利用实时荧光定量RT-PCR检测鸡A-FABP和H-FABP基因的差异表达

依据鸡A-FABP和H-FABP基因及参照基因GAPDH序列设计引物,以鸡心肌、胸肌和腿肌、肝脏和腹脂总RNA逆转录合成的cDNA为模板,GAPDH基因为参照基因,应用SYBRGreenI实时荧光定量PCR检测如皋黄鸡和安卡红鸡A-FABP和H-FABP基因的差异表达。结果表明:A-FABP、H-FABP基因和参照基因GAPDH基因融解曲线为单峰,无杂峰及二聚体,其扩增效率分别为99.7%、99.8%和100.0%。如皋黄鸡H-FABP基因在心肌、胸肌和腿肌的差异表达量分别是安卡红鸡的0.0860、0.0680倍和0.0580倍(P<0.05)。H-FABP基因mRNA表达量与肌内脂肪含量呈显著负相关。如皋黄鸡A-FABP基因在腹脂和肝脏的表达量分别是安卡红鸡的15.9640倍和10.9640倍(P<0.05),而在心肌、胸肌和腿肌的表达量差异不显著。

I-FABP基因侧翼区多态性与鸡生长和胴体组成性状的相关研究

本研究以东北农业大学高、低腹脂双向选择品系第9世代肉仔鸡为试验材料,利用PCR-RFLP法对鸡肠型脂肪酸结合蛋白基因进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,分析该基因多态性与鸡生长和胴体组成性状的关系。统计分析结果表明,该基因c.*822G>A突变位点不同基因型对肉仔鸡5周龄、7周龄体重和屠体重有显著影响(P<0.05),对出生重、1周龄和3周龄体重有一定的影响(P<0.2)。AA基因型个体的5周龄、7周龄体重和屠体重显著高于AG和GG基因型个体(P<0.05)。本研究首次推测I-FABP基因可能是影响鸡体重的主效基因或与影响该性状的主效基因紧密连锁。

鸡FABP基因多态性研究

采用PCR-RFLP方法对金水乌鸡、武定鸡、湖北红鸡、青脚麻鸡、矮黄鸡和隐性白羽肉鸡6个品种共计360只鸡的FABP基因进行多态性分析,选用HhaⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ、BamHⅠ、EcoRⅠ和PstⅠ6种限制性内切酶对PCR产物进行单酶切,结果发现HhaⅠ-RFLP具有多态性,有AA和AB两种基因型,该基因座频率分布经独立性χ2检验,结果表明,蛋用品种湖北红鸡与其他品种间存在显著或极显著差异,群体中B基因频率占明显优势;矮黄鸡与隐性白羽肉鸡2个肉用品种鸡与其他品种间也存在显著或极显著差异,这2个品种的优势基因为A基因。

荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态性及其与屠体性状的关联研究

采用PCR-SSCP法检测了96只荆江麻鸭A-FABP基因内含子2的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中检测到AA、AB和BB 3种基因型,其中AA、BB基因型频率相同,均为0.2083,A、B等位基因频率均为0.5000,群体该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。最小二乘分析结果显示,荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态位点AA基因型个体活重、腿肌率和瘦肉率显著高于BB基因型(P<0.05),皮脂率显著低于BB基因型(P<0.05)。初步推断,A-FABP基因可作为影响荆江麻鸭皮脂性状的候选基因(标记),其中基因型AA为有利基因型。

Ex-FABP基因5'UTR遗传变异及其与鸡脂肪性状关系的研究

以Ex-FABP为候选基因,采用直接测序方法寻找贵妃鸡、怀乡鸡母鸡Ex-FABP基因的SNP,在基因5′调控区筛查到3个多态位点G2707A、C2717A、T2725G,用生物信息学和PCR-RFLP方法分析并验证这3个位点。结果显示:只有位点G2707A存在一个SacⅡ酶切位点;三位点多态信息含量:其中贵妃鸡母鸡的PIC均为0,表现为单态;怀乡鸡母鸡的PIC分别为0.3723、0.3749、0.3727,处于中度多态。经过χ2适合性检验,所有母鸡群体在该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.05)。比较G2707A位点的3种基因型GG、GA和AA对怀乡鸡母鸡群体脂肪性状的影响,结果基因型对皮脂厚、肌内脂肪没有显著影响;但在活重、屠体重性状方面,GA型显著高于GG型(P<0.05);腹脂重和腹脂率,GG>GA型(P<0.05),并有GG>AA>GA型的趋势。生物信息学分析显示,该突变位点没有处于转录因子结合位点,不会影响基因转录。

