ALDH7A1和EDNRB2基因分型及其与乌骨鸡皮肤乌色度关联分析

【目的】为进一步验证醛脱氢酶7家族成员A1(ALDH7A1)和内皮素受体B2(EDNRB2)在乌骨鸡黑色素沉积中的作用,本研究对ALDH7A1和EDNRB2基因单核苷酸多态性(SNPs)位点进行基因分型,分析其多态位点与皮肤乌色度的关联性,找出对皮肤乌色度有显著效应的SNP标记,为培育乌色度高的屠宰型乌骨鸡肉鸡的分子标记辅助育种提供参考。【方法】采用基于飞行时间质谱对丝羽乌骨鸡192个个体的ALDH7A1和EDNRB2基因SNPs位点进行基因分型,采用HaploView 4.1软件分析这些SNPs位点的连锁不平衡(LD)程度,并分析不同基因型和单倍型与皮肤亮度(L^(*))值的相关性。【结果】ALDH7A1基因的2个SNPs位点(rs317018616 C>A和rs15992676 T>C,分别为SNP1和SNP2)和EDNRB2基因2个SNPs位点(rs739725493 G>A和rs316614064 C>T,分别为SNP3和SNP4)质谱检出率为100%,ALDH7A1基因2个SNPs位点只有2种纯合子基因型,EDNRB2基因2个SNPs位点都有3种基因型。卡方检验表明,ALDH7A1基因2个SNPs位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),EDNRB2基因2个SNPs位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。SNP1位点遗传多样性较低(PIC<0.25),其他3个SNPs位点为中度多态(0.25<PIC<0.05);SNP2位点TT基因型乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值显著低于CC基因型(P<0.05),SNP4位点CC和CT基因型乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值显著低于TT基因型(P<0.05),SNP1和SNP3位点不同基因型间乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值无显著差异(P>0.05)。连锁不平衡分析表明,ALDH7A1基因SNP1和SNP2位点处于强连锁不平衡状态,SNP1-SNP2连锁后产生3种单倍型,其中AATT和CCTT单倍型乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值显著低于CCCC(P<0.05),但3种单倍型个体间背部皮肤和胸部皮肤L^(*)值均差异不显著(P>0.05)。【结论】ALDH7A1和EDNRB2基因与丝羽乌骨鸡大腿部皮肤乌色度密切相关,ALDH7A1基因的AATT、CCTT单倍型和EDNRB2基因的TT基因型可作为研究丝羽乌骨鸡大腿部皮肤乌色度的候选分子标记,本研究为下一步利用分子标记辅助育种加快培育乌色度高的丝羽乌骨鸡新品种提供参考。

MYH7基因c.1574A>G突变致扩张型心肌病1S型家系分析

目的 采用全外显子组测序分析1例左心系统扩张患儿的基因变异情况,并进行家系分析,确认扩张型心肌病1S型(DCMIS)的病因。方法 收集1例左心系统扩张患儿的临床资料。采用染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)检测患儿染色体结构缺失和重复情况。采用全外显子组测序分析患儿基因变异情况,采用Sanger测序对患儿及其父母、异卵双生姐姐变异位点进行验证。通过生物信息学分析评估变异位点的危害性。结果 患儿心脏彩色多普勒超声示左心功能降低,左心系统明显扩张增大,肺动脉高压,二尖瓣和三尖瓣反流。CNV-seq结果为seq[hg19]46,XN,未发现染色体异常。全外显子组测序分析结果显示,患儿β-心肌肌肉球蛋白重链7(MYH7)基因发生杂合变异[c.1574A>G(p.Glu525Gly)]。检索OMIM、ClinVar数据库,未见相关报道;检索ESP数据库、千人基因组数据库、ExAC数据库和gnomAD数据库,该变异位点未被收录,属于新发变异。Sanger测序证实变异存在,患儿父母、姐姐MYH7基因均正常。MYH7基因c.1574A>G(p.Glu525Gly)变异导致蛋白侧链O端与第484位赖氨酸侧链N端之间形成的氢键侧链相互作用消失。结论 c.1574A>G(p.Glu525Gly)为新发现的MYH7基因变异,是造成患儿左心系统明显扩张的原因。新发变异的检出丰富了DCMIS致病机制研究数据。

