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有向de Bruijn图的谱
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作者 殷剑宏 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期536-539,共4页
首先分析了n维d进位有向de Bruijn图B(d,n)(d≥2,n≥1)及其邻接矩阵A的结构,证明了从B(d,n)的顶点x到y只有一条长度为n的有向链,从而证得了An=J(其中J为dn×dn阶矩阵,且其全部元素均为1).文章最后获得了有向de Bruijn图B(d,n)的谱,B... 首先分析了n维d进位有向de Bruijn图B(d,n)(d≥2,n≥1)及其邻接矩阵A的结构,证明了从B(d,n)的顶点x到y只有一条长度为n的有向链,从而证得了An=J(其中J为dn×dn阶矩阵,且其全部元素均为1).文章最后获得了有向de Bruijn图B(d,n)的谱,B(d,n)的特征值为0与d,且它们所对应的重数分别为dn-1和1. 展开更多
关键词 有向de bruijn图 的谱 特征值
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无向二元De Bruijn图的边割计数(英文)
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作者 欧见平 《内蒙古师范大学学报(自然科学汉文版)》 CAS 2004年第1期17-21,共5页
利用无向二元DeBruijn图UB(2 ,n)的极大限制边连通性计算了它的边割数 ,确定了阶至多为 3的边割数 .同时 ,给出了 4阶边割数的一个上界 ,认为此上界是紧的 .
关键词 无向二元De bruijn图 连通性 边割 上界
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多元De Bruijn图的限制边连通性
3
作者 欧见平 《漳州师范学院学报(自然科学版)》 2004年第4期21-24,共4页
多元 De Bruijn 图 UB(d, n)是 De Bruijn 网络的拓扑结构, 它具有高效网络应该具备的许多特性, 如短直径、小最大度和多节点. 本文研究无向多元 De Bruijn 图的的限制边连通性, 证明当 n≥4 时 UB(d, n)是超级限制边连通的,回答了张克... 多元 De Bruijn 图 UB(d, n)是 De Bruijn 网络的拓扑结构, 它具有高效网络应该具备的许多特性, 如短直径、小最大度和多节点. 本文研究无向多元 De Bruijn 图的的限制边连通性, 证明当 n≥4 时 UB(d, n)是超级限制边连通的,回答了张克民等人提出的问题. 展开更多
关键词 bruijn图 连通性 超级 最大度 证明 直径 限制 多元 网络 高效
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基于de Bruijn图的M序列递归升级构造方法 被引量:1
4
作者 郭辉 柏森 +2 位作者 阳溢 宋斌 李淑云 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期144-149,161,共7页
高级M序列具有良好的伪随机特性和安全特性,广泛应用于信息安全领域,如何快速有效生成高级M序列一直是研究的热点。在图论知识的基础上,给出一种新的M序列递归升级构造方法,根据n级de Bruijn图中的一条Hanilton回路构成n级M序列、Euler... 高级M序列具有良好的伪随机特性和安全特性,广泛应用于信息安全领域,如何快速有效生成高级M序列一直是研究的热点。在图论知识的基础上,给出一种新的M序列递归升级构造方法,根据n级de Bruijn图中的一条Hanilton回路构成n级M序列、Euler回路构成n+1级M序列的原理,在已知一条二元n级M序列的条件下,将M序列转换为de Bruijn图中一条Hamilton回路,求出该Hamilton回路的补路,得到一条Euler回路,从而构成n+1级M序列,据此依次递归生成一条更高级的M序列。利用NIST SP 800-22随机数测试标准对生成的高级M序列进行测试,结果表明,该方法生成的高级M序列测试值都大于0.01,满足随机性要求。 展开更多
关键词 信息安全 M序列 DE bruijn图 NIST SP800-22随机数测试 HAMILTON回路 Euler回路
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DBCAN:一种基于de Bruijn图的高效P2P模型
5
作者 毕海波 《现代计算机》 2020年第1期16-20,共5页
