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Facilitating stable gene integration expression and copy number amplification in Bacillus subtilis through a reversible homologous recombination switch
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作者 Haoyu Guo Rongzhen Tian +7 位作者 Yaokang Wu Xueqin Lv Jianghua Li Long Liu a b Guocheng Du Jian Chen Yanfeng Liu 《Synthetic and Systems Biotechnology》 SCIE CSCD 2024年第3期577-585,共9页
Strengthening the expression level of integrated genes on the genome is crucial for consistently expressing key enzymes in microbial cell factories for efficient bioproduction in synthetic biology.In comparison to pla... Strengthening the expression level of integrated genes on the genome is crucial for consistently expressing key enzymes in microbial cell factories for efficient bioproduction in synthetic biology.In comparison to plasmid-based multi-copy expression,the utilization of chromosomal multi-copy genes offers increased stability of expression level,diminishes the metabolic burden on host cells,and enhances overall genetic stability.In this study,we developed the“BacAmp”,a stabilized gene integration expression and copy number amplification system for high-level expression in Bacillus subtilis,which was achieved by employing a combination of repressor and non-natural amino acids(ncAA)-dependent expression system to create a reversible switch to control the key gene recA for homologous recombination.When the reversible switch is turned on,genome editing and gene amplification can be achieved.Subsequently,the reversible switch was turned off therefore stabilizing the gene copy number.The stabilized gene amplification system marked by green fluorescent protein,achieved a 3-fold increase in gene expression by gene amplification and maintained the average gene copy number at 10 after 110 generations.When we implemented the gene amplification system for the regulation of N-acetylneuraminic acid(NeuAc)synthesis,the copy number of the critical gene increased to an average of 7.7,which yielded a 1.3-fold NeuAc titer.Our research provides a new avenue for gene expression in synthetic biology and can be applied in metabolic engineering in B.subtilis. 展开更多
关键词 bacillus subtilis Stabilized gene amplification system homologous recombination RECA
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Construction of recombinant industrial Saccharomyces cerevisiae strain with bglS gene insertion into PEP4 locus by homologous recombination 被引量:6
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作者 Qiang ZHANG Qi-he CHEN Ming-liang FU Jin-ling WANG Hong-bo ZHANG Guo-qing HE 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2008年第7期527-535,共9页
