重靶向扩增-高通量测序法(targeted next-generation sequencing,tNGS)技术在下呼吸道感染患者中的应用效果。方法选取2022年1月—2023年5月于广东省连州市人民医院住院的176例下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均接受肺泡灌洗液tNGS检测、灌洗液细菌培养、灌洗液结核分枝杆菌及利福平耐药检测(Xpert)、灌洗液半乳甘露聚糖检测(曲霉抗原,glactomannan,GM试验)、灌洗液真菌培养。比较5种检测方法对不同病原体的检出率,分析肺泡灌洗液tNGS检测下不同病原体分布特点,并对肺泡灌洗液tNGS检测和灌洗液细菌培养检测一致性分析。结果肺泡灌洗液tNGS检出率为92.05%,高于灌洗液细菌培养检测的22.16%,Xpert检测的9.09%,GM试验的16.48%以及灌洗液真菌培养的8.52%,差异有统计学意义(P<0.05)。球菌中检出率前3位为肺炎链球菌、粪肠球菌、金黄色葡萄球菌;杆菌中检出率前3位为流感嗜血杆菌、溶血嗜血杆菌、大肠埃希菌;真菌主要为白念珠菌和肺孢子菌;其他病原体主要为结核分枝杆菌;在常见呼吸道病毒中,疱疹病毒较为常见,其次为甲型流感病毒和鼻病毒;肺泡灌洗液tNGS检测和灌洗液细菌培养结果、灌洗液真菌培养存在一致性偏差。结论肺泡灌洗液tNGS检测技术可提高下呼吸道感染病原体检出率,该检测方式可作为下呼吸道感染病原体检测的有效检测方法,为临床治疗提供指导。 展开更多
关键词 下呼吸道感染 肺泡灌洗液 呼吸道病原体靶向测序 灌洗液细菌培养 灌洗液半乳甘露聚糖检测 灌洗液真菌培养
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经电子支气管镜下肺泡灌洗液行宏基因组测序在呼吸机相关性肺炎的应用价值
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作者 陈伟光 张晶晶 +3 位作者 江春虾 郑耿正 胡欣欣 罗时俊 《中国现代药物应用》 2024年第2期12-16,共5页
目的探讨经电子支气管镜下肺泡灌洗液行宏基因组二代测序(mNGS)在呼吸机相关性肺炎(VAP)患者中的应用价值,为患者的临床诊断及针对性治疗提供相关参考依据。方法40例VAP患者作为研究对象,根据随机数字表法分为对照组与mNGS组,各20例。... 目的探讨经电子支气管镜下肺泡灌洗液行宏基因组二代测序(mNGS)在呼吸机相关性肺炎(VAP)患者中的应用价值,为患者的临床诊断及针对性治疗提供相关参考依据。方法40例VAP患者作为研究对象,根据随机数字表法分为对照组与mNGS组,各20例。两组均行经电子支气管镜下肺泡灌洗,对照组应用传统病原微生物检测,mNGS组应用mNGS。对比两组患者的病原体种类检出率、病原体种类数检出率、抗生素使用强度(包括抗生素使用率及使用时间)、机械通气时间、重症加强护理病房(ICU)住院时间、多器官功能障碍综合征(MODS)发生率及两种检测方式对VAP的诊断效能。结果mNGS组患者的细菌检出率为80.00%,明显高于对照组的20.00%(P<0.05);两组真菌、病毒检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。mNGS组患者病原体种类数>2种检出率为30.00%,明显高于对照组的0(P<0.05)。mNGS诊断VAP的曲线下面积(AUC)为0.941,明显大于传统病原微生物检测的0.714(P<0.05)。mNGS组患者的抗生素使用率55.00%明显低于对照组的90.00%,抗生素使用时间(11.21±2.08)d、机械通气时间(11.96±2.90)d、ICU住院时间(19.03±3.94)d明显短于对照组的(15.87±2.53)、(15.47±3.82)、(22.18±4.55)d,MODS发生率5.00%明显低于对照组的30.00%(P<0.05)。结论经电子支气管镜下肺泡灌洗液行mNGS在VAP患者中的应用价值较高,可以有效提高患者感染病原体的检出率,显著减少抗生素的使用强度及机械通气时间,对患者病情快速准确诊断、及时采取针对性治疗措施意义重大。 展开更多
