Gene Expression Pattern of Signal Transduction in Chronic Myeloid Leukemia

To explore the transcriptional gene expression profiles of signaling pathway in Chronic myeloid leukemia （CML）, a series of cDNA microarray chips were tested. The results showed that differentially expressed genes related to singal transduction in CML were screened out and the genes involved in Phosphoinositide 3-kinases （PI3K）, Ras-MAPK （mitogen-activated protein kinase） and other signaling pathway genes simultaneously. The results also showed that most of these genes were up-expression genes , which suggested that signal transduction be overactivated in CML. Further analysis of these differentially expressed signal transduction genes will be helpful to understand the molecular mechanism of CML and find new targets of treatment.

基于cDNA微阵列技术对激活蛋白处理水稻后信号传导及防卫反应相关基因的研究

为探讨激活蛋白对植物抗病防虫作用的机理，应用水稻10368条非冗余序列标签（ESTs）所制备的cDNA微阵列及荧光信号Cy3、Cy5杂交体系，对激活蛋白处理水稻后信号传导及防卫反应相关基因进行了研究，并利用半定量RT-PCR方法验证了相关基因的表达。结果表明：激活蛋白处理水稻后1～5d内，诱导了NPR1和bZIP等信号传导相关基因的上调表达，同时对APX、GST、CHS及PR1α等防卫基因的表达也有促进作用。激活蛋白诱导水稻启动了水杨酸介导的系统获得抗性（systemic acquired resistance，SAR）反应。

树鼩部分信号转导通路的相关cDNA芯片的建立

目的:建立树鼩部分信号转导通路的相关cDNA芯片,从而进一步探讨肝细胞癌(HCC)发生的分子机制。方法:在基因库中找出人的信号转导通路相关基因mRNA序列,选取其中与大、小鼠高度同源的片段,设计出相关的引物序列,然后用树鼩正常肝组织的cDNA为模板经PCR扩增出树鼩相应基因的cDNA片段,将这些cDNA片段作为树鼩的特异性探针,进而建立起树鼩部分信号转导通路的相关cDNA芯片。结果:得到涉及信号转导通路相关基因的探针共有152个基因。结论:利用该芯片研究树鼩HCC发生过程中信号转导通路中的作用将有重要的实用价值,从而完善树鼩肝癌动物模型的研究。

NF-κB and ERK-signaling pathways contribute to the gene expression induced by cag PAI-positive-Helicobacter pylori infection

AIM： To elucidate the sequential gene expression profile in AGS cells co-cultured with wild-type Helicobacter pylori （H pylon） as a model of Hpylori-infected gastric epithelium, and to further examine the contribution of cag-pathogenicity islands （cagPAI）-coding type IV secretion system and the two pathways, nuclear factor kappa B （NF-κB） and extracellular signal-regulated kinases （ERK） on wild-type Hpylori-induced gene expression. METHODS： Gene expression profiles induced by Hpylori were evaluated in AGS gastric epithelial cells using cDNA microarray, which were present in the 4600 independent clones picked up from the human gastric tissue. We also analyzed the contribution of NF-κB and ERK signaling on H pylori-induced gene expression by using inhibitors of specific signal pathways. The isogenic mutant with disrupted cagE （△cagE） was used to elucidate the role of cagPAI-encoding type IV secretion system in the gene expression profile. RESULTS： According to the expression profile, the genes were classified into four clusters. Among them, the clusters characterized by continuous upregulation were most conspicuous, and it contained many signal transducer activity-associated genes. The role of cagPAI on cultured cells was also investigated using isogenic mutant cagE, which carries non-functional cagPAI. Then the upregulation of more than 80% of the induced genes （476/566） was found to depend on cagPAI. Signal transducer pathway through NF-κB or ERK are the major pathways which are known to be activated by cagPAI-positive H pylori. The role of these pathways in the whole signal activation by cagPAI-positive H pyloriwas analyzed. The specific inhibitors against NF-κB or ERK pathway blocked the activation of gene expression in 65% （367/566） or 76% （429/566） of the genes whose activation appealed to depend on cagPAI. CONCLUSION： These results suggest that more than half of the genes induced by cayPAI-positive H pylori depend on NF-κB and ERK signaling activation, and these pathways may play a role in the gene expression induced by hostbacterial interaction which may associate with H pylorirelated gastro-duodenal diseases.