The bglS gene encoding endo-1,3-1,4-β-glucanase from Bacillus subtil& was cloned and sequenced in this study. The bglS expression cassette, including PGK1 promoter, bglS gene fused to the signal sequence of the yeas... The bglS gene encoding endo-1,3-1,4-β-glucanase from Bacillus subtil& was cloned and sequenced in this study. The bglS expression cassette, including PGK1 promoter, bglS gene fused to the signal sequence of the yeast mating pheromone a-factor (MFals), and ADH1 terminator with G418-resistance as the selected marker, was constructed. Then one of the PEP4 allele of Saccharomyces cerevisiae WZ65 strain was replaced by bglS expression cassette using chromosomal integration of polymerase chain reaction (PCR)-mediated homologous recombination, and the bglS gene was expressed simultaneously. The recombinant strain S. cerevisiae (SC-βG) was preliminarily screened by the clearing hydrolysis zone formed after the barley β-glucan was hydrolyzed in the plate and no proteinase A (PrA) activity was measured in fermenting liquor. The results of PCR analysis of genome DNA showed that one of the PEP4 allele had been replaced and bglS gene had been inserted into the locus of PEP4 gene in recombinant strains. Different endo-1,3-1,4-β-glucanase assay methods showed that the recombinant strain SC-βG had high endo-1,3-1,4-β-glucanase expression level with the maximum of 69.3 U/(h·ml) after 60 h of incubation. Meanwhile, the Congo Red method was suitable for the determination of endo-1,3-1,4-β-glucanase activity during the actual brewing process. The current research implies that the constructed yeast strain could be utilized to improve the industrial brewing property of beer. 展开更多
关键词 Endo-1 3-1 4-β-glucanase (bglS) gene replacement homologous recombination bacillus subtilis PEP4 gene Saccharomyces cerevisiae
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同源重组法构建枯草芽孢杆菌224 yugS基因缺失突变株 被引量:5
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作者 刘杰 房春红 +3 位作者 李琬 矫洪涛 喻江 李景鹏 《生物技术通报》 CAS CSCD 2007年第4期148-151,共4页
从枯草芽孢杆菌224的基因组DNA中分别扩增出溶血样基因yugS的上、下游片段,并利用携带新霉素抗性基因(neor)的重组质粒pMD18-T-neo作为骨架,构建了基于yugS基因位点的基因阻断质粒pMD18-T-neo-yugS,线性化后电转化入枯草杆菌224,从新霉... 从枯草芽孢杆菌224的基因组DNA中分别扩增出溶血样基因yugS的上、下游片段,并利用携带新霉素抗性基因(neor)的重组质粒pMD18-T-neo作为骨架,构建了基于yugS基因位点的基因阻断质粒pMD18-T-neo-yugS,线性化后电转化入枯草杆菌224,从新霉素抗性平板上挑取转化子,通过对基因组的PCR鉴定和核苷酸测序证明,确定转化子yugS156为yugS基因缺失突变株。 展开更多
关键词 枯草杆菌224 yugs基因 同源重组
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Bacillus subtilis 168菌株产surfactin改造 被引量:8
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作者 刘丽霞 高玲 +3 位作者 别小妹 陆兆新 张充 吕凤霞 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期97-102,共6页
枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)168菌株基因组中含有编码surfactin合成酶系的srfA操纵子,却不产抗菌肽surfactin。运用同源重组的方法将外源的有活性的sfp基因(编码4'-磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶)整合入B.subtilis 168中,将其改造... 枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)168菌株基因组中含有编码surfactin合成酶系的srfA操纵子,却不产抗菌肽surfactin。运用同源重组的方法将外源的有活性的sfp基因(编码4'-磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶)整合入B.subtilis 168中,将其改造为产surfactin的菌株。通过分析多株枯草芽孢杆菌和解淀粉液化芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)的sfp基因,从基因的上、下游找出较为保守的区域,设计引物,从枯草芽孢杆菌Nja-9中扩增sfp基因,将获得的sfp基因与P43启动子和终止子相连,构建了sfp基因表达框,并连接于枯草整合质粒pDG1730上,最终构建了枯草芽孢杆菌整合质粒pST-1730,利用pST-1730本身的淀粉酶E基因与B.subtilis 168菌株的基因组DNA进行同源重组整合,获得了产surfactin的重组菌株B.subtilis121。本研究为surfactin合成酶基因的改造和分析奠定了基础。 展开更多
关键词 同源重组 bacillus subtilis 168 SURFACTIN sfp基因 改造
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sfp基因转化增强了Bacillus subtilis 168的定殖能力和对黄瓜茎内枯萎病菌的抑制作用 被引量:13
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作者 高毓晗 李世东 郭荣君 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期76-85,共10页
枯草芽胞杆菌B006是一株防治黄瓜枯萎病的高效菌株,可产生脂肽类抗生素表面活性素surfactin和芬枯草菌素fengycin。为深入了解surfactin在根际的作用,本研究通过同源重组的方法将生防芽胞杆菌B006菌株中编码4′-磷酸泛酰巯基乙胺转移酶... 枯草芽胞杆菌B006是一株防治黄瓜枯萎病的高效菌株,可产生脂肽类抗生素表面活性素surfactin和芬枯草菌素fengycin。为深入了解surfactin在根际的作用,本研究通过同源重组的方法将生防芽胞杆菌B006菌株中编码4′-磷酸泛酰巯基乙胺转移酶Sfp的sfp基因整合到不产生surfactin的模式菌株B.subtilis168(B168)基因组中,获得了重组菌株B168S。重组菌株B168S在1%淀粉平板上不水解淀粉,在5%血平板上产生透明溶血圈;HPLC-ESI-MS检测表明菌株B168S在牛肉膏蛋白胨培养液中培养48 h后可产生surfactin。平板对峙试验表明菌株B168S在黄瓜根分泌物培养基上对Fusarium oxysporum f.sp.cucumerinum(Foc)菌丝生长有一定的抑制作用,抑制率R2/R1为1.22;平板菌落计数法测定表明,将菌悬液(10^6 cfu/m L)浸泡90 min的黄瓜种子播种于无菌石英砂3 d后,菌株B168S在黄瓜根基部和根尖的定殖量分别为菌株B168的2-3倍和9-10倍;温室盆栽试验表明,黄瓜苗用浓度为10^6 cfu/m L的B168S和B168菌悬液蘸根后,移栽到接种Foc孢子(10^5孢子/g)的病土中,移栽后第3周菌株B168S和B168处理的防效分别为21.1%和17.9%;对不同高度黄瓜茎中Foc的组织分离结果表明,菌株B168S处理后Foc在黄瓜茎内蔓延的相对高度低于菌株B168和Foc处理。上述结果进一步明确了surfactin可明显促进芽胞杆菌在黄瓜根部的定殖,并通过抑制枯萎病菌的侵染和在黄瓜茎中的蔓延增强对黄瓜枯萎病的防治效果。 展开更多
关键词 同源重组 sfp基因 芽胞杆菌 SURFACTIN 黄瓜枯萎病菌
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同源重组法构建枯草芽孢杆菌转酮酶缺失突变菌株 被引量:10
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作者 彭其安 张西峰 +1 位作者 吴思方 王伟平 《生物技术》 CAS CSCD 2006年第6期23-26,共4页
采用同源重组法高效构建枯草芽孢杆菌转酮酶(tkt)缺失突变株。以大肠杆菌(E.coliDH5α)质粒pBlUSKM为框架,构建出基于枯草杆菌(B.S104)tkt基因位点的整合载体pb-Trs-n,将此载体重组到Bacillus subtilis104中,从新霉素抗性平板上挑取转化... 采用同源重组法高效构建枯草芽孢杆菌转酮酶(tkt)缺失突变株。以大肠杆菌(E.coliDH5α)质粒pBlUSKM为框架,构建出基于枯草杆菌(B.S104)tkt基因位点的整合载体pb-Trs-n,将此载体重组到Bacillus subtilis104中,从新霉素抗性平板上挑取转化子,整合载体pb-Trs-n的测序结果与Kunst.F报道的tkt基因高度同源(98.9%)。同源重组后,B.S104染色体上的tkt基因(2 004bp)部分与载体pb-Trs-n的neo基因(1 197bp)发生了同源交换,确定了该转化子为枯草芽孢杆菌转酮酶缺失突变株(tkt-,neo),该方法构建枯草芽孢杆菌转酮酶(tkt)缺失突变株是可行的,为D-核糖工程菌的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 同源重组 枯草芽孢杆菌 转酮酶基因
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高活性谷氨酰胺酶基因glsA_2在枯草芽孢杆菌BJ3-2染色体上的定点整合 被引量:2
