来源于Aspergillus candidus的乳糖酶基因的克隆及序列分析

从一株产乳糖酶的亮白曲霉 (Aspergilluscandidus)中克隆到了乳糖酶基因组DNA及cDNA序列 (EMBLAC CESSIONNo .AJ4316 43) ,序列分析表明 ,乳糖酶基因组DNA序列长 34 5 8bp ,其中含有 8个内含子 ,cDNA编码区长30 15bp ,共编码 10 0 5个氨基酸 ,前 19个氨基酸为信号肽序列 ,氨基酸序列中共含有 11个潜在的糖基化位点。将此基因与不同来源的乳糖酶基因序列进行比较发现 ,该基因与绝大多数乳糖酶基因同源性较低。虽与米曲霉ATCC2 0 42 3的乳糖酶序列同源性较高 ,但其在酶学性质上更优于后者 。

Aspergillus niger乳糖酶基因的克隆及序列分析

利用PCR及RT-PCR技术从黑曲霉(Aspergillus niger)菌株DL116中克隆到了乳糖酶基因组DNA,cDNA序列(GENBANK ACCESSION No.EF103141)。序列分析表明,乳糖酶基因组DNA序列长3368bp,其中含有8个内含子,cDNA编码区长2967bp,共编码988个氨基酸,氨基酸序列中共含有12个潜在的糖基化位点。并将此基因与不同来源的乳糖酶基因进行了同源性比较。

黑曲霉(Aspergillus niger)三磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD)的序列测定与同源性分析

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针，从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＧＰＤ）阳性克隆．作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定，结果表明，基因片段总长２４４１个核苷酸（ｎ．ｔ），其中５’－端非编码区长９８１ｎ．ｔ，编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密码子ＴＡＧ）长１４４６ｎ．ｔ，３’－端非编码区长２４ｎ．ｔ，基因启动子区含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒序列，但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列．ＧＰＤ基因由７个外显子和７个内含子构成，外显子全长１００８ｎ．ｔ，编码的蛋白质长３３６个氨基酸残基．通过序列比较分析，发现该基因与构巢曲霉的ＧＰＤ基因有许多相似之处；它们的基因启动子序列都含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒，其同源性分别为９６％和６５％；推测的两个ＧＰＤ蛋白的氨基酸同源性高达９０％；两个基因所含内含子数目及位置相同．

宇佐美曲霉木聚糖酶基因的克隆和序列分析

依据宇佐美曲霉(Aspergillus usamii)E001木聚糖酶(XynII)N末端氨基酸残基序列以及曲霉菌密码子的偏爱性和真核生物mRNA在3′端存在Poly(A)等所提供的生物信息,采用RTPCR技术扩增了XynII成熟肽和3′非编码区的cDNA片段,PCR产物直接克隆至pUCmT载体中。DNA序列分析表明,该cDNA全长733bp,其中3′非编码区178bp,成熟肽编码区555bp,编码184个氨基酸。成熟肽基因推导的氨基酸序列同Aspergillusniger、Emericellanidulans以及Trichodermaviride来源的木聚糖酶相比,同源性分别为89%、46%和36%。又进一步对XynII二级结构进行了分析,并通过SWISSMODEL预测了XynII的三维结构。

植酸酶产生菌黑曲霉N14的诱变选育及其基因分析

以植酸酶产生菌黑曲霉03214为出发菌株,经紫外线和亚硝基胍诱变,获得了产酶活性较出发菌株提高了22.3%,达422IU/ml发酵液的突变菌株黑曲霉N14,其最适pH值为2.5,最适温度为50℃。通过对黑曲霉N14植酸酶phyA基因进行PCR扩增,获得了一条长约1.5kb的特异性产物。以pMD18 T为载体,构建了含有目的基因片段的重组质粒。DNA序列测定表明,目的基因片段含有植酸酶phyA基因的完整序列(GenBankAccession:AY426977),phyA基因全长1506bp,其中包含一段长102bp的内含子,编码467个氨基酸,有10个潜在的糖基化位点,5'端有一编码19个氨基酸的信号肽序列。实验结果为植酸酶基因工程菌的构建奠定了基础。

黑曲霉木聚糖酶结构基因和5'调控区基因克隆及其分析

以黑曲霉(Aspergillus niger)A3的基因组DNA为模板,根据已报道的xynB基因序列设计简并引物,在合适的PCR反应条件下有效地扩增出了xynB的结构基因及其5'调控区序列片段,并克隆到pBS-T载体上,序列测定表明,该目的片段全长1611 bp。通过序列分析:结构基因部分长744 bp,其中含有一个66 bp的内含子和18个氨基酸的信号肽序列;xynB基因的cDNA序列大小为678 bp,编码225个氨基酸,与GenBank上检索的木聚糖酶基因的核苷酸序列同源性最高达98%,氨基酸序列同源性达99%。在翻译起始点上游92 bp和118 bp处找到转录起始位点和类"TATA"box的核心启动子区特征元件以及"CAAT"box,表明所克隆的调控区序列具有真核生物启动子特点,这为构建木聚糖酶高效表达载体,用于工业育种奠定了基础。