TLR7基因多态性与儿童手足口病易感性及严重程度的关系

目的探讨Toll样受体7(TLR7)基因多态性与儿童手足口病(HFMD)易感性及严重程度的关系。方法选取304例肠道病毒71型(EV71)感染HFMD患儿纳入HFMD组,根据病情严重程度分为轻症组和重症组;另同期选择300例正常健康儿童纳入对照组。比较各组TLR7基因rs3853839、rs179016、rs179009位点基因型和基因频率。Logistic回归分析基因多态性是否HFMD发生的危险因素,比较与否携带C基因患儿的外周血单个核细胞TLR7 mRNA表达水平。结果HFMD组、重症组女童、男童TLR7基因rs3853839位点、rs179016位点C基因型及基因频率分别高于对照组、轻症组(P<0.05)。TLR7基因rs3853839位点、rs179016位点携带C基因是儿童HFMD发生和重症的危险因素(P<0.05)。HFMD轻症和重症患儿rs3853839位点、rs179016位点携带C基因者外周血单个核细胞TLR7 mRNA表达水平均低于未携带C基因者(P<0.05)。结论TLR7基因rs3853839位点、rs179016位点携带C基因是儿童HFMD发生的独立危险因素,且与其严重性相关。

COL7A1基因变异致新生儿营养不良型大疱性表皮松解症1例并文献复习

大疱性表皮松解症是一种遗传相关性皮肤病,临床罕见,男女均可发病^([1])。其临床表现为皮肤受到机械性损伤后出现水疱、大疱,触之破溃,随之出现表皮大片剥脱,皮损多发生于四肢末端及关节部位,严重者水疱不仅局限于表面皮肤,亦可累及体内的软组织(黏膜)。

编辑ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7基因的串联DsRed荧光表达盒的CRISPR/Cas9系统的构建及验证

CCT家族基因影响植物开花,在玉米中,ZmCCT10、ZmCCT9基因是光周期敏感基因,ZmGhd7基因是与开花期相关的基因。利用CRISPR/Cas9技术靶向编辑ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7基因为研究基因的功能和快速改良玉米的开花期提供了可能。本研究以玉米ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7基因为编辑对象,以KN5585为稳定转化受体、以CML312SR、LCL-1、LCL-2为预改良的晚熟材料受体,首先通过Sanger测序验证了3个基因靶标区域在4份玉米材料中的保守性,其次根据sgRNA设计原则选择了1个sgRNA复合编辑3个基因,并利用同源重组方法构建了将由胚特异性启动子Zm3896驱动的DsRed表达盒和由ZmU6-2启动子驱动的sgRNA表达盒串联的CRISPR/Cas9基因编辑敲除载体CCT-CPD,然后采用酶切法和Sanger测序法分析T0代KN5585中3个基因的突变率和突变类型,验证了该系统的基因编辑效果,最后通过对稳定遗传转化植株所结籽粒在籽粒水平、组织水平进行DsRed荧光标记表型鉴定,验证了该系统中DsRed荧光筛选标记的有效性。在此基础上,通过杂交育种法以晚熟材料为母本、以T1代KN5585阳性株为父本获得F1并经过DsRed荧光筛选获得含有有效编辑转基因元件的晚熟材料。本研究构建的编辑ZmCCT10/ZmCCT9/ZmGhd7基因的串联DsRed荧光表达盒的CRISPR/Cas9系统为创制单基因突变体,双基因突变体,三基因突变体奠定了基础,该系统中DsRed荧光筛选标记的应用可以快速筛选区分有无转基因成分的玉米籽粒,成本低,鉴定效率高,具有大规模籽粒筛选的潜力,本研究为鉴定ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7三个基因的功能和创制玉米光周期钝感材料奠定了材料基础和高效的技术基础。

