新疆地区急性淋巴细胞白血病患儿核苷酸焦磷酸酶15基因多态性分析

目的:分析核苷酸焦磷酸酶15(NUDT15)基因多态性在新疆维吾尔族、汉族、哈萨克族及蒙古族急性淋巴细胞白血病(ALL)患儿中的分布情况。方法:筛选患有ALL的新疆地区多民族患儿入组,收集入组患儿临床基线资料。采集患儿外周静脉血并提取白细胞,采用荧光染色原位杂交法测定NUDT15基因型。采用χ^(2)分析比较我国新疆地区不同民族ALL患儿NUDT15基因多态性差异。结果:共纳入207例患儿,其中46.9%为男性,年龄1~17(7.0±4.0)岁,包括维吾尔族108例,汉族44例,哈萨克族37例,蒙古族18例。中国新疆哈萨克族与汉族患儿NUDT15 c.415C>T TT基因型频率显著高于维吾尔族患儿(P=0.020)。哈萨克族与汉族患儿T等位基因型频率显著高于维吾尔族与蒙古族患儿(P=0.008)。结论:ALL患儿NUDT15 c.415C>T基因多态性分布在新疆地区不同民族间存在显著差异。

贵州地区急性淋巴细胞白血病儿童TPMT、NUDT15基因多态性与6-MP耐受性分析

目的观察贵州地区ALL儿童TPMT、NUDT15基因多态性,探讨其与6-MP耐受性的关系。方法收集贵阳市儿童医院血液科住院的贵州地区ALL儿童。Sanger法检测患者NUDT15c.415C>T和TPMT*2、TPMT*3A、TPMT*3B、TPMT*3C基因型。所有ALL儿童均按CCLG-2008方案化疗,每周1次监测血常规及肝肾功能。根据2016新编WHO化疗药物毒性反应分度标准,出现Ⅲ~Ⅳ度与6-MP相关的毒性反应,称为6-MP不耐受(除外感染、其他药物影响)。分析TPMT、NUDT15基因多态性与6-MP不耐受的相关性。结果共纳入患者60例,检测到TPMT突变(中间代谢型)3例(5%),正常代谢型57例(95%)。NUDT15基因CT型12例(20%),TT型1例(1.7%),CC型(野生型)47例(78.3%)。NUDT15基因突变率21.7%(13/60)显著高于TPMT基因突变率5%(3/60),差异有统计学意义(P=0.007)。TPMT突变型3例均发生6-MP不耐受(100%),NUDT15突变型13例中11例发生6-MP不耐受(84.6%)。结论TPMT、NUDT15基因突变与6-MP不耐受相关(P<0.05),联合检测TPMT、NUDT15基因对调整6-MP使用,减少6-MP不良反应提供依据。

油菜素内酯对低温胁迫下冬小麦Rab15-like基因表达的影响

探索低温胁迫下油菜素内酯(Brassinosteroid,BR)对冬小麦叶片和分蘖节中Rab15-like基因表达的影响,以寒地冬小麦品种“东农冬麦1号”为试验材料,利用RT-PCR法克隆Rab15-like基因CDS序列,运用生物信息学方法分析该序列基本理化性质、二级结构和三级结构特征、Rab15-like蛋白保守性,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测BR处理对不同温度条件下冬小麦分蘖节和叶片中Rab15-like基因表达的影响。结果表明,Rab15-like基因编码区序列长度为1 265 bp,Rab15-like基因含有一个453 bp开放阅读框,编码150个氨基酸序列,Rab15-like蛋白为LEA家族第二大类蛋白,主要分布在细胞膜上,为稳定亲水性蛋白。RT-qPCR分析结果表明,Rab15-like基因表达量与温度变化相关,在叶片中,随着环境温度降低,Rab15-like基因表达先上调后下调,当环境温度达-10℃时表达量最高;在分蘖节中,随着温度降低,Rab15-like基因表达持续上调,-25℃时表达量最高。BR处理促进低温条件下该基因在叶片中表达,对5、0和-10℃条件下分蘖节中该基因表达影响较小,但显著促进-25℃条件下该基因表达(P<0.05)。Rab15-like基因表达受温度影响,说明Rab15-like基因可能参与冬小麦响应低温胁迫的信号途径。外源BR处理促进低温条件下该基因在冬小麦叶片和分蘖节中表达。