汉坦病毒感染细胞整合素受体信号转导相关差异表达基因筛选

通过基因芯片技术观察汉坦病毒感染细胞后整合素受体信号转导相关基因的差异表达,以探讨汉坦病毒进入细胞的分子机制。用汉滩病毒76-118株感染原代人胚肺成纤维细胞,同时设立正常对照细胞,于感染后第6h、24h和96h同时抽提感染组与正常对照组细胞总RNA,利用荧光标记dUTP逆转录制备cDNA探针,与人类受体及信号转导类表达谱芯片杂交,并对Cy3、Cy5荧光信号做扫描分析。结果显示有37项基因出现差异表达,其中31项基因在感染后6h出现差异表达,13项下调、18项上调;但在感染后24h和96h分别只有5项和4项基因出现表达差异;而且整合素信号转导通路中的重要基因如一些蛋白激酶相关基因在感染6h表达增强,丝化增强子1在感染6h和96h表达下调,微管相关蛋白1A在感染6h表达上调、感染24h和96h表达下调。这些进一步说明汉坦病毒感染细胞与整合素有关。

肝炎病毒蛋白反式激活作用的研究策略

具有反式激活作用的肝炎病毒蛋白有多种 ,目前研究主要集中在HBV的羧基末端截短型表面抗原中蛋白 (MHBst)、HBx Ag,以及HCV的核心蛋白、非结构蛋白 3(NS3)、非结构蛋白 5A(NS5A)等。研究肝炎病毒蛋白反式激活作用的分子生物学技术包括抑制性消减杂交 (SSH)、基因表达谱芯片技术等。肝炎病毒蛋白在极少数情况下通过与启动子DNA结合影响肝细胞的基因表达谱 ,但更主要的是通过影响细胞信号转导的途径 ,包括NF κB、STAT 3、MAPK、Nur77、PI3K等。关于肝炎病毒蛋白对肝细胞基因表达谱的影响及其机制的研究 。

芳维A酸氨丁三醇对Hacat细胞信号转导途径的影响

目的通过研究芳维A酸氨丁三醇(Arotinoid Trometamol,AT)诱导HaCat细胞后的基因表达差异,初步探讨AT治疗银屑病的作用机制。方法应用基因芯片技术,检测AT(10-6mol/L)诱导HaCat细胞24小时前后基因表达谱的改变。结果在4000条人类全长cDNA中,有580条的表达量差异达到2倍以上,其中,注释完整的基因有253条(143条表达量增加,110条表达量减少)。差异表达的基因主要是细胞内信号基因(17.8%),细胞受体基因(8.3%),DNA结合、转录因子基因(11.9%),细胞因子基因(4.0%),细胞周期及细胞凋亡的调控基因(5.6%)。结论AT能够通过影响信号转导途径中包括KLF4、HSPA8、HSPCB在内的多个基因表达而发挥其生物学作用。

用树鼩cDNA芯片研究树鼩肝癌中参与信号传导的部分基因变化情况

目的利用树鼩cDNA芯片研究黄曲霉毒素B1(AFB1)和(或)乙型肝炎病毒(HBV)引起的树鼩肝细胞癌(HCC)发生过程中参与信号传导的部分基因表达变化情况,从而进一步探讨HCC发生的分子机制。方法实验树鼩分3组:A组(AFB1组)、B组(AFB1+HBV组)、C组(正常对照组)。所有动物在实验过程中定期接受剖腹手术取肝组织检查,至肝癌形成时处死动物取肝癌和癌旁组织。用树鼩CD N A 芯片检测实验第30、60、90周肝活检组织、肝癌组织及其癌旁组织中各基因的表达情况,并用实时逆转录聚合酶链反应(Real time RT-PCR)法验证cDNA芯片结果。结果在A组和B组从癌前到癌变过程中胰岛素样生长因子-Ⅱ(IGF-Ⅱ)、C-rel、核因子-κB2(NF-κB2)均显示有差异表达, 同时bcl-2、细胞周期素A(cyclin A)、睫状神经营养因子(cNTF)仅在B组显示有差异表达。而C组这几个基因无差异表达。实验组与对照组比较,在诱癌的早、中期(30、60周)均出现CNTF及cyclin A的差异表达。real time RT PCR结果与cDNA芯片检测结果基本一致。A组IGF-Ⅱ、C-rel基因及B组IGF-Ⅱ基因,在肝癌组织表达水平明显低于癌旁及实验30、60周组织,而癌旁与实验30、60周相比较则无明显差异;B组CNTF 基因在癌旁,肝癌及60周之间比较无明显改变,但均明显高于30周;A组CNTF基因表达水平在癌旁、肝癌组织高于癌前组织,但差异无统计学意义,C组这3个基因不同时期比较亦无明显差异。结论树鼩部分信号传导通路相关cDNA芯片应用于检测树鼩HCC发生过程中信号传导通路中各基因表达的变化,对进一步了解树鼩HCC发生的机制有重要实用价值。IGF-Ⅱ、NF-κB2、C-rel、Bcl-2、cyclin A及CNTF 这几个基因与树HCC的发生发展密切相关。