胃癌组织ATP1 A2的表达及机制探讨

目的观察胃癌组织ATP酶α2亚基(ATP1A2)表达情况,探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载并预处理胃癌RNASeq V2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,通过TCGA数据集纳入胃癌患者293例,通过GEO数据集纳入胃癌患者300例。根据表达谱数据,将胃癌组织ATP1A2表达由低到高排序,按33%、67%者将数据三等分,低于33%者为低表达,高于67%者为高表达,两者之间为中表达。分析不同ATP1A2表达与胃癌患者临床病理参数的关系,比较低、中、高表达者中位生存时间,利用基因集富集分析方法预测ATP1A2相关的基因通路。结果 TCGA数据集纳入的293例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为95、99、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄无关(P均>0.05),与T分期、N分期、p TNM分期及组织分化程度有关(P均<0.05);ATP1A2低、中、高表达者中位生存时间分别为70、36.9和26个月,三者间比较P<0.01。GEO数据集纳入的300例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为99、102、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄、T分期、N分期、p TNM分期及Lauren分型均有关(P均<0.05);ATP1A2高表达者的中位生存时间为31个月,较低表达和中表达者中位生存时间明显延长(P<0.01)。ATP1A2高表达富集了黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等相关的基因通路(P<0.05或<0.01)。结论胃癌组织中ATP1A2高表达,其高表达预示患者预后不良;ATP1A2高表达导致黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等基因通路异常可能是其作用机制。

肝癌免疫相关预后标志物的分析

目的:筛选与免疫相关的、稳定的肝癌预后标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌患者的相关数据,筛选出差异表达的肝癌免疫相关基因。通过对这些基因进行单因素、多因素分析,筛选肝癌预后标志物。用DAVID在线工具进行GO和KEGG富集途径分析。利用HPA数据库和GSE14520对结果进行验证。结果:本研究获得了一个由9个与肝癌免疫相关的基因(PSMD14、STC2、SPP1、ISG20L2、MAPT、NR6A1、PSME3、HSP90AA1和CSPG5)组成的肝癌预后标志物,这一标志物与肝癌患者的总生存期显著相关(P<0.001)。结论:由PSMD14、STC2、SPP1、ISG20L2、MAPT、NR6A1、PSME3、HSP90AA1和CSPG5组成的标志物可作为评估肝癌预后的分子标志物,为肝癌的有效免疫治疗策略提供了新的见解。

HSPH1在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的基于癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)及人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atls,HPA)等生物信息学数据库探讨热休克蛋白H1(heat shock protein H1,HSPH1)在肝细胞癌中的表达及临床意义。方法下载TCGA和GEO数据库肝细胞癌相关mRNA微阵列表达谱,比较肝细胞癌和癌旁组织的HSPH1 mRNA表达差异,并利用HPA数据库信息验证其蛋白水平的表达。分析HSPH1表达与肝细胞癌患者预后的相关性。建立ROC曲线和列线图模型,比较不同HSPH1表达组患者的生存差异。采用R软件分析HSPH1表达与肝细胞癌组织中免疫细胞浸润、免疫细胞生物标志物和免疫检查点的相关性。采用STRING数据库分析HSPH1相关蛋白质-蛋白质相互作用网络信息。并利用基因本体分析(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)等数据库分析HSPH1在肝细胞癌中的功能及信号通路。结果HSPH1在肝细胞癌组织中的表达水平高于癌旁组织(P=0.000),Kaplan-Meier图显示HSPH1高表达肝细胞癌患者的总体生存期(P=0.000)、疾病特异性生存期(P=0.000)和无进展间隔期(P=0.010)均较HSPH1低表达者更短,HSPH1对肝细胞癌具有较好的诊断价值(AUC=0.895,95%CI:0.862~0.928,P=0.000)。多因素Cox回归分析显示,HSPH1是肝细胞癌患者预后的预测因素(HR=2.226,95%CI:1.393~3.557,P=0.000)。时间依赖性ROC曲线图显示1年、3年和5年AUC分别为0.699、0.581、0.588。在肝细胞癌组织中,HSPH1蛋白表达水平与树突状细胞和细胞毒性细胞浸润呈负相关,与巨噬细胞、CD56高表达的NK细胞等免疫细胞浸润及免疫检查点程序性死亡受体1和细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4表达呈弱正相关。蛋白质-蛋白质相互作用、GO、KEGG和GSEA通路富集分析显示HSPH1与HSPA2、HSPA4、HSPA8和HSPA9等分子相互作用,并与HSPA4、HSPA8表达呈正相关,且具有调节凋亡、抗原加工和提呈、调节免疫等功能。结论HSPH1在肝细胞癌组织中高表达,是肝细胞癌潜在的诊断和预后标志物。HSPH1参与了肝细胞癌的免疫调节过程,可能成为其治疗靶点之一。

