扁桃EST-SSR分子标记开发及遗传多样性评价

微卫星标记在种质资源鉴定评价和遗传分析中具有重要利用价值。为开发扁桃(Amygdalus communis)高质量微卫星(SSR)引物,对扁桃种质资源进行高效鉴定评价。本研究以扁桃幼果为试验材料进行转录组测序和组装,采用生物信息学方法对扁桃幼果转录组SSR位点的数量、频率、分布特征进行了统计分析;对SSR位点进行了筛选和引物开发,并对扁桃24份种质进行了多样性评价。结果表明:扁桃幼果EST-SSR的分布频率为25.9%,各基序类型重复分布在1~24次之间,优势基序为1~3核苷酸重复,分别占总SSR的19.9%、49.1%和24.8%。通过毛细管电泳检测,536对参试引物共鉴定出38对多态性引物,其中高多态性引物27对(PIC≥0.5)。38对引物在24份扁桃种质中共检测出136个等位基因位点,等位基因(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)均值分别为5.04、3.14、1.21、0.61、0.63。主坐标和STRUCTURE分析表明24份种质可分为3个大的类群。本研究对扁桃多态性SSR引物进行了开发并对国内扁桃种质资源进行了多样性分析,为扁桃种质资源鉴定评价及辅助育种提供了参考。