目的龙江医派知名医家陈景河先生的益脑通络方在临床上治疗缺血性中风效果明显,但是其治疗机制方面的研究尚浅。文章基于中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,...目的龙江医派知名医家陈景河先生的益脑通络方在临床上治疗缺血性中风效果明显,但是其治疗机制方面的研究尚浅。文章基于中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)探讨益脑通络方治疗缺血性中风的分子机制。方法利用该平台筛选方剂的活性成分并预测其靶点;基于方剂靶点与疾病靶点的匹配结果筛选方剂-疾病的关键靶点,并对关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能、生物过程(Reactome)富集分析;通过构建蛋白互作网络(protein-protein interaction network,PPI)、构建“中药-成分-靶点-通路”网络,分析并筛选益脑通络方治疗缺血性中风的主要活性成分和核心靶点;进一步对核心靶点与主要活性成分进行分子对接,以虚拟验证其结合能力并分析其结合模式。对核心活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果获得益脑通络方治疗缺血性中风的主要活性成分40种,关键靶点18个,包括了APP、PIK3CA等,GO功能分析主要富集在对凋亡的调控上,Reactome信号通路涉及了凋亡途径、炎症途径、基因调控、血管通路、神经再生、突触传导、细胞自噬等多途径。分子对接结果显示主要活性成分与核心靶蛋白具有结合力,川芎的萘呋内酯结合能力最强。结论益脑通络方中的萘呋内酯等多种活性成分能够作用于APP、PIK3CA等多靶点、通过促红细胞生成素(erythropietin,EPO)激活的PI3K等多通路,在缺血性中风中主要发挥抗凋亡等作用。展开更多
目的运用网络药理学研究方法对滋脾通络方治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)主要活性成分及核心靶点进行分析。方法采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platf...目的运用网络药理学研究方法对滋脾通络方治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)主要活性成分及核心靶点进行分析。方法采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、DRAR-CPI分子对接平台和Unipro数据库筛选出滋脾通络方组成药物的有效活性成分及作用靶点基因,通过Gene Cards数据库收集DN疾病基因,然后对药物作用基因及疾病相关基因进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点,进而构建活性成分-靶点相互作用网络,并进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果研究得到48个作用于DN疾病靶点的活性成分和147个作用靶点,GO功能富集分析确定了434个条目,KEGG通路分析共发现101条作用通路,主要有HIF-1、TNF、PI3K-Akt和Notch等信号通路。结论本研究结果初步探讨了滋脾通络方的基本药理作用及其机制,并为进一步的实验研究奠定了良好的基础。展开更多
消栓通络方临床上主治脑血栓引起的精神呆滞、言语迟涩等症状,疗效显著,但其作用机制尚不明确。本文通过搜集消栓通络方中的化学成分和治疗脑卒中相关靶点,获得1251个化学成分和10个脑卒中相关靶点,采用朴素贝叶斯和递归分割等机器学习...消栓通络方临床上主治脑血栓引起的精神呆滞、言语迟涩等症状,疗效显著,但其作用机制尚不明确。本文通过搜集消栓通络方中的化学成分和治疗脑卒中相关靶点,获得1251个化学成分和10个脑卒中相关靶点,采用朴素贝叶斯和递归分割等机器学习算法,基于分子指纹和分子描述符,结合分子对接方法,构建了脑卒中10个相关靶点的18个化合物-靶点相互作用预测模型。应用这些模型预测了消栓通络方的活性化学成分及其作用靶点,发现了153个潜在活性化学成分,其中22个可以与2个以上脑卒中药物靶点相互作用。在此基础上,利用网络构建专业软件,构建了化学成分-靶点网络,并通过Gene-Ontology(GO)富集分析,确证了靶点重要的生物过程,如凝血(blood coagulation)、血管生成正调控(positive regulation of angiogenesis)和离子转运正调控(positive regulation of ion transport)等。在此基础上,构建了靶点-通路网络。本研究利用机器学习、分子对接、虚拟筛选、数据挖掘及网络构建等技术方法,探索并部分揭示了消栓通络方抗脑卒中的活性物质基础及其化学成分-靶点-通路的网络作用机制,为消栓通络方的深入研究提供重要信息依据。展开更多
