油菜B-box型锌指蛋白基因BnSTO的克隆和表达

B-box型锌指蛋白参与植物多种生长发育和非生物逆境胁迫响应过程。笔者通过RT-PCR克隆得到甘蓝型油菜2个B-box型锌指蛋白基因Bn STO-1和Bn STO-2。Bn STO-1的ORF长度为723 bp,推测编码240个氨基酸,定位于A8染色体。Bn STO-2的ORF长度为726 bp,推测编码241个氨基酸,定位于C8染色体。2个基因均由3个外显子和2个内含子构成,在氨基酸水平上的相似性达到了96.68%。系统进化分析表明Bn STO与拟南芥At STO的亲缘关系较近,同源性较高。荧光实时定量PCR结果表明Bn STO在检测的各个组织中均有表达,其中叶和蕾中的表达量最高;高盐、干旱和高温能显著诱导Bn STO-1和Bn STO-2的表达,但出现峰值的时间不同,推测2个基因均可能参与了油菜的非生物逆境胁迫响应。

2型糖尿病患者血清E盒锌指蛋白1和泛素化特异性蛋白酶22表达水平与糖脂代谢及胰岛素抵抗的关系

目的检测2型糖尿病患者血清E盒锌指蛋白1(ZEB1)和泛素化特异性蛋白酶22(USP22)基因的表达水平,分析两者与糖脂代谢及胰岛素抵抗的关系。方法选择2020年6月至2023年6月苏州大学附属第一医院诊治的120例2型糖尿病患者为研究对象(糖尿病组),同时选择同期在该院进行体检的120例健康者作为对照组。采用qRT-PCR法检测血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平;Pearson法分析2型糖尿病患者血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平的相关性,及两者与体重指数(BMI)、三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、空腹血糖(FPG)、空腹胰岛素(FIns)、胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)、胰岛素敏感性指数(ISI)、胰岛β细胞功能指数(HOMA-β)相关性;多元线性回归分析2型糖尿病患者血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平的影响因素。结果糖尿病组患者的BMI、TG、TC、FPG、FIns、HOMA-IR、ZEB1 mRNA、USP22 mRNA水平明显高于对照组,ISI、HOMA-β明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。经Pearson相关分析显示,2型糖尿病患者血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平正相关(r=0.425,P<0.001);血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平均与FPG、FIns、HOMA-IR呈正相关(P<0.05),均与ISI、HOMA-β呈负相关(P<0.05)。多元线性回归分析显示,FIns升高、ISI降低是血清ZEB1 mRNA表达水平的影响因素(P<0.05);FPG升高是USP22 mRNA表达水平的影响因素(P<0.05)。结论2型糖尿病患者血清中ZEB1 mRAN和USP22 mRAN表达具有正相关关系,且两者与部分糖脂代谢和胰岛素抵抗指标具有相关性。

矮牵牛B-box型锌指蛋白基因PhBBX8的克隆与表达分析

利用矮牵牛(Petunia hybrida)基因表达谱芯片筛选出应答低温胁迫的相关基因,从中发现1个B-box型锌指蛋白基因Ph BBX8。通过RT-PCR克隆得到该基因的编码区序列(CDS),为1 242 bp,预测其编码氨基酸413 aa,N端含有2个B-box盒,C端含有1个CCT结构域。系统进化树分析发现,Ph BBX8与拟南芥At BBX8等聚类为一支。利用半定量RT-PCR检测其在根、茎、叶和花中的表达特性,结果表明该基因在花中表达量较高,其次为根,而在茎和叶中表达较弱;利用实时定量PCR检测了在低温、干旱、ABA、Me JA、高盐和高渗胁迫处理下矮牵牛叶片中Ph BBX8的诱导表达情况,结果表明,Ph BBX8表现出不同程度的上调,其中除干旱胁迫外,其他胁迫下上调倍数都较高,初步推测该基因与矮牵牛应答低温等非生物逆境相关。