关键词 呼吸机相关性肺炎 电子支气管镜 肺泡灌洗液 宏基因组二代测序 应用价值
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宏基因靶向三代测序在下呼吸道感染病原体检测的诊断效能和临床价值
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作者 金向红 黄向韵 +2 位作者 陈鲜宝 华婷婷 张燕 《浙江临床医学》 2024年第6期807-809,813,共4页
目的比较宏基因靶向三代测序与传统血培养对于下呼吸道感染病原菌诊断性能差异。方法选取2022年7月到2023年7月下呼吸道感染患者90例,收集患者临床资料,采集肺泡灌洗液分别进行培养和宏基因靶向三代测序,比较两个方法的阳性率、一致性,... 目的比较宏基因靶向三代测序与传统血培养对于下呼吸道感染病原菌诊断性能差异。方法选取2022年7月到2023年7月下呼吸道感染患者90例,收集患者临床资料,采集肺泡灌洗液分别进行培养和宏基因靶向三代测序,比较两个方法的阳性率、一致性,病原体检出分布,混合感染检出率,耐药检出情况等。结果90例患者中,宏基因靶向三代测序和培养的阳性率分别为84.4%和24.4%,宏基因阳性率高于培养(P<0.05),无论在细菌、真菌还是特殊病原体上,宏基因的检出率均高于培养,尤其是在非常见病原体、体外难以培养或生长缓慢的病原体上,宏基因混合感染检出率高于培养,宏基因检出3例细菌耐药基因,并有2例在药敏试验中得到验证。结论相较于传统培养,宏基因靶向三代测序在下呼吸道感染病原微生物诊断上时效性更好,阳性率更高,病原微生物种类、数量检出更多,混合感染检出率更高,且能预测微生物抗生素耐药性,具有更高的诊断价值和临床意义。 展开更多
关键词 宏基因靶向三代测序 下呼吸道感染 肺泡灌洗液 诊断性能
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肺泡灌洗液病原靶向测序(BALF tNGS)对肺结核患者的临床应用价值研究
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作者 庭蓉 《科技与健康》 2024年第17期29-32,共4页
探究肺泡灌洗液病原靶向测序(BALF tNGS)对肺结核患者的临床应用价值。选取黔西南布依族苗族自治州人民医院2022年10月—2023年11月收治的90例肺结核患者作为研究对象,收集患者的肺泡灌洗液(BALF),分别进行BALF tNGS及抗酸杆菌涂片检查... 探究肺泡灌洗液病原靶向测序(BALF tNGS)对肺结核患者的临床应用价值。选取黔西南布依族苗族自治州人民医院2022年10月—2023年11月收治的90例肺结核患者作为研究对象,收集患者的肺泡灌洗液(BALF),分别进行BALF tNGS及抗酸杆菌涂片检查。比较病原靶向测序与常规涂片检查的肺结核检出情况,包括灵敏度、特异度、阳性率及阳性结果一致性。结果显示,90例患者经病原靶向测序检出肺结核患者82例,抗酸染色检查检出肺结核患者60例。BALF tNGS与抗酸染色涂片检查相比,其灵敏度为96.77%(60/62),特异度为21.43%(6/28);BALF tNGS病原体阳性率高于抗酸杆菌涂片检查,差异有统计学意义(P<0.05)。研究发现,BALF tNGS技术不仅可以检测到不同株系的肺结核病原体,还可以对其耐药性进行分析,为制订个体化治疗方案提供重要依据。 展开更多
关键词 肺结核 肺泡灌洗液 病原靶向测序
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肺泡灌洗液mNGS技术在痰菌阴性肺结核患者诊断中的应用