昆虫病原线虫共生菌BP品系杀虫毒素基因簇中各基因与杀虫活性的关系

昆虫病原线虫共生菌XenorhabdusnematophilusBP的多个杀虫毒素基因集中在一起形成一个约 40kb的基因簇。为研究这个基因簇中各基因与杀虫活性的关系 ,对该共生菌粘粒文库中 5个粘粒克隆XnBP76、XnBP83、XnBP2 0 3、XnBPp378和XnBP41 4及XnBP83的 3个亚克隆插入DNA片段的基因结构和它们对棉铃虫的杀虫活性进行了比较 ,结果显示 ,xptB1 ,xptC1和xptA2 3个基因或后两者的联合表达产物具有最强的杀虫效果 ,缺失其中的任何 1个或 2个会使杀虫活力大幅度地下降或完全消失 ;而xptD1和xptA1的缺失对毒素基因簇的表达产物的杀虫活力影响很小 ;杀虫毒素的物理混合没有明显的增效作用。

羊布鲁菌外膜蛋白Bp-26基因的克隆及其原核表达

应用PCR扩增羊布鲁菌M5-90株基因组DNA,得到大小为753bp的Bp-26基因,将其克隆入pMD20-T载体上,测序正确后,构建重组质粒pET-28a-Bp-26,转化到大肠埃希菌BL21(DE3)中,经IPTG诱导其表达,用Western blot鉴定蛋白。结果表明,成功构建了pET-28a-Bp-26原核表达载体,并在E.coli BL21中表达Bp-26基因,为开展羊布鲁菌Bp-26目的蛋白的抗原性分析和功能研究奠定了基础。

运用GA-BP神经网络研究时间序列的预测

神经网络能以任意精度逼近非线性函数,以神经网络为基础的时间序列预测模型能很好地反映信息的非线性发展趋势。该文在分析传统BP网络缺点的基础上,用具有良好全局搜索能力的遗传算法来改进神经网络。详细讨论了GA算法的优化神经网络初始权值和阈值的思想和理论。在阐述预测方法同时,用具体例证分析了GA-BP网络预测的性能和特点。结果表明,基于GA-BP神经网络在预测精度和适应性方面高于传统的BP神经网络。

水稻蜡质基因5’上游区中31bp序列增强基因表达的作用

为研究水稻蜡质基因 (Wx) 5’上游区中一个与胚乳核蛋白结合的 31bp序列在基因表达中的作用 ,将一系列包含或不包含此序列的长度不同的Wx启动区与 β 葡萄糖苷酸酶基因 (GUS)编码区连接 ,构建成嵌合质粒。将这些质粒通过农杆菌介导转化水稻幼胚愈伤组织 ,并分化产生转基因植株。分别测定抗性愈伤组织中与转基因植株未成熟种子胚乳中的GUS酶活性。结果表明含有 31bp序列的比不含此序列的Wx启动区使GUS报告基因的表达水平高出 2～

鸡PIT-1基因57 bp插入/缺失多态与生长和屠体性状的相关研究

垂体特意性转录因子(P itu itary-spec ific transcription factor 1,PIT-1)是重要的组织特异性转录因子,能够调控生长激素(GH)、促甲状腺素β亚单位(TSHβ)和催乳素(PRL)基因的表达,从而在生长发育中发挥重要调节作用。本实验选取鸡PIT-1基因第2内含子的57 bp缺失/插入位点为分子标记,利用华南农业大学“杏花×隐性白洛克”全同胞鸡参考家系材料,研究了该位点与鸡生长和屠体性状的相关性。结果表明,该位点与鸡的第1-7周龄体重相关极显著(P<0.01),与第8周龄体重相关显著(P<0.05),与胸角宽、全净膛、半净膛、翅膀重、胫爪重、小肠长度相关极显著(P<0.01),与胸肉重、腿肉重相关显著(P<0.05);其中A基因(57 bp插入)有利于体重增加和肌肉生长。

云南傣族、汉族HLA-G基因14bp插入/缺失多态性研究

14bp插入/缺失多态性是指存在于HLA-G基因第8外显子3′非翻译区(3′UTR)的一个插入/缺失多态,因其能影响HLA-GmRNA的稳定性,并进一步影响HLA-G蛋白的翻译而受到广泛关注。文章采用PCR和电泳技术对云南傣族和汉族两个人群进行了HLA-G基因14bp插入/缺失多态性的检测分析,结果显示傣族和汉族人群+14bp等位基因频率分别为31.97%和40.87%,+14bp/+14bp基因型频率分别为8.20%和17.31%,+14bp/-14bp基因型频率分别为47.54%和47.11%。与国内外已报道的其他人群的数据比较表明:云南汉族群体中HLA-G基因14bp插入/缺失的分布与其他群体相似;傣族则有自己独特的基因型和等位基因分布特点,推测其可能受到了遗传漂变的作用,但不排除自然选择作用的影响。

动量因子对BP算法的影响

本文对BP神经网络算法进行了讨论,并通过实例分析了几种改进算法的实用性.结果表明,适当的改进动量因子和隐单元个数将加快网络的收敛性,提高预测能力.

