序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用

基于局域网 (Intranet)内的PC/Linux服务器 ,构建了序列同源性分析软件Blast的WEB界面 .局域网内的所有计算机均可通过WEB方式访问该服务器进行公共数据库和自建数据库的查询 ,具有保密、高效、免费的优点 ,能够满足实验室和研究院所的大规模。

应用抑制性消减杂交法筛选与红曲菌产桔霉素相关的基因

为了筛选与红曲菌产桔霉素相关的基因,应用抑制性消减杂交(SSH)构建了两个红曲菌的cDNA消减文库。利用分子生物学软件从这两个文库中找出八条同源序列,通过Blast软件对这八条序列进行分析,结果显示,它们可能是新的基因片段,递交后被Genbank接收。

登革病毒cDNA的生物信息学分析及其Oligo探针设计

目的设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果获得48条70-mer Oligo探针,用于打印成DNA芯片,进行登革病毒的检测。结论利用BLAST系统和生物学软件Oligo6.0设计登革病毒诊断芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。

活性污泥中硝化细菌16S rDNA鉴定方法研究

目的 以活性污泥为材料 ,研究其中硝化细菌的分离及 16SrDNA鉴定方法。方法 采用氨氧化细菌与亚硝酸氧化细菌富集、分离技术从武汉某啤酒厂曝气池活性污泥中分离得到 2株纯培养菌株N1和N2 。分别提取 2株细菌的总DNA ,利用氨氧化细菌与亚硝酸氧化细菌的 16SrDNA特异性引物进行多聚酶链反应 (PCR)扩增 ;扩增产物经 2 %琼脂糖凝胶电泳和Sanger末端终止法测序分析 ,用NCBI Blast软件将测序结果在Genbank等数据库中进行同源性检索。结果 N1和N2 的DNA扩增产物片断大小分别为 5 2 6bp和 391bp ,测序结果经检索证实N1、N2 分别与标准菌株Nitrosomonassp DYS317和Nitrobactersp R6的保守性片段有 99%、 10 0 %的同源性。 结论 可以判定所分离得到的N1和N2 菌株分别为亚硝化单胞菌属和硝化杆菌属。

少棘蜈蚣毒腺RACE cDNA文库的构建及β-actin基因的克隆与序列分析

运用SMART技术首次构建了少棘蜈蚣(Scolopendrasubspinipes)毒腺cDNA文库。经琼脂糖电泳检测,文库所含全长cDNA主要分布在5 0 0bp以上,大于2 0 0 0bp的区域尚有很长拖尾,中间有几条高丰度mRNA亮带。以此文库为模板,通过5′RACE(RapidamplificationofcDNAends,快速扩增cDNA末端)方法获得了细胞质肌动蛋白βactin基因5′末端5 98bp片段,其中包括开放阅读框5 46bp ,编码1 82个氨基酸。将该基因片段推导的氨基酸序列通过BLAST软件与蛋白质公共数据库Swissprot比对,发现与蜜蜂(Apismellifera)的βactin基因同源性高达96% ,说明本实验所构文库质量完全可以满足用RACE方法进行功能基因的cDNA克隆。通过基于双参数模型的NJ法对部分动物βactin基因进行系统重建,较好地反映了这些动物的系统发生关系。

HSV-2的生物信息学分析及其Oligo探针设计

目的设计单纯疱疹病毒2型(HSV-2)诊断芯片的O ligo探针。方法利用BLA ST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件O ligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果获得13条60-m er O ligo探针。结论利用BLA ST系统和生物学软件O ligo6.0设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础。

基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。

苏云金芽胞杆菌肠毒素基因克隆与序列分析

根据蜡质芽孢杆菌(Bc)肠毒素基因序列,设计特异PCR引物,对本实验室保存的 16个苏云金芽孢杆菌 (Bt)菌株进行检测.结果显示, 15个菌株含有肠毒素基因片段.克隆了Bt8010肠毒素entS基因的编码框 (ORF)序列, 将该序列测序,用在线的BLAST软件与DNASIS软件进行同源性分析.结果表明,该基因与已知的Bc和炭疽芽孢杆菌肠毒素基因有很高的同源性,但该基因有 12个核苷酸缺失,不能表达完整多肽.

B19微小病毒70-mer寡核苷酸探针的设计

目的 设计B19微小病毒诊断基因芯片的寡核苷酸探针。方法 以微小病毒B19为例 ,利用BLAST软件对其序列进行比对并获得特异序列 ;利用软件Oligo 6设计特异性高、Tm值接近、长度均一的寡核苷酸探针。 结果 获得 12条 70 mer寡核苷酸探针 ,用于芯片打印及病毒检测。结论 利用BLAST系统和生物学软件Oligo

基于生物信息学分析方法设计流感病毒A的通用寡核苷酸探针

目的:设计流感病毒A诊断芯片的寡核苷酸(O ligo)探针。方法:利用BLAST软件对流感病毒A的基因序列进行比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件Array Designer4.2设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果:获得10条30 m er的O ligo探针。结论:利用BLAST软件和生物学软件Array Designer4.2设计流感病毒A诊断芯片的探针,可为后期打印成基因芯片,用于流感病毒A的检测打下基础。

阴道毛滴虫氢化酶体腺苷酸激酶基因的克隆及序列分析

目的-克隆阴道毛滴虫氢化酶体腺苷酸激酶 (AK) 基因, 并测定其序列, 进行序列分析。方法-根据AK基因已知序列设计合成一对引物, 应用PCR技术从阴道毛滴虫基因组DNA中扩增出AK基因, 并将其克隆入pMD18 T simple载体。阳性克隆的重组质粒经酶切及PCR鉴定后, 用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定。应用BLAST软件辅助分析所测基因与Genbank中阴道毛滴虫氢化酶体AK序列的同源性。结果-PCR扩增得到特异的阴道毛滴虫氢化酶体腺苷酸激酶基因序列。酶切及PCR鉴定获得了正确的PT AK重组质粒。测序表明, 所克隆的AK基因大小为690 bp, 编码229个氨基酸。序列分析表明, 所测基因与Genbank中阴道毛滴虫氢化酶体AK序列具有高度同源性 (99 9%)。结论-克隆了阴道毛滴虫氢化酶体腺苷酸激酶基因, 序列测定及同源性分析表明, 所测基因与Genbank中阴道毛滴虫氢化酶体AK序列具有高度同源性。

FWPW PRKAG2基因筛查

目的:预激综合征(WPW)是一种常染色体显性遗传性疾病,本文筛查了5个家族性预激综合征(FWPW)的先证者,以求发现中国WPW患者PRKAG2的突变.方法:提取周围血白细胞基因组DNA,聚合酶链反应(PCR)扩增PRK-AG2目的基因片段.应用直接测序分析筛查基因突变.结果:5个FWPW先证者PRKAG2 2-12外显子测序结果与NCBI(美国国家生物技术信息中心)GDB BLAST软件进行比对,未发现突变.结论:FWPW存在着遗传异质性,除PRK-AG2外可能还存在着其它相关基因.