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作者 龚春林 《四川生理科学杂志》 2024年第5期1019-1021,1058,共4页
目的:分析肺泡灌洗液宏基因组二代测序(Metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在痰菌阴性肺结核患者诊断中的应用价值。方法:选取2020年1月至2023年12月我院收治的60例痰菌阴性疑似肺结核患者作为研究对象,所有患者均采集... 目的:分析肺泡灌洗液宏基因组二代测序(Metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在痰菌阴性肺结核患者诊断中的应用价值。方法:选取2020年1月至2023年12月我院收治的60例痰菌阴性疑似肺结核患者作为研究对象,所有患者均采集肺泡灌洗液标本,并行抗酸染色及mNGS技术检查,以临床诊断结果为金标准,分析两种检查手段的诊断效能。结果:临床诊断结果显示,60例痰菌阴性疑似肺结核患者中,48例痰菌阴性肺结核患者,12例非肺结核患者;所有患者中被确诊为痰菌阴性肺结核患者48例,以男性(60.42%)、年龄<50岁(68.75%)、有吸烟史(52.08%)、病灶累及右肺上叶(47.92%)、形态为肺叶/段实变(72.92%)等为主;肺泡灌洗液mNGS技术诊断痰菌阴性肺结核的准确度、敏感度分别为90.00%、87.50%,高于抗酸染色诊断的73.33%、68.75%(P<0.05)。结论:肺泡灌洗液mNGS技术对痰菌阴性肺结核具有较高的诊断效能,相较于抗酸染色能提高诊断的准确度及敏感度。 展开更多
关键词 痰菌阴性肺结核 宏基因组二代测序技术 抗酸染色 肺泡灌洗液 诊断效能
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支气管镜检查及肺泡灌洗液NGS对HIV阳性肺结核的诊断价值 被引量:2
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作者 刘士甫 张鑫 +4 位作者 佘丽君 戴二黑 赵磊 王海宾 王立静 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第6期1082-1085,1090,共5页
目的评价支气管镜检查及肺泡灌洗液二代基因测序对HIV阳性肺结核的诊断价值。方法收集2019年1月至2022年1月石家庄市第五医院的30例HIV阳性临床疑似肺结核或具有肺结核相关体征/症状且行支气管镜检查者的病例资料(其中24例送检肺泡灌洗... 目的评价支气管镜检查及肺泡灌洗液二代基因测序对HIV阳性肺结核的诊断价值。方法收集2019年1月至2022年1月石家庄市第五医院的30例HIV阳性临床疑似肺结核或具有肺结核相关体征/症状且行支气管镜检查者的病例资料(其中24例送检肺泡灌洗液NGS)。分析其支气管镜下表现;利用ROC曲线评价肺泡灌洗液NGS及Xpert对HIV阳性肺结核的诊断价值;利用ROC曲线评价痰液、支气管镜及支气管镜联合痰液对HIV阳性肺结核的诊断价值。结果支气管镜检查结果:淋巴结瘘3例,新生物10例,瘢痕、狭窄3例,支气管炎性改变9例,未见异常5例;BALF NGS和Xpert诊断HIV阳性肺结核敏感度分别为71%、47%,特异度均为100%,ROC曲线下的面积值为0.85、0.74;痰液、支气管镜、痰液联合支气管镜诊断HIV阳性肺结核的敏感度分别为41%、68%、86%,特异度分别为88%、100%、88%,ROC曲线下的面积值为0.64、0.84、0.87。结论支气管镜检查及肺泡灌洗液二代基因测序是诊断HIV阳性肺结核的重要工具。 展开更多
关键词 支气管镜 肺泡灌洗液 二代基因测序 HIV阳性肺结核 诊断价值
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基于Illumina平台mNGS技术在老年社区获得性肺炎肺泡灌洗液病原学诊断中的应用 被引量:1