干扰素刺激基因ISG15对猪流行性腹泻病毒复制的作用及机制分析

【目的】探究干扰素刺激基因ISG15在猪流行性腹泻病毒(PEDV)复制中所发挥的作用及机制。【方法】利用实时荧光定量PCR检测ISG15基因组织表达谱及肠道组织差异表达情况,同时以猪小肠上皮细胞(IPEC-J2)为研究模型,检测PEDV CV777毒株感染细胞不同时间点PEDV M基因mRNA和N蛋白表达量,并从RNA和蛋白水平检测ISG15表达变化;分别构建猪ISG15基因干扰和过表达细胞,通过实时荧光定量PCR、Western blotting及间接免疫荧光试验检测ISG15基因表达对PEDV复制水平的影响;对ISG15基因过表达前后进行转录组测序分析,筛选其下游调控基因及信号通路。【结果】ISG15基因在仔猪肠道组织中特异性高表达,其中空肠和回肠中表达量极显著高于其他组织(P<0.01);PEDV感染组十二指肠、空肠及回肠中ISG15基因表达量显著或极显著高于健康组(P<0.05;P<0.01);M基因mRNA和N蛋白表达量出现上升趋势,与0 h相比,ISG15基因表达水平在24 h出现极显著上调(P<0.01);ISG15基因过表达后PEDV复制出现显著或极显著下降(P<0.05;P<0.01),而ISG15基因干扰后PEDV复制出现极显著上调(P<0.01);转录组测序发现,过表达ISG15基因前后存在1 532个差异表达基因,且其主要富集在自噬、MAPK、内吞等信号通路中。【结论】本研究揭示了PEDV感染过程中ISG15基因的调控功能及作用机制,发现ISG15基因上调可显著抑制PEDV复制,增进了对PEDV与宿主细胞互作分子机制的认识。

铜绿假单胞菌HZ15全基因组和比较基因组学分析

【目的】挖掘铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)菌株HZ15抑菌物质合成相关基因及其抑菌机理,探究不同来源铜绿假单胞菌的遗传多样性及特异性,为菌株HZ15的实际应用提供理论依据。【方法】采用Nanopore第三代测序技术对分离自鳞翅目幼虫的铜绿假单胞菌菌株HZ15进行全基因组测序,并结合多种数据库对其基因组进行注释,同时与来自不同环境(人体、土壤、植物、废水)的另外9株铜绿假单胞菌进行比较基因组学和泛基因组分析。【结果】菌株HZ15含有1条6722482 bp的染色体,平均GC含量66.14%,共注释到6173个编码基因,总长度6018345 bp,编码区占基因组全长的89.53%。比较基因组学分析结果显示,10株铜绿假单胞菌在基因组大小、基因数量等方面均存在差异。菌株HZ15含有61个抗生素耐受基因、8个前噬菌体、53个水平基因转移及225个毒力因子。CAZy数据库注释发现,菌株HZ15含有多种可能与其抑菌活性相关的糖苷水解酶(GH18、GH19、GH23、GH73和GH103)。此外,菌株HZ15拥有编码3种金属螯合剂[Pf-5 pyoverdine、伪帕林(pseudopaline)和绿脓杆菌螯铁蛋白(pyochelin)]以及lankacidin C、氰化氢(hydrogen cyanide)、双环霉素(bicyclomycin)等抑菌活性成分的基因簇,还特有套索肽(lassopeptide)的次级代谢合成相关基因。泛基因组分析发现10株铜绿假单胞菌有10517个泛基因组基因,5278个核心基因组基因。泛基因组中,菌株HZ15拥有231个独特基因,其中aphA_(2)和bla基因与抗生素耐受性相关。【结论】菌株HZ15可能通过破坏病原菌细胞壁、释放毒素和抑菌活性成分等抑制病原菌生长,并因其具有较强环境适应能力,在生物防治领域具有良好的应用潜力。

