BUB1基因在胃癌组织中高表达:基于Oncomine数据库及生物信息学方法

目的探讨细胞周期有丝分裂纺锤体检测点丝/苏氨酸激酶(BUB1)基因在胃癌(STAD)中的表达及临床价值。方法分别运用Oncomine、GEPIA、BioGPS和Kaplan-Meier Plotter等数据库分析BUB1基因在胃癌组织和正常胃组织的表达差异,并且分析BUB1表达水平与胃癌患者生存预后之间的关系;利用癌症细胞系全科百科全书(CCLE)分析BUB1分别在胃癌组织T细胞和B细胞中的表达,利用String数据库绘制BUB1相关蛋白网络图及基因本体(GO)功能注释,并对京都基因和基因组百科全书(KEGG)相关通路进行分析。采用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析BUB1在免疫浸润物中的表达及对胃癌患者生存预后的影响。为进一步验证Oncomine数据库基因芯片的结果,我们选择成都医学院第一附属医院2018年3月~2019年7月收治的胃癌患者30例,经外科手术获得胃腺癌组织30份,同时获取的癌旁正常组织30份作为对照组,通过PCR和免疫组化技术对Oncomine数据库中BUB1基因表达的数据进行验证。结果Oncomine、GEPIA、BioGPS分析显示:与正常胃组织相比,BUB1在胃癌组织中呈现高表达(P<0.05)。通过Kaplan-Meier生存分析发现,BUB1基因高表达的胃癌患者无进展生存期(HR=0.52,95%CI=0.41~0.67,P<0.05)、总生存期(HR=0.67,95%CI=0.55~0.82,P<0.05)均有所延长。通过string数据收集到与BUB1相关蛋白主要富集于13类细胞学组分、4类分子功能和12类生物学过程,并参与了4条信号通路。TIMER数据库分析显示在免疫微环境中高表达BUB1 mRNA的CD4+T细胞和巨噬细胞对胃癌患者5年生存预后较好。实时定量PCR结果提示胃癌组织样本BUB1的表达水平(4.345±0.421)明显高于配对的癌旁正常胃粘膜组织(1.583±0.122)(t=34.63,P<0.05);免疫组化结果提示胃癌组织BUB1染色成阳性。结论胃癌组织中BUB1基因呈现高表达,BUB1可能具有减少肿瘤免疫抑制作用可协助评估胃癌患者的预后情况。

人Bub1基因shRNA真核表达质粒的构建及其对人卵巢癌细胞SKOV3紫杉醇敏感性的影响

目的构建人Bub1 shRNA真核表达质粒,鉴定该质粒对人卵巢癌SKOV3细胞中Bub1基因的抑制作用,并探讨其对SKOV3细胞紫杉醇敏感性的影响。方法构建pEGFP-Bub1-shRNA质粒,将其经脂质体Lipo 2000TM转染SKOV3细胞后,通过RT-PCR及Western blot检测干扰效率,流式细胞仪检测细胞凋亡率,MTT法比较转染前后SK-OV3细胞的紫杉醇敏感性。结果成功构建了pEGFP-Bub1-shRNA质粒;RT-PCR和Western blot检测结果提示,转染后Bub1的mRNA和蛋白表达均显著降低;MTT和FACS提示,与对照组细胞相比,转染后SKOV3细胞生长抑制率及凋亡率明显降低(P<0.05)。结论pEGFP-Bub1-shRNA质粒能有效抑制Bub1 mRNA及蛋白的表达,并降低SK-OV3细胞紫杉醇敏感性,该质粒的成功构建为进一步研究Bub1基因的生物学功能提供了工具。

短发卡状RNA抑制人Bub1基因表达及其对人卵巢癌A2780细胞药物敏感性和周期的影响

背景与目的:既往研究提示,紫杉醇类药物作用的发挥有赖于功能完整的纺锤体检查点,而Bub1是纺锤体检查点的重要组成部分。本研究旨在探讨Bub1短发卡状RNA真核表达载体稳定转染对人卵巢癌A2780细胞紫杉醇敏感性及细胞周期的影响。方法:构建Bub1基因短发卡状RNA真核表达载体pEGFP-Bub1-shRNA,以脂质体LipofectamineTM2000包裹空质粒转染体外培养的人卵巢癌细胞株A2780后进行稳定筛选。应用RT-PCR、Western印迹法分析目的基因mRNA及其蛋白水平的表达情况;MTT法、流式细胞术等方法检测转染前后,A2780细胞对紫杉醇敏感性及其细胞周期的变化;Hoechst33342染色法检测细胞分裂指数。结果:与对照组pEGFP-C1/A2780及A2780组相比,pEGFP-Bub1-ShRNA/A2780组细胞中mRNA和蛋白水平的表达均明显下降,其差异具有统计学意义(P<0.05);MTT检测结果提示,转染pEGFP-Bub1-shRNA质粒后细胞对紫杉醇的敏感性明显降低,与对照组相比,差异具有统计学意义(P<0.05);流式细胞术检测结果显示,紫杉醇1μmol/L处理细胞24及48h后,与pEGFP-C1/A2780及A2780组相比,该组细胞凋亡率明显降低(P<0.05),G2/M期细胞比例下降,差异具有统计学意义(P<0.05);Hoechst33342染色提示,与对照组相比,pEGFP-Bub1-shRNA/A2780组的分裂指数(MI)明显降低,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论:Bub1基因的下调可导致人卵巢癌A2780细胞对紫杉醇敏感性及G2/M期细胞比例下降。pEGFP-C1-shBub1质粒的成功构建,为研究Bub1基因的功能及定位的研究提供了进一步的实验条件。