冷胁迫下普通油茶CCCH型锌指蛋白基因家族的鉴定和分析

【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据,对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定,并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测等相关生物信息学分析,并以庐山高海拔油茶(LSG)和栽培油茶品种赣无1(GW1)为材料,对CCCH型锌指蛋白基因在冷胁迫下的表达情况进行分析。【结果】在普通油茶的冷胁迫转录组数据中共鉴定到24个CCCH型锌指蛋白基因,参考水稻分类方法,将24个CCCH型锌指蛋白聚类到2个亚家族中。保守基序分析结果表明,在24个基因中仅有3种CCCH型锌指蛋白基序类型,即C-X8-C-X5-C-X3-H、C-X7-C-X5-C-X3-H和C-X5-C-X4-C-X3-H,数目分别为92、4和4。转录组表达谱分析结果表明:在野外冷胁迫试验中CoC3H17基因在D4、D5和D6时期的表达量高于D1、D2和D3时期,在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶和赣无1的CoC3H17基因一直表现为更高的转录本丰度;CoC3H14和CoC3H24基因在野外试验的D4、D5和D6时期均表现为表达量明显上升,且在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶的这2个基因的表达量高于赣无1。【结论】CoC3H17、CoC3H14和CoC3H24基因可能是普通油茶应对冷胁迫的关键基因。

大豆C_2H_2型锌指蛋白基因SCTF-1的克隆及功能分析

锌指蛋白是一类具有手指型结构的蛋白质,其中一些锌指蛋白是转录因子,对真核生物的生长发育及非生物逆境胁迫的耐受能力都有着重要作用。文章从大豆(Glycine max(L.)Merr.)中克隆了一个新的C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1(GenBank登录号:JQ692081),该基因包含一个699 bp的开放阅读框,编码233个氨基酸,无内含子,有两个典型的C2H2型锌指结构。锌指结构中有植物锌指蛋白特有的保守氨基酸序列QALGGH。经软件预测分析,其等电点pI=8.33,分子量24.9 kDa。农杆菌介导的洋葱表皮细胞GFP瞬时表达实验结果表明,SCTF-1蛋白能够定位到细胞核中。通过RT-PCR检测发现该基因在大豆叶和花中的表达量较高,在茎和根的表达量相对较低。在对大豆幼苗的低温胁迫中,SCTF-1基因的表达量明显增加。将SCTF-1基因转入烟草(Nicotiana tabacum L.)中,发现SCTF-1基因的过量表达能够明显提高转基因烟草的耐冷能力。

棉花C2H2类型锌指蛋白基因GhSIZ1的克隆及表达分析

通过RT-PCR技术从陆地棉中克隆到1个编码C2H2型锌指蛋白的基因,命名为Gh SIZ1(Stress Induced Zinc finger protein1)。该基因编码239个氨基酸残基,预测蛋白分子量为26.6205 k D,等电点为6.52。Gh SIZ1包含一个C2H2型锌指结构域,在其N端含有保守的L-box,C–末端含有一个转录抑制结构域EAR/DLN-box。系统发育树分析表明Gh SIZ1与可可(XP_007044496.1)和中粒咖啡(CDP00218.1)中的锌指蛋白亲缘关系较近。实时定量PCR分析Gh SIZ1在棉花各组织中均有表达,但在根中表达量最高。低温、高盐、干旱胁迫处理后Gh SIZ1的表达水平显著上调。亚细胞定位分析表明,Gh SIZ1定位在细胞核中。本研究表明,Gh SIZ1可能在棉花响应低温、高盐、干旱等非生物胁迫中起着重要作用。

野生大豆(Glycine soja)C2H2型锌指蛋白基因的克隆与序列分析

根据大豆SCOF-1的CDs区设计特异引物,通过PCR和RT-PCR从野生大豆01-197中克隆到含两个锌指的C2H2型锌指蛋白基因,命名为GjC2H2,GenBank登录号为FJ172776。对其进行核苷酸和氨基酸同源性分析及系统发生分析,结果表明:该基因内部无内含子,长度为702bp,分子量为25.13KD,与其他锌指蛋白基因有很高的同源性,推测其与植物抗逆性有关。