金丝楸CbuCYP71D15基因克隆及表达分析

【目的】通过对金丝楸CbuCYP71D15基因的分子特征和表达模式进行研究分析,为揭示CbuCYP71D15基因在金丝楸心材颜色形成过程中的作用提供参考依据。【方法】基于金丝楸木材样本的转录组数据,采用常规PCR扩增技术克隆获得CbuCYP71D15基因的编码区序列(CDS)全长,利用ProtParam,Protscale,PSORT Prediction等在线工具对CbuCYP71D15基因进行基础生物信息学分析。根据转录组数据,探究CbuCYP71D15基因在边材中的表达水平。同时,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的方法分析该基因在金丝楸不同组织部位中的表达模式。【结果】成功克隆得到长为1497 bp的CbuCYP71D15基因序列,生物信息学分析显示该基因编码498个氨基酸,相对分子量为56.5 kD,理论等电点为9.16,是稳定的亲水蛋白,其二级结构主要由α螺旋(46.18%)和无规则卷曲(34.34%)组成,存在跨膜区段。通过序列比对及系统进化分析发现,CbuCYP71D15基因所编码的氨基酸序列与芝麻的同源序列相似度最高,同源蛋白遗传关系最近,且CYP71Ds在进化过程中是保守的,CbuCYP71D15蛋白具有细胞色素P450超家族特征的保守结构域及血红素结合位点,属于CYP71家族。转录组数据分析显示CbuCYP71D15基因在边材中的表达水平与1,4-萘醌类化合物在边材中的表达趋势一致。qRT-PCR分析表明,CbuCYP71D15基因在金丝楸各组织部位均有表达,在边材中表达水平最高,根中表达水平最低。【结论】CbuCYP71D15基因可能在金丝楸心材呈色物质的合成代谢过程中起到羟化作用,可为进一步解析CbuCYP71D15基因在金丝楸中的生物学功能提供依据。

雷州山羊TBX 15基因多态性及其与体尺性状的关联分析

【目的】本研究旨在筛查雷州山羊T盒子转录因子15(TBX15)基因潜在的单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析其与体尺性状的关联性,为雷州山羊分子选育提供理论支撑。【方法】采集78只雷州山羊血样提取基因组DNA,利用PCR扩增和直接测序法检测TBX 15基因SNP位点,并分析其遗传多样性;采用SPSS 23.0软件分析TBX 15基因多态性与雷州山羊体高、体长和胸围等体尺性状的关联性;利用HaploView软件进行TBX 15基因SNP位点的连锁不平衡和单倍型分析。【结果】在雷州山羊TBX 15基因内含子上发现3个SNPs位点:g.96346139 A>G、g.96345894 T>C和g.96330058 G>A,均存在3种基因型,优势基因型分别为GG、CC和AA;卡方检验结果表明,其均处于Hardy-Weinberg平衡状态;多态信息含量(PIC)分别为0.309、0.285及0.294,均为中度多态(0.25<PIC<0.50)。关联分析结果发现,雷州山羊TBX 15基因g.96346139 A>G位点GG基因型个体的体高、十字部高和体斜长均显著高于AA基因型(P<0.05);g.96345894 T>C位点CC基因型个体的体高、十字部高、体斜长和胸深均显著高于TT基因型(P<0.05);g.96330058 G>A位点GG基因型个体的胸深显著低于其他2种基因型(P<0.05)。在单倍型和连锁不平衡分析中发现,3个SNPs位点间存在强连锁关系(R 2>0.33),有5种主要单倍型,其中优势单倍型是ACG,其概率为0.716。【结论】雷州山羊TBX 15基因3个SNPs位点对体高、体斜长等体尺指标具有显著影响,且该3个位点间具有强连锁关系,单倍型ACG可作为雷州山羊选育的候选标记。

急性淋巴细胞白血病患儿维持治疗期间6-巯基嘌呤使用剂量与TPMT和NUDT15基因多态性的关系

背景6-巯基嘌呤(6-MP)是急性淋巴细胞白血病(ALL)维持治疗最主要的药物之一,代谢酶基因多态性与药物的骨髓抑制程度有关。目的探讨ALL患儿维持治疗期间6-MP使用剂量与TPMT和NUDT15基因多态性的关系。设计回顾性队列研究。方法纳入2020年1月至2021年12月于郑州大学第一附属医院明确诊断为ALL、经前期化疗骨髓达完全缓解、进入维持治疗阶段且口服6-MP治疗的患儿。口服6-MP前患儿行TPMT和NUDT15基因型检测,分析TPMT、NUDT15不同基因型患儿应用6-MP治疗的使用剂量和骨髓抑制情况。主要结局指标6-MP使用剂量。结果61例维持治疗的ALL患儿纳入本文分析。纳入TPMT基因多态性统计分析的ALL患儿48例(除外NUDT15基因突变13例),野生型45例,突变型3例;纳入NUDT15基因多态性统计分析的ALL患儿58例(除外TPMT基因突变3例),CC型45例,CT型9例,TT型4例。在6-MP维持治疗阶段,TPMT和NUDT15不同基因型患儿的WBC、Hb、PLT计数差异均有统计学意义(均P<0.05)。患儿用药后出现不同程度的中性粒细胞减少,包括TPMT野生型15例,突变型3例;NUDT15基因CC型15例,CT型5例,TT型4例;TPMT和NUDT15不同基因型患儿骨髓抑制情况差异均有统计学意义(均P<0.05)。TPMT和NUDT15不同基因型患儿6-MP使用剂量差异有统计学意义(均P<0.05),TPMT野生型和突变型ALL患儿维持治疗期6-MP使用剂量分别为(40.81±6.02)和(16.25±4.42)mg·m^(-2)·d^(-1);NUDT15基因CC型、CT型和TT型6-MP使用剂量分别为(40.81±6.02)、(34.28±4.53)和(10.00±1.28)mg·m^(-2)·d^(-1)。结论TPMT和NUDT15突变型患儿的骨髓抑制程度均较野生型严重。ALL患儿维持治疗期间6-MP使用剂量与TPMT和NUDT15基因多态性相关。

