优选Atlas微阵列检测胶质瘤基因表达谱的分析方法

从Atlas微阵列多种分析法中优选获得差异基因信息量大且较准确的方法。使用Atlas微阵列检测2例新鲜胶质母细胞瘤组织、获得相应的基因表达谱,选取不同的标准化基值及内参照共组合成8种不同方法,比较2例肿瘤组织的差异表达基因,并随机抽取部分基因行RT-PCR验证,由不同分析法得到的结果不同,以一种看家基因为标准化基值,且以所有基因表达值的中位数为内参照比较时得到的信息最多,且经RT-PCR证实可靠。证明以看家基因为标准化基值、并以所有差异基因表达值的中位数为内参照。

应用微阵列初步探讨原发胶质母细胞瘤的基因表达谱

背景与目的:多数肿瘤为多基因病变。微阵列技术适用于多基因平行表达研究。应用微阵列技术探讨原发胶质母细胞瘤的基因表达谱,可能发现与该肿瘤分子病理学相关的新线索。方法:术中收集新鲜原发性胶质母细胞瘤组织10例及1例正常脑组织,提取总RNA,逆转录制备成^(32)p标记的cDNA探针,与Atlas人肿瘤芯片杂交,通过放射自显影获得基因杂交图,应用Adas ImageTM1.01a综合分析其相互之间差异。结果:与正常脑组织相比,原发性胶质母细胞瘤标本的差异显示基因平均为71.2±47.3,其中至少在一半以上标本中具有相同表达趋势的基因为50个,分属于不同的基因群。结论:原发性胶质母细胞瘤具有多种异常表达基因,各基因间存在复杂的作用关系并存在功能联系。微阵列应用研究可能提供关于胶质瘤分子病理的新信息。

应用微阵列初步研究少支胶质细胞瘤的基因表达谱

目的 应用微阵列研究少支胶质细胞瘤的基因表达谱。方法 从 2例新鲜少支胶质细胞瘤及 1份正常脑组织标本中提取总 RNA,逆转录为 32 P标记的 c DNA、与 Atlas微阵列杂交 ,洗膜、放射自显影 ,应用专用软件分析所得杂交图。结果 与正常脑组织相比 ,2例少支胶质细胞瘤共有 6 3个基因表达上调 ,4个基因表达下调。 2例肿瘤间基因表达量有显著差异。部分基因的表达趋势与已知基因信息不同。结论 Atlas微阵列可高效显示少支胶质瘤的基因表达谱 ,并为进一步研究肿瘤分子发病机理提供新信息。

CDC10在胶质瘤中的表达

目的 :应用微阵列技术探讨CDC10在星形细胞起源胶质瘤中的表达。方法 :术中收集 17例不同级的新鲜星形细胞起源胶质瘤标本 ,提取总RNA后逆转录成3 3 P标记的cDNA探针 ,与AtlascDNA微阵列杂交 ,获得相应基因表达谱 ,与正常脑组织的基因表达谱比较 ,并应用RT PCR验证结果。结果 :发现CDC10在所有肿瘤基因表达谱中均明显下调 ;经RT PCR验证 ,相对于正常脑组织的高mRNA丰度 ,所有肿瘤中该基因均下调甚至无表达。结论 :应用微阵列平行分析有助于发现已知基因的新功能。CDC10在星形细胞起源胶质瘤中表达下调 。

正常脾脏与肝硬化脾脏组织基因表达概况分析

目的 了解正常脾脏与肝硬化脾脏的基因表达概况 ,寻找在两者之间的差异表达基因。方法 以正常脾脏及肝硬化脾脏组织的总RNA反转录合成含有α 3 2 PdATP的cDNA为探针 ,与Atlas微阵列表达分析膜进行差异杂交。结果 放射自显影结果经AtlasImageTM 软件分析显示 :在所分析的 5 88种已知基因中 ,CK8、ICE LAP6、PISSLARE等 32个在肝硬化脾脏组织中表达上调 ,byglycan、Caspase 10、CRAF 1等 45个表达下调 ,参与细胞增殖、凋亡、分化、细胞间相互作用 ,与细胞侵袭相关的基因表达水平发生了明显改变。结论 通过Atlas微阵列系统分析发现的这些基因的表达改变组成了一个不同情况下脾脏特异的基因表达谱 ,是人类首次全面系统地研究脾脏的基因表达改变 ,一些与脾脏变化有关的差异表达基因 ,对彻底了解脾脏在肝硬化过程中的变化及其所发挥的作用有重要的意义。Atlas微阵列技术的应用将为人类了解疾病的发生、发展过程提供一个较好的方法。