黑曲霉3.795glaA基因及其5'调控区的克隆和序列分析

黑曲霉Ｔ２１是由黑曲霉３．７９５经诱变育种获得的糖化酶高产菌株，为阐明其高产的分子机制，由黑曲霉３．７９５克隆了糖化酶结构基因及其５′旁侧序列，并与黑曲霉Ｔ２１的相应序列进行了比较．由黑曲霉３．７９５菌丝体分离染色体ＤＮＡ，Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析表明，糖化酶结构基因位于～２．５ｋｂ的ＥｃｏＲⅠ－ＥｃｏＲⅤ染色体ＤＮＡ片段上，在此ＥｃｏＲⅠ位点上游约１．０ｋｂ处有一ＳａｌⅠ位点．为构建糖化酶结构基因及其５′旁侧序列的基因组文库，该染色体ＤＮＡ分别用ＥｃｏＲⅠ＋ＥｃｏＲⅤ和ＥｃｏＲ＋ＳａｌⅠ消化，琼脂糖凝胶电泳分离并回收长度在１．０ｋｂ左右和２．５ｋｂ左右的ＤＮＡ片段，分别与ｐＵＣ１９载体连接后转化入Ｅ．ｃｏｌｉＤＨ５．用原位杂交方法筛选到了携带糖化酶基因编码区及其１５０５ｂｐ５′旁侧序列的阳性克隆．对克隆片段的ＤＮＡ序列进行了测定并与黑曲霉Ｔ２１的相应序列进行了比较，结果表明，在糖化酶基因编码区及其１５０ｂｐ３′非编码区内，未发现碱基差异，但在－３４０～－１５０５的５′上游区内发生了９个位置的碱基变化，包括缺失、插入和替换．这些结果表明，黑曲霉Ｔ２１与３．７９５的糖化酶产量的差异与其结构基因无关，但可能与其?

黑曲霉XZ-3S木聚糖酶Xyn ZF-1基因克隆和序列分析

利用RT-PCR技术从黑曲霉XZ-3S中扩增并克隆了木聚糖酶(Xyn ZF-1)基因的cDNA片段,测序结果表明,Xyn ZF-1基因核苷酸序列阅读框全长678bp,编码225个氨基酸,推测分子量为24.06ku,等电点为5.20。以XZ-3S基因组DNA为模板扩增Xyn ZF-1的DNA序列,该序列仅存在一个内含子,长度为68bp。成熟肽基因推导的氨基酸序列与其他微生物来源的木聚糖酶一级结构进行比较,同源性最高达到了89.47%。系统进化树分析该酶属于G/11族糖基水解酶。又进一步对Xyn ZF-1二级结构进行了分析,并通过SWISS-MODEL预测了该酶的三维结构。

黑曲霉β-葡萄糖苷酶基因的克隆及序列分析

通过设计特异性引物,以黑曲霉总RNA为模板,采用RT-PCR技术获得了预期大小的基因片断。将目的基因使用pMD1 8-T载体转化到大肠杆菌,质粒PCR鉴定表明已成功克隆了黑曲霉β-葡萄糖苷酶基因。测序结果表明,获得的目的基因片段大小为2 5 8 3 bp。该序列与GenBank中的β-葡萄糖苷酶基因序列相比,核苷酸序列同源性达9 8.8 8%、氨基酸序列同源性达9 9.7 7%。同时,通过PCR技术扩增,获得了去除信号肽的反应产物,大小为2 5 0 0 bp左右。该结果为目的基因在毕赤酵母中能够使用载体上的信号肽序列进行分泌表达奠定了基础。

植酸酶基因PhyB_1的克隆及序列分析

为了进一步研究多种植酸酶之间的相互作用,利用PCR技术,从黑曲霉WP1中克隆出植酸酶PhyB基因,该基因长1 560 bp,含有3段内含子,共编码460个氨基酸,与已报道的ALKO243的植酸酶Aph基因(GeneBank Acces-sion:L02420)相比较,编码的氨基酸序列同源性为99.13%,因此将其命名为PhyB1。该基因含有植酸酶保守序列“RHGXRXP”和“HD”。黑曲霉WP1植酸酶PhyB1基因序列已在国际基因库中注册,注册号为:DQ836360。

α-葡萄糖苷酶基因序列分析及真核表达载体构建

目的:Aspergillus niger(CU-1)菌株α-葡萄糖苷酶基因(agdA)克隆并对其序列进行分析,构建该基因的真核表达载体。方法:设计合成的一对特异性引物,采用PCR以总DNA为模板,扩增得到DNA片段(D1);采用RT-PCR方法扩增得到DNA片段(D2)。将DNA片段D1和D2转入大肠杆菌中并进行了序列测定,序列进行BLAST比对分析。将α-葡萄糖苷酶基因的cDNA片段与表达载体pGAPZαA连接,构建重组表达载体。结果:基因agdA大小为3 127bp,含有3个外显子和4个内含子。该基因的cDNA序列大小为2 958bp,包含完整的编码框,编码985个氨基酸。agdA基因序列与已发表的α-葡萄糖苷基因序列同源性达99%,其中有6个位置的碱基发生了变化。已成功构建重组表达载体pGAPZαA-agdA。结论:Aspergillus niger(CU-1)菌株α-葡萄糖苷酶基因序列分析及重组表达载体pGAPZαA-agdA的构建为在毕赤酵母中表达Aspergillus niger(CU-1)菌株的α-葡萄糖苷酶奠定基础。

木聚糖酶基因xyn I的克隆和序列分析

以宇佐美曲霉E001总RNA为模板,采用RT-PCR等技术扩增了木聚糖酶基因(xynI)的cDNA全序列(GenBank登录号DQ302412)。该cDNA全长881 bp,其中5′和3′端非编码区分别为97和106 bp,信号肽编码区111 bp,成熟肽编码区567 bp编码188个氨基酸组成的木聚糖酶Xyn I。以E001基因组DNA为模板,采用单侧PCR等技术扩增了xynI的DNA全序列(GenBank登录号DQ302413)。该DNA全长1 098 bp,含启动子序列、内含子和外显子等核苷酸序列。将xynI cDNA所推导的Xyn I一级结构与GenBank中报道的其它相关序列进行了同源性比较。结果表明,E001 Xyn I是一种新的木聚糖酶,且具有第G/11家族木聚糖酶的共同特征。