桑桑牦牛MYL7基因克隆及生物信息学分析

克隆西藏桑桑牦牛肌球蛋白轻链7(Myosin light chain 7,MYL7)基因CDS区,进行生物信息学分析并检测该基因在各组织中的表达差异,为探究该基因功能提供一定的理论依据。以桑桑牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用PCR技术克隆其CDS区序列,并利用多种在线生物软件及工具进行生物信息学分析。结果表明,桑桑牦牛MYL7基因CDS区长447 bp,共编码148个氨基酸,该基因编码的蛋白分子式为C743H1155N187O237S7,原子数为2329个,理论等电点为4.37,不稳定系数和总平均亲水性分别为36.02和-0.364,属于稳定的亲水性蛋白;具有特异性的磷酸化位点11个,其中5个丝氨酸、5个苏氨酸和1个酪氨酸。MYL7蛋白无信号肽和跨膜螺旋结构,属于非分泌性蛋白。通过亚细胞定位发现,桑桑牦牛MYL7基因在线粒体、细胞核、细胞质、细胞膜中均有所分布。蛋白高级结构主要是α-螺旋和无规则卷曲。通过构建系统进化树发现,桑桑牦牛与野牦牛亲缘关系最近,符合实际情况,说明MYL7基因在进化过程中具有一定的保守性。

牦牛TBC1D7基因克隆、生物信息学及表达分析

为探究西藏牦牛Tre2-Bub2-CDC16结构域家族成员7(TBC1D7)基因的特征及结构,利用RT-PCR克隆了TBC1D7基因的CDS区序列,并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测了TBC1D7基因在牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉及脂肪组织的表达水平。结果表明,牦牛TBC1D7基因的CDS区全长为882 bp,共编码293个氨基酸;系统进化树分析结果表明,西藏牦牛与野牦牛的亲缘关系最近,与兔的最远;生物信息学分析结果表明,牦牛TBC1D7蛋白不存在信号肽和跨膜结构,属于亲水性蛋白,主要存在细胞核中,且该蛋白具有24个潜在的磷酸化位点,蛋白的高级结构由α-螺旋(65.53%)、延伸连(3.75%)、β-转角(3.75%)和无规则卷曲(29.96%)构成。qPCR检测结果显示,TBC1D7基因在西藏牦牛脾脏组织中的表达最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。

CLCN7基因新突变致常染色体显性遗传骨硬化症2型一个家系报告

报告并分析一个常染色体显性遗传骨硬化症2型家系的临床特征、影像表现和基因诊断。该家系中先证者及其父亲临床症状均表现为腰痛,X片呈典型骨硬化改变,基因检测结果显示患者及其父亲氯化物通道7(chloride channel 7,CLCN7)基因存在两处未报道过的新的杂合缺失变异,分别为c.2043_2073+5del及22~23号外显子区域0.373 kb的缺失(chr16:1497372-1497745)。先证者母亲临床表型正常,未检测到CLCN7基因变异。突变符合常染色体显性遗传模式。本研究报告了CLCN7基因新变异导致的一个常染色体显性遗传性骨硬化症2型家系,扩展了CLCN7基因变异谱。

