基于RT-qPCR方法对新冠病毒4种基因型鉴定的可行性研究

严重急性呼吸道综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的广泛传播强调了对该病毒进行持续监测的紧迫性,以便早发现并采取预防措施。虽然全基因组测序(Whole genome sequencing, WGS)作为SARS-CoV-2检测的金标准,但是其专业性和昂贵成本限制了其在各种情境下的广泛应用。在资源匮乏的地区,迫切需要一种低成本高效率的替代方法。实时荧光定量PCR(Real-timereverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)提供了一种经济、快速的方法,同时有效补充了WGS方法。本研究旨在验证SARS-CoV-2 Omicron BF.7/BA.5.2/XBB/BQ.1及亚分支变异株单重核酸检测试剂盒(RT-qPCR法)的性能,并通过对101例SARS-CoV-2阳性临床样本进行评估,验证其在实际应用中的可行性。研究结果显示,该试剂盒与“野生型”SARS-CoV-2、Alpha、Beta、Delta变异株和甲型流感病毒参考株之间无交叉反应,最低检测限为100拷贝/mL。在101例新冠病毒核酸阳性样本中,该试剂盒对Omicron BF.7/BA.5.2/XBB/BQ.1及亚分支变异的检测结果与WGS检出结果完全一致。因此,该RT-qPCR试剂盒为SARS-CoV-2 Omicron变异株亚型的快速鉴定提供了一种简单、经济且高效的方法,可作为WGS的有效补充方案。