过表达秋茄C2H2型锌指蛋白基因KcZFP提高烟草耐盐性

基因转录调节是植物对非生物胁迫适应机制的一个重要方面,转录调节因子在胁迫信号转导途径中调节下游基因的表达,在建立植物对胁迫适应性过程中起到重要作用。锌指蛋白是功能多样的转录调节因子蛋白家族,家族成员在植物响应非生物胁迫方面扮演着重要角色。本研究以秋茄C2H2型锌指蛋白编码基因KcZFP为目的基因,在烟草中过表达KcZFP,分析C2H2型锌指蛋白在植物耐盐性中的作用。研究结果显示:转基因株系中,KcZFP表达量显著提高。过表达KcZFP的烟草植株的耐盐性明显提高,在200mmol/LNaCl处理的条件下,KcZFP过表达烟草中脯氨酸水平远高于野生型植株。对光合作用参数比较分析显示,在KcZFP过表达植株中净光合速率受盐胁迫的影响小于野生型植株,光合系统在一定程度上得到了保护。研究结果说明KcZFP作为转录调节因子参与了植物的渗透调节,对植物的耐盐性具有贡献。

番茄C2H2型锌指蛋白的鉴定及生物信息学分析

植物C2H2型锌指蛋白转录因子广泛参与植物的生长发育及对逆境应答反应等生命过程。为了更好地理解番茄中C2H2型锌指蛋白转录因子的种类和数量,利用番茄基因组数据库,鉴定出92条番茄C2H2型锌指蛋白。蛋白质理化分析结果表明,不同亚家族成员的氨基酸长度差异较大,且多为碱性氨基酸;进化树分析结果表明,所有C2H2家族成员被分为5个亚家族,每个亚家族成员数量差异较大;结构域分析显示每个成员都含有C2H2结构域,同一亚家族间结构域的数量、种类、分布具有一致性;染色体定位结果显示,有91个成员定位在12条染色体上;组织表达分析结果表明,C2H2转录因子基因家族成员在各个组织中都有表达,表达量具有差异性。本研究将为番茄C2H2型锌指蛋白的生物学功能分析提供参考。

斑点型锌指结构蛋白在恶性肿瘤发生发展中的作用

恶性肿瘤居中国各类疾病死因之首,发病率与病死率呈逐年上升趋势。近几年来靶向治疗已广泛应用于临床,显示出良好的抗肿瘤效果,新靶点的探索和鉴定在靶向药物研发过程中起着重要作用。E3泛素连接酶斑点型锌指结构蛋白(speckletype POZ protein,SPOP)作为治疗选择的潜在靶点,能特异性识别底物,使底物发生泛素化降解,广泛参与机体内多种生理、病理过程。研究发现SPOP基因突变或表达水平改变,通过调控AR/ERG、Akt-mTORC1、Hedgehog/Gli2等多种信号通路影响恶性肿瘤的发生发展,并与前列腺癌、肾癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤细胞增殖及远处转移密切相关。目前,SPOP影响恶性肿瘤发生发展的相关研究为靶向治疗恶性肿瘤奠定了基础,综述SPOP在恶性肿瘤的最新进展对抗肿瘤研究具有重要的意义。

膀胱癌及膀胱癌细胞株中斑点型锌指结构蛋白表达研究

目的观察斑点型锌指结构蛋白(SPOP)在膀胱癌组织及细胞株中表达情况。方法采用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法分别检测膀胱癌组织与正常膀胱黏膜组织,不同膀胱癌细胞株与正常膀胱黏膜上皮细胞株SPOP mRNA表达量和SPOP蛋白表达量,比较分析两者表达情况。结果膀胱癌细胞株5637,T24,J82及正常膀胱细胞株SV-HUC-1中SPOP mRNA表达量分别为1.02±0.78,1.12±0.49,1.07±0.28,0.96±0.28;SPOP蛋白表达水平分别为0.44±0.16、0.38±0.27、0.14±0.33,0.72±0.24,膀胱癌细胞株与正常膀胱细胞株在SPOP mRNA水平表达差异无统计学意义(P>0.05)。而SPOP蛋白表达水平在膀胱癌细胞株与正常膀胱细胞株间差异有统计学意义(P<0.05)。SPOP mRNA表达水平在膀胱癌组织与正常膀胱黏膜组织间表达量差异无统计学意义(P>0.05),而SPOP蛋白表达水平在膀胱癌组织与正常膀胱黏膜组织间表达差异有统计学意义(P<0.05)。结论 SPOP在膀胱癌组织中表达降低,在膀胱癌发生发展中可能起到抑制作用。SPOP可能通过转录后机制调控膀胱癌进程。

