大白猪BF基因多态性与繁殖性状及胎盘效率关联研究

文章以BF基因为产仔数的候选基因,运用PCR-RFLP方法对大白猪BF基因内含子1序列进行分析,发现内含子1第79bp处发生了C→T突变,命名为BF-intron1-C79T。所扩增PCR产物经SmaⅠ酶切后,可分出3种基因型,分别为CC、CT和TT。经χ2适合性检验,大白猪群体在该位点达到了Hardy-Weinberg平衡状态。将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、初生重(BW)和胎盘效率(PE)进行关联分析,结果发现,初产母猪在该位点上,CC基因型比CT基因型个体的TNB和NBA均多3.10头,但差异不显著(P>0.05);在BW和PE上,CC基因型均高于CT基因型,差异不显著(P>0.05)。经产母猪在该位点上,CC基因型比TT基因型个体的TNB和NBA分别多3.45头和3.92头,PE高23.80%,均达到显著水平;但CT基因型个体与CC和TT个体之间的TNB、NBA和PE差异不显著(P>0.05)。因此,BF-intron1-C79T位点可作为繁殖性状及胎盘效率的潜在分子育种标记,具有很大的研究价值。

贵州白香猪BF基因多态性研究

贵州白香猪为贵州特有的地方品种猪,本研究采用直接测序法对贵州白香猪BF基因外显子15、16、17的733bp进行多态性分析。结果显示,在第16外显子41bp处存在A→C的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp)。在贵州白香猪群体内检测到AA、AC和CC3种基因型,等位基因A和C频率分别为0.88和0.12。

黔北黑猪BF基因遗传多态性分析

运用PCR及测序技术对黔北黑猪的BF基因进行了检测,并对该基因核苷酸序列进行分析。结果表明:第16外显子45 bp处发生A→C碱基突变,命名为:BF-exon16-A45C,产生3种基因型:CC型、AA型、AC型。3种基因型中,AA基因型频率为0.6875,CC基因型频率为0.125,AC基因型频率为0.1875。基因频率分别为:A:0.7812,C:0.2188。黔北黑猪猪群中的优势基因为A。此处突变是异义突变,可使编码的氨基酸由谷氨酸(E)变成天冬氨酸(D)。

贵州地方猪BF基因的群体遗传特性分析

以BF基因为候选基因,利用PCR和直接测序技术对贵州白香猪、可乐猪、大约克猪3个品种共95个个体BF基因外显子15、16、17的733 bp进行多态性分析,并对不同品种进行群体遗传学分析。结果显示:在第16外显子45 bp处存在A→C的碱基突变,命名为BF-exon16-A45C,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp);在贵州白香猪和可乐猪群体内均检测到AA、AC和CC三种基因型,在大约克猪群体内只检测到AC和CC两种基因型,贵州白香猪处于低度多态,可乐猪和大约克猪处于中度多态。经χ2适合性检验表明:贵州白香猪在该位点偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡状态,可乐猪和大约克猪均处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。

贵州地方猪BF基因遗传变异分析

本试验运用PCR和序列测定法对香猪、可乐猪、黔北黑猪3个贵州地方猪种共计95头猪进行BF基因检测及序列分析。3个品种猪群均在BF基因的第16外显子45 bp出检测出A→C的突变,命名为BF-exon 16-A45C,该突变产生了AA、AC、CC 3种基因型,并且致使编码氨基酸由谷氨酸(E)变为天冬氨酸(D)。3个品种猪群中等位基因频率分布不均匀,分别为:可乐猪(A:0.6667、C:0.3333),香猪(A:0.8788、C:0.1212),黔北黑猪(A:0.7812、C:0.2188)。经χ2适合性检验,只有可乐猪群体在该位点上达到了Hardy-Weinberg平衡,而香猪群体和黔北黑猪群体该位点偏离Hardy-Weinberg平衡。

