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Genetic dissection of glutathione S-transferase omega-1:identification of novel downstream targets and Alzheimer's disease pathways
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作者 Yue Jia Meng-Die Gao +3 位作者 Yun-Fang Liu Lu Lu Gang Chen Ying Chen 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2022年第11期2452-2458,共7页
Alzheimer's disease(AD)is affected by genetic factors.Polymorphisms in the glutathione S-transfe rase omega-1(Gsto1)gene have been shown by genetic correlation analyses performed in different ethnic populations to... Alzheimer's disease(AD)is affected by genetic factors.Polymorphisms in the glutathione S-transfe rase omega-1(Gsto1)gene have been shown by genetic correlation analyses performed in different ethnic populations to be genetic risk factors for AD.Gene expression profile data from BXD recombinant inbred mice were used in combination with genetic and bioinformatic analyses to chara cterize the mechanisms underlying regulation of Gstol variation regulation and to identify network membe rs that may contribute to AD risk or progression.Allele-specific assays confirmed that variation in Gstol expression is controlled by cis-expression quantitative trait loci.We found that Gstol mRNA levels were related to several central nervous system traits,such as glial acidic fibrillary protein levels in the caudate putamen,co rtical gray matter volume,and hippocampus mossy fiber pathway volume.We identified 2168 genes whose expression was highly correlated with that of Gsto1.Some genes were enriched for the most common neurodegenerative diseases.Some Gsto1-related genes identified in this study had previously been identified as susceptibility genes for AD,such as APP,Grin2 b,Ide,and Psenen.To evaluate the relationships between Gstol and candidate network members,we transfected astrocytes with Gstol siRNA and assessed the effect on putative downstream effecto rs.We confirmed that knockdown of Gstol had a significant influence on Pa2g4 expression,suggesting that Pa2g4 may be a downstream effector of Gstol,and that both genes intera ct with other genes in a network during AD pathogenesis. 展开更多
关键词 Alzheimer's disease bxd recombinant inbred mice CO-EXPRESSION correlation analysis expression quantitative trait locus expression variation genetic dissection glutathione S-transferase omega-1 HIPPOCAMPUS proliferation-associated 2G4
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甲型H1N1流感病毒感染致病候选基因的鉴定
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作者 刘慧 焦芹芹 +5 位作者 贺宏杰 韩哲 袁牡丹 张辉 徐福意 董浩 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期481-488,共8页
目的通过C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)亲本品系小鼠流感感染后相关表型及杂交子代BXD小鼠肺脏转录本数据的系统性分析进行基因筛选,以找到在流感病毒感染中发挥作用的候选基因.方法共选取41个BXD小鼠及亲本品系B6和D2的雌性小鼠,在8~12周... 目的通过C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)亲本品系小鼠流感感染后相关表型及杂交子代BXD小鼠肺脏转录本数据的系统性分析进行基因筛选,以找到在流感病毒感染中发挥作用的候选基因.方法共选取41个BXD小鼠及亲本品系B6和D2的雌性小鼠,在8~12周龄之间给予流感病毒甲型鼠肺适应株(H1N1,PR8M)得到相关表型及基因表达量数据,对基因表达量进行聚类分析及加权基因共表达网络分析,构建模块特征值与小鼠病毒载量的相关性,经表达数量性状座位分析,皮尔逊相关性分析,结合全基因组关联研究(GWAS)、小鼠基因组信息学(MGI)、国际小鼠表型联合会(IMPC)三个基因数据库中的信息分析筛选流感病毒感染相关的候选功能基因及确定该基因的遗传调控方式;最后将挑选出的基因进行通路富集分析.结果通过聚类分析和加权基因共表达网络分析,将24219个基因分为23个模块;通过模块与表型的相关性分析,发现MEred、MEgreen、MEma-genta模块与感染密切相关,将其作为核心模块;对核心模块基因通过KEGG和MPO富集分析,结果显示流感病毒相关基因显著参与MAPK信号通路、TNF信号通路等多个细胞免疫相关通路;对核心模块内基因与BXD小鼠流感病毒感染的3种表型(体质量减轻,平均死亡时间和感染后体质量减轻中位数)进行相关性分析,共发现21个基因的肺mRNA表达水平与3种表型均相关(P<0.05);进一步通过GeneNetwork中GEMMA算法对这21个基因行表达数量性状座位分析,结果表明Acpl2受顺式遗传调控,Dusp12、Ovol2、Catsper4、Tmc5、Acsm 1、Fam81a、Rtn4、Rhpn1受反式遗传调控;通过结合MGI,IMPC,GWAS三个基因数据库中的信息分析发现部分基因在免疫通路方面发挥作用.结论通过系统遗传学分析,在小鼠基因组上鉴定了影响流感病毒感染相关的21个候选基因,后续可做进一步的功能验证来阐明其参与流感病毒感染的遗传调控机制. 展开更多
关键词 流感病毒 bxd小鼠 Reg3g 候选基因
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Pax6基因在BXD重组近交系小鼠眼组织的差异表达及基因调控网络的构建
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作者 陆烨 杨勤 +2 位作者 叶辉 陆璐 陆宏 《江苏医药》 CAS 2016年第13期1431-1434,共4页
目的探讨Pax6基因突变在某些先天性眼部疾病中可能的作用机制。方法采用Affymetrix基因芯片检测确定68个品系的BXD重组近交系(BXD RI)小鼠及其亲本C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠、F1代眼组织中Pax6基因的差异表达。借助基因表达数量性... 目的探讨Pax6基因突变在某些先天性眼部疾病中可能的作用机制。方法采用Affymetrix基因芯片检测确定68个品系的BXD重组近交系(BXD RI)小鼠及其亲本C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠、F1代眼组织中Pax6基因的差异表达。借助基因表达数量性状基因座(eQTL)分析方法,结合Gene Network网站的在线分析工具,研究Pax6基因表达上游调控基因,并进一步构建Pax6基因调控网络。结果 Pax6基因(1452526_a_at)在BXD RI小鼠的眼组织中呈高表达,不同品系小鼠表达量存在差异。Pax6基因具有1个显著性eQTL,位于19号染色体近测端,其似然比统计值达到15.80。磷酸肌醇4磷酸盐5激酶1α(Pip5k1a)是Pax6的上游调控候选基因。827个基因与Pax6基因具有高度遗传相关性(P<0.05)。结论 Pax6是一个反式调节基因;其表达量受上游调控候选基因Pip5k1a的调控。在Pax6基因突变导致先天性眼部疾病过程中涉及到细胞凋亡、脂质代谢、血管分化、细胞增殖和迁移等多种机制。 展开更多
关键词 基因组学 PAX6基因 基因网络 bxd重组近交系小鼠
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