过敏原综合数据库COMPARE的介绍和应用

随着分子生物学和基因组、蛋白组学技术的高速发展,越来越多的过敏原蛋白得到鉴定。为了提高对过敏原的研究及其在食品安全上的应用,很多机构都建立了不同类型的过敏原数据库。本文详细介绍了由美国健康与环境科学研究所(Health and Environmental Sciences Institute,HESI)协调组织国际合作团队建立的一个过敏原综合数据库COMPARE (COMprehensive Protein Allergen REsource),该数据库通过高通量序列分选算法结合专家人工审核方法,从各个公共蛋白质数据库、其他过敏原数据库以及相关文献中筛选过敏原,每年更新一次。此外还开发了基于FASTA算法的序列比对工具COMPASS (COMPare Analysis of Sequences with Software),允许用户进行实时序列比对。该数据库已广泛应用于新过敏原蛋白的鉴定以及蛋白质潜在致敏性的评价,对于食品安全管理和保障有重要参考价值。本文通过对COMPARE数据库的全面介绍,旨在提高该数据库在我国的应用价值,推动过敏原分子生物信息学的研究以及食品安全的发展。

基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。

Python实现异构数据库中表的记录数比对

同构数据库间数据表的比对可以通过相关软件实现,异构数据库间数据表的比对过程比较耗时且准确性不能保证。以Oracle数据库与MySQL数据库为例,通过Python实现数据库间表记录数的比对,减少数据误差,提高检查效率。

水文数据库录入比对程序功能设计探讨

应对我省必须在2007年完成水文数据库建设的需要,针对一期水文数据库录入人工校核工作量大、耗时长、漏错率高的现实情况,我们专门研制了计算机比对程序,仅10人一年内完成了9366站年水文资料补入、校核任务。二期水文数据库补入工作量与一期基本相当,需要120人苦干三年。

nr数据库分析及其本地化

通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问,为蛋白质注释系统整合nr数据库做好了第一步工作。

利用自建的活性肽数据库搜寻食物蛋白质中潜在的生物活性肽

利用MicrosoftOffice 2 0 0 0中的Access数据库软件建立了一个生物活性肽数据库 ,该数据库系统由生物活性肽序列及其相关信息子库、常见食物蛋白质序列子库和蛋白水解酶信息子库构成。同时数据库中引入了序列比对和酶解位点预测等 2个自编程序 ,利用该程序可分别用来寻找蛋白质中存在的生物活性肽片段或可能含有具有某种功能的生物活性肽的蛋白质及寻找把蛋白质中潜在的生物活性肽从该蛋白质中释放出来的适宜的酶。该数据库还具有数据的输入、修改删除、查询检索等功能。

深圳发布国内首个全球食安标准比对数据库

4月27日，历时近两年建成的国内首个全球食品安全标准与技术法规动态比对数据库正式对外发布，向社会各界免费开放使用。此次发布的数据库有望填补国内食品安全标准比对空白。深圳市食药监局副局长李忠介绍，数据库实现了22个国际组织、国家及地区之间食品安全指标限值一键比对与关联查询、国内外比对结果统计分析、标准法规基础信息查询与检索等多项功能。

ortholog——概念、生物信息预测方法和数据库

orthologs指起源于不同物种的最近的共同祖先的一些基因。orthologous的基因,具有相近甚至相同的功能,由相似的途径调控,在不同的物种中扮演相似甚至相同的角色,因此在基因组序列的注释中,是最可靠的选择。orthologs的生物信息预测方法主要有两类:系统发生方法和序列比对方法。这两类方法都是基于序列的相似性,但又各有特点。系统发生方法通过重建系统发生树来预测orthologs,因此在概念上比较精确,但难于自动化,运算量也很大。序列比对方法在概念上比较粗糙,但简单实用,运算量相对较小,因此得到了较广泛的应用。

生物信息学数据库及其利用方法

阐述了生物信息学数据库在生物信息学的发展过程中发挥的巨大作用;介绍了世界上主要的生物信息学数据库及其分类和特点;论述了如何利用生物信息学数据库;最后,对利用国际生物信息学数据库促进我国生物信息学的发展做出了展望。

利用VBA查找核酸数据库DNA保守序列

采用VBA编写了查找核酸数据库保守序列的四个相关程序,"导入DNA序列"程序可以将Fasta格式的DNA序列文本文件存放到Excel Sheet1的A列中,保留每个序列的Gi号,删除多余的注释部分;"整理DNA序列"程序可以将DNA序列Gi号存放到A列中,B列为对应Gi号的完整序列;"DNA随机序列"程序可以产生DNA随机序列;"发现DNA保守序列"程序可以将随机序列与下载的DNA序列比对,查找每一种随机序列的出现频率。以大豆基因组序列为实例,说明了这些程序的应用方法。该程序弥补了流行序列比对软件的不足,为PCR设计引物、分析基因功能以及种质资源鉴定等方面提供新的工具。

欧洲国家罪犯DNA数据库简介

1995年,英国十分成功地建立了国家罪犯DNA数据库,该库利用犯罪案件中检材样本的DNA-STR分型结果与从犯罪嫌疑人以及已被判决的罪犯处获得比对样本进行DNA比对识别,确定罪犯.多位点PCR分型技术系统的引进使用,允许同时分析十组独立的位点,该系统更有利于对样本迅速的分型,更有利于利用计算机建立了庞大的DNA数据库.