文摘目的龙江医派知名医家陈景河先生的益脑通络方在临床上治疗缺血性中风效果明显,但是其治疗机制方面的研究尚浅。文章基于中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)探讨益脑通络方治疗缺血性中风的分子机制。方法利用该平台筛选方剂的活性成分并预测其靶点;基于方剂靶点与疾病靶点的匹配结果筛选方剂-疾病的关键靶点,并对关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能、生物过程(Reactome)富集分析;通过构建蛋白互作网络(protein-protein interaction network,PPI)、构建“中药-成分-靶点-通路”网络,分析并筛选益脑通络方治疗缺血性中风的主要活性成分和核心靶点;进一步对核心靶点与主要活性成分进行分子对接,以虚拟验证其结合能力并分析其结合模式。对核心活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果获得益脑通络方治疗缺血性中风的主要活性成分40种,关键靶点18个,包括了APP、PIK3CA等,GO功能分析主要富集在对凋亡的调控上,Reactome信号通路涉及了凋亡途径、炎症途径、基因调控、血管通路、神经再生、突触传导、细胞自噬等多途径。分子对接结果显示主要活性成分与核心靶蛋白具有结合力,川芎的萘呋内酯结合能力最强。结论益脑通络方中的萘呋内酯等多种活性成分能够作用于APP、PIK3CA等多靶点、通过促红细胞生成素(erythropietin,EPO)激活的PI3K等多通路,在缺血性中风中主要发挥抗凋亡等作用。
文摘目的运用网络药理学研究方法对滋脾通络方治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)主要活性成分及核心靶点进行分析。方法采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、DRAR-CPI分子对接平台和Unipro数据库筛选出滋脾通络方组成药物的有效活性成分及作用靶点基因,通过Gene Cards数据库收集DN疾病基因,然后对药物作用基因及疾病相关基因进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点,进而构建活性成分-靶点相互作用网络,并进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果研究得到48个作用于DN疾病靶点的活性成分和147个作用靶点,GO功能富集分析确定了434个条目,KEGG通路分析共发现101条作用通路,主要有HIF-1、TNF、PI3K-Akt和Notch等信号通路。结论本研究结果初步探讨了滋脾通络方的基本药理作用及其机制,并为进一步的实验研究奠定了良好的基础。
文摘消栓通络方临床上主治脑血栓引起的精神呆滞、言语迟涩等症状,疗效显著,但其作用机制尚不明确。本文通过搜集消栓通络方中的化学成分和治疗脑卒中相关靶点,获得1251个化学成分和10个脑卒中相关靶点,采用朴素贝叶斯和递归分割等机器学习算法,基于分子指纹和分子描述符,结合分子对接方法,构建了脑卒中10个相关靶点的18个化合物-靶点相互作用预测模型。应用这些模型预测了消栓通络方的活性化学成分及其作用靶点,发现了153个潜在活性化学成分,其中22个可以与2个以上脑卒中药物靶点相互作用。在此基础上,利用网络构建专业软件,构建了化学成分-靶点网络,并通过Gene-Ontology(GO)富集分析,确证了靶点重要的生物过程,如凝血(blood coagulation)、血管生成正调控(positive regulation of angiogenesis)和离子转运正调控(positive regulation of ion transport)等。在此基础上,构建了靶点-通路网络。本研究利用机器学习、分子对接、虚拟筛选、数据挖掘及网络构建等技术方法,探索并部分揭示了消栓通络方抗脑卒中的活性物质基础及其化学成分-靶点-通路的网络作用机制,为消栓通络方的深入研究提供重要信息依据。