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H9N2禽流感病毒血凝素蛋白的主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析 被引量:9
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作者 于娟 李红 +3 位作者 饶华祥 卢囡囡 雷有菊 赵生仓 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第1期11-15,21,共6页
目的应用生物信息学方法分析人源和禽源H9N2禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法以H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测H9N2禽流感病毒HA蛋... 目的应用生物信息学方法分析人源和禽源H9N2禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法以H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测H9N2禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数并推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白氨基酸序列分别有90和75个变异位点,其中有38个突变位点与氨基酸置换均相同,有14个突变位点相同但氨基酸置换不同。人源和禽源毒株中还各有38和23个特异性突变位点。HA蛋白存在多个糖基化、酰胺化及磷酸化等翻译后修饰位点。除了蛋白激酶C磷酸化位点外,其他类型的翻译后修饰位点在人源和禽源毒株中均有一些变化。经综合各种单参数,HA蛋白均为亲水性蛋白。人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白含有4个B细胞表位,8个CTL细胞表位和6个Th细胞表位,以人源和禽源的B细胞和Th细胞表位差异较大,而CTL细胞表位有部分序列相同。结论人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列有一定差异,其B/T细胞抗原表位的不同,可为H9N2禽流感病毒疫苗的研制提参考。 展开更多
关键词 H9N2禽流感 血凝素蛋白(HA) b/t细胞表位 生物信息学
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MERS-CoV棘突蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
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作者 于娟 李红 +4 位作者 卢囡囡 饶华祥 雷有菊 姜双应 赵生仓 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第7期627-630,共4页
目的应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)棘突蛋白(Spike,S)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰... 目的应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)棘突蛋白(Spike,S)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。综合各种单参数预测MERS-CoV S蛋白可能存在4个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和5个Th细胞表位。方法以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测S蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具预测CTL和Th细胞表位。结论生物信息学方法预测MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,该蛋白可能含有B/T细胞抗原表位,为MERS-CoV疫苗研制及其他相关研究奠定了基础。 展开更多
关键词 MERS-CoV SPIKE蛋白 b/t细胞表位 生物信息学
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人易感H10N8禽流感病毒血凝素蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
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作者 于娟 李红 +3 位作者 饶华祥 卢囡囡 雷有菊 赵生仓 《医学动物防制》 2018年第4期311-314,共4页
目的应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法采用Prot Param预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNASta... 目的应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法采用Prot Param预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,并采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人易感H10N8禽流感病毒HA为亲水性蛋白,二级结构中包含218个α-螺旋、108个β-片层、64个β-转角和171个无规卷曲,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。经综合各种参数,预测出H10N8禽流感病毒HA蛋白可能存在的7个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和8个Th细胞表位。结论 HA蛋白B/T细胞抗原表位的预测为人易感H10N8染禽流感病毒的疫苗研制奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 H10N8 血凝素蛋白(HA) b/t细胞表位 生物信息学
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Advances of Bioinformatics Tools Applied in Virus Epitopes Prediction 被引量:7
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作者 Simon Rayner 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2011年第1期1-7,共7页
In recent years,the in silico epitopes prediction tools have facilitated the progress of vaccines development significantly and many have been applied to predict epitopes in viruses successfully. Herein,a general over... In recent years,the in silico epitopes prediction tools have facilitated the progress of vaccines development significantly and many have been applied to predict epitopes in viruses successfully. Herein,a general overview of different tools currently available,including T cell and B cell epitopes prediction tools,is presented. And the principles of different prediction algorithms are reviewed briefly. Finally,several examples are present to illustrate the application of the prediction tools. 展开更多
关键词 EPItOPE bIOINFORMAtICS Epitope prediction algorithms
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