六安市新型冠状病毒肺炎病例流行病学及病原学分析

目的了解六安市新型冠状病毒肺炎病例流行病学特征和基因组变异情况,为疫情防控提供依据。方法收集六安市69例新型冠状病毒肺炎确诊病例流行病学资料,进行统计学分析。运用全基因组靶向捕获技术和纳米孔单分子测序技术对其中的58份临床样本进行全基因组测序,通过MEGA 4.0软件中的MUSCLE方法进行序列比对和分析,将全基因组序列上传至国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果69例新型冠状病毒肺炎确诊病例中,男性44例,女性25例,男女性比为1.79:1;年龄范围从10月龄~78岁;重症9例,45岁以上占6例,无死亡病例;输入性病例28例(40.58%);69例确诊病例中城区(含县城)22例(31.88%),农村47例(68.12%);其中58份样本经三代测序得到37个完整的全基因组序列,经全球共享流感数据倡议组织(GISAID)网站分析,4株为S型,28株为L型,其余5株为其他型。与参考株(GenBank Acession:NC_045512.2)比对,24个基因组中共有36个核苷酸位点发生了变异,引起氨基酸变异的有21个。结论六安市重症病例以中老年为主;疫情由输入性向本地续发过渡,输入性病例多属早期病例;新冠病毒主要为L型,与武汉地区基本一致。