从12S rRNA基因序列推测鹭科13种鸟类的系统发生关系

对鹭科 12个种的线粒体 12SrRNA基因全长约 975bp的序列进行了测定 ,并从GenBank获得黄顶夜鹭12SrRNA基因全序列。比对后的序列长 993bp ,含 36 3变异位点 ,2 88个多态位点 ,187个简约信息位点。使用邻接法和最大简约法重建的分子系统树将 13种鹭聚为 2支 :第一支包括白鹭、中白鹭、大白鹭、池鹭、牛背鹭、苍鹭、草鹭、夜鹭、黄顶夜鹭 ,第二支由黄苇、黑苇、栗苇、大麻组成。结果提示将鹭科分为鹭亚科和亚科的传统观点是合理的 ,不支持Payne将鹭科分为日鹭亚科 (Ardeinae)、夜鹭亚科 (Nycticracinae)、亚科 (Botaurinae)和虎鹭亚科 (Tigrisomatinae)的观点。进一步的分析表明 :白鹭在系统演化中要早于大白鹭和中白鹭分支出来 ,大白鹭和中白鹭与苍鹭、草鹭和牛背鹭间的亲缘关系较近 ,而与白鹭较远 ,支持Sibley(1990 )将大白鹭和中白鹭作为独立的大白鹭属 (Casmerodius)和中白鹭属 (Mesophoyx)的建议 :黑、栗苇与黄苇在系统发生中构成一单系群 ,提示将黑置于苇属 (Ixobrychus)

基于线粒体12S和16S rRNA基因部分序列的角蟾亚科部分属种的系统发育关系

测定了角蟾亚科 2属 8种 (亚种 )和外群 3种的线粒体 12S和 16SrRNA基因部分DNA序列 ,比对后序列长共 94 9bp ,其中变异位点数 32 0 ,简约位点数 2 0 6。邻接法和最大简约法分析的系统关系树一致表明内群为一单系群 ,其中腺角蟾首先与其他物种分开 ;沙坪角蟾与宽头短腿蟾聚为一支 ;余下的 5种 (亚种 )角蟾组成一支 ,其中小角蟾短肢亚种的广西种群和香港种群聚为一亚支 ,另一亚支包括峨眉角蟾、小角蟾指名亚种、尾凸角蟾和重庆武隆的角蟾种 ,后两种角蟾进化关系最近。本结果支持短肢角蟾为有效种 ,同时提示腺角蟾、沙坪角蟾与宽头短腿蟾可能隶属 3个不同的亚属或属。

亚洲淡水和陆生龟鳖类12S rRNA基因片段的序列分析和系统发生研究

对亚洲产淡水和陆生龟鳖类4科23个种进行了DNA序列水平的分子系统学研究，用PCR技术扩增约400bp的线粒体12SrRNA基因片段并进行了序列分析，合并从GenBank中检索到的其它龟鳖类的序列数据，在基于二级结构的对位排列基础上用邻结法进行了系统发生研究。结果表明，潮龟科与陆龟科的亲缘关系比龟科与陆龟科的近；支持将平胸龟属归为鳄龟科的1个属；潮龟科是并系起源的，从12SrRNA基因序列得到的系统发生关系不支持根据形态学和染色体性状对潮龟科的分亚科和分组。根据12SrRNA基因片段的序列差异和化石记录的分歧时间计算得到的颠换积累速率，支持龟鳖类mtDNA慢速率进化理论。