香蕉HOS15基因的鉴定及枯萎病菌胁迫下的表达分析

为了研究HOS15(HIGH EXPRESSION OF OSMOTICALLY RESPONSIVE GENES 15)是否参与香蕉抗性调控过程,利用拟南芥HOS15蛋白序列,采用多种生物信息学分析工具,对香蕉HOS15(MaHOS15)基因进行鉴定;以高抗品种‘南天黄’和易感品种‘威廉斯’为试验对象,研究MaHOS15在枯萎病菌胁迫下的表达分析及其调控植物病害的潜在机制。结果表明:MaHOS15蛋白中LisH结构域和WD40重复蛋白序列高度保守;MaHOS15蛋白二级结构具有α螺旋、β折叠、延伸链和无规卷曲结构,且以无规卷曲为主,占比为46.2%;亚细胞定位发现MaHOS15在细胞核内,推测MaHOS15可能在细胞核内参与香蕉枯萎病的调控;MaHOS15可能响应SA信号通路、MeJA信号通路和脱落酸反应;推测MaHOS15是在植物抗病过程中负调控植物对病原体防御的关键基因。

烟草NtJAZ15基因对腺毛发生的影响

为验证NtJAZ15对烟草腺毛发生的影响,探究NtJAZ15调控腺毛发生的分子机制,本研究从K326中克隆了NtJAZ15基因,并对其进行了生物信息学和组织表达模式分析,通过创制NtJAZ15敲除和过表达突变体,分析其对腺毛发生的调控作用。结果表明,NtJAZ15-1和NtJAZ15-2在不同烟草品种中高度保守,具有典型的TIFY和Jas结构域,属于JAZ家族。NtJAZ15在各组织中均表达,且各组织中NtJAZ15-2表达量均高于NtJAZ15-1。NtJAZ15基因敲除突变体烟叶长柄和短柄腺毛密度增加,过表达突变体则相反。qRT-PCR结果表明NtJAZ15可显著影响NtWo、NtCycB2、NtHD9、NtHD12的表达,但对NtMIXTA的表达影响不显著。因此,NtJAZ15负调控烟草长柄和短柄腺毛发生,NtWo、NtCycB2、NtHD9、NtHD12可能参与NtJAZ15调控烟草腺毛发生。