DBCAN是一种基于de Bruijn图的结构化P2P网络路由模型,采用de Bruijn图作为P2P覆盖网络拓扑结构,网络中的每个节点都负责维护虚拟2维笛卡尔坐标空间中的一块区域,实现数据命名与分布、节点邻居关系、路由算法、数据的发布等。实验仿真表... DBCAN是一种基于de Bruijn图的结构化P2P网络路由模型,采用de Bruijn图作为P2P覆盖网络拓扑结构,网络中的每个节点都负责维护虚拟2维笛卡尔坐标空间中的一块区域,实现数据命名与分布、节点邻居关系、路由算法、数据的发布等。实验仿真表明,该路由模型的节点度、负载均衡和路由路径长度等性能均优于CAN、Koorde等结构化路由模型。 展开更多
关键词 路由 定位 分布式哈希表 de bruijn图
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DNA序列拼接中de Bruijn图结构的研究 被引量:2
6
作者 王东阳 任世军 王亚东 《智能计算机与应用》 2011年第2X期20-25,30,共7页
基因组测序是生物信息学中最基本的研究方向之一,然而大多数生物的基因组都不可能一次性获得,需要利用序列拼接技术对实验中获得的DNA片段进行拼接操作。目前,测序过程中获得的DNA片段越来越短,基于Euler路径的拼接算法在处理这种... 基因组测序是生物信息学中最基本的研究方向之一,然而大多数生物的基因组都不可能一次性获得,需要利用序列拼接技术对实验中获得的DNA片段进行拼接操作。目前,测序过程中获得的DNA片段越来越短,基于Euler路径的拼接算法在处理这种短片段拼接时具有优势。在Euler路径算法中,一个关键的步骤是deBruijn图的构建,一直以来,构建deBruijn图的方式总是让后一个κ-mer与前一个κ-mer之间有κ-1个碱基的交叠,相邻的两个κ-mer之间相互错开一位。但文中的研究发现,如果有边连接的两个κ-mer之间有κ-2个或者更少的碱基相交叠,会对deBruijn图结构复杂性产生重要影响。针对这些影响进行详细分析,并设计实验进行验证,实验结果表明,κ-mer之间的错位数变化对deBruijn图结构复杂性有显著影响。 展开更多
关键词 生物信息学 基因组测序 DNA序列拼接 Euler路径 DE bruijn图
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广义De Bruijn图分解问题的一些结果
7
作者 罗申 李乔 《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第11期1803-1806,共4页
广义DeBruijn图是最近提出的一种具有良好性质的网络拓扑结构,文中对这类图的分解问题作了初步的分析,构造了一类基本模块,并得出了一些关于模块效率的数值结果.
关键词 广义De bruijn图 分解问题 效率 基本模块
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基于de Bruijn图的序列拼接算法研究与实现 被引量:1
8
作者 李飞菲 《现代计算机(中旬刊)》 2016年第1期3-6,25,共5页
序列拼接算法是DNA测序过程中的关键技术。随着新一代测序技术的发展,如何实现高通量、高效率测序已经成为生物信息学领域的重要挑战,序列拼接算法也在逐渐改进以提高拼接效果。基于de Bruijn图的序列拼接算法是目前使用最广泛的方法之... 序列拼接算法是DNA测序过程中的关键技术。随着新一代测序技术的发展,如何实现高通量、高效率测序已经成为生物信息学领域的重要挑战,序列拼接算法也在逐渐改进以提高拼接效果。基于de Bruijn图的序列拼接算法是目前使用最广泛的方法之一,对其进行分析研究,利用C++编程实现该算法,并对实验结果进行分析。 展开更多
关键词 新一代测序技术 高通量测序 基因拼接 DE bruijn图
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通过区域筛选和简洁de Bruijn图比对高重复短序列
9
作者 黎瑶 钟诚 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2020年第9期1999-2005,共7页
下一代测序平台产生的大量短序列(short reads)包含许多重复的子序列,这给求解短序列比对(short-read alignment)问题带来了挑战.如何处理包含重复子序列的基因组区域将影响后续基因组的分析.现有的利用de Bruijn图的短序列比对算法效... 下一代测序平台产生的大量短序列(short reads)包含许多重复的子序列,这给求解短序列比对(short-read alignment)问题带来了挑战.如何处理包含重复子序列的基因组区域将影响后续基因组的分析.现有的利用de Bruijn图的短序列比对算法效果并不理想或者未考虑重复子序列的影响.针对包含许多重复子序列的短序列比对问题,依据种子预定义由给定的shape布局中生成的关键字建立hash索引,通过采用基于空位种子(gapped seeds)搜索策略的区域选择方法,通过搜索索引筛选候选位置以减少待比对的候选位置个数、减少搜索空间;运用Hough变换分组操作将种子命中聚集为粗对准形式,以降低后续比对验证时间;采用简洁de Bruijn图结构压缩存储和索引长度为k的序列片段(k-mer),以降低比对所需的存储空间.分析与实验结果表明,与已有的代表性同类算法相比,本文的算法既保持或获得更高正确比对百分比,又降低了所需的运行时间和存储空间,尤其是对高重复率的序列进行比对,本文算法可获得更高的正确对准百分比. 展开更多
