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题名新疆沙冬青基因组调查测序与基因组大小预测
被引量:16
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作者
王雪
周佳熠
孙会改
禹瑞敏
高飞
周宜君
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机构
中央民族大学生命与环境科学学院
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出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期143-149,共7页
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基金
国家自然科学基金项目(31370356
31670335
+1 种基金
31770363)
北京市大学生创新训练计划(BEIJ2017110010)
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文摘
新疆沙冬青是中国荒漠地区代表性常绿阔叶植物,属于第三纪孑遗植物。其极强的逆境耐受性受到了研究者的广泛关注,但由于缺乏基因组序列,分子生物学研究水平进展缓慢。本研究对新疆沙冬青进行了基因组调查测序,共得到65 Gb大小的双端测序数据。结合基于K-mer分析和流式细胞分析的方法,预测基因组大小、杂合率和GC含量等特征,估计基因组大小为770~787 Mb。测序数据拼接构建得到contigs的N50为684 bp,总读长为0.538 Gb;进一步组装后scaffolds的N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb。对拼接数据进行SSR分子标记预测,共得到151858个SSR,其中二核苷酸重复单元比例最高为56.39%,在二核苷酸重复单元中,AT/TA组成形式占多数。本研究首次报道了荒漠植物新疆沙冬青的基因组特征,为后续基因组学研究提供参考。
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关键词
新疆沙冬青
基因组大小
流式细胞分析
K-mer分析
SSR分子标记
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Keywords
ammopiptanthus mongolicus ( Maxim. ex kom. ) Cheng f.
genome size
flow cytometry
K-mer
SSR molecular marker
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分类号
S793.9
[农业科学—林木遗传育种]
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