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常染色体显性多囊肾病的外周血LncRNA差异表达研究
被引量:
2
1
作者
郭思薇
魏世超
+5 位作者
骆杰伟
黄程勇
郑星宇
黄昉萌
吴永希
曾辉
《中国中西医结合肾病杂志》
2018年第3期242-247,I0004,共7页
目的:为了寻找到常染色体显性遗传性多囊肾(ADPKD)的生物标志物和潜在的治疗靶点。方法:通过Arraystar LncRNA芯片分析,找到差异表达LncRNA,行生物信息学对比分析。结果:本实验利用Fold change进行差异LncRNAs筛选(Fold change≥2.0),...
目的:为了寻找到常染色体显性遗传性多囊肾(ADPKD)的生物标志物和潜在的治疗靶点。方法:通过Arraystar LncRNA芯片分析,找到差异表达LncRNA,行生物信息学对比分析。结果:本实验利用Fold change进行差异LncRNAs筛选(Fold change≥2.0),结果发现:差异表达上调的LncRNA总共有1 082个,差异表达下调的LncRNA总共有521个。差异反义(antisense)LncRNAs共有24个,差异lincRNAs共有130个;差异高保守LncRNAs表达上调的有39个,表达下调的有21个;差异生物学过程相关LncRNAs表达上调的有203个,表达下调的有142个;差异疾病相关LncRNAs表达上调的有220个,表达下调的有139个;差异组织特异性LncRNAs表达上调的有340个,表达下调的有218个。其中差异表达的LncRNA大部分为反义或基因间LncRNA,大部分与癌症疾病有关,参与了细胞周期、凋亡、增生等基本的生物学过程。发现在多囊肾组ENST00000413645(P=9.066 4E-07,Fold Change=5.367 391 5)、NR_117100(P=2.607 15E-05,Fold Change=6.823 964 7)、NR_103753(P=3.195 93E-05,Fold Change=11.429 959 6)、NR_003367(P=0.003 377 454,Fold Change=2.470 739 8)参与了细胞周期、细胞凋亡、细胞增生、细胞粘附、血管生成、新陈代谢、DNA损伤、致癌基因相关的生物学过程等且与肾脏疾病相关,差异较为显著,因而猜测其与ADPKD的发病关系密切。查找LncRNA与其邻近的mRNA发现,反义LncRNA ENST00000568795相关的邻近mRNA基因Symbol为PKD1,其P=0.028 959 977、Fold change=2.245 613 3,结果有统计学意义。结论:差异表达的ENST00000413645、NR_117100、NR_103753、NR_003367和ENST00000568795与ADPKD的发病存在密切关系,有望作为其诊疗的生物标志物。
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关键词
多囊肾
LncRNA
ADPKD
arraystar
LncRNA芯片
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题名
常染色体显性多囊肾病的外周血LncRNA差异表达研究
被引量:
2
1
作者
郭思薇
魏世超
骆杰伟
黄程勇
郑星宇
黄昉萌
吴永希
曾辉
机构
福建医科大学省立临床医学院福建省立医院南院中医科福建中医药大学
出处
《中国中西医结合肾病杂志》
2018年第3期242-247,I0004,共7页
基金
福建省自然科学基金项目(No.2016J01497)
文摘
目的:为了寻找到常染色体显性遗传性多囊肾(ADPKD)的生物标志物和潜在的治疗靶点。方法:通过Arraystar LncRNA芯片分析,找到差异表达LncRNA,行生物信息学对比分析。结果:本实验利用Fold change进行差异LncRNAs筛选(Fold change≥2.0),结果发现:差异表达上调的LncRNA总共有1 082个,差异表达下调的LncRNA总共有521个。差异反义(antisense)LncRNAs共有24个,差异lincRNAs共有130个;差异高保守LncRNAs表达上调的有39个,表达下调的有21个;差异生物学过程相关LncRNAs表达上调的有203个,表达下调的有142个;差异疾病相关LncRNAs表达上调的有220个,表达下调的有139个;差异组织特异性LncRNAs表达上调的有340个,表达下调的有218个。其中差异表达的LncRNA大部分为反义或基因间LncRNA,大部分与癌症疾病有关,参与了细胞周期、凋亡、增生等基本的生物学过程。发现在多囊肾组ENST00000413645(P=9.066 4E-07,Fold Change=5.367 391 5)、NR_117100(P=2.607 15E-05,Fold Change=6.823 964 7)、NR_103753(P=3.195 93E-05,Fold Change=11.429 959 6)、NR_003367(P=0.003 377 454,Fold Change=2.470 739 8)参与了细胞周期、细胞凋亡、细胞增生、细胞粘附、血管生成、新陈代谢、DNA损伤、致癌基因相关的生物学过程等且与肾脏疾病相关,差异较为显著,因而猜测其与ADPKD的发病关系密切。查找LncRNA与其邻近的mRNA发现,反义LncRNA ENST00000568795相关的邻近mRNA基因Symbol为PKD1,其P=0.028 959 977、Fold change=2.245 613 3,结果有统计学意义。结论:差异表达的ENST00000413645、NR_117100、NR_103753、NR_003367和ENST00000568795与ADPKD的发病存在密切关系,有望作为其诊疗的生物标志物。
关键词
多囊肾
LncRNA
ADPKD
arraystar
LncRNA芯片
分类号
R692 [医药卫生—泌尿科学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
常染色体显性多囊肾病的外周血LncRNA差异表达研究
郭思薇
魏世超
骆杰伟
黄程勇
郑星宇
黄昉萌
吴永希
曾辉
《中国中西医结合肾病杂志》
2018
2
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