锌指E-盒结合同源异形盒蛋白-1、-2和上皮型黏附素在结肠腺癌中的表达

目的观察锌指E-盒结合同源异形盒蛋白(ZEB)-1、-2和上皮型黏附素(E-cadherin)在结肠腺癌术后组织中的表达。方法观察组为63例结肠腺癌术后患者,收集临床资料及术后蜡块组织。选择距肿物边缘>3 cm的非肿瘤性结肠黏膜组织36例作为对照组,应用免疫组化SP法检测二组中ZEB-1、-2和E-cadherin表达。结果观察组中ZEB-1和-2的阳性率明显高于对照组,观察组中E-cadherin的阳性率明显低于对照组。观察组中ZEB-1、-2和E-cadherin的表达与脉管浸润、淋巴结转移密切相关,ZEB-1、-2的表达与肿瘤最大径、浸润深度密切相关。E-cadherin的表达与肿瘤的最大径、浸润深度无明显相关性。相关性分析显示观察组中ZEB-1和E-cadherin、ZEB-2和E-cadherin的表达呈负相关。结论 ZEB-1、-2高表达、E-cadherin低表达在结肠腺癌发生和进展中有重要作用。ZEB-1、-2可能通过对E-cadherin的调节发挥生物学作用。

番茄CCCH型锌指蛋白基因SlC3H64和SlC3H65的特征与表达分析

以番茄品种"中蔬6号"为试材,采用生物信息学方法和实时荧光定量PCR技术,分析研究了番茄SlC3H64和SlC3H65锌指蛋白结构特点,启动子序列内所含胁迫响应元件类别,以及2个基因组织表达模式和非生物胁迫条件下表达量变化差异。结果表明:番茄SlC3H64和SlC3H65的蛋白预测结构差异较大;启动子序列分析发现,2个基因中分别含有11个和7个不同的胁迫响应元件,且二者除了TC-rich repeat元件相同外,其余元件均不同;SlC3H64和SlC3H65在"中蔬6号"根、茎和叶中都有表达,且都在叶中表达量最高,5种不同胁迫处理条件下,SlC3H64响应水杨酸(SA)和高温处理,而SlC3H65则仅响应甘露醇处理。

一个新的C2H2型锌指蛋白cDNA基因的克隆

目的 :从K5 6 2细胞中克隆新的锌指蛋白cDNA基因片段。方法 :提取K5 6 2细胞中总RNA ,逆转录后 ,用CX2C和H -CLink引物进行加端PCR ,扩增产物经限制性内切酶酶切后 ,重组至 pGEMTZf(+ )载体 ,用末端终止法测定插入片段的序列。结果 :测出五个插入片段的序列。与GenBank核酸数据库中的已知序列进行同源性比较分析 ,发现一个序列为新的cDNA基因片段。该基因编码产物至少含有五个C2H2型锌指结构。结论 :从K5 6 2细胞中克隆出一个新的C2H2型锌指蛋白cDNA基因片段 ,为测定该基因的全序列和功能研究奠定了基础。

利用锌指基序的保守性从人脑组织分离新的C_2H_2型锌指蛋白基因表达序列

本文利用锌指基序的保守性设计引物,在低严谨条件下扩增人基因组总DNA,获得8个长度呈梯度的PCR扩增产物电泳条带。取其中第2和第3电泳条带,回收DNA片段并将它们克隆,经测序和查新比较,共获得60个含有锌指蛋白基因基序的单一的序列,其中23个为新的锌指蛋白基因DNA片段。以它们为探针,杂交筛选人脑组织cDNA文库,得到初筛cD-NA克隆44个。对其中28个初筛cDNA克隆进行复筛之后,得到20个cDNA单克隆。对这些阳性克隆进行测序,读出18个含有锌指蛋白基因基序的序列,国际联网查新之后,证明其中16个是新的锌指蛋白基因片段。这些新的锌指蛋白基因片段为今后克隆有意义的全长锌指蛋白cDNA提供了重要的实验材料。