同源盒基因A7在胶质瘤组织中的表达及其对胶质瘤细胞增殖和凋亡的影响

目的探讨同源盒基因A7(HOXA7)在脑胶质瘤组织的表达及其对胶质瘤细胞增殖和凋亡的影响。方法选择2010年9月至2016年8月新乡医学院第一附属医院神经外科手术切除的46例神经胶质瘤标本和10例颅脑外伤手术切除的正常脑组织,应用实时荧光定量聚合酶链式反应检测脑胶质瘤组织和正常脑组织中HOXA7 mRNA相对表达量。选取对数生长期U251细胞随机分为空白对照组、无义序列对照组和HOXA7 siRNA组,空白对照组细胞不进行转染,无义序列对照组细胞转染无义序列Scrambled小干扰RNA(siRNA),HOXA7 siRNA组细胞转染HOXA7 siRNA;应用实时荧光定量聚合酶链式反应检测3组细胞中HOXA7 mRNA相对表达量,细胞计数盒-8增殖实验检测3组细胞增殖活力,流式细胞仪检测3组细胞的细胞周期及凋亡率。结果高级别脑胶质瘤中HOXA7的mRNA相对表达量显著高于低级别脑胶质瘤和正常脑组织,低级别脑胶质瘤中HOXA7 mRNA相对表达量显著高于正常脑组织(P<0.05)。HOXA7 siRNA组U251细胞中HOXA7 mRNA相对表达量显著低于空白对照组和无义序列对照组(P<0.05),空白对照组与无义序列对照组U251细胞中HOXA7 mRNA相对表达量比较差异无统计学意义(P>0.05)。培养24、48、72、96 h时,HOXA7 siRNA组U251细胞增殖活力显著高于空白对照组和无义序列对照组(P<0.001);空白对照组与无义序列对照组U251细胞增殖活力比较差异无统计学意义(P>0.05)。HOXA7 siRNA组G_(0)/G_(1)期U251细胞占比显著高于空白对照组和无义序列对照组(P<0.05);空白对照组与无义序列对照组G_(0)/G_(1)期U251细胞占比比较差异无统计学意义(P>0.05)。HOXA7 siRNA组S期U251细胞占比显著低于空白对照组和无义序列对照组(P<0.05);空白对照组和无义序列对照组S期U251细胞占比比较差异无统计学意义(P>0.05)。HOXA7 siRNA组G_(2)/M期U251细胞占比显著高于空白对照组和无义序列对照组(P<0.05);空白对照组与无义序列对照组G_(2)/M期U251细胞占比比较差异无统计学意义(P>0.05)。HOXA7 siRNA组U251细胞凋亡率显著高于空白对照组和无义序列对照组(P<0.05),空白对照组与无义序列对照组U251细胞凋亡率比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论HOXA7在脑胶质瘤组织中呈高表达,且随着脑胶质瘤级别的增加其表达水平显著增高;HOXA7可能通过促进脑胶质瘤细胞的增殖能力和抑制脑胶质瘤细胞的凋亡,参与脑胶质瘤的发生发展。

猪miR-192靶向调控Wnt7a基因表达的研究

【目的】鉴定猪miR-192与Wnt家族成员7A(Wnt7a)基因之间的靶向关系,为进一步构建miR-192介导的胚胎通讯提供依据。【方法】使用miRNA pull-down鉴定miR-192和Wnt7a基因间的互作关系;利用生物信息学软件RNAhybrid 2.2预测miR-192和Wnt7a基因3′-UTR的结合位点,构建含有miR-192结合位点的Wnt7a基因3′-UTR野生型和突变型基因片段,克隆至双荧光素酶报告基因质粒,通过NotⅠ、XhoⅠ酶切和测序进行鉴定;鉴定成功的质粒分别与miR-192 mimics和mimics NC共转染猪子宫内膜上皮细胞,检测双荧光素酶活性;将miR-192 mimics、mimics NC、miR-192 inhibitor、inhibitor NC分别与构建的Wnt7a基因3′-UTR野生型和突变型双荧光素酶报告基因质粒共转染至猪子宫内膜上皮细胞,通过实时荧光定量PCR和Western blotting检测Wnt7a基因mRNA和蛋白的表达水平。【结果】pull-down结果显示,miR-192 mimics组与其阴性对照组相比,Wnt7a基因相对表达量极显著升高(P<0.01),miR-192 input组相对于其阴性对照组极显著降低(P<0.01);RNAhybrid 2.2软件预测到miR-192种子区与Wnt7a基因3′-UTR存在结合位点(UGACCUA);转染Wnt7a野生型质粒的miR-192 mimics和miR-192 mimics NC组相比双荧光素酶活性显著降低(P<0.05),转染Wnt7a突变型质粒的miR-192 mimics和miR-192 mimics NC组之间双荧光素酶活性无显著差异(P>0.05)。实时荧光定量PCR结果表明,miR-192 mimics组Wnt7a基因mRNA相对表达量显著低于其阴性对照组(P<0.05),miR-192 inhibitor组显著高于其阴性对照组(P<0.05)。Western blotting结果表明,过表达miR-192极显著抑制了Wnt7a蛋白的表达(P<0.01),抑制miR-192后Wnt7a蛋白的表达量极显著上升(P<0.01)。【结论】miR-192能够与Wnt7a基因3′-UTR发生靶向作用并抑制其表达。研究结果可为今后深入研究miR-192在妊娠着床过程中的调控机制提供理论依据。