RNA 干扰抑制 BUB1基因表达对染色体分离的影响

目的：研究 BUB1基因表达调控对染色体分离的影响。方法：用定量 RT-PCR 比较 RNA 干扰前后的胚胎细胞内源性基因 BUB1的 mRNA 水平,同时对染色体数目异常率进行比较分析。结果：干扰后 BUB1基因 mRNA 拷贝数/GAPDH 基因 mRNA 拷贝数的均值为干扰前的21．80%,染色体数目异常率均值由干扰前 5．02%上升到29．61%。经统计分析,RNA 干扰前后 BUB1基因 mRNA 水平和染色体数目异常率有显著差异。结论：BUB1基因表达的降低会导致染色体分离的异常,本研究为染色体分离相关蛋白功能研究建立了新的研究手段和实验评价体系。

微小RNA对胚胎细胞BUB1基因的表达抑制

目的:探讨微小RNA对胚胎细胞BUB1基因表达的调控。方法:用定量real-timePCR比较microRNA转染前后的胚胎细胞内源性基因BUB1mRNA表达水平,同时用westernblot比较转染前后Bub1蛋白的表达水平。结果:对照组的BUB1基因mRNA拷贝数/GAPAHmRNA拷贝数为0.1960±0.0688,而转染microRNA重组质粒后,实验组的mRNA比值分别为0.1968±0.0689和0.1962±0.0670,经统计分析,两实验组细胞的内源性BUB1基因mRNA水平与对照组无显著性差异;而蛋白水平在转染后均有明显降低。结论:microRNA主要在翻译水平调节哺乳动物细胞内基因的表达,为研究基因表达的调控机制奠定了良好的基础。

MicroRNA-450a-3p通过抑制Bub1基因的表达调控小鼠细胞增殖和胚胎发育

目的:探讨microRNA-450a-3p(miR-450a-3p)对小鼠细胞增殖和胚胎发育的调控是否通过抑制Bub1基因的表达实现。方法:用萤光素酶报告基因实验检测miR-450a-3p能否特异性结合于Bub1基因的3’-非翻译区(untranslated region,UTR);用Western blotting和实时荧光定量RT-PCR检测miR-450a-3p对Bub1蛋白和mRNA表达;分别通过MTT、Hoechst染色、流式细胞术等分析miR-450a-3p对小鼠胚胎成纤维细胞(mouse embryonic fibroblasts,MEFs)增殖、凋亡和细胞周期等生物学功能的调控;利用染色体核型分析技术检测miR-450a-3p对MEFs染色体数目的影响。结果:miR-450a-3p能与靶基因Bub1的3’-UTR结合,在翻译水平抑制MEFs中Bub1的表达,然而其转录水平的表达却不受影响。miR-450a-3p通过下调靶基因Bub1的表达,抑制MEFs的增殖,促进细胞的凋亡;而且miR-450a-3p还能使大多数细胞停滞在G1/G0期,使细胞分裂受阻,导致细胞染色体数目异常。结论:miR-450a-3p能够调控靶基因Bub1的表达,抑制MEFs增殖,并最终影响小鼠胚胎的发育。

基于数据挖掘分析BUB1基因在肝癌中的表达及临床意义

目的探讨BUB1基因在肝癌中的表达及临床意义。方法分别检索BioGPS、Oncomine、癌症细胞系百科全书(CCLE)数据库,挖掘分析BUB1基因在正常人体组织、肝癌组织及肝癌细胞系中的表达情况,应用Kaplan-Meier Plotter、GEPIA等数据库分析BUB1基因对肝癌患者预后的影响。结果BioGPS数据库分析结果显示BUB1基因在人体各组织中均有表达,肝脏组织中的表达值中位数略高于其他正常组织(7.25 vs.4.6)。从Oncomine数据库检索出BUB1基因相关研究424项,显示肝癌组织中BUB1基因高表达5项、低表达6项,Meta分析显示与正常肝组织相比BUB1基因在肝癌组织中呈高表达状态(P=0.002)。CCLE数据库分析显示,在肝癌细胞系中BUB1 mRNA高表达。Kaplan-Meier Plotter及GEPIA数据库生存分析结果显示,BUB1基因高表达组的肝癌患者总体生存时间和无进展生存时间等生存预后指标均较低表达组差(P<0.05)。结论BUB1基因在肝癌组织中呈高表达,且BUB1基因高表达与肝癌患者生存预后差有关。