新西兰白兔BMP 15基因的真核表达载体构建、表达模式及其在卵巢组织的表达

旨在获得新西兰白兔BMP 15基因序列及其组织表达规律,构建其真核表达载体,预测BMP15的生物学功能。本研究选择180日龄性成熟的健康新西兰白兔作为研究对象,采用RT-PCR技术扩增BMP 15基因CDS区序列,利用T4连接方法将目的片段连接至线性化的Pmcherry-N1和pCMV-Myc空载体,构建真核表达载体,利用生物信息学分析其编码蛋白的性质及结构。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术与Western blotting技术检测pCMV-Myc-BMP 15过表达情况。接下来,使用qRT-PCR检测BMP 15基因在不同组织中的表达水平。激光共聚焦方法检测BMP 15基因的亚细胞定位。利用免疫荧光技术检测内源BMP15在新西兰白兔卵巢组织定位情况。结果表明:克隆得到新西兰白兔BMP 15基因CDS区序列长1182 bp,PCR及测序结果表明pCMV-Myc-BMP 15和Pmcherry-N1-BMP 15真核表达载体构建成功。生物信息学分析显示,BMP 15基因编码393个氨基酸;BMP15蛋白不稳定系数为55.32,等电点大小为9.69,是一种稳定的碱性蛋白质。BMP15蛋白共有26个磷酸化位点,15个糖基化位点,存在信号肽,不存在跨膜结构域。系统进化树表明,新西兰白兔与猪亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。二级结构和三级结构分析结果表明,BMP15蛋白主要由α-螺旋(38.68%)、无规则卷曲(37.4%)、延伸链(15.52%)、β-转角(8.40%)组成,为混合型蛋白。蛋白互作关系预测发现,BMP15蛋白与FSHR、FIGLA、BMPR1B、AMHR2、NOBOX等卵巢生长发育的相关蛋白之间存在相互作用。不同组织表达分析显示,BMP 15基因在卵巢组织中特异性表达;激光共聚焦结果显示,BMP15主要存在于在细胞质中。将pCMV-Myc-BMP 15转染至HEK293T细胞内,BMP15的mRNA水平和蛋白水平均显著上调。卵巢组织免疫荧光检测结果显示,BMP15主要定位在卵巢颗粒细胞的细胞质中。本研究成功构建了BMP15的真核表达载体,对BMP 15基因及其编码的蛋白的理化性质和生物学特性进行了预测分析,在HEK293T细胞内成功过表达,并得到了该基因的亚细胞定位情况、组织表达情况及在卵巢组织的分布情况。为后续开展BMP 15基因在卵巢生长发育中的功能及机制研究提供了理论依据。

NUDT15基因多态性与巯嘌呤类药物所致白细胞减少相关性的Meta分析

目的系统评价NUDT15基因多态性与巯嘌呤类药物所致白细胞减少的相关性。方法计算机检索中国知网、万方、维普、中国生物医学文献、PubMed、Embase数据库获取相关文献,检索时限从建库至2023年6月。采用纽卡斯尔-渥太华量表(Newcastle-Ottawa Quality Assessment Scale,NOS)对纳入文献进行质量评价,采用Stata 14.0软件进行Meta分析。结果最终纳入17篇文献,共4057例患者,其中1017例患者使用巯嘌呤类药物后产生不同程度的白细胞减少或中性粒细胞减少。Meta分析结果显示,在NUDT15基因多态性下,各分组整体效应均具有统计学意义(P<0.001):用药8周内所致白细胞减少情况中,等位基因模型[OR=0.15,95%CI(0.10,0.22),P<0.001]、显性基因模型[OR=0.13,95%CI(0.08,0.20),P<0.001]、杂合基因模型[OR=0.04,95%CI(0.01,0.19),P<0.001]与白细胞减少具有显著相关性;用药超过8周所致白细胞减少情况中,等位基因模型[OR=0.18,95%CI(0.11,0.30),P<0.001]、显性基因模型[OR=0.17,95%CI(0.09,0.31),P<0.001]、杂合基因模型[OR=0.05,95%CI(0.02,0.15),P<0.001]与白细胞减少具有显著相关性;3~4级严重白细胞减少情况中,显性基因模型[OR=0.09,95%CI(0.05,0.15),P<0.001]与白细胞减少具有显著相关性。结论NUDT15基因多态性与巯嘌呤类药物所致白细胞减少具有相关性。