ADAMTS-7基因rs3825807及rs1994016位点多态性与KD发病及CAL的关联性分析

目的分析ADAMTS-7基因rs3825807、rs1994016位点多态性与川崎病(KD)发病及其冠状动脉损伤(CAL)是否存在关联性。方法选取KD患儿100例为KD组,健康体检儿童100例为健康组。提取两组外周血DNA进行基因测序,比较两组ADAMTS-7基因rs3825807位点及rs1994016位点的多态性差异。KD组根据是否存在冠状动脉损伤分为冠状动脉损伤组(KD-CAL组)和无冠状动脉损伤组(KD-NCAL组),比较两组ADAMTS-7基因rs3825807位点及rs1994016位点的多态性差异。结果KD组与健康组比较,KD-NCAL组与KD-CAL组比较,ADAMTS-7基因rs3825807位点A、G等位基因频率和AA、AG、GG基因型频率以及rs1994016位点C、T等位基因频率和CC、CT、TT基因型频率差异均无统计学意义(P>0.05)。结论ADAMTS-7基因rs3825807、rs1994016位点多态性与KD的发病及CAL不存在明显关联性。

AKR7A5基因敲除对雄性小鼠生殖的影响

通过分析野生型和AKR7A5基因敲除型雄性小鼠的睾丸、附睾系数及其组织形态、精子活力和生育力,探讨AKR7A5基因对雄性生殖系统的影响。结果发现:AKR7A5基因敲除型与野生型小鼠睾丸、附睾系数及其组织形态无明显差异;AKR7A5基因敲除型小鼠与野生型小鼠相比,其精子浓度、直线前游总数、直线运动精子、前向运动精子、平均路径运动速度和平均曲线运动速度显著降低,不运动精子显著增加(P<0.01);总产仔数显著降低(P<0.01)。综上,AKR7A5基因敲除影响小鼠成熟精子的数量和活力,降低总产仔数。

MYH7基因新发突变致扩张型心肌病一例

1病例资料患者男性,20岁,因“活动时气喘3个月,加重10 d”于2023年1月27日入院。患者于3个月前出现活动时气喘,休息数分钟后缓解。10 d前休息时即出现气喘,伴胸闷、心悸,外院查肌钙蛋白阴性,给予参松养心胶囊治疗后症状缓解。5 d前再次于休息时出现气喘、心悸,自测心率100~110次/min,后逐渐出现胸闷、头晕、黑矇,伴咳白色泡沫样痰和下肢水肿。外院行冠状动脉造影示冠状动脉未见狭窄,给予扩血管、强心、利尿、抑制心室重构等治疗后转入华中科技大学同济医学院附属同济医院。既往体健,儿童时期活动量正常,否认近3个月发热、咳嗽、咳痰、腹痛、腹泻等病史,否认吸烟、饮酒史,否认家族史(父母健在,均否认心脏病家族史)。查体:体温36.8℃,血压103/60 mm Hg,脉搏92次/min.