食管癌及癌旁组织中基因表达的初步研究

目的 了解食管癌的基因表达概况，寻找在食管癌及癌旁组织中差异表达基因。方法 以癌及癌旁组织ｐｏｌｙ Ａ＋ Ｒ Ｎ Ａ 反转录合成的ｃ Ｄ Ｎ Ａ 为探针，与 Ａｔｌａｓ 微点阵表达分析膜进行差异杂交。结果放射自显影结果显示在所分析的５８８ 种已知基因中，ｃｄｃ２５ Ｂ、 Ｍ Ｍ Ｐ、 Ｍ Ｅ Ｔ 等６１ 个在食管癌组织中表达上调，ｃｙｔｏｋｅｒａｔｉｎ ４ 、 Ｂ Ａ Ｄ、 Ｉ Ｌ１ Ｒ Ｅ Ｃ Ｅ Ｐ Ｔ Ｏ Ｒ Ａ Ｎ Ｔ Ａ Ｇ Ｏ Ｎ Ｉ Ｓ Ｔ、 Ｉ Ｌ６ 等２２ 个表达下调，参与细胞增殖、凋亡、分化和转移调控的多种基因的表达水平发生了明显改变。结论 这些基因的表达改变组成了一个食管癌特异的基因表达谱，首次为食管癌细胞的恶性表型提供了分子遗传学参考数据，一些与肿瘤发生相关的差异表达基因为发展生物标记物或肿瘤早期诊断和治疗提供了线索。 Ａｔｌａｓ 微点阵表达分析滤膜的差异杂交为初步了解某一组织或细胞的表达状况提供了一个较好的方法。

应用微阵列初步研究少支胶质细胞瘤的基因表达谱

目的 应用微阵列研究少支胶质细胞瘤的基因表达谱。方法 从 2例新鲜少支胶质细胞瘤及 1份正常脑组织标本中提取总 RNA,逆转录为 32 P标记的 c DNA、与 Atlas微阵列杂交 ,洗膜、放射自显影 ,应用专用软件分析所得杂交图。结果 与正常脑组织相比 ,2例少支胶质细胞瘤共有 6 3个基因表达上调 ,4个基因表达下调。 2例肿瘤间基因表达量有显著差异。部分基因的表达趋势与已知基因信息不同。结论 Atlas微阵列可高效显示少支胶质瘤的基因表达谱 ,并为进一步研究肿瘤分子发病机理提供新信息。

微阵列分析肝癌组织中的整合素

目的了解肝癌中整合素的表达概况,探寻在肝癌及正常肝组织中的表达差异。方法以肝癌及癌旁正常肝组织的总 RNA 反转录合成含有α^(32)P dATP 的 cDNA 为探针,与 Atlas 微阵列表达分析膜进行差异杂交,并应用半定量 RT-PCR 验证。结果放射自显影结果经 AtlasImage^(TM)软件分析显示:在所分析的588种已知基因中,整合素相关的基因共有17个,其中 integrin alpha8、betal、beta7、beta8等4个在肝癌组织中表达上调。结论通过 Atlas 微阵列系统分析发现的这些基因的表达改变组成了一个肝癌特异的基因表达谱,是人类首次全面系统地研究肝癌的基因表达改变,整合素基因的差异表达为研究肝癌的侵袭、粘连和转移机制提供了有益的线索。