生物信息数据库及其利用

阐述生物信息数据库出现背景、分类及特点,论述如何利用生物信息数据库。指出生物信息数据库在生物信息学的发展过程中发挥了巨大作用,促进了生物信息学的发展。

人体远红外医学影像数据库构建及其医学诊断学意义

肿瘤的早期发现与及时治疗对挽救患者的生命具有极其重要的意义。作为一种无损、快速、非接触、低成本的功能性影像方式,远红外技术已经成为肿瘤早期诊断的重要影像学方法。然而,传统的远红外成像诊断仍主要依靠医生的临床经验,主观性过大、准确率不高。为改进这一不足,本文研究将远红外医学影像数据库技术与计算机自动比对分析相结合以提升诊断准确率的方法,论证了构建辅助临床乳腺癌诊断的远红外医学影像数据库的可行性及基本组成,评估了现有方法的优缺点,初步实现的数据库比对分析软件可用于检索典型确诊病例,为医生、研究者或个人在乳腺癌的诊断和自检方面提供有效的对照图谱及诊断依据,从而为今后实现客观、准确、低成本的肿瘤早期诊断打下基础。

基于必需基因数据库的微生物必需基因的分析

维持某种生物细胞生长所必需的基因被称为是这个物种的必需基因.这些基因组成了该物种生存所需要的最小基因集合.本文构建了必需基因数据库(DEG)以及探索必需基因数据库的可能应用,应用Z曲线方法分析了枯草杆菌(Bac illus subtilis)中必需基因和非必需基因的核苷酸分布,并且通过蛋白质序列比对的方法对大肠杆菌(E.coli K12)的必需基因进行理论预测,同时分析了大肠杆菌基因组当中必需基因的功能分类,探讨了通过序列比对的方法确定微生物必需基因的可行性.

欧美国家DNA数据库的应用现状及前景

DNA数据库因其在打击犯罪方面的巨大作用而受到世界各国的普遍重视。在欧美的一些国家,DNA数据库建立已有十多年,在实际应用中取得了辉煌成果。本文作者根据收集到的最新数据资料介绍了这些国家DNA数据库的发展规模、应用成果和现状以及今后的发展趋势。

Oracle数据库系统分析的容灾性应用研究

针对Oracle数据库应用系统的容灾性,分析存储层次容灾方式、应用层次容灾方式、操作系统层次容灾方式、数据库层次容灾方式4种容灾方式,在此基础上,设计了基于ORACLE数据库应用的容灾系统,对Oracle数据库容灾技术的应用进行了更深一步的研究,并给出Oracle数据库容灾技术应用的实际效果比对分析结果。

指纹自动识别系统数据库分级管理与人工干预的探讨

作者针对"CAFIS"指纹自动识别系统自动入库、检索、比对准确率以及建立优质指纹库等问题,在实践中摸索出一些做法,供同行商榷. 1.建立三级指纹库,发挥最大效能 人工采集指纹的质量,直接影响了指纹建库的质量,也影响了系统比对的准确率和破案效益,正因为这样,我们苏州市公安局指纹自动识别系统将指纹人工采集的标准作了很详细的规定如"用力均匀,清晰完整,油墨均匀",包括面积、范围都作出了规定,中心花纹以及中心向指尖的纹线距离要求达到1cm、三角外围线清晰、第一屈肌褶纹必须捺出.……

历史水文数据库及检索系统在成都市防汛指挥系统中的应用

成都市历史水文数据库及检索系统的建立为成都市防汛指挥系统提供了一个水文信息数据的基础平台,在水文信息检索中,将实时数据与历史数据进行快捷、科学的比对分析,以确定实时雨洪值在多年历史系列中的量级,为防汛决策提供科学依据。

蛋白质结构分类数据库

对最具代表性,应用最为广泛的3个结构分类数据库SCOP、CATH、FSSP进行了描述和评价。针对目前的分类数据库普遍存在的不足,介绍了一种基于多结构比对的蛋白质结构分类的方法。

动态心电图数据库连续记录数据的快速分离方法

针对现有检测动态心电图数据准确性采用手动录入验证方式耗时问题,首先将标准数据库文件转换为模拟量,在不同文件之间设置波特特征比较明显的方波和脉冲作为间隔数据,然后按照数据库文件顺序一次性全部将测试信号自动输出至心电采集设备。最后对采集设备中记录的数据按照间隔数据协议进行分离,从而达到动态心电图的快速数字化检验的目的。