斑点型锌指结构蛋白在体外负性调控HepG2细胞的转移

目的探索斑点型锌指结构蛋白(SPOP)在体外对HepG2细胞迁移和侵袭的影响。方法利用质粒过表达和shRNA技术构建稳定过表达和敲低SPOP的稳定转染细胞,Western blotting检测SPOP过表达和敲低效果,然后利用体外Transwell实验检测SPOP对HepG2细胞的迁移和侵袭能力的影响,最后利用划痕实验再次检测SPOP对HepG2细胞迁移能力的影响。结果稳定转染HepG2中SPOP过表达和敲低效果明显;Transwell实验结果显示,过表达SPOP后HepG2细胞的迁移和侵袭能力明显下降,敲低后其迁移和侵袭能力明显上升。划痕实验结果显示,SPOP对HepG2细胞的迁移能力影响与Transwell实验一致。结论 SPOP在体外可以负性调控HepG2细胞的转移能力。

人C2H2型锌指蛋白基因ZNF194全长cDNA的克隆

用一个含有锌指编码序列的人cDNA片段(L2～9)作为探针杂交筛选人肝组织cDNA分子库,得到8个杂交阳性克隆,经测序和拼接后,将其整合为一条长1838bp的cDNA序列.该序列的221～1642bp为一个完整的开放阅读框,编码了一个由473个氨基酸组成的蛋白质,1～220 bp为5’-UTR,1643～1838 bp为3’-UTR,在1801～1806bp有一个加尾信号序列AATAAA,3’端为18 bp的polyA.编码蛋白质已被HGMW命名为ZNF194.全长cDNA在GenBank登录为No.U95044.ZNF194蛋白的N端有一个KRAB-A box,C端含10个C_2H_2型锌指结构.该基因呈泛在性表达,经用FISH方法定位,结果显示它位于染色体19q13.3～13.

水稻TFⅢA型锌指蛋白基因ZFP207的克隆和表达分析

锌指蛋白是一类重要的转录因子,广泛参与植物的生长发育和胁迫应答过程。文章使用生物信息学方法从水稻中预测并克隆了一个TFⅢA型锌指蛋白基因ZFP207(GenBank登陆号:AK063147.1),该基因包含一个567bp的开放阅读框,编码一条188个氨基酸组成的多肽,其编码产物的预测分子量为20.72kDa,等电点为9.67。锌指蛋白ZFP207含有一个典型的TFⅢA型锌指结构,并且在C端含有一个可能具有转录抑制功能的EAR-motif,但不具有任何已知的核定位信号。系统发生分析结果表明,ZFP207与植物中已经发现的单锌指蛋白亲缘关系较近。通过RT-PCR方法分析了ZFP207基因在成株期水稻不同组织中的表达,发现ZFP207在茎和叶中表达量较高,而在穗和根中表达量较低。在酵母中的转录激活实验结果显示,ZFP207在酵母中不具有转录激活功能。

C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列预测方法的研究进展

C2H2型锌指蛋白是哺乳动物中数量最多的一类转录调控因子.C2H2型锌指蛋白中含有的C2H2型锌指基序多是不相同的,表明它们很可能结合不同的DNA序列,从而调控不同的基因,行使多样化的调控功能.然而,目前大多数C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列仍不明确,这阻碍了C2H2型锌指蛋白的功能研究.目前,针对C2H2型锌指蛋白的靶序列预测已有一些初步的研究.本文介绍了C2H2型锌指基序与DNA结合的经典模式,并对C2H2型锌指蛋白靶序列预测方法中所用到的算法、训练集、金标准数据集及相应工具进行了全面系统的总结归纳,旨在丰富对C2H2型锌指蛋白靶序列预测原理和工具的认识,为C2H2型锌指蛋白靶序列的精确预测和更深入的功能研究打下基础.

沙冬青RING型锌指蛋白基因AmRFP1的克隆与功能初步分析

利用RT-PCR方法,从强抗逆植物蒙古沙冬青克隆到1个受寒旱诱导的锌指蛋白基因AmRFP1。预测其编码蛋白由366个氨基酸残基组成,其中含有1个C3H2C3型锌指结构域,故属于RING-H2(C3H2C3)型锌指蛋白。该蛋白还含有2个跨膜区,很可能定位于细胞质膜。半定量RT-PCR分析表明,在不同季节野外生长沙冬青植株嫩叶中,AmRFP1在夏季只有低水平表达,进入秋季后表达量明显增加,尤其在秋末冬初其表达量迅速增加并达到全年最高峰,但在进入最寒冷的隆冬后又回落至秋季水平并维持到翌年春季基本未变。将该基因在拟南芥中超表达,则明显降低了转基因拟南芥的抗冻性。