基于BP网络灵敏度分析的肿瘤亚型分类特征基因选取

基于肿瘤基因表达谱,提出了单隐层BP网络灵敏度分析法以有效选取肿瘤亚型分类特征基因。首先以Bhattacharyya距离为尺度滤除分类无关基因;然后从"功能基因组合"的角度出发,依据输入特征对BP网络输出的灵敏度生成候选特征基因子集;最后以BP网络作为样本分类器考察候选特征基因子集对肿瘤样本的亚型识别能力,得到具有最佳分类能力的基因子集作为肿瘤亚型分类特征基因。以小圆蓝细胞瘤基因表达谱数据集为例进行实验,结果表明了该方法的可行性和有效性。

一个含有25 bp内含子的阴道毛滴虫Rab1-like新基因(英文)

目的克隆和鉴定一个新的阴道毛滴虫 Rab1-like 基因( TvRab1-like) 及其内含子。方法我们从一阴道毛滴虫 cDNA 表达文库中分离出一个 cDNA 克隆, 它与各物种的 Rab 家族蛋白有较高的同源性, 因此我们进一步用 BLASTP、RPS-BLAST、ClustalW 和 MEGA3 等分析软件对该 cDNA 克隆进行了序列分析和进化树分析; 用 PCR 和 RT-PCR 等技术分别对该基因组和 mRNA 进行了扩增和测序分析。结果序列分析结果表明该cDNA 克隆长 705 bp, 开放阅读框具 603 bp, 推测肽链含有 200 个氨基酸。序列比较分析结果提示该 cDNA 克隆所推测的蛋白质是一个 Rab1 亚家族的亚型。进化树分析也表明它属于阴道毛滴虫 Rab1 亚家族。基因组 PCR扩增和测序分析表明该基因包含一个 25 bp 的内含子, 该内含子具有阴道毛滴虫和其它真核生物较大内含子所具备的典型的 5′GT-AG-3′和分支位点基序。RT-PCR 产物及其测序分析表明在该基因的转录本中存在着未剪切和剪切后的 mRNA, 说明确实有内含子的存在。结论 TvRab1-like 基因属于阴道毛滴虫 Rab1 亚家族, 该基因含有一个 25 bp 的内含子。该内含子是至今发现的最小的阴道毛滴虫基因内含子之一, 很可能也是真核生物中最小的内含子。对诸类最低等真核生物内含子的研究将有助于我们理解真核生物内含子的起源和进化。

鸡Visfatin基因9 bp indel杂合突变异源双链DNA的鉴定

内脂素(Visfatin)是脂肪细胞因子家族的新成员,主要由内脏脂肪组织产生.研究表明内脂素具有类胰岛素样作用.在检测固始鸡-安卡鸡资源群体3代(亲本,F1,F2)964只鸡Visfatin基因9bp插入/缺失(9 bp 'TAACCTGTG' insertion-deletion)多态的过程中,发现其杂合子的变性和非变性聚丙烯酰胺胶上除2条同源双链DNA(282bp和273bp)外有2条未知条带(命名为A和B).A,B条带经回收、二次PCR、再次聚丙烯酰胺凝胶电泳及DNA测序表明:Visfatin基因第10内含子中9bp insertion-deletion突变杂合子的PCR产物中,本身包含2种同源双链DNA片段和2种异源双链DNA片段,不需要经过额外的变性、退火处理,其PCR产物可以直接进行突变检测,在229个杂合突变中异源双链DNA的检出率为100%.因此,通过异源双链DNA这一标示物作为基因分型时的依照或者参考,建立适当的异源双链DNA分析法可进行基因中几个核苷酸插入/缺失多态的检测.