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作者 李兴明 谢秀芳 +5 位作者 王宪刚 李云 罗进 何珍 邓魏岚 胡晓菁 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第11期1965-1968,共4页
目的 探讨基于Illumina平台宏基因组二代测序(mNGS)技术在老年社区获得性肺炎(CAP)肺泡灌洗液病原学检查中的应用。方法 选取2022年1月至2022年6月内江第一人民医院收治的疑诊老年CAP患者200例为研究对象,比较肺泡灌洗液mNGS病原体检测... 目的 探讨基于Illumina平台宏基因组二代测序(mNGS)技术在老年社区获得性肺炎(CAP)肺泡灌洗液病原学检查中的应用。方法 选取2022年1月至2022年6月内江第一人民医院收治的疑诊老年CAP患者200例为研究对象,比较肺泡灌洗液mNGS病原体检测与传统细菌培养鉴定法对老年CAP的诊断价值。结果 200例患者经病原学检查共检出阳性154例(77.00%),其中细菌感染119例(59.50%)、病毒感染59例(29.50%)、真菌感染30例(15.00%)、肺炎支原体感染11例(5.50%)、肺炎衣原体感染7例(3.50%),包含混合感染50例(25.00%);mNGS共检出阳性183例(91.5%),其中细菌感染127例(63.50%)、病毒感染96例(48.00%)、真菌感染37例(18.50%)、肺炎支原体感染29例(14.50%)、肺炎衣原体感染15例(750%),包含混合感染75例(37.50%);mNGS阳性检出率、混合感染检测率较传统细菌培养高,差异有统计学意义(χ^(2)=15.845、7.723,P<0.05);mNGS检测时间较传统细菌培养鉴定短,差异有统计学意义(t=86.888,P<0.05);以临床诊断为金标准,mNGS诊断老年CAP的灵敏度、特异度为97.31%、85.71%,传统细菌培养灵敏度、特异度为71.43%、80.64%。结论 基于Illumina平台mNGS对病原体具有较高的检出率,检测时间更短,检测灵敏度、特异度更好,可以为老年CAP临床诊断提供重要依据。 展开更多
关键词 肺泡灌洗液 基因组二代测序 ILLUMINA 社区获得性肺炎 细菌培养鉴定
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肺泡灌洗液二代测序在儿童社区获得性肺炎诊疗中的应用价值 被引量:2
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作者 宁宁 陈强 +2 位作者 王双 江超花 丁国际 《检验医学与临床》 CAS 2023年第9期1282-1286,共5页
目的探讨肺泡灌洗液二代测序(NGS)在儿童社区获得性肺炎(CAP)诊疗中的应用价值。方法选取2021年6月至2022年7月九江市妇幼保健院儿童呼吸科收治的116例CAP并行纤维支气管镜肺泡灌洗的患儿为研究对象,采集患儿肺泡灌洗液行NGS检测,同时... 目的探讨肺泡灌洗液二代测序(NGS)在儿童社区获得性肺炎(CAP)诊疗中的应用价值。方法选取2021年6月至2022年7月九江市妇幼保健院儿童呼吸科收治的116例CAP并行纤维支气管镜肺泡灌洗的患儿为研究对象,采集患儿肺泡灌洗液行NGS检测,同时完善相关的传统病原微生物检测。比较2种方法检测病原体的阳性率、病原学分布情况及检测结果的一致性。结果116例患儿经传统病原微生物检测,共检出阳性94例(81.03%),其中细菌感染4例(3.45%)、病毒感染2例(1.72%)、肺炎支原体感染83例(71.55%)、肺炎衣原体感染5例(4.31%),包含混合感染9例(7.76%);对肺泡灌洗液进行NGS检测,共检出阳性111例(95.69%),其中细菌感染62例(53.45%)、病毒感染58例(50.00%)、肺炎支原体感染99例(85.34%)、真菌感染5例(4.31%),包含混合感染63例(54.31%)。