关键词 序列比对 空位种子 区域选择 简洁de bruijn图 高重复率
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基于de Bruijn图的基因组索引结构设计
10
作者 国宏哲 王亚东 《智能计算机与应用》 2019年第1期1-5,13,共6页
随着高通量测序技术的快速发展和测序成本的逐渐降低,个体基因组测序已成为研究不同物种的基因型、变异情况和相关疾病的重要手段。然而,由于基因组上的大量重复序列和高变异区域,日益增大的测序数据量以及测序技术的局限等因素,如何准... 随着高通量测序技术的快速发展和测序成本的逐渐降低,个体基因组测序已成为研究不同物种的基因型、变异情况和相关疾病的重要手段。然而,由于基因组上的大量重复序列和高变异区域,日益增大的测序数据量以及测序技术的局限等因素,如何准确且快速地将大量测序数据比对到参考基因组面临巨大挑战。阐述基于哈希思想的基因组数据的存储和索引方法。本文说明基于seed-and-extension思想的基本比对思路。本文提出一个基于de Bruijn图模型的索引结构DBG-index以及该索引的3层结构数据存储方式。分析该索引结构的特性并提出种子的基本操作方法。该索引结构利用图模型特性可以有效组织基因组上的重复序列,从而在整体上减少了候选种子数量并极大提高了比对速度。 展开更多
关键词 基因组 索引 序列映射 DE bruijn图
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基于de Bruijn图和序列比对的长序列混合纠错算法 被引量:1
11
作者 刘刚 《现代计算机》 2022年第5期32-37,45,共7页
第三代测序技术产生的长序列错误率非常高,现有的长序列纠错算法还有待进一步提升纠错质量。本文通过遍历k值可变de Bruijn图来扩展连接种子形成种子序列,使得序列路径覆盖长序列中未与短序列比对的区域;采用序列比对来纠正长序列与短... 第三代测序技术产生的长序列错误率非常高,现有的长序列纠错算法还有待进一步提升纠错质量。本文通过遍历k值可变de Bruijn图来扩展连接种子形成种子序列,使得序列路径覆盖长序列中未与短序列比对的区域;采用序列比对来纠正长序列与短序列对准的区域,并使用种子序列路径来纠正长序列未与短序列对准的区域。在模拟数据集和真实数据集上的实验结果表明,与已有的长序列混合纠错算法相比,本文的算法获得较高质量的纠错序列。 展开更多
关键词 长序列纠错 混合纠错 序列比对 de bruijn图
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基于最小边集的De Bruijn图定位算法
12
作者 于长永 金建宇 +1 位作者 刘鹏 赵宇海 《东北大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第2期153-159,共7页
针对基因序列比对问题提出了一种DBG(de Bruijn图)模型,称为MiniDBG.它可以存储最小边集的位置列表,并通过位置列表有效地定位图上的任何节点、边和路径,从而实现对基因的序列比对.介绍了MiniDBG模型及基于该模型的路径定位算法,并对算... 针对基因序列比对问题提出了一种DBG(de Bruijn图)模型,称为MiniDBG.它可以存储最小边集的位置列表,并通过位置列表有效地定位图上的任何节点、边和路径,从而实现对基因的序列比对.介绍了MiniDBG模型及基于该模型的路径定位算法,并对算法进行了证明.同时将MiniDBG与基于BWT和基于位置列表的路径定位方法进行了比较,实验结果表明,在频繁比对的情况下,MiniDBG的性能优于其他两种方法. 展开更多
关键词 基因序列比对 De bruijn图 最小边集 位置列表 路径定位算法
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广义de Bruijn图中Euler回路和Hamilton圈的计数
13
作者 胡龙妹 《中国科学技术大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1992年第3期375-384,共10页
讨论了广义de Bruijn图G_B(n.d)的线图的Euler回路的个数,从而给出G_B(n.d)的Hamilton圈的计数定理。
关键词 bruijn图 欧拉回路 哈米顿圈
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de Bruijn图的(1,2)-步竞争图
14
作者 张雪飞 宋爱斌 +2 位作者 郑素文 罗俊芝 宫雷 《数学的实践与认识》 北大核心 2018年第20期138-142,共5页
