原子分子工程的设计基础-计算机及其程序设计

阐述了计算机科学对原子分子学科研究的重要作用，针对原子与分子领域中一些典型的问题，介绍了计算方法及程序设计，并对有关课题编出了计算程序。从而表明：借助于计算机可使原子与分子研究工作规范化、工程化。

分子动力学模拟中Cache访问的分析与优化

为了提高分子动力学模拟计算在当前具有多级缓存(Cache)结构的处理器上的计算性能,对分子动力学模拟过程中缓存(Cache)的访问特征进行了分析与优化.通过对影响Cache命中率和模拟计算效率的因素进行测试与分析,提出一种Atomreorder算法.该方法通过重新调整粒子的顺序,使同一个或者相邻晶格的粒子在主存中的位置接近来增强程序的局部性,进而减少Cache的丢失.测试结果表明该方法对大体系模拟的Cache丢失有明显的优化,计算效率也相应提高了.