肺泡灌洗液NGS对细菌、病毒与肺炎支原体检出率高于传统病原微生物检测,差异有统计学意义(P<0.05);NGS检测与传统病原学检测检出率一致性不佳(Kappa=-0.079,P=0.017);NGS与临床综合诊断符合率为95.69%(114/116),高于传统病原微生物检测的81.03%(94/116),差异有统计学意义(P<0.05)。结论NGS在CAP病原体检测中应用价值较高,能够提高病原体阳性检出率,可将其作为传统病原微生物检测的有效补充,指导临床调整治疗方案,以期更好地改善患儿预后。 展开更多
关键词 儿童社区获得性肺炎 二代测序检测 肺泡灌洗液 传统病原微生物检测
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快速现场评价技术联合二代测序在呼吸道感染性疾病中的应用研究 被引量:2
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作者 秦田田 徐超 +2 位作者 孙广信 张起 陈秋生 《临床肺科杂志》 2023年第5期654-657,688,共5页
目的探讨快速现场评价(rapid on-site evaluation,ROSE)技术联合二代测序(next generation sequencing,NGS)在呼吸道感染性疾病中的应用价值。方法2021年10月至2022年5月在我院接受治疗的217例复杂或疑难的肺部感染患者,将其标本送NGS,... 目的探讨快速现场评价(rapid on-site evaluation,ROSE)技术联合二代测序(next generation sequencing,NGS)在呼吸道感染性疾病中的应用价值。方法2021年10月至2022年5月在我院接受治疗的217例复杂或疑难的肺部感染患者,将其标本送NGS,并随机分为两组。观察组采用支气管镜进行肺泡灌洗获取标本,然后采用ROSE技术对标本进行快速评估,若ROSE结果阳性,则将该标本送NGS,若ROSE结果阴性,则重新留取标本,直至ROSE结果阳性再送NGS;在对照组中,仅用支气管镜进行肺泡灌洗获取标本并将其送NGS。比较两组间NGS检出有效致病微生物的阳性率、支气管镜引起的并发症(包括严重气道出血、胸腔积气、纵隔气肿等)、支气管镜操作时间、标本送检周期、支气管镜操作次数等差异。结果观察组标本送检周期(2.42±0.26)天小于对照组(2.49±0.20)天,且肺泡灌洗液NGS检出致病微生物的阳性率(97.24%)大于对照组(72.22%),但观察组支气管镜操作次数(1.09±0.32)次大于对照组(1.02±0.14)次,差异有统计学意义(P<0.05)。支气管镜操作时间及其并发症的发生率与对照组比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论在支气管镜下获得肺泡灌洗液后,使用ROSE技术评估标本并将其送NGS,可提高NGS的阳性率。同时,送检周期短,不增加支气管镜操作并发症。迅速为临床合理应用抗生素、精准抗感染治疗提供了依据,临床价值较高,值得推广。 展开更多
关键词 快速现场评价技术 肺泡灌洗液 二代测序 支气管镜 呼吸道感染
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肺泡灌洗液二代测序在学龄儿童大叶性肺炎病原学诊断中的应用 被引量:4
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作者 何敏 杨景龙 +1 位作者 史瑞明 黄燕萍 《中国妇幼健康研究》 2022年第6期103-107,共5页