设D=(VA)是一个有向图.有向图D的(1,2)一步竞争图是关于V(D)的无向图,表示为C1,2(D).若边{x,y}∈E(C1,2(D)),当且仅当存在一个顶点z≠x,y,使得dD-y(x,z)≤1且dD-x(y,z)≤2或者dD-z(y,z)≤1且dD-y(x,z)... 设D=(VA)是一个有向图.有向图D的(1,2)一步竞争图是关于V(D)的无向图,表示为C1,2(D).若边{x,y}∈E(C1,2(D)),当且仅当存在一个顶点z≠x,y,使得dD-y(x,z)≤1且dD-x(y,z)≤2或者dD-z(y,z)≤1且dD-y(x,z)≤2.在2000年,Cho等人给出了m-步竞争图的定义.主要研究了de Bruijn图的(1,2)-步竞争图,并给出了deBruijn图中的弧为C1,2(D)的边的一个刻画. 展开更多
关键词 DE bruijn图 (1 2)-步竞争
原文传递
图的圈边连通度和圈弧连通度 被引量:2
15
作者 朱虹州 孟吉翔 《新疆大学学报(自然科学版)(中英文)》 CAS 2021年第6期655-664,共10页
令G是一个简单图.G的圈边连通度cλ(G)定义为E(G)的一个子集F的最小基数,其中G−F不连通且至少有两个分支包含圈.令D是一个有向图.D的圈弧连通度λ_(c)(D)定义为A(D)的一个子集S的最小基数,其中D−S不强连通且至少有两个强连通分支包含有... 令G是一个简单图.G的圈边连通度cλ(G)定义为E(G)的一个子集F的最小基数,其中G−F不连通且至少有两个分支包含圈.令D是一个有向图.D的圈弧连通度λ_(c)(D)定义为A(D)的一个子集S的最小基数,其中D−S不强连通且至少有两个强连通分支包含有向圈.在文章中,我们研究了无向二元Kautz图、无向de Bruijn图和无向二元广义de Bruijn图的圈边连通度.而且,我们获得了Kautz有向图、de Bruijn有向图和广义de Bruijn图的圈弧连通度. 展开更多
关键词 圈边连通度 圈弧连通度 debruijn图 Kautz 广义de bruijn图
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de Bruijn定理的推广(英文)
16
作者 杜清晏 《数学进展》 CSCD 北大核心 2008年第6期729-748,共20页
de Bruijn定理是一种重要的组合计数方法,本文以非常自然的方式推广了这种方法.P-图是图G在其顶点上的置换群P作用下形成的轨道.文中引进了P-图,P-图的色容指标,P-图关于色置换群H的色权多项式以及色对称与全色对称图等概念,建立了色权... de Bruijn定理是一种重要的组合计数方法,本文以非常自然的方式推广了这种方法.P-图是图G在其顶点上的置换群P作用下形成的轨道.文中引进了P-图,P-图的色容指标,P-图关于色置换群H的色权多项式以及色对称与全色对称图等概念,建立了色权多项式的计算公式和一系列的组合公式及性质. 展开更多
关键词 组合计数 DE bruijn图 色等价类 色权多项式
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k元de Bruijn序列的反馈函数的一个升级算法 被引量:13
17
作者 朱士信 孙琳 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1066-1068,共3页
本文定义了k个从k元n级de Bruijn-Good图到k元n-1级de Bruijn-Good图的满同态映射Da,利用这些同态映射,我们证明了n级非奇反馈函数f(x1,x2,…,xn)与以Da(Gf)为状态图的n-1级非奇反馈函数g(x1,x2,…,xn-1)的一个关系定理,给出了k元de Bru... 本文定义了k个从k元n级de Bruijn-Good图到k元n-1级de Bruijn-Good图的满同态映射Da,利用这些同态映射,我们证明了n级非奇反馈函数f(x1,x2,…,xn)与以Da(Gf)为状态图的n-1级非奇反馈函数g(x1,x2,…,xn-1)的一个关系定理,给出了k元de Bruijn序列的反馈函数的一个升级算法,特别当k=2,a=0时,利用映射D在Z2上运算的简单性,本文给出了一个从2元n-2r级de Bruijn序列反馈函数直接生成2元n级deBruijn序列的反馈函数的有效算法. 展开更多
关键词 DE bruijn—Good DE bruijn序列 同态映射 非奇反馈函数
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Lower Bound on de Bruijn Graphs Out-degree for Lower Traffic Load in Peer-to-peer Networks
18
作者 王凯 左敏 +1 位作者 潘理 李建华 《Journal of Donghua University(English Edition)》 EI CAS 2006年第2期99-102,共4页