贵州省3个少数民族HLA-G基因14bp插入/缺失的多态性研究

目的:了解贵州省3个少数民族(布依族、水族、苗族)群体人类白细胞抗原-G(HLA-G)基因14 bp插入/缺失多态性的分布规律及其与遗传背景之间的关系。方法:采用PCR扩增、电泳及测序的方法对来自贵州地区的布依族、水族、苗族共344例健康个体DNA进行HLA-G基因14 bp插入/缺失多态性检测,并与文献报道的仡佬族、壮族等13个民族群体的HLA-G基因14 bp插入/缺失多态性分布数据进行对比。结果:布依族、水族和苗族人群的+14 bp等位基因频率分别为23.7%、26.0%和38.1%,+14 bp/+14 bp基因型频率分别为9.40%、10.4%和15.9%,14 bp插入频率比较示布依族和苗族差异有统计学意义(χ2=11.345,P=0.001),苗族与水族差异有统计学意义(χ2=6.125,P=0.009)而布依族和水族间比较差异无统计学意义(P>0.017);与其他人群数据比较,苗族群体的14 bp插入/缺失分布与其他人群相似,而作为壮侗语族的布依族、水族则有自己独特的14 bp插入/缺失分布规律。结论:布依族、水族人群的14 bp插入/缺失分布相似,但是与苗族人群的分布存在一定的差异。

牛乳腺炎无乳链球菌PI-2a菌毛岛屿BP亚基单克隆抗体胶体金标记试纸条制备

目的本研究通过优化牛乳腺炎无乳链球菌PI-2a菌毛岛屿BP亚单位单克隆抗体的性能,制备胶体金标记检测牛乳腺炎无乳链球菌的试纸条。方法利用pET30a(+)-BP重组质粒表达蛋白纯化物免疫小鼠,无菌取脾细胞与sp2/0骨髓瘤细胞融合,筛选杂交瘤细胞,制备单克隆抗体,对单克隆抗体进行胶体金标记后制备检测试剂盒,并确定其灵敏度、特异性等技术指标。结果经数轮筛选,获得1株阳性杂交瘤细胞株,抗体效价达到1∶25600。胶体金标记试纸条灵敏度量达到10~6 CFU/mL。特异性测试结果表明,胶体金标记试纸条与金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、沙门氏菌、副结核杆菌、化脓性链球菌培养物人工污染的牛乳样均无阳性反应,只与无乳链球菌乳样出现阳性结果。结论该胶体金标记免疫层析试纸条,具有实际应用价值,将为牛乳腺炎的筛查检测提供新型、便捷的技术产品。

中国4个民族群体HLA-G基因14bp插入/缺失多态的分布特征及其HLA-A位点的相关性

近年来,位于HLA-G基因第8外显子3′UTR的一个14 bp插入/缺失多态位点与复发性流产、自身免疫性疾病和肝癌等疾病相关而引起广泛关注。本实验室前期的研究表明,不同群体的HLA-G基因14 bp插入/缺失频率具有群体语系分布特点。文章对土族、裕固族、傈僳族和怒族进行HLA-G基因14 bp插入/缺失的基因分型,结合HLA-A基因分型数据,分析土族、裕固族、傈僳族和怒族4个民族群体中14 bp插入/缺失与HLA-A等位基因的关系。研究结果显示:(1)尽管HLA-G基因14 bp插入频率在不同群体中的分布具有各自群体的特点,但遵循着按语系及语族分布的规律,除汉藏语系汉语族与阿尔泰语系蒙古语族无差异外,语族间差异明显;(2)不同群体中,14 bp插入与不同的HLA-A等位基因相关联。

BP神经网络和蚁群算法在防灾产品优化中的应用

针对产品优化设计中对应功能结构选择的多样性以及产品的个性化客户需求,利用蚁群算法结合BP神经网络优化的思想进行了定量求解.通过研究产品需求动态变化的计算机理,给出了产品的可变长基因表达方法;根据产品功能与结构之间的相互关系,给出了产品的相关矩阵;采用BP神经网络方法计算相关矩阵的参数值;并且将结构组合方式看成是蚂蚁走过的路径,采用蚁群算法计算出了最优的可选结构.以防灾产品设计为例,结果分析表明:采用这种方法能够实现最优结构选择的自动化设计,运算结果满足客户需求.

BP神经网络优化算法研究

为解决BP神经网络收敛速度慢和易陷入局部极小值的缺点,利用遗传算法(GA)和基因表达式编程(GEP)的各自特点,基于BP算法提出了两种改进算法:其一是GA-BP算法,即利用GA优化BP神经网络的权值和阈值;其二是GEP-BP算法,即利用GEP对BP网络进行调整,包括网络结构、权值和阈值。用样本数据进行了测试并与基本BP算法进行了比较,结果表明两种改进算法具有很强的可行性和高效性。