Biolog微生物自动分析系统——酵母菌鉴定操作规程的研究

Biolog微生物自动分析系统是美国Biolog公司研制开发的新型自动化快速微生物鉴定系统,以酵母菌与96孔微平板上多种脱水碳源进行氧化实验和同化实验为基础进行鉴定,将菌体生长所产生的特征性代谢图谱与标准数据库作比对,从而得出鉴定结果。该系统目前已成为国际上酵母菌多相分类鉴定常用的技术手段。文中在总结实践经验的基础上,参阅最新Biolog系统操作手册4·2版和国家微生物资源平台技术规程的统一格式,研究制定了酵母菌鉴定的操作规程,以提高我国Biolog系统对酵母菌的鉴定应用水平。

Biolog微生物自动分析系统——丝状真菌鉴定操作规程的研究

Biolog微生物自动分析系统是美国Biolog公司研制开发的新型自动化快速微生物鉴定系统,目前我国已有多家科研单位、高校和生物企业引进该鉴定系统,但多用于细菌鉴定,应用于丝状真菌鉴定的研究未见报道。该系统用于丝状真菌鉴定是以微生物对95种碳源利用的特异性和利用碳源增殖后产生的浊度变化为基础。文中基于Biolog丝状真菌鉴定的验证实验,参考Biolog系统操作手册和国家微生物资源平台技术规程的统一格式,研究制定了丝状真菌鉴定操作规程,有利于提高Biolog鉴定系统鉴定丝状真菌的应用水平。

Biolog微生物自动分析系统在乳杆菌鉴定中的应用

利用Biolog微生物自动分析系统,对3种乳杆菌进行鉴定分析。结果表明:Biolog微生物自动分析系统可快速测定出供试乳杆菌菌株的特性参数(PROB、SIM、DIST)和供试乳杆菌菌株对95种碳源的利用情况,并可直接根据供试乳杆菌菌株的特性参数将供试乳杆菌菌株准确鉴定到乳杆菌属水平、部分供试乳杆菌菌株准确鉴定到种水平。根据供试乳杆菌菌株的特性参数,结合供试乳杆菌菌株对95种碳源的利用情况,可将所有供试乳杆菌菌株准确鉴定到种水平。可作为乳杆菌制品质量控制及快速鉴定的有效手段。

用Biolog微生物自动分析系统鉴定大曲中地衣芽孢杆菌的研究

从大曲中分离到一株细菌,初步鉴定为地衣芽孢杆菌,利用Biolog微生物自动分析系统对它做了进一步的鉴定,确定其为地衣芽孢杆菌。

大曲中细菌和酵母菌的分离及其Biolog微生物系统分析鉴定

[目的]初步探讨Biolog微生物自动分析系统在大曲细菌、酵母菌鉴定中的应用。[方法]利用稀释平板法,采用营养琼脂培养基和麦芽汁培养基,分别对单粮型大曲样品中的细菌和酵母菌进行分离培养。对分离纯化的细菌和酵母菌,经菌落观察和镜检后,利用Biolog微生物自动分析系统对其进行鉴定。[结果]从大曲单个菌落样品中分别分离出7株纯化的细菌菌株和4株纯化的酵母菌株,经Biolog微生物自动分析系统,确定其中5株细菌分别为：M1为短小芽孢杆菌（Bacillus pumilus）、M2为青岛芽孢杆菌（Bacillus qingdaonen-sis）、M3为巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）、M4为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、M5为巨大芽孢杆菌（Bacillus megateri-um）;确定其中2株酵母菌分别为：N1为产香酵母（Zygosaccharomyces cidri）;N2为布拉酵母菌（Saccharomyces boulardii）。[结论]该研究为大曲中的微生物分析奠定了基础。

利用Biolog微生物自动分析系统对两株啤酒酵母的鉴定和比较

利用Biolog微生物自动分析系统对两家大型啤酒厂生产用酵母进行鉴定,并比较了它们在碳源利用方面的差异性。

一株蜂房哈夫尼亚菌的鉴定和产胺能力分析

考察本实验室从冷藏鸡肉中分离出的一株产生物胺细菌C10的产胺能力,评估其对冷藏鸡肉的食品安全的影响,根据生理生化特性及16S rRNA基因序列对其进行鉴定,并用薄层层析法(TLC)和高效液相色谱法(HPLC)测定其在4℃脱羧酶液体培养基中产生物胺能力。结1果表明,菌株C10为蜂房哈夫尼亚菌(Hafnia alvei),TLC和HPLC检测结果一致,说明C10能产生尸胺(12.28mg/L)、腐胺(5.23mg/L)、组胺(8.35mg/L),因此其会对冷藏鸡肉的食品安全造成潜在风险。同时,TLC与HPLC检测法比较表明,TLC可作为一种经济、快捷、可靠的生物胺筛查方法。

