家猪Atrn基因与微卫星标记遗传连锁及对经济性状效应的分析

以杂种近交培育的丹麦资源家系 0～ 5世代中的 174头猪为实验材料 ,以杂交合成的湘黄猪第 9世代的12 9头猪为对照 ,采用PCR RFLP技术 ,检测家猪Atrn基因多态性并分析其对生长和体组成性状的影响。结果表明 :PCR产物经TaqⅠ限制酶消化 ,两猪种均能得到AA、AB、BB 3种基因型 ,基因型频率在猪种间存在极显著差异 (P <0 0 1)。资源家系资料经CRI MAPV2 4软件作连锁分析 ,发现Atrn基因座与 17号染色体SW10 31位点连锁 ,重组率和LOD值分别为 0 2 1和 3 19。应用多变量最小二乘分析模型 ,资源家系的日均屠宰重、背膘厚和湘黄猪的日增重、背膘厚、瘦肉率等性状基因型间均差异显著 (P <0 0 5或P <0 0 1) ,主要为BB基因型个体优于AA和AB基因型个体。由此可见 ,等位基因B对重要经济性状会产生良好效应或选择BB基因型会获得对重要经济性状的良好效应 。

不同物种Atrn基因编码区生物信息学分析

采用生物信息学的方法分析了人、牛、野牦牛、小须鲸、水牛、狼、狨、狨鼠、白犀牛、星鼻鼹鼠、犰狳、小马岛猬、埃氏象鼩、猫、裸隐鼠、食蟹猴、猕猴、雪貂、小家鼠、长臂猿、中央狐蝠、褐家鼠、野猪、松鼠等24个物种Atrn基因编码区(CDS),并对该基因核苷酸多样性及氨基酸序列进行了分析和预测。结果表明,Atrn基因序列编码区的种内、种间存在丰富的遗传多样性,来自24个物种的61条基因序列中共检测到多态位点899个,生成31种单倍型。Atrn蛋白N端存在信号肽和跨膜区,属于定位于生物膜上的膜蛋白或分泌蛋白。Atrn蛋白为不稳定的亲水性蛋白,理论等电点为7.17,Atrn蛋白呈弱碱性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规则卷曲和α-螺旋。