目的探讨肺泡灌洗液二代基因测序(mNGS)在学龄儿童大叶性肺炎病原学诊断中的应用。方法选取2019年8月至2020年2月在西安交通大学第一附属医院住院治疗的24例学龄期大叶性肺炎患儿为研究对象,采用二代基因测序检测肺泡灌洗液(BALF)病原... 目的探讨肺泡灌洗液二代基因测序(mNGS)在学龄儿童大叶性肺炎病原学诊断中的应用。方法选取2019年8月至2020年2月在西安交通大学第一附属医院住院治疗的24例学龄期大叶性肺炎患儿为研究对象,采用二代基因测序检测肺泡灌洗液(BALF)病原者为研究组(n=12),其余为对照组。统计血清学及肺泡灌洗液病原学常规检测结果,分析肺泡灌洗液mNGS结果。结果24例标本中血清肺炎支原体抗体(Mp)阳性21例(87.5%),嗜肺军团菌抗体阳性5例(20.8%),流感B型抗体阳性2例(8.3%),合胞病毒抗体阳性1例(4.2%),研究组与对照组的病原检出率比较差异无统计学意义(P>0.05);24例患儿BALF细菌、结核、真菌涂片均阴性;对照组菌培养均阴性,研究组菌培养阳性2例(16.7%),其中1例BALF培养为肺炎链球菌,1例痰培养及BALF培养均为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌;研究组肺泡灌洗液mNGS分析显示,5例单一肺炎支原体拷贝数阳性,其拷贝数为19101~139304,其余均为混合性感染;所有肺炎支原体感染患儿的序列数与C反应蛋白、红细胞沉降率、住院时长有强正相关性(r值分别为0.891、0.861、0.814,P<0.05),其中序列数最高的2例患儿临床诊断均为重症难治性支原体肺炎。结论mNGS可提高儿童大叶性肺炎的病原诊断准确率,对临床治疗有指导作用。 展开更多
关键词 大叶性肺炎 病原 儿童 肺泡灌洗液 宏基因二代测序
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高通量测序在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用 被引量:3
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作者 邱梅冰 杨彤 《检验医学与临床》 CAS 2021年第18期2625-2628,2633,共5页
目的探讨高通量测序在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值。方法选择2019年1月至2020年1月该院收治的99例儿童重症肺炎患儿作为研究对象,所有患儿均进行常规检测(血常规、超敏C反应蛋白、降钙素原)、常规病原学检测(肺炎支原体抗体滴... 目的探讨高通量测序在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值。方法选择2019年1月至2020年1月该院收治的99例儿童重症肺炎患儿作为研究对象,所有患儿均进行常规检测(血常规、超敏C反应蛋白、降钙素原)、常规病原学检测(肺炎支原体抗体滴度检测、咽拭子免疫荧光病毒检测、血培养),入院后第2天或第3天行支气管镜检查,采集肺泡灌洗液进行传统病原学检测(涂片显微镜检查和培养)及高通量测序病原学检查,分析并比较以上检测方法患儿病原体检出情况。结果99例重症肺炎患儿传统病原学检测,检出病原体66例(66.67%),其中单一病原体55例,混合病原体11例;细菌24例(24.24%),肺炎支原体55例(55.56%),病毒8例(8.08%)。肺泡灌洗液高通量测序检出病原体97例(97.98%),包括单一细菌10例,单一病毒17例,单一支原体28例,混合病原体42例。肺泡灌洗液高通量测序细菌和病毒的检出率均高于传统检测方法(P<0.05),而肺炎支原体的检出率虽然低于血清肺炎支原体抗体滴度检测的检出率,但差异无统计学意义(P>0.05)。传统方法未培养出真菌,高通量测序方法检出真菌4例。结论高通量测序能快速、准确地检测和鉴定病原体,有助于及时、准确地治疗儿童重症肺炎。 展开更多
关键词 重症肺炎 病原体 儿童 肺泡灌洗液 高通量测序