Designers search for N-nodes peer-to-peer networks that can have O (1) out-degree with O (log2 N) average distance. Peer-to-peer schemes based on de Bruijn graphs are found to meet this requirement. By defining av... Designers search for N-nodes peer-to-peer networks that can have O (1) out-degree with O (log2 N) average distance. Peer-to-peer schemes based on de Bruijn graphs are found to meet this requirement. By defining average load to evaluate the traffic load in a network, we show that in order to decrease the average load, the average distance of a network should decrease while the out-degree should increase. Especially, given out-degree k and N nodes, peer-to-peer schemes based on de Bruijn graphs have lower average load than other existing systems. The out-degree k of de Bruijn graphs should not be O(1) but should satisfy a lower bound described by an inequality κ^κ≥N^2, to ensure that the average load in peer-to-peer schemes based on de Bruijn graphs will not exceed that in Chord system. 展开更多
关键词 PEER-TO-PEER de bruijn graphs traffic load average load out-degree average distance.
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基于最大权值路径算法的DNA多序列比对方法 被引量:8
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作者 霍红卫 肖智伟 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第2期185-195,共11页
针对生物序列分析中的多序列比对问题,当输入数据量比较大时,人们提出了很多启发式的算法来改善计算速度和比对结果.提出了用于进行全局DNA多序列比对的一种方法:MWPAlign(maximum weighted path alignment).该算法把序列信息用deBruij... 针对生物序列分析中的多序列比对问题,当输入数据量比较大时,人们提出了很多启发式的算法来改善计算速度和比对结果.提出了用于进行全局DNA多序列比对的一种方法:MWPAlign(maximum weighted path alignment).该算法把序列信息用deBruijn图的形式表示,并将输入序列的信息记录在图的边上,这样,就将求调和序列的问题转化为求图的最大权值路径问题,使多序列比对问题的时间复杂度降低到几乎线性.实验结果显示:MWPAlign是可行的多序列比对算法,尤其对于变异率低于5.2%的大量序列数据,相对于CLUSTALW(cluster alignments weight),T-Coffee和HMMT(hidden Markov model training)有较好的比对结果和运算性能. 展开更多
关键词 多序列比对 DE bruijn图 调和序列 最大权值路径
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组合式建造P2P系统方法探讨
20
作者 程传慧 程学先 《管理观察》 2009年第36期197-198,共2页
探讨一种组合式建造P2P系统的方法,并详细描述该方法的六个步骤。是在P2P系统应用向更广泛领域伸展的形势下,实现P2P系统的高稳定性、高扩展性、高适应性。可以应用于多类较大规模的复杂对等网络。有助于扩展P2P系统应用范围、提高效... 探讨一种组合式建造P2P系统的方法,并详细描述该方法的六个步骤。是在P2P系统应用向更广泛领域伸展的形势下,实现P2P系统的高稳定性、高扩展性、高适应性。可以应用于多类较大规模的复杂对等网络。有助于扩展P2P系统应用范围、提高效率、降低成本,时大规模文件共享系统,对我国电子政务、电子商务、各类应急系统与决笺系统建设、老的信息系统的发展与扩充将起重要的作用。 展开更多
关键词 P2P系统 DE bruijn图 应急系统 决策系统
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