TNFSF15基因多态性及其相关蛋白与原发性胆汁性胆管炎的相关性

目的探讨肿瘤坏死因子15(TNFSF15)基因单核苷酸多态性(SNP)及其相关蛋白肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)与原发性胆汁性胆管炎(PBC)发病的关系,并分析关联阳性的SNP位点基因分型与其生化指标的相关性,为诊断PBC高危人群及发现新的治疗靶点提供新的线索。方法选取2018年9月至2020年9月贵州省人民医院120例PBC患者为病例组,选取同期受检于本院的120名健康体检者为对照组。筛选目标SNP位点rs55717217、rs6478108、rs4979462、rs10114470、rs1857335、rs12235514。应用Sanger测序对研究人群的目标SNP位点进行基因分型。检测两组外周血TL1A的浓度并分析其及SNP位点不同等位基因与生化指标ALT、AST、ALP、GGT、TBIL、DBIL、TBA、ALB的相关性。结果两组间rs55717217、rs6478108、rs4979462、rs1857335位点基因型和等位基因频率分布差异有统计学意义(χ^(2)=16.443、13.463、7.904、7.502、17.313、13.845、16.233、13.687,P<0.05)。rs10114470、rs12235514位点差异无统计学意义(χ^(2)=4.462、3.008、3.445、3.342,P>0.05)。PBC组外周血TL1A水平明显高于健康对照组,差异有统计学意义(t=2.59,P<0.05)。rs4979462位点和rs55717217位点各基因型之间ALT和AST表达水平差异有统计学意义(t=2.12、2.23、3.35、3.36,P<0.05);TL1A水平与AST、ALT、ALP、GGT和TBA成正相关(r=0.202、0.252、0.313、0.328、0.129,P<0.05),与TBIL、DBIL、ALB无明显相关性(P>0.05)。ROC曲线显示TL1A诊断为PBC的曲线下面积(AUC)为0.838。结论TNFSF15基因rs4979462、rs55717217、rs6478108、rs1857335为PBC相关易感基因位点;rs4979462和rs55717217位点的次要等位基因与生化指标ALT、AST的水平升高相关;TL1A与AST、ALT、ALP、GGT和TBA存在明显相关性,并能够为PBC做出准确诊断。

微RNA-509-3p/干扰素刺激基因15轴对喉癌细胞血管生成及血管内皮生长因子蛋白表达的影响

目的探究微RNA(miR)-509-3p/干扰素刺激基因15(ISG15)轴对喉癌细胞血管生成及血管内皮生长因子(VEGF)蛋白表达的影响。方法2022年1―9月,将喉癌M4E细胞分为Con组、miR-NC组、miR-509-3p组、pcDNA-ISG15组。逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测细胞中miR-509-3p表达;细胞计数试剂盒(CCK8)检测细胞增殖能力;Transwell检测细胞侵袭能力;划痕实验检测细胞迁移能力;流式细胞仪检测细胞凋亡率;Matrigel体外成管实验检测血管生成能力;蛋白质印迹法检测细胞中ISG15、VEGF蛋白表达;萤光素酶活性报告检测miR-509-3p和ISG15的靶向关系。结果与喉上皮细胞NP69中miR-509-3p表达(1.01±0.13)μg/L相比,喉癌细胞SCC-40、SCC-2、M4E中miR-509-3p表达[(0.61±0.08)、(0.45±0.07)、(0.18±0.07)μg/L]均降低,且M4E细胞中miR-509-3p表达低于SCC-40、SCC-2细胞(P<0.05)。与Con组相比,miR-509-3p组细胞中miR-509-3p表达增加[(1.17±0.05)μg/L比(118±0.03)μg/L];Con组细胞中miR-509-3p表达与miR-NC组相比差异无统计学意义(P>0.05)。与Con组相比,miR-509-3p组细胞增殖(1.71±0.02比3.09±0.07)、侵袭(55.33±2.52比150.67±2.52)、迁移(30.58±2.08比98.33±1.53)、形成小管数量(61.28±2.15比135.62±2.54)及细胞中ISG15(0.24±0.03比1.11±0.13)、VEGF(0.35±0.02比0.99±0.04)蛋白表达均降低,细胞凋亡率[(18.76±0.18)%比(5.61±0.08)%]增加(P<0.05);Con组细胞增殖、侵袭、迁移、形成小管数量、凋亡率及细胞中ISG15、VEGF蛋白表达和miR-NC组相比差异无统计学意义(P>0.05);与miR-509-3p组相比,pcDNA-ISG15组细胞增殖(3.25±0.06)、侵袭(144.00±2.65)、迁移(89.34±5.13)、形成小管数量(131.56±2.08)及细胞中ISG15(0.83±0.05)、VEGF蛋白(0.89±0.03)表达增加,细胞凋亡率降低(6.85±0.06)%(P<0.05)。结论过表达miR-509-3p可抑制喉癌细胞血管生成及VEGF蛋白表达。

牛源ISG 15基因过表达载体的构建及在MDBK细胞中的表达

为构建牛源ISG 15基因的过表达载体,以GenBank中牛源ISG 15基因序列作为参考序列设计1对合成引物,通过扩增ISG 15基因,构建pMD-18T-ISG15克隆质粒和pEGFP-N1-ISG15表达质粒,转染MDBK细胞并进行间接免疫荧光(IFA)检测。结果:经PCR扩增、测序验证,pEGFP-N1-ISG15重组表达质粒构建成功;IFA检测显示,转染pEGFP-N1-ISG15重组质粒的MDBK细胞中有明显绿色荧光信号。结论:试验成功构建了牛源ISG 15基因的过表达载体,并在MDBK细胞中成功表达。