贵州省2017年~2023年PEDV和PoRVA流行病学调查及PoRVA VP7、VP4基因的遗传演化分析

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪A群轮状病毒(PoRVA)的流行情况,本研究对2017年~2023年来自贵州省9个地区139个猪场的165份仔猪粪便样品进行Taq Man RT-qPCR检测,并对PoRVA阳性样品VP7、VP4基因进行RT-PCR扩增、测序,遗传进化分析及其编码氨基酸序列的变异分析。结果显示,PEDV、PoRVA和PEDV+PoRVA的感染率分别为67.88%(112/165)、38.79%(64/165)和21.21%(35/165),且在不同年份、不同地区和不同季节均检出三者的感染。PCR结果显示,本实验扩增出27株PoRVA VP7基因和22株VP4基因;遗传进化分析结果显示共鉴定出6种G型和3种P型,其中G9(29.63%)和P[13](68.18%)为优势基因型,G3、G4、G5、G11、G26、P[6]和P[23]分别占7.41%、22.22%、22.22%、3.70%、14.81%、13.64%、18.18%。21份PoRVA样品鉴定出10种G/P组合基因型,G9P[13](19.05%)为优势组合基因型,G4P[13]、G5P[13]、G3P[13]、G4P[6]、G5P[23]、G9P[23]、G11P[13]、G26P[6]、G26P[13]分别占14.29%、14.29%、9.52%、9.52%、9.52%、9.52%、4.76%、4.76%及4.76%。同源性分析结果显示,27株VP7基因和22株VP4基因序列与NX疫苗株相应基因序列之间的同源性分别为75.5%~94.0%和68.5%~75.6%,氨基酸序列的同源性分别为78.3%~96.6%和72.0%~82.5%,部分PoRVA上述基因序列与国外、人源RVA的同源性最高。氨基酸位点变异分析结果显示,与NX疫苗株相比,所测PoRVA VP7和VP4氨基酸序列均存在特征性位点的变异,其中G型PoRVA VP7无氨基酸位点的缺失和插入,G9型PoRVA VP7存在3处(I^(208)T、K^(212)A/V/T、V^(271)I)变异,G3、G4、G5、G11和G26型PoRVA VP7存在17处(S^(28)R/K、A^(29)I/T/M/V、L^(40)I/V、V^(44)L、S^(71)T、Q^(73)G/N/S/E、S^(90)A/Q/K/R、G^(94)N/S/A/K、N^(100)D/E、T^(122)A/S、T^(147)A/G/N/D、Q^(189)S/T、I^(208)L/Q/T、K^(212)T/I/P/N、A^(213)N/T/D、E^(267)D/N、V^(271)I)变异;3株P[6]型PoRVA VP4在aa136缺失T,13株P[13]型PoRVA VP4在aa188~aa189插入E/D~Y/F,P[6]、P[13]和P[23]型PoRVA VP4存在26处(I^(92)V、Q^(94)E、Q^(113)T/P/N、T^(114)N/Q/S/R、T^(115)Q/E、N^(116)S/L/T、P^(148)A/Q/V/S/I、T^(180)E/N/D、P^(162)T、I^(174)V/L、C^(269)Y、R^(281)N、A^(286)L/S、T^(302)N、A^(340)S/V、T^(379)S、T^(403)A、S^(438)P、R^(553)K、A^(569)A、M^(570)L、A^(608)S、E^(660)D、I^(726)F、K^(733)N、S^(739)T)变异。上述结果表明,2017年~2023年贵州省PEDV和PoRVA感染率高且基因型复杂,其中PoRVA存在以G9型、P[13]型为主的流行,优势组合基因型为G9P[13]。本研究丰富了贵州省PEDV和PoRVA的流行病学资料,尤其为PoRVA感染的防控和候选疫苗株的筛选提供了参考数据。

保山猪BMP7基因的SNP筛选及生物信息学分析

试验旨在探究BMP7基因在保山猪上的分子遗传特性。以保山猪为研究对象,采用直接测序法对其BMP7基因的多态性进行检测,利用生物信息学软件对保山猪BMP7基因编码蛋白结构及理化性质进行分析与预测。结果表明:保山猪BMP7基因外显子上共出现5个SNP位点,分别为Exon2(98 T>C、143T>C)、Exon4(91 C>T、94 A>G)、Exon6(26 T>C),均为同义突变。生物信息学分析表明,BMP7基因理论等电点为6.86,分子量为46 714.69;保山猪BMP7基因编码的蛋白为可溶性蛋白,无跨膜结构,有一个膜内蛋白,有信号肽存在,蛋白质三级结构空间构象未发生变化。综上,保山猪BMP7基因在编码区外显子上的5个突变位点均为同义突变,保守程度较高,蛋白质结构和功能并未发生改变,本研究结果可为保山猪的选育工作提供参考。