拮抗大豆根腐病细菌的Biolog鉴定

为明确2株生防细菌的分类地位,采用传统形态学方法结合Biolog微生物自动分析系统,鉴定了大豆根腐病的2株生防细菌。结果表明,菌株B021a与塔式弧菌相似度值为0.634,可能性是86%,遗传距离为4.00。菌株B04b与海藻巴斯德菌相似度值为0.610,可能性是75%,遗传距离为2.77。综合形态学和Biolog鉴定结果,认为菌株B021a是塔式弧菌,菌株B04b是海藻巴斯德菌。

猪源粪肠球菌的BIOLOG系统鉴定及其生物学特性

利用BIOLOG自动微生物分析系统和传统鉴定方法对1株猪源粪肠球菌进行了鉴定,并对其生物学特性进行了系统研究。结果显示,2种鉴定方法的结果一致,与传统的鉴定方法相比,BIOLOG自动微生物分析系统更快捷、方便、高效,可快速为临床诊断和用药提供依据。生物学试验表明,本株粪肠球菌在液体和固体培养基内均可有效抑制大肠杆菌生长,从而维持肠道平衡;另外,该菌株可使培养液的pH值降低至3.69。上述结果为该菌株的进一步开发利用提供了理论支持。

利用BIOLOG系统对不同种类细菌鉴定的研究

为完善细菌鉴定工作,本试验通过利用B IOLOG细菌自动微生物分析系统(简称B I-OLOG系统)对13株大肠杆菌、15株巴氏杆菌和7株金黄色葡萄球菌进行了鉴定,并与传统方法[1]包括形态学观察、革兰氏染色、生化实验等的鉴定结果进行了比对。实验结果表明,与传统方法相比B IOLOG系统具有准确、快捷、简便的优点,同时也有一定的局限性,从而为B IOLOG系统的更好使用提供了实验依据。

长期施用化肥对塿土微生物多样性的影响

【目的】土壤微生物在土壤有机质分解、营养循环、植物生长等方面都发挥着重要作用,研究长期施用化肥对其产生的影响可为农田合理施用化肥、培肥土壤和高产高效可持续性农业生产提供理论依据。【方法】以陕西杨凌"国家黄土肥力与肥料效益监测基地"的长期定位试验为基础,利用BIOLOG分析并结合常规分析研究了6种长期不同化肥施用方式不施肥(CK)、单施氮肥(N)、氮钾配施(NK)、磷钾配施(PK)、氮磷配施(NP)和氮磷钾配施(NPK)对土土壤微生物量和微生物功能多样性的影响。【结果】与不施肥CK相比,长期单施氮肥(N)的SMBC、SMBN没有显著变化,但明显降低了土壤微生物商和土壤微生物对氮素的利用;NP和NPK配施能够显著增加土SMBC和SMBN含量,明显提高了土壤微生物商,使土壤微生物种群结构发生了明显变化但土壤微生物对氮素的利用没有显著提高;长期偏施肥处理(NK、PK)的SMBC、SMBN和微生物商虽轻微增加,但土壤微生物种群结构没有显著改变。BIOLOG分析结果显示施磷处理(PK、NP和NPK)对微生物代谢活性的促进作用较大且在培养初期代谢活性较不施磷处理(CK、N和NK)增加显著。长期单施氮肥(N)对于提高土壤微生物多样性没有显著作用而其他化肥施用处理可以提高土土壤微生物群落的碳源利用能力、物种的丰富度和优势度,其中NP和NPK处理配施效果最好。化肥施用对土土壤微生物群落的均匀度没有显著影响。主成分分析的结果表明不同处理的土壤微生物对碳源利用表现出显著差异,氮磷养分的差异是产生分异的主要原因。【结论】土区小麦玉米轮作下,平衡施肥(NP或NPK配施)对于改善农田土壤微生物特性具有良好作用。

连作对植烟土壤微生物群落多样性的影响

连作影响土壤健康的微生物学机制分析是当前的研究热点之一。本试验首次采用BIOLOG生态板法从生理代谢水平上分析了烟草连作对土壤微生物多样性的影响。对分别来自重庆黔江和河南洛阳不同连作年限的烟田土样研究结果一致表明:(1)短期连作(连作年限≤3 a)时的土壤微生物平均吸光度值(AWCD)显著高于4 a和5 a的连作土壤,反映出短期连作土壤仍具有较高的微生物活性;(2)短期连作时土壤微生物的Shan-non指数、Simpson指数显著高于4 a、5 a连作,重庆和河南地区的McIntosh指数总体上表现出短期连作高于长期连作,Shannon均一度指数则无显著差异;(3)主成分分析(PCA)结果显示:连作烟田土壤微生物利用的主要碳源是糖类、高分子类和羧酸类,短期连作的土壤微生物具有较高的的碳源利用率。综合研究结果表明:短期连作(连作年限≤3 a)土壤仍保持较高的微生物多样性,但连作4 a、5 a的土壤微生物多样性则急剧降低。本试验结果为烟田土壤健康机制研究的一部分,有助于进一步探讨土壤的可持续利用及土传病害防治新途径。