不同鸡种BF1基因SNP和Indel比对分析

鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个单核苷酸多态性(SNP),其中外显子上发现了108个SNP。这些外显子中SNP位点编码氨基酸166个,其中有58个氨基酸发生变异,氨基酸序列同源性高于核苷酸。外显子4和外显子1的SNP数量最多,占46%以上,第5、第6、第7、第8外显子属于保守区域。核苷酸序列缺失主要发生在外显子1和内含子5上。25个鸡种根据地理位置和气候环境大致可被分为3大类。说明,BF1基因在核苷酸多态性水平上存在较高的变异性,为鸡抗病育种提供了基础。

鸡MHC-BF区基因在抗病中的研究进展

鸡MHC-BF基因是鸡主要组织相容性复合体(MHC)的一个亚区,它所编码的细胞表面糖蛋白抗原,在机体的免疫应答和基因调控等方面具有极其重要的作用。特别是MHC-BF亚区基因的多态性,对鸡的马立克氏病、鸡球虫病、禽白血病、劳氏肉瘤病等病的抗病性有重大影响,对鸡MHC-BF区基因的多样性及在抗病中研究现状进行了综述。

5类等位基因鸡BF2胞外区基因的克隆、可溶性表达和纯化

从鸡脾脏中提取总RNA，以总RNA为模板，5＇-ATC TAG AGG TAC CGG ATC C-（T）15—3’为反转录引物，采用TaKaRa AMV反转录酶合成First—strand cDNA（fcDNA）。根据GenBank中登录的鸡的BF2基因胞外区序列，设计了含EcoR Ⅰ和Hind Ⅲ酶切位点的2对引物，分别扩增鸡BF2的胞外区基因。PCR产物经纯化回收后，插入到含LaeZ基因的原核克隆载体pGEM—T Easy中，转化至大肠杆菌JM109感受态细胞，经EcoR Ⅰ和Hind Ⅲ双酶切及PCR鉴定，筛选出阳性克隆。再把所克隆的片段亚克隆到表达载体pMAL-p2X vector，构建重组质粒p2X／BF2（1—5）。将重组表达质粒转化人大肠杆菌TB1感受态细胞，筛选阳性克隆，经IPTG诱导表达后，进行聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）分析。结果表明，本研究克隆了5类鸡BF2的胞外区基因序列，试验结果证明本研究已成功克隆并可溶性表达了5类BF2胞外区蛋白质分子，全长约807～819bp，编码约269～273个氨基酸。采用淀粉树脂柱亲和层析和DEAE凝胶过滤方法对表达产物进行了纯化，并对纯化的表达产物进行了western blot鉴定。本研究为进一步利用BF2的胞外区在体外构建MHC工类分子结合筛选抗原表位肽平台奠定了基础。

耐替加环素鲍曼不动杆菌中外排泵AdeB与Bfs过表达生物膜形成的关系

目的研究生物内被膜相关基因和向外排水泵基因之间在对耐替加环素鲍曼不动杆菌抗性上的相互作用。方法根据替加环素药敏敏感试验,将72株临床分离的鲍曼不动杆菌分为耐替加环素鲍曼不动杆菌组和替加环素敏感鲍曼不动杆菌组。采用结晶紫染色法观察两株菌的生物被膜形成情况。用RT-PCR方法分析生物被膜相关基因和外排泵基因。结果耐替加环素组生物被膜形成率为82.2%,替加环素敏感组生物被膜形成率为14.8%。转录水平上,耐药组生物被膜合成基因BfmS阳性率明显高于敏感组(P<0.01)。替加环素的最小抑菌浓度生物被膜组明显高于生物被膜缺失组(P<0.01)。外排泵AdeB基因在生物被膜形成组阳性率为95.2%,生物被膜缺失组为38.7%。结论BfS基因和AdeB外排泵基因的共表达可能与鲍曼不动杆菌生物被膜的形成有关。AdeB与BfS转录水平的提高促进了生物膜的形成,从而提高了鲍曼不动杆菌对替加环素的抗性。

