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基于深度学习的冠状病毒刺突蛋白拉曼特征峰的理论研究 被引量:1
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作者 倪爽 温家星 +8 位作者 周民杰 黄景林 乐玮 陈果 何智兵 李波 赵松楠 赵宗清 杜凯 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2757-2762,共6页
持续一年的新冠疫情对全球的经济造成了巨大破坏,为了有效控制新冠疫情,快速检测新冠病毒(SARS-CoV-2)是一个急需解决的问题。新冠病毒的刺突蛋白(spikeprotein)是拉曼光谱技术检测新冠病毒的检测点,构建刺突蛋白拉曼特征峰模型对于发... 持续一年的新冠疫情对全球的经济造成了巨大破坏,为了有效控制新冠疫情,快速检测新冠病毒(SARS-CoV-2)是一个急需解决的问题。新冠病毒的刺突蛋白(spikeprotein)是拉曼光谱技术检测新冠病毒的检测点,构建刺突蛋白拉曼特征峰模型对于发展拉曼检测技术快速检测新冠病毒具有重要作用。基于简化的激子模型,利用深度神经网络技术,构建了刺突蛋白的酰胺Ⅰ、Ⅲ特征峰模型,并结合已知可以感染人类的七种冠状病毒(HCoV-229E,HCoV-HKU1,HCoV-NL63,HCoV-OC43,MERS-CoV,SARS-CoV和SARS-CoV-2)刺突蛋白的实验结构,分析了七种冠状病毒刺突蛋白酰胺Ⅰ、Ⅲ特征峰的区别。计算结果表明,七种冠状病毒可以根据毒刺突蛋白的酰胺Ⅰ、Ⅲ特征峰划分为四个组:SARS-CoV-2,SARS-CoV,MERS-CoV形成一个组;HCoV-HKU1,HCoV-NL63形成一个组;HCoV-229E和HCoV-OC43各自独立形成一个组。相同组的冠状病毒刺突蛋白酰胺Ⅰ、Ⅲ峰频率较为接近,通过酰胺Ⅰ、Ⅲ峰的频率较难区分刺突蛋白;不同组的冠状病毒刺突蛋白酰胺Ⅰ、Ⅲ特征峰差异较大,刺突蛋白可以通过拉曼技术区分开来。该结果为发展拉曼检测技术快速检测新冠病毒提供了定性判断的理论依据。 展开更多
关键词 冠状病毒 刺突蛋白 拉曼光谱 酰胺、Ⅲ峰 深度学习
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Interactive association between processing induced molecular structure changes and nutrient delivery on a molecular basis,revealed by cutting-edge vibrational biomolecular spectroscopy 被引量:3
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作者 Aya Ismael Victor Hugo Guevara-Oquendo +1 位作者 Basim Refat Peiqiang Yu 《Journal of Animal Science and Biotechnology》 SCIE CAS CSCD 2020年第1期211-226,共16页
Background:This study was conducted to determine protein molecular structure profiles and quantify the relationship between protein structural features and protein metabolism and bioavailability of blend pel eted prod... Background:This study was conducted to determine protein molecular structure profiles and quantify the relationship between protein structural features and protein metabolism and bioavailability of blend pel eted products(BPP)based on co-products(canola or carinata)from processing with different proportions of pulse pea screenings and lignosulfonate chemical compound.Method:The protein molecular structures were determined using the non-invasive advanced vibrational molecular spectroscopy(ATR-FT/IR)in terms of chemical structure and biofunctional groups of amides(ⅠandⅡ),α-helix andβ-sheet.Results:The results showed that increasing the level of the co-products in BPP significantly increased the spectral intensity of the amide area and amide height.The products exhibited similar protein secondaryα-helix toβ-sheet ratio.The protein molecular structure profiles(amidesⅠandⅡ,α-helix toβ-sheet)were highly associated with protein degradation kinetics and intestinal digestion.In conclusion,the non-invasive vibrational molecular spectroscopy(ATR-FT/IR)could be used to detect inherent structural make-up characteristics in BPP.Conclusion:The molecular structural features related to protein biopolymer were highly associated with protein utilization and metabolism. 展开更多
关键词 ALPHA-HELIX and BETA-SHEET amides(andⅡ) Biofunctional groups Chemical STRUCTURE PROTEIN metabolism and bioavailability PROTEIN molecular STRUCTURE
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蛋白质结构的FT-IR研究进展 被引量:28
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作者 王建华 卫亚丽 +1 位作者 文宗河 何建川 《化学通报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第7期482-486,共5页
随着蛋白质使用领域的增加 ,迫切需要知道它在不同环境中的结构特征及生物活性。目前 ,测定蛋白质结构的方法很多 ,包括 X射线衍射技术、圆二色光谱 (CD)、质谱、FT- IR等。 FT- IR(傅立叶变换光谱 )法不仅能够测定不同环境中的蛋白质... 随着蛋白质使用领域的增加 ,迫切需要知道它在不同环境中的结构特征及生物活性。目前 ,测定蛋白质结构的方法很多 ,包括 X射线衍射技术、圆二色光谱 (CD)、质谱、FT- IR等。 FT- IR(傅立叶变换光谱 )法不仅能够测定不同环境中的蛋白质结构及生物活性 ,而且能够测定其二级结构的相对含量。本文简要综述 FT- IR技术用于蛋白质结构的研究进展。 展开更多
关键词 蛋白质 结构 FT-IR 傅立叶变换红外光谱 定量分析 构象变化
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