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宏基因组学检测对肺部感染性疾病的诊断价值 被引量:4
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作者 张婷 李颖芝 高伟 《心电图杂志(电子版)》 2019年第4期42-43,共2页
目的分析12例体液标本宏基因组学检测对肺部感染性疾病的病原菌学诊断价值。方法回顾分析我科送检深圳华大基因检测公司检测的13份样本(肺泡灌洗液和外周血)基因检测结果,结合患者的临床资料以及临床治疗过程,评价宏基因组学检测对肺部... 目的分析12例体液标本宏基因组学检测对肺部感染性疾病的病原菌学诊断价值。方法回顾分析我科送检深圳华大基因检测公司检测的13份样本(肺泡灌洗液和外周血)基因检测结果,结合患者的临床资料以及临床治疗过程,评价宏基因组学检测对肺部感染性疾病的诊断价值。结果 12例患者中9例有基础病,标本中有5例外周血标本,8例肺泡灌洗液标本,有1例患者同步送检了血和肺泡灌洗液,有8例患者直接检出病原菌,结合病历资料进行临床分析,结果与临床相符,按结果调整治疗方案,患者治疗有获益。2例患者标本检出的病原菌与临床不相符。结论宏基因组测序方法能克服临床上微生物标本培养阳性率低的困难,为肺部感染性疾病提供有效的抗生素指导。 展开更多
关键词 宏基因组测序 肺泡灌洗液 感染
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骨髓及肺泡灌洗诊断播散性隐球菌患儿1例
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作者 李敏敏 丁茸 +2 位作者 陈华佳 付亚林 彭淑梅 《国际医药卫生导报》 2020年第22期3381-3384,共4页
儿童播散性隐球菌的报道少,确诊主要依靠组织病理检查和病灶内脓液穿刺标本的病原学涂片和培养。笔者报道1例以长程发热、咳嗽为表现,CT表现双肺弥漫广泛密度增高影的患儿,经支气管镜肺泡灌洗液病原高通量基因检测到隐球菌核酸序列,并... 儿童播散性隐球菌的报道少,确诊主要依靠组织病理检查和病灶内脓液穿刺标本的病原学涂片和培养。笔者报道1例以长程发热、咳嗽为表现,CT表现双肺弥漫广泛密度增高影的患儿,经支气管镜肺泡灌洗液病原高通量基因检测到隐球菌核酸序列,并于骨髓培养发现新型隐球菌,予以两性霉素B脂质体及氟康唑治疗后效果良好,热退、咳嗽症状消失。启示我们对于慢性发热查因合并呼吸道症状等疑难病例患儿,可通过支气管镜肺泡灌洗液病原高通量基因检测尽快找到致病病原体,及早干预治疗。 展开更多
关键词 肺泡灌洗液 播散性隐球菌病 骨髓培养 高通量病原学基因检测
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肺泡灌洗液二代基因测序在鹦鹉热衣原体感染肺炎诊断中的应用
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作者 周柳如 方锦龙 张平 《智慧健康》 2022年第16期92-95,共4页
目的探究肺泡灌洗液二代基因测序(NGS)技术在鹦鹉热衣原体感染肺炎诊断中的应用价值。方法选择2019年3月-2021年4月东莞市人民医院收治的13例鹦鹉热衣原体感染肺炎患者,收集其肺泡灌洗液进行传统病原检测和二代基因测序技术病原检测,同... 目的探究肺泡灌洗液二代基因测序(NGS)技术在鹦鹉热衣原体感染肺炎诊断中的应用价值。方法选择2019年3月-2021年4月东莞市人民医院收治的13例鹦鹉热衣原体感染肺炎患者,收集其肺泡灌洗液进行传统病原检测和二代基因测序技术病原检测,同时采集患者的痰样本进行二代基因测序技术检测,分析不同检测方法对鹦鹉热衣原体感染肺炎的诊断效能。结果肺泡灌洗液NGS对鹦鹉热衣原体的阳性检出率显著高于传统病原检测和痰样本NGS(P<0.05)。肺泡灌洗液NGS、痰样本NGS的检测结果回报耗时显著短于传统病原测定(P<0.05)。结论肺泡灌洗液NGS技术能够显著提高鹦鹉热衣原体感染肺炎的诊断准确率,且检测结果回报快,可为临床制定合理的抗感染治疗方案提供精准的依据,进而有效改善患者的临床结局,减少其治疗费用。 展开更多
