多序列比对的两种新方法

对两种用于多序列比对的新方法———T COFFEE和MAFFT进行了研究,结果表明:T COFFEE是迄今为止准确性最高的方法,但此方法速度较慢;而MAFFT则将FFT运用于比对中,使速度大大提高,并且与T COFFEE的准确程度相当.

基于小波包变换的多序列比对方法

多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以CLUSTAL W为代表的渐进式比对方法在此这个领域取得了很大的成功,但其固有的缺陷阻碍了其比对精度的进一步提高.本文提出了一种基于小波包变换的多序列比对方法,这种方法利用小波包对数字信号良好的分析能力来寻找序列之间的相似片断,从而达到提高精度、降低计算量的作用.最后,本文利用多序列比对平台BA lisBASE和仿真程序ROSE,给出了此方法与其他比对算法的效率比较结果和讨论.

基于黏菌算法的蛋白质多序列比对

基于黏菌算法(SMA)提出了一种有效的配比模型(SMA_MSA)以辅助判断不同序列之间是否具有同源性,进而预测蛋白质结构。基于BAliBASE 3.0基准数据集,对SMA_MSA和其他经典竞争算法在6类数据集上进行了测试。结果表明:在其中的31个数据集中SMA_SMA有较好的匹配能力,说明了本文模型在蛋白质多序列比对问题中具有很大的发展潜力。