美仁牦牛FABP7基因克隆、生物信息学及表达分析

【目的】为探究牦牛脂肪酸结合蛋白7基因(Fatty Acid Binding Protein 7,FABP7)的结构与功能。【方法】以美仁牦牛为试验对象,克隆FABP7基因的编码区(Coding sequence CDS)以及检测该基因在不同组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、睾丸、肌肉、脂肪)中的表达差异。以美仁牦牛心脏组织cDNA为模板,利用RT-PCR技术克隆牦牛FABP7基因的CDS区序列,并使用多种软件和在线工具进行生物信息学分析,利用qPCR技术检测FABP7基因在美仁牦牛8个组织中的表达情况。【结果】美仁牦牛FABP7基因编码区全长为399 bp,编码132个氨基酸,已上传至美国国家生物技术信息中心(NCBI)GenBank数据库中,获得基因序列号为OQ730164;分析牦牛FABP7蛋白显示,不稳定指数为26.27、理论等电点为5.38,脂肪系数73.71、总平均亲水指数-0.387,属于稳定的亲水性蛋白质,FABP7蛋白中存在1个N-糖基化潜在位点和14个潜在的磷酸化位点,该蛋白没有信号肽区域,不存在跨膜结构;在氨基酸组分中缬氨酸含量最高(11.4%),通过亚细胞定位发现,美仁牦牛FABP7基因分布在细胞质、细胞核、线粒体中;通过预测蛋白二、三级结构可知,蛋白质的高级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成。同源性比对发现,美仁牦牛和牦牛、牛的亲缘关系最近(100%),与蜥蜴的最远(91.67%),FABP7基因与FABP2、FABP4、FABP5、FABP6以及APOA4等相关蛋白相互作用,对机体的脂质代谢具有重要的调控作用;qPCR结果显示,美仁牦牛的8个组织中FABP7基因的表达量存在明显的差异性,在心脏组织中的表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05),在脾脏组织中低度表达。【结论】本试验成功克隆了美仁牦牛FABP7基因的编码区,且该基因在美仁牦牛心脏组织中表达最高,可为FABP7基因在牦牛后续的研究中提供理论依据。

微小RNA-452-5p及SRY盒相关基因7在食管癌组织中的表达水平及与临床病理参数和预后的关系研究

目的 探讨微小RNA-452-5p(miR-452-5p)及SRY盒相关基因7(SOX7)在食管癌组织中的表达水平以及临床病理参数和预后的关系。方法 选取2017年6月至2019年5月期间我院收治的106例食管癌患者作为研究对象。检测食管癌患者miR-452-5p、SOX7 mRNA的表达,分析癌组织中miR-452-5p、SOX7 mRNA表达与临床病理参数的关系,采用Kaplan-Meier法进行生存分析,并采用COX单因素和多因素分析影响食管癌预后的危险因素。结果 相比于癌旁组织,癌组织中的miR-452-5p表达水平更高(P<0.05),SOX7 mRNA表达水平更低(P<0.05)。相比于肿瘤Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移、浸润深度(Tis~T2)食管癌患者,miR-452-5p在有淋巴结转移、肿瘤分期Ⅲ期、浸润深度(T3~T4)癌组织中有更高的表达水平,SOX7 mRNA表达水平更低(P<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,患者3年总生存率miR-452-5p高表达组为30.4%(17/56),miR-452-5p低表达组为54.0%(27/50),累积总生存率差异有统计学意义(Log-rankχ^(2)=6.082,P=0.014);SOX7 mRNA高表达组和SOX7 mRNA低表达组患者患者3年总生存率分别为53.7%(29/54)、28.8%(15/52),累积总生存率差异有统计学意义(Log-rank χ^(2)=6.742,P=0.009)。COX单因素回归分析结果显示,miR-452-5p、SOX7 mRNA、肿瘤分期、浸润深度、淋巴结转移与食管癌预后有关。COX多因素回归分析结果显示,影响食管癌预后的独立因素有淋巴结转移、SOX7 mRNA低表达、肿瘤分期Ⅲ期、miR-452-5p高表达、浸润深度(T3~T4)。结论 miR-452-5p在食管癌组织中呈高表达、SOX7 mRNA在食管癌组织中呈低表达,其水平与淋巴结转移、肿瘤分期、浸润深度有关,且密切关联食管癌患者预后。