关键词 鹦鹉热衣原体 肺炎 二代基因测序技术 肺泡灌洗液
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鹦鹉热衣原体肺炎2例并文献复习 被引量:1
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作者 宋晓波 吴婷婷 李凡 《国际医药卫生导报》 2022年第8期1089-1092,共4页
鹦鹉热衣原体为不典型致病菌的一种,为胞内寄生的革兰阴性菌,鸟类为最主要宿主,为人畜共患病。本文报道上海市松江区中心医院收治的2例鹦鹉热衣原体感染肺炎,其中1例合并呼吸衰竭、肝功能不全,经支气管镜肺泡灌洗液行二代基因测序后明... 鹦鹉热衣原体为不典型致病菌的一种,为胞内寄生的革兰阴性菌,鸟类为最主要宿主,为人畜共患病。本文报道上海市松江区中心医院收治的2例鹦鹉热衣原体感染肺炎,其中1例合并呼吸衰竭、肝功能不全,经支气管镜肺泡灌洗液行二代基因测序后明确病原菌感染,后经抗感染后肺部炎症吸收好转。通过病例分享,为临床医师在诊治肺炎的临床过程中提供参考,准确评估病情的严重程度,尽早明确病原体,及时调整用药方案,达到精准治疗,为疾病的救治赢得宝贵的时间。 展开更多
关键词 鹦鹉热衣原体 二代基因测序 肺泡灌洗液
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肺泡灌洗液病原微生物宏基因检测在儿童重症肺炎治疗中的临床应用分析 被引量:12
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作者 崔凤婷 付丽娜 吴娅娜 《标记免疫分析与临床》 CAS 2021年第8期1333-1337,共5页
目的探讨肺泡灌洗液病原微生物宏基因检测(mNGS)在儿童重症肺炎治疗中的应用价值。方法回顾分析2018年12月至2020年12月我院儿科PICU收治的重症肺炎并送检肺泡灌洗液病原学微生物mNGS检测的患儿120例,收集患儿的一般临床资料,分别采用... 目的探讨肺泡灌洗液病原微生物宏基因检测(mNGS)在儿童重症肺炎治疗中的应用价值。方法回顾分析2018年12月至2020年12月我院儿科PICU收治的重症肺炎并送检肺泡灌洗液病原学微生物mNGS检测的患儿120例,收集患儿的一般临床资料,分别采用传统检测方法以及mNGS报告判断患儿病原体类型。以临床综合判断(采用肺泡灌洗液、痰液、血液等结合评估)为金标准,评估mNGS、传统微生物学报告与临床判断的符合率。分析mNGS检测后患儿的治疗调整情况,观察治疗效果。结果在120例患者中,经传统检测提示病毒、G^(+)菌、G^(-)菌、真菌、支原体、衣原体分别为8例、7例、11例、1例、9例、2例(其中有5例混合感染)。经mNGS检测提示病毒、G^(+)菌、G^(-)菌、真菌、支原体、衣原体分别为27例、9例、17例、1例、49例、5例(其中有11例混合感染)。临床综合判断提示,病毒、G^(+)菌、G^(-)菌、真菌、支原体、衣原体分别为28例、9例、16例、1例、42例、4例(其中有10例混合感染)。mNGS检出阳性率显著高于传统检测结果(80.83%vs 27.50%,P<0.01)。与临床综合判定相比,mNGS符合率亦显著高于传统检测结果(80.00%vs 18.89%,P<0.01)。有29例患儿根据mNGS结果调整治疗,其中21例调整治疗后,临床症状明显改善。结论重症肺炎患儿应用肺泡灌洗液病原学微生物mNGS检测,可提高病原检出阳性率,且能对治疗方案进行调整,促进预后改善。 展开更多
关键词 重症肺炎 病原微生物 宏基因检测 肺泡灌洗液
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