鸡MHC-BF1基因的外显子4-8序列分析

目的:分析乌鸡、青脚麻鸡、三黄鸡的BF1基因外显子4-8序列及其多态性。方法:利用PCR扩增和克隆测序相结合的方法。结果:乌鸡和青脚麻鸡BF1基因外显子4-8长度为462 bp,共编码154个氨基酸,而三黄鸡的外显子7缺失。将本研究所得三个品种鸡BF1外显子4-8序列与原鸡相比,发现乌鸡、青脚麻鸡和三黄鸡有6、7和10个碱基突变,分别导致1、4和2个氨基酸发生改变。

一个携有Bt基因的芽黄突变体初报

2005年在徐州农业科学研究所试验地发现1个陆地棉芽黄突变体。经研究证明:芽黄性状遗传稳定,属单基因隐性遗传;经卡那霉素检测,此芽黄突变体携有Bt基因。Bt基因与芽黄基因是否在一条染色体上以及控制此芽黄性状的基因与国内外诸多芽黄材料的基因是否是等位的,尚待进一步研究。

DF-1细胞MHC单倍型的分子鉴定

为了鉴定鸡胚成纤维细胞(DF-1细胞)主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)单倍型,试验选取生长状态良好的DF-1细胞,提取其总RNA并将总RNA反转录成cDNA;以DF-1细胞cDNA为模板,采用PCR方法扩增鸡MHC B基因座的微卫星LEI0258和MCW0371及BF2、BLB2基因并测序,同时采用“PCR+1”方法扩增BF2基因并测序,以根据上述序列及结构特征判定DF-1细胞的MHC单倍型。结果表明:微卫星LEI0258和MCW0371序列长度分别为357,205 bp,其中微卫星LEI0258含有1个CTATGTCTTCTTT重复单元和16个CTTTCCTTCTTT重复单元,与MHC B基因座B130、B131、B201、B5.1、B6.1、B21、B75单倍型的微卫星长度、重复单位的结构和数量完全相同;BF21基因序列长度为1117 bp,与GenBank收录3条鸡MHC B21单倍型的BF2基因序列(登录号分别为AF013493.1、S78682.1、NM-001031338.2)完全一致。说明DF-1细胞来源于MHC B21单倍型纯合鸡胚。

桥本氏甲状腺炎与Bf遗传多态现象相关性研究

用琼脂糖凝胶高压电泳及免疫固定技术分析了83例桥本氏甲状腺炎患者的Bf遗传多态性,并将其表型及等位基因频率与326例健康对照组人群作了比较。结果发现,病人组的BfFF频率显著高于对照组（x^2=9.677,P<0.0025）;而Bf的其它表型及等位基因频率在两组间无差别。关联分析表明,桥本氏甲状腺炎与BfFF呈正相关（RR=4.778）

不同鸡种BF2基因序列比较分析

利用目标区域捕获测序技术对BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因进行序列测定,找出不同鸡种BF2基因序列上的差异。以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0的BF2基因序列为参照标准。利用MEGA6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果表明:在BF2第2、3外显子上分别存在22和31个有义突变,占BF2基因全部有义突变的78%,表明BF2基因的第2、3外显子起重要作用且拥有丰富的多态性。第5、6、7外显子属于保守区域。25个鸡种大致可被分为3大类:鹿苑鸡、如皋黄鸡、溧阳鸡和太湖鸡等聚为一类;罗斯鸡和隐性白羽肉鸡等聚为一类;雪山鸡和广西黄鸡等聚为一类。表明中国地方鸡品种间的同源性较小,BF2基因在不同鸡种上具有丰富的遗传多样性,在第2外显子上C/T突变和第3外显子上A/C突变可作为BF2基因有关抗病的候选SNPs位点。