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数据综合分析鉴定人类Auxilin基因 被引量:1
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作者 刘春宇 张春玲 夏家辉 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1998年第5期435-439,共5页
Auxilin蛋白诱导Hsp70c蛋白与笼形蛋白的结合,在真核细胞衣被小泡脱衣被的过程中扮演了重要的角色.通过对已有EST,STS等数据库的综合分析,我们将人类auxilin基因定位到1p31,D1S515和D1S1... Auxilin蛋白诱导Hsp70c蛋白与笼形蛋白的结合,在真核细胞衣被小泡脱衣被的过程中扮演了重要的角色.通过对已有EST,STS等数据库的综合分析,我们将人类auxilin基因定位到1p31,D1S515和D1S198标记之间.26个EST构成的5个重叠群,占该基因中共约23kb的部分cDNA序列,其中编码区长501bp,得到的序列与牛的auxilin基因显示有极高的同源性.各EST数据显示,auxilin在人胚胎的多种组织中表达,在成人脑。 展开更多
关键词 auxilin基因 定位 序列 数据综合分析
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Hsc70-Auxilin复合物的拉伸分子动力学模拟 被引量:2
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作者 周雷 徐利楠 +3 位作者 周小红 薛友林 李辉 宋有涛 《生物信息学》 2014年第2期110-116,共7页
Hsc70与auxilin蛋白组成的系统是Hsp70/Hsp40分子伴侣系统家族的一员,在热休克反应中发挥重要作用。本文为得出auxilin蛋白J结构域的关键氨基酸,首先采用由二硫键交联的Hsc70 R171C与auxilin D876C的复合物结晶结构作为初始模型,进行分... Hsc70与auxilin蛋白组成的系统是Hsp70/Hsp40分子伴侣系统家族的一员,在热休克反应中发挥重要作用。本文为得出auxilin蛋白J结构域的关键氨基酸,首先采用由二硫键交联的Hsc70 R171C与auxilin D876C的复合物结晶结构作为初始模型,进行分子动力学模拟,通过比较平衡后的结合部位发现,将形成二硫键的氨基酸突变为原来的氨基酸结构在结合位点上与生化结果较为相近,之后利用此结构通过拉伸动力学模拟分析了auxilin蛋白J结构域与Hsc70的ATPase功能域的解离过程,并探讨了Hsc70与auxilin蛋白之间的相互作用力。结果表明位于HPD loop上的His874,Asp876,Thr879,螺旋Ⅲ上的Glu884,Asn895,Asp896,Ser899,Glu902,Asn903为关键氨基酸,这些数据符合之前核磁共振实验证实的T抗原J结构域的HPD基序和螺旋Ⅲ与Hsc70的ATPase功能域之间的相互作用。 展开更多
关键词 auxilin J-DOMAIN Hsc70 蛋白相互作用 拉伸分子动力学
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Dysfunction of synaptic endocytic trafficking in Parkinson's disease 被引量:1
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作者 Xin Yi Ng Mian Cao 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2024年第12期2649-2660,共12页
Parkinson's disease is characterized by the selective degeneration of dopamine neurons in the nigrostriatal pathway and dopamine deficiency in the striatum.The precise reasons behind the specific degeneration of t... Parkinson's disease is characterized by the selective degeneration of dopamine neurons in the nigrostriatal pathway and dopamine deficiency in the striatum.The precise reasons behind the specific degeneration of these dopamine neurons remain largely elusive.Genetic investigations have identified over 20 causative PARK genes and 90 genomic risk loci associated with both familial and sporadic Parkinson's disease.Notably,several of these genes are linked to the synaptic vesicle recycling process,particularly the clathrinmediated endocytosis pathway.This suggests that impaired synaptic vesicle recycling might represent an early feature of Parkinson's disease,followed by axonal degeneration and the eventual loss of dopamine cell bodies in the midbrain via a"dying back"mechanism.Recently,several new animal and cellular models with Parkinson's disease-linked mutations affecting the endocytic pathway have been created and extensively characterized.These models faithfully recapitulate certain Parkinson's disease-like features at the animal,circuit,and cellular levels,and exhibit