绿豆7S球蛋白基因鉴定及在籽粒发育中的表达分析

为阐明绿豆7S(Vigna radiata 7S,Vr7S)球蛋白基因的基本性质及其在籽粒生长发育过程中的表达模式,本研究运用生物信息学、反转录聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)对10个Vr7S球蛋白基因的理化性质、基因结构特征、蛋白三级结构、系统发育关系及基因表达谱等进行研究。结果表明,Vr7S球蛋白基因编码的蛋白长度为246~594个氨基酸,等电点位于5.02~6.40之间,分子质量为27.82~70.02 kDa;所有Vr7S球蛋白基因包含3~7个外显子、2~6个内含子、5~8个保守基序;除Vr7S B1具有1个cupin保守结构域外,其余9个基因均含有2个cupin结构域;Vr7S球蛋白三级结构有4种类型,主要包含α-螺旋、β-链等结构;在cupin保守结构域中,绿豆和其他物种共有67个保守氨基酸残基,绿豆与赤豆7S球蛋白基因间的同源关系最近,其次是菜豆、木豆及大豆等。基于不同绿豆品种、不同发育时期籽粒的转录组测序和RT-PCR表达谱分析显示,Vr7S球蛋白基因伴随着绿豆籽粒的发育成熟呈现表达量升高的趋势,这与其他豆科物种7S球蛋白基因的表达模式一致,表明其在绿豆籽粒贮藏蛋白的生成调控过程中具有积极作用。本研究为进一步解析Vr7S球蛋白基因在绿豆籽粒发育中的生物学功能奠定了基础。

吉林省宫颈病变患者人乳头瘤病毒16型E6、E7基因变异分析

目的通过调查吉林省人乳头瘤病毒16型(HPV16)的E6、E7基因变异,评估HPV16基因变异与吉林省地区宫颈癌前病变及宫颈癌发生的相关风险。方法收集129例HPV16感染的宫颈癌及癌前病变患者的宫颈脱落细胞,提取细胞DNA,以特异性引物用聚合酶链反应法(PCR)扩增E6-E7基因序列,再将E6-E7基因序列与标准的HPV16型基因序列比对,寻找E6-E7基因的突变位点。结果共发现8个E6突变位点,其中错义突变6个,无义突变位点2个,突变发生率较高的突变位点为:T178G(59/129,45.74%),A131C(10/129,7.75%),T350G(6/129,4.65%),T178A(6/129,4.65%)。共发现11个E7基因突变位点,其中错义突变位点6个,无义突变位点5个,突变率较高的位点为A647G(57/129,44.19%),T846C(55/129,42.64%),G666A(34/129,26.36%),T843C(20/129,15.50%)。E6、E7常见的突变位点在宫颈癌组和癌前病变组分布均差异无统计学意义。本研究中仅发现了亚洲变异型和欧洲变异型。经统计学分析发现,吉林省HPV16原型、As、Eur在宫颈癌和癌前病变中的分布差异有统计学意义(P=0.02),其中以亚洲变异型为主。结论本研究中吉林省仅发现HPV16的As、Eur2种变异型,且以As变异型为主;在吉林省HPV16 E6、E7常见的变异位点与宫颈病变的进展无关。

基于ORF7基因的猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-RAA检测方法的建立

根据GenBank公布的ORF7基因保守序列设计了特异性引物,建立了PRRSVORF7基因反转录-重组酶介导等温扩增(RT-RAA)荧光法快速检测方法。结果表明,RT-RAA荧光法在42℃、20min内即可检测到PRRSV特异性扩增曲线,最低检测浓度为9.9×10^(6)copies/μL;与PRVBartha-K61、PCV、CSFV、PRRSVGD、PRRSVXH-GD、PRRSVGM2、PRRSVCH-1a病毒均无交叉反应。分别对157份样品进行荧光RT-RAA法与PCR方法的检测进行比对,结果显示,荧光RT-RAA法敏感性为94.0%,特异性为100%。建立的PRRSV荧光RT-RAA法操作简便,特异性强,灵敏度高。