一种新的突变型人血小板内皮细胞黏附因子1的基因克隆与序列分析

目的克隆一种新的突变型人血小板内皮细胞黏附因子1(PECAM1)基因,并应用生物信息学方法进行序列分析。方法以提取的X射线辐射诱导的人鼻咽癌耐药细胞CNE1/R中的总RNA为模板,RT-PCR扩增获得PECAM1基因片段,克隆至pMD19-TSimple载体并测序鉴定。应用生物信息学方法分析PECAM1基因的序列同源性与结构特征。结果成功克隆了突变型人PECAM1基因,但与GenBank中的人PECAM1基因参考序列相比有三点不一致,分别位于1452、1688和2008nt处。与马、猪、牛、大鼠、小鼠的PECAM1基因具有高度同源性,同源性分别为82%、82%、79%、73%、73%。突变序列与参考序列相比,1688和2008nt翻译对应的氨基酸发生变化,即563、670aa分别由丝氨酸、精氨酸改变为天冬酰胺、甘氨酸。人PECAM1蛋白39～127aa、235～322aa、327～404aa、408～496aa和502～594aa均为Ig-2免疫球蛋白超家族结构域,而突变型人PECAM1基因编码的563aa突变刚好位于502～594aa的Ig-2免疫球蛋白超家族结构域中。结论突变型人PECAM1基因在基因水平相较人PECAM1基因参考序列有3个位点改变,应用生物信息学方法进行序列分析,发现在蛋白水平改变导致的563aa突变位于Ig-2免疫球蛋白超家族结构域,这为进一步研究其生物学功能及其在X线照射后人鼻咽癌细胞CNE1/R产生多药耐药中的作用提供了依据和线索。