1例足月小样儿15q11-q13基因缺失变异至Prader-Willi综合征

1病史及临床特征患儿女,10 d,因“反应低下10 d”就诊于湖北医药学院附属十堰市人民医院新生儿科,患儿系第3胎第2产,试管婴儿,孕38+5周剖宫产出生,出生时羊水清亮、量中,1 min及5 min Apgar评分均为10分,无抢救病史,脐带、胎盘、胎膜未见明显异常,出生体重2.43 kg。生后家长发现患儿喂养困难,吸吮力弱,体形瘦小,反应差,少哭少动,于当地妇幼保健院就诊,住院10 d,患儿病情好转不明显,遂转入本院。患儿父母非近亲结婚,均否认家族遗传病史,其母孕期行规律产检,胎动少。

水牛KLF 15基因克隆、分子特征和组织差异表达分析

【目的】试验旨在获取水牛Krüppel样因子15(Krüppel-like factor 15,KLF15)基因,分析其分子特征和组织差异表达,初步揭示该基因的结构和功能。【方法】克隆水牛KLF 15基因编码区,对该基因的结构、氨基酸序列一致性、理化特性、基序、保守结构域、生物学功能等进行比较分析,并采用实时荧光定量PCR法检测KLF 15基因在水牛各组织中的表达水平。【结果】克隆得到水牛KLF 15基因编码区长为1212 bp,编码403个氨基酸。生物信息学分析显示,水牛KLF15与其他牛科物种氨基酸序列的一致性较高,是核内的亲水性蛋白,无信号肽序列及跨膜结构,包含KLF15_N、COG5048和zf-C2H2锌指结构等保守结构域。水牛KLF15的主要功能是调控DNA转录、结合DNA、结合锌指结构等。KLF 15基因在泌乳期水牛的脂肪中表达量最高,在非泌乳期水牛的肌肉中表达量最高,但在2个时期的水牛中均为在乳腺、心脏、肝脏、脾脏等组织中中度表达,在肺脏、肾脏、瘤胃和小肠等组织中低表达或几乎不表达。【结论】水牛KLF15是细胞核内的蛋白,可结合锌指结构调控DNA的转录,在脂合成旺盛的组织中发挥功能。

SCN2A基因突变相关癫痫患儿外周血miRNA-15a-5p表达变化及其与病情的关系

目的观察SCN2A基因突变相关癲痫患儿外周血miRNA-15a-5p水平变化,分析外周血miRNA-15a-5p相对表达量与SCN2A基因突变相关癲痫患儿病情的相关性。方法纳入同期住院癫痫患儿20例,其中SCN2A基因突变的癫痫患儿10例(突变组)、非SCN2A基因突变的癫痫患儿(非突变组)10例;突变组中,癫痫控制良好4例、难治性癫痫6例;SCN2A基因突变位点在钠离子通道的关键区6例、连接区4例。另择同期体检健康儿童10例作为对照组。采用qRT-PCR检测上述三组外周血miRNA-15a-5p。采用Spearman相关分析外周血miRNA-15a-5p水平与癫痫患儿病情的相关性。结果与非突变组和对照组相比,突变组患儿外周血miRNA-15a-5p相对表达量升高(P<0.001);在突变组中,与SCN2A基因突变位点在钠离子通道的连接区患儿相比,在关键区的患儿外周血miRNA-15a-5p表达升高,且表达量与突变位点是否在关键区相关(r=0.71,P<0.05)。与癫痫控制良好患儿相比,难治性癫痫患儿外周血miRNA-15a-5p相对表达量升高,且表达量与患儿病情相关(r=0.85,P<0.05)。结论SCN2A基因突变相关癫痫患儿外周血中miRNA-15a-5p相对表达量升高,其表达量高的癫痫患儿病情重。