defects in synaptic membrane trafficking,further supporting the findings from human genetics and clinical studies.In this review,we will first summarize the cellular and molecular findings from the models of two Parkinson's disease-linked clathrin uncoating proteins:auxilin(DNAJC6/PARK19)and synaptojanin 1(SYNJ1/PARK20).The mouse models carrying these two PARK gene mutations phenocopy each other with specific dopamine terminal pathology and display a potent synergistic effect.Subsequently,we will delve into the involvement of several clathrin-mediated endocytosis-related proteins(GAK,endophilin A1,SAC2/INPP5 F,synaptotagmin-11),identified as Parkinson's disease risk factors through genome-wide association studies,in Parkinson's disease pathogenesis.We will also explore the direct or indirect roles of some common Parkinson's disease-linked proteins(alpha-synuclein(PARK1/4),Parkin(PARK2),and LRRK2(PARK8))in synaptic endocytic trafficking.Additionally,we will discuss the emerging novel functions of these endocytic proteins in downstream membrane traffic pathways,particularly autophagy.Given that synaptic dysfunction is considered as an early event in Parkinson's disease,a deeper understanding of the cellular mechanisms underlying synaptic vesicle endocytic trafficking may unveil novel to rgets for early diagnosis and the development of interventional therapies for Parkinson's disease.Future research should aim to elucidate why generalized synaptic endocytic dysfunction leads to the selective degeneration of nigrostriatal dopamine neurons in Parkinson's disease. 展开更多
关键词 AUTOPHAGY auxilin/PARK19 clathrin-mediated endocytosis dopamine neurons NEURODEGENERATION nigrostriatal pathway Parkinson's disease synaptic vesicle recycling synaptojanin1/PARK20
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拟南芥DNA_J结构域蛋白的生物信息学分析及其亚细胞定位验证 被引量:3
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作者 宁正元 王爱荣 +5 位作者 林文伟 林德书 张冬梅 刘泓 周洁 王宗华 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2007年第4期427-434,共8页
对拟南芥RSS1蛋白进行了一系列生物信息学分析,结果表明:该蛋白是一C端含有DNA_J结构域的辅助蛋白,其N端含有受体蛋白复合物AP-2结合区DPF/W和FxDxF区,中间区域含有可信度较低的丝氨酸富集区和谷氨酸富集区.该蛋白可能具有ATP结合活性... 对拟南芥RSS1蛋白进行了一系列生物信息学分析,结果表明:该蛋白是一C端含有DNA_J结构域的辅助蛋白,其N端含有受体蛋白复合物AP-2结合区DPF/W和FxDxF区,中间区域含有可信度较低的丝氨酸富集区和谷氨酸富集区.该蛋白可能具有ATP结合活性、丝氨酸/苏氨酸激酶活性和磷酸酶活性,可调控细胞循环和蛋白的磷酸化和去磷酸化作用.利用洋葱表皮瞬时表达系统验证了RSS1-GFP融合蛋白定位于细胞核中,为进一步研究该蛋白的分子和生物学功能奠定了良好基础. 展开更多
关键词 拟南芥 辅助蛋白 J结构域 生物信息学
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一种基于信息理论的距离系数
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作者 陈超英 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2007年第4期725-730,共6页
给出了一种基于信息理论的距离系数,这一新的信息系数是通过对信息论中的离散增量系数改进而得,并证明其满足距离系数的三个性质.将其应用于一组同源辅助蛋白的聚类分析,表明是可行的.与离散增量系数及经典的欧氏距离系数的聚类结果进... 给出了一种基于信息理论的距离系数,这一新的信息系数是通过对信息论中的离散增量系数改进而得,并证明其满足距离系数的三个性质.将其应用于一组同源辅助蛋白的聚类分析,表明是可行的.与离散增量系数及经典的欧氏距离系数的聚类结果进行比较,应用相干系数对聚类结果进行评价,结果表明由新信息距离系数所确定的聚类结构与聚类数据间的拟合程度最好. 展开更多
关键词 信息理论 距离系数 离散增量 辅助蛋白 信息聚类分析
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