枯草芽孢杆菌Bs-15对板栗土壤微生物种群数量及功能多样性的影响

土壤微生物是维持土壤质量的重要组成部分,是土壤中生物活性的具体体现。土壤微生物多样性的变异可反映其对环境的响应与适应,能敏感反映生态系统的功能演变和生态环境的变化。本研究采用固体平板法研究了枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)Bs-15对板栗(Castanea mollissima BL)土壤微生物种群数量的影响,并通过BIOLOG ECO微孔板法分析Bs-15对板栗土壤功能多样性的影响。结果表明,接种Bs-15后,土壤中细菌数量比对照略有增加,但差异不显著;接种后放线菌的数量与对照相比有所减少,第7天达到极显著(p<0.01)差异,之后差异变小,第14 d开始,处理与对照之间放线菌数量基本持平;真菌数量则先增加后减少,第7天开始接种后的真菌数量与对照相比达极显著(p<0.01)差异。BIOLOG ECO微孔板分析显示,Bs-15使得土壤中微生物的AWCD值变大,72小时以后,AWCD值与对照相比差异达到极显著(p<0.01)水平;接种Bs-15后增大了土壤微生物多样性指数,其中Shannon多样性指数、Simpson多样性指数和McIntosh多样性指数分别增加了4.09%、6.01%和7.20%,对对照相比差异均达到极显著水平(p<0.01),Simpson均匀度和McIntosh均匀度分别增加了2.07%和2.53%,与对照相比差异均达到显著水平(p<0.05)。本研究结果表明,Bs-15不但提高了板栗土壤微生物的整体活性,丰富了土壤微生物种群,有利于保持和促进土壤肥力和健康状况;还提高了板栗土壤微生物功能多样性,使板栗土壤微生态系统功能更加稳定。

河流底泥施用对土壤微生物群落功能多样性和小麦生长的影响

设置0(对照)、20、60和100 g·kg-13个底泥施用量水平,研究施用底泥对冬小麦籽粒Cd含量以及土壤微生物群落功能多样性的影响。结果表明,60和100 g·kg-1底泥施用处理小麦穗质量和千粒重显著高于对照(P<0.05)。各处理间小麦籽粒Cd含量无显著差异。与对照相比,施用底泥并没有显著改变土壤中可培养细菌、真菌和放线菌的数量。整个培养过程中土壤微生物平均颜色变化率(IAWCD)以及96 h时微生物多样性指数(Shannon指数、Simpson指数、McIntosh指数)在对照与底泥施用处理间无显著差异。主成分分析(PCA)表明,仅有占总变量方差14.22%的PC3能识别出对照土壤微生物群落碳源利用谱与底泥施用处理间的差异,而PC1(21.76%)、PC2(16.32%)和PC4(11.62%)则无法将对照与底泥施用处理区分开来。可见,该试验条件下合理的底泥施用量并不会对小麦籽粒Cd含量、微生物功能多样性和土壤质量产生显著影响。

桑园土壤微生物群落功能多样性对PAHs污染的响应

为了探明桑园土壤微生物群落功能多样性与多环芳烃(PAHs)污染的关系,采用Biolog检测法研究某路域桑园土壤微生物功能多样性对PAHs污染的响应。结果表明,不同区域PAHs污染程度由大到小依次为区域2(位于区域1和3之间)、3(离公路最远)和1(离公路最近);Biolog分析发现不同区域土壤微生物对碳源利用的平均颜色变化率(AWCD)由大到小依次为区域2、3和1;区域2的Shannon指数和Gini指数均显著高于区域1和3,而区域1的Shannon均匀度显著低于区域2和3,区域2土壤微生物活性最强且群落结构最丰富,其后依次为区域3和1。主成分分析结果显示,3个区域微生物群落的生理功能差异明显,主要表现在对糖类和氨基酸类物质的代谢上。冗余分析表明,区域2土壤微生物与PAHs含量关系最密切,说明较高的PAHs含量更能激发桑园土壤微生物的生理活性,微生物群落代谢功能因PAHs污染而有所提高。

腐败鸡蛋干中主要微生物的分离纯化及鉴定

通过对发生腐败变质的真空包装的鸡蛋干中微生物进行分离、纯化,得到2株特征性细菌,利用生化分析,确定分离菌的鉴定特征,结合Biolog微生物自动鉴定系统,得出2种菌的鉴定结果为,A菌为彭氏变形(P.penneri/vulgaris);B菌为奇异变形菌(P.mirabilis)。