九种绢丝昆虫线粒体12S rRNA基因的序列特征和系统发育分析

为探讨鳞翅目中绢丝昆虫之间的系统发育关系和分子进化特征,本研究测定了中国柞蚕Antheraea pernyi野生型和放养型的线粒体12SrRNA基因的部分序列,结合来自GenBank数据库的17条序列,对总共9种绢丝昆虫(2科3属)的12SrRNA基因序列进行了分析。利用软件MEGA3.1进行碱基组成、变异位点的统计和分子进化分析,分别用类平均聚类法((UPGMA)、邻接法(NJ)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)重建系统发生树。测定的中国柞蚕野生型的12SrRNA基因序列(427bp)与放养型"豫早1号"的序列完全一致。序列对齐后共鉴定80个变异位点,50个简约信息位点。碱基组成分析显示在科属间具有明显差异,AT含量蚕蛾科高于大蚕蛾科;在A和T碱基的使用上,大蚕蛾科偏好使用T,而蚕蛾科则偏好使用A。与动物中常见的以转换为主的碱基替换模式不同,所分析的9种昆虫中除桑蚕属内部为转换与颠换基本一致外,其余物种间均是颠换多于转换。进化分析支持柞蚕属、樗蚕属和桑蚕属的单系。基于UPGMA法的进化树支持琥珀蚕是柞蚕属的较原始类型,而NJ、ME和MP法则支持印度柞蚕是较原始的类型,因此,柞蚕属种间的进化关系尚需进一步研究。

从12SrRNA和Cyt b基因部分序列研究13种猫科动物的分子系统关系

为探讨中国猫科动物(Felidae)的系统发生关系,本文对中国产13种猫科动物的12SrRNA基因(约371bp)和细胞色素b基因(Cytb)部分序列(约355bp)进行了分析,并采用“最大简约法”和“最大似然法”构建了分子系统树。结果表明:在Cytb基因序列中,有113个位点存在变异(约为总位点数的31.8%),高于12SrRNA基因序列的44个变异位点(约为总位点数的11.9%);构建的分子系统树显示,猞猁(Lynxlynx)可能是中国最早起源的猫科动物,与其它猫科动物之间的亲缘关系较远,支持将其立为猞猁属(Lynx)的观点;草原斑猫(Felislibyca)、丛林猫(Felischaus)、兔狲(Otocolobusmanul)和荒漠猫(Felisbieti)具有较近的亲缘关系,支持将兔狲划归于猫属(Felis)的观点;金猫(Caopumatemminckii)、云猫(Pardofelismarmorata)具有较近的亲缘关系,但它们与猫属物种之间的亲缘关系可能较远,不支持将它们划归于猫属;豹猫(Ponailurusribengalensis)、渔猫(Prionailurusviverrinus)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹猫属(Ponailurus);云豹(Neofelisnebulosa)、豹(Pantherapardus)、雪豹(Unciauncia)、虎(Pantheratigris)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹属(Panthera)

从12S rRNA基因第三结构域序列分析探讨蜘蛛若干重要类群的亲缘关系

本文将12S rRNA基因序列分析应用于研究若干重要蜘蛛类群的系统关系,以对传统的分类研究结论进行验证和补充,并且探讨12S rRNA基因序列分析在蜘蛛系统发生研究中的适用性。根据12S rRNA基因第3结构域构建的分子系统树得出结论:1.圆网类(即妖面蛛总科与园蛛总科)并非单系;2.隙蛛与暗蛛较漏斗蛛具有更近的亲缘关系;3.壁钱和拟壁钱并不近缘;4.有筛器类蜘蛛为复系类群;5.12S rRNA基因第3结构域片段对推断近缘科属间的系统发生关系是有效的遗传标记。

鹳形目12种鸟类核c-mos基因和线粒体12S rRNA基因序列分析及其系统发生研究

鹳形目鸟类的传统分类一直存在分歧,而近期的分子系统学研究大多只用单个基因,其结论的可信度需要进一步验证。本文通过核c-mos基因和线粒体12S rRNA基因序列分别和合并分析,采用分子系统学方法探讨了鹳形目6科12种鸟类的系统发生关系。文中测出鹳形目鸟类6种核c-mos基因的片断序列,结合来自Genebank的其他种类的c-mos和12S rRNA基因序列,分别经Clustal W软件对位排列后,以原鸡为外类群用最大似然法、邻接法和最大简约法建立系统树。系统树分析表明,鹳形目6科之间的系统发生关系总结为:(鹭科,((科,美洲鹫科),(鹳科,(鲸头鹳科,锤头鹳科))))。鹭科7个属之间的系统发生关系总结为:(麻属(夜鹭属(池鹭属(苍鹭属(中白鹭属(白鹭属,大白鹭属))))))。分别基于两个单基因的系统树有一定差异,而基于合并数据的系统树支持率和分辨率都高于基于单基因的系统树,表明使用在遗传上相对独立的分子数据合并建立系统树有较高的可信度和分辨率,是一种更好的研究方法。