基于生物信息学分析溶质载体15A1基因表达与孤独症谱系障碍的相关性

目的基于生物信息学分析溶质载体(SLC)15A1基因表达与孤独症谱系障碍(ASD)的相关性,为临床治疗提供参考。方法使用基因表达公共(GEO)数据库,检索溶质载体相关基因(SCRGs)和孤独症谱系障碍(ASD)患者血液RNA表达谱芯片或测序的研究数据集得到2个训练集(GSE6575、GSE77103数据集)和1个验证集(GSE49105数据集),对2个训练集进行去批次合并处理,将得到的新数据集作为本研究的训练集。对训练集进行差异表达分析,得到差异基因(DEGs),使用Venny2.1获取SCRGs和DEGs的交集靶点溶质载体差异基因(DE-SCRGs)并建立DE-SCRGs的关联网络图。对DE-SCRGs进行富集分析,得到其主要参与的生物学过程。通过机器学习方法[LASSO、随机森林(RF)、支持向量机的递归特征消除(SVM-RFE)算法]在验证集中筛选出生物标志物,并分析生物标志物在ASD中的预测价值。在训练集和验证集中比较ASD男童与健康对照(NC)组研究对象中DE-SCRGs的表达水平差异,在训练集中比较ASD男童和女童样本中DE-SCRGs的表达水平差异。基于SLC15A1、SLC5A4、SLC28A3、SLC50A1基因构建列线图,分析以上4个基因的表达水平与ASD发生的相关性。结果GSE6575和GSE77103数据集去批次后数据分布较均匀,获得1010个DEGs,其中692个在ASD样本中下调,318个在ASD样本中上调,并获得25个DE-SGRGs。关联网络图显示:27个基因呈102对相关性,其中SLC15A1基因与其他分析的基因均正相关,具有代表性。GO通路富集分析结果显示:DE-SCRGs参与的生物学过程主要是跨膜运输等功能;KEGG通路富集分析结果显示:DE-SCRGs参与的部分信号通路主要是蛋白质消化吸收、氮代谢等过程。通过LASSO、SVM-RFE、RF算法各得到16、16、7个候选特征基因,取交集后得到4个候选基因(SLC15A1、SLC5A4、SLC28A3、SLC50A1)作为生物标志物。受试者操作特征(ROC)曲线分析结果显示:4个生物标志物预测ASD发生的曲线下面积(AUC)均>0.7,整体模型的AUC=0.896。在训练集和验证集中,SLC15A1、SLC28A3、SLC50A1基因的表达趋势保持一致,SLC5A4基因的表达在验证集中无差异;训练集中ASD男童、女童样本的SLC50A1基因表达有差异。列线图结果显示:SLC15A1基因的表达与ASD的发生呈负相关。实验验证结果显示:ASD组患儿血液样品中SLC15A1基因表达水平低于NC组(P<0.05)。结论SLC15A1基因表达水平与ASD呈负相关,异常表达可降低寡肽物质的转运,进而影响ASD的发生或加重。

滩寒杂交F1代BMP15和GDF9基因多态性及不同基因型对繁殖性状影响的研究

为了研究绵羊高繁殖力候选基因骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15, BMP15)基因和生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因的多态性及不同基因型对滩寒杂交F1代群体繁殖性状的影响,试验以采集的915份滩寒杂交F1代群体血液样本为研究对象,采用飞行时间质谱基因分型技术进行SNP位点分型和遗传多态性分析,并利用Sanger测序技术进行验证,然后对不同基因型与滩寒杂交F1代群体繁殖性状和泌乳性状分别进行关联分析。结果表明:BMP15和GDF9基因SNP位点在915份DNA样本中均呈集中聚类分布。滩寒杂交F1代群体BMP15和GDF9基因均存在AA、AB、BB 3种基因型,其中BMP15基因在滩寒杂交F1代群体中的优势等位基因为A基因,基因型频率为0.69;GDF9基因在滩寒杂交F1代群体中的优势等位基因为A基因,基因型频率为0.58。BMP15和GDF9基因SNP位点在滩寒杂交F1代群体中均处于中度多态,GDF9基因处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。BMP15和GDF9基因AA基因型在滩寒杂交F1代群体中的产羔数均高于AB和BB基因型,其中BMP15基因AA和BB基因型第2胎次产羔数显著高于AB基因型(P<0.05),AA基因型第3胎次产羔数显著高于AB和BB基因型(P<0.05);GDF9基因型AA和AB基因型第1胎次产羔数显著高于BB基因型(P<0.05)。滩寒杂交F1代BMP15基因AA基因型有421只,GDF9基因AA基因型有315只泌乳周期为>90 d~<150 d,经计算占比均高于50%,并且与AB、BB基因型比较均差异显著(P<0.05)。说明BMP15和GDF9基因的多态位点与AA基因型有可能成为提高滩寒杂交群体繁殖性状的分子标记。