地质高背景土壤重金属赋存特征及微生物群落结构差异

以广西岩溶地区不同发育阶段和母质类型的地质高背景农田土壤(马岭、锣圩、苏圩、云表)为研究对象,比较重金属赋存状态、土壤理化性质以及微生物群落功能多样性差异,结合冗余分析(RDA)获得影响地质高背景土壤微生物群落结构的关键环境因子。结果表明:(1)发育阶段和母质类型显著影响土壤基本性质以及重金属浓度。发育阶段较早的马岭土壤有机质含量及重金属富集量更高。碳酸盐系石灰岩发育而来的马岭土壤镉(Cd)元素含量高于第四纪河流沉积物发育而来的其他土壤。(2)不同土壤微生物活性和群落结构差异显著。苏圩土壤微生物对碳源的利用能力及微生物多样性指数显著低于其他三个土样;云表、锣圩与马岭土壤利用胺类和氨基酸类碳源的微生物代谢活性较高,苏圩土壤利用糖类和多聚物类碳源的微生物代谢活性较高。(3)冗余分析(RDA)表明,土壤有机质、pH、全量砷(As)、Cd、铅(Pb)以及有效砷是引起土壤微生物碳源利用分异的主要环境因子。(4)相关性分析表明土壤微生物对胺类、氨基酸类、酚酸类的利用强度与土壤有机质、pH呈正相关,与As、有效铜、有效砷呈负相关。

非培养方法在土壤微生物生态学研究中的应用

由于有相当数量的土壤微生物是目前不可培养的 ,因此利用传统培养技术来研究土壤微生物 ,不仅费时费力 ,所得到的结果可能和真实的情况相差甚远。近年来发展了三类不需培养的方法来研究土壤微生物的种类和数量 ,这些方法大体上分为生物化学、生理学和分子生物学三类。生物化学方法主要根据细胞膜磷脂酸 (PLFA)的种类和数量来判定微生物的多样性 ;BIOLOG微量板分析系统是生理学方法的代表 ,它主要是根据土样细胞悬液对 95种单一碳源的利用模式来说明群落结构的变化 ;分子生物学方法是发展应用最广的方法 ,基本步骤是提取土壤的总DNA ,然后用通用引物或选择性高的引物来扩增 16SrRNA基因。由于对扩增产物分析方法的不同 ,该方法又可分为PCR DGGE ,PCR RFLP等。最近在PCR RFLP基础上发展起来的T RFLP分析方法 ,将微生物的多样性分析工作同RDP(ribosomaldatabaseproject)数据库结合 ,充分利用了Internet的数据资源共享的优势 ,具有分辨率高 ,可实现自动化等优点 ,是未来土壤微生物生态学研究的有力工具。

滴水湖沉积物中可培养优势微生物种群初探

于滴水湖湖心采集底泥样品,对底泥中可培养优势菌种进行分离、纯化,并利用Biolog微生物自动分析系统进行鉴定。结果显示,滴水湖沉积物中菌落总数为2.43×104CFU/g,分离纯化后的8株优势菌种中,革兰氏阴性菌占87.5%,其中7株为GN-NENT(革兰氏阴性非肠道菌)、1株为GP-ROD SB(革兰氏阳性芽孢杆菌)。鉴定结果显示,8株菌种分别为:鳗鱼气单孢菌(Aeromonas encheleia)、乙酸钙不动杆菌/基因型1(Acinetobacter calcoaceticus/genospecies1)、舒氏气单胞菌(Aeromonas schubertiiDNA group12)、腐败希瓦氏菌B(Shewanella putrefaciens B)、维罗纳/温和气单胞菌(Aeromonas veronii/sobria DNA group8)、坎氏弧菌(Vibrio campbelli)、蕈状芽孢杆菌(Bacillus mycoides)和梅氏弧菌(Vibrio metschnikovii)。

饲用屎肠球菌的筛选、鉴定及其生物学特性

分别采用肠球菌选择性培养基(EC)从健康婴儿的粪便、健康仔猪的肠道及粪便中分离筛选了4株屎肠球菌,分别命名为E fB、E f1-2、E f3-4、E f4-1,利用B iolog自动微生物分析系统鉴定结果表明,它们都是屎肠球菌,而且经16S rRNA基因序列测序比较分析,表明这4株菌与数据库中已发表的屎肠球菌16S rRNA序列(AccessionNo.AY675247)同源性均为99%,两者鉴定结果一致。试验表明,所筛得菌株生长速度较快,且对致病型大肠杆菌K88,K99,金黄色葡萄球菌,巴氏杆菌及沙门氏菌都有较强的抑制作用,其中对大肠杆菌K99的抑菌效果最好。屎肠球菌新菌种的鉴定与筛选为开发新型微生态类饲料添加剂提供了帮助。