基于12S rRNA基因序列的犬弓首蛔虫种系发育关系分析

本次研究旨在分析河南省不同地区犬弓首蛔虫分离株线粒体12S rRNA部分基因序列(plastiosome 12S rRNA,p12S rRNA)的遗传变异情况。通过PCR技术对犬弓首蛔虫p12S rRNA序列进行扩增并测序,应用Clustal X 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树。结果显示,所获得的18个犬弓首蛔虫分离株p12S rRNA序列长度为497~499 bp。种系发育分析结果显示,所有的犬弓首蛔虫分离株与已知犬弓首蛔虫位于同一分支,与其他蛔虫所属分支相隔较远。犬弓首蛔虫p12S rRNA序列种内相对保守,而种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的标记,从而为犬弓首蛔虫的分类与流行学调查奠定了基础。

大头蛙和脆皮大头蛙线粒体3个基因的测定及两栖类亲缘关系研究

现存的两栖类系统发生关系一直存在争议,特别是3个目间的亲缘关系。本文设计了5对引物,扩增和测定了大头蛙和脆皮大头蛙线粒体12S和16S rRNA基因和Cytb基因的全序列。在对所测序列进行分析的同时,基于3个基因全序列的相加数据,运用MEGA 3.1和PHYLIP 3.64软件中的NJ法、MP法和ML法,对两爬类17个物种,以鱼类非洲肺鱼为外群,重建出3个树形完全一致的分子系统树。研究结果显示:现存两栖类中无尾目和有尾目为姐妹群关系,并推断有尾目内小鲵科和隐鳃鲵科亲缘关系较近。此外,在研究两栖类系统发生关系方面,作者分析前人研究中产生两种不同观点的可能原因,同时总结了在此类研究中产生偏差的几种影响因素。

新疆某医院粪便样品中隐孢子虫种类的鉴定

为了解新疆某医院粪便样本中人源性隐孢子虫种系基因型,将收集来的腹泻病人粪便样本采用乙酸乙酯-改良抗酸染色法进行卵囊鉴定,同时提取隐孢子虫感染阳性样本的核酸,设计特异性引物扩增隐孢子虫的18 S rRNA基因和HSP70基因,依据所获得的目的基因序列构建系统发生分析。结果表明,新疆地区人粪便中隐孢子虫的阳性率为16.5%,高于全国平均水平。系统进化分析显示,其分子生物学特征主要为微小隐孢子虫(C.parvum)和人隐孢子虫(C.hominis)。说明新疆地区人源性隐孢子虫种系主要为C.parvum及C.hominis,具备人兽共患传播的可能性。

六种灵猫科动物的分子系统关系研究

对六种灵猫科物种线粒体12 S rRNA基因及其中四种的Cytb基因部分序列进行了测定,并从Gen-Bank获得斑林狸(Prionodon pardicolor)、熊狸(Arctictis binturong)的Cytb基因同源序列。两基因整合序列比对后长755 bp,12 S rRNA基因序列中有70个变异位点,31个简约信息位点,在Cytb基因序列中,共有120个位点呈现变异,60个简约信息位点,Cytb基因的碱基变异百分比高于12 S rRNA基因的碱基变异百分比。使用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)重建的分子系统树显示:斑林狸从灵猫亚科中分离出来,支持灵猫亚科的多系起源,而且斑林狸可能是中国起源最早且最特化的灵猫科动物。另外,同属于灵猫亚科的大灵猫(Viverra zibe-tha)、小灵猫(Viverricula indica)聚为一支,同属于棕榈狸亚科的果子狸(Viverricula indica)、熊狸聚为姐妹群,这些与传统形态学分类观点一致。