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作者 卢彪 吴拥军 +2 位作者 刘艳敏 王亚娟 唐雪 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第1期141-144,共4页
以枯草芽孢杆菌BJ3-2的glsA1基因为同源序列,通过构建单交换整合载体,将高活性谷氨酰胺酶基因glsA2定点整合入BJ3-2菌株染色体中,获得能够稳定遗传的重组菌株BJ3-2A2。经检测重组菌株谷氨酰胺酶活力为BJ3-2菌株的3.36倍。利用重组菌株BJ... 以枯草芽孢杆菌BJ3-2的glsA1基因为同源序列,通过构建单交换整合载体,将高活性谷氨酰胺酶基因glsA2定点整合入BJ3-2菌株染色体中,获得能够稳定遗传的重组菌株BJ3-2A2。经检测重组菌株谷氨酰胺酶活力为BJ3-2菌株的3.36倍。利用重组菌株BJ3-2A2发酵豆豉,全氨基酸检测显示,重组菌株发酵的豆豉谷氨酸含量比出发菌株高12.8%。说明枯草芽孢杆菌BJ3-2可以转化且为RecE+菌株,glsA2基因在BJ3-2菌株染色体上可实现较高活性表达,并提高发酵豆豉的鲜味。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 同源重组 单交换 谷氨酰胺酶基因
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同源重组法构建枯草芽孢杆菌dhbC基因缺失突变株和回复株 被引量:1
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作者 余贤美 林超 +3 位作者 杨芩 李锐 贺春萍 郑服丛 《热带作物学报》 CSCD 2009年第10期1517-1521,共5页
为了验证dhbC基因的功能,以质粒pEGFP-N1为模板,通过PCR扩增获得新霉素抗性基因(neor)DNA片段,构建重组质粒pMD18-neo,电击转化法将pMD18-neo导入枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis CAS15感受态细胞中,使neor基因片段与dhbC基因片段发生置... 为了验证dhbC基因的功能,以质粒pEGFP-N1为模板,通过PCR扩增获得新霉素抗性基因(neor)DNA片段,构建重组质粒pMD18-neo,电击转化法将pMD18-neo导入枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis CAS15感受态细胞中,使neor基因片段与dhbC基因片段发生置换,获得dhbC基因缺失突变株。再通过电击转化将dhbC基因全长编码序列导入dhbC基因缺失突变株CAS15 dhbC-del,获得dhbC基因回复株CAS15dhbC-com。经CAS平板法检测表明,CAS15 dhbC-del不能产生橘黄色晕圈,而CAS15 dhbC-com产生与CAS一致的橘黄色晕圈,证明了dhbC基因与嗜铁素的合成密切相关。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 同源重组 缺失突变 基因回复
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同源重组整合vgb基因提升枯草芽孢杆菌亚麻脱胶能力 被引量:3
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作者 张懿翔 丁若垚 +2 位作者 陈婷 郁崇文 张兴群 《中国麻业科学》 2015年第2期87-94,共8页
【目的】将透明颤菌血红蛋白(VHb)基因(vgb)在枯草芽孢杆菌中进行整合表达,以改善枯草芽孢杆菌的呼吸强度,通过高密度培养提高果胶酶的表达量,最终明显改善脱胶效果。【方法】构建含有vgb基因、amy E基因以及启动子P43的p SK-vgb(+)质粒... 【目的】将透明颤菌血红蛋白(VHb)基因(vgb)在枯草芽孢杆菌中进行整合表达,以改善枯草芽孢杆菌的呼吸强度,通过高密度培养提高果胶酶的表达量,最终明显改善脱胶效果。【方法】构建含有vgb基因、amy E基因以及启动子P43的p SK-vgb(+)质粒,通过同源重组的方法,将vgb基因整合到枯草芽孢杆菌A5的染色体上,得到稳定表达透明颤菌血红蛋白的枯草芽孢杆菌A5-vgb(+)。分别采用PCR和CO差光谱分析法检测vgb基因的整合状态与血红蛋白的稳定表达,并通过发酵摇瓶试验研究VHb对菌株果胶酶产量的影响。将构建好的A5-vgb(+)菌株进行脱胶试验,通过XRD结晶度与电镜扫描分析鉴定脱胶效果。【结果】PCR与CO差光谱检测表明,vgb基因成功整合在A5菌株中,且正确表达的VHb具有生物学活性,在150 rpm,37℃,p H=8.0,16小时发酵的条件下,vgb基因的表达促使A5-vgb(+)菌株的果胶酶产量较不含vgb基因的菌株提升了29.5%。XRD与电镜扫描结果表明,构建的A5-vgb(+)菌株的脱胶效果相较于不含vgb的菌株,在结晶度上提高了0.55%,表面更光滑。【结论】将vgb基因整合至枯草芽孢杆菌A5菌株中,可提高A5菌株的脱胶效果。 展开更多
关键词 生物脱胶 果胶酶 枯草芽孢杆菌 VGB基因 同源重组
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同源重组法构建枯草杆菌spo0 A基因缺失突变株 被引量:7
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作者 余志强 杨明明 +5 位作者 杨朝霞 林峰 张西锋 张炜炜 樊俊华 姜发堂 《武汉大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期229-233,共5页
从枯草杆菌(Bacillussubtilis)168的衍生菌株1094的基因组DNA中分别扩增了孢子形成的早期因子基因spo0A的上、下游片段spo0A front和spo0A back,并以大肠杆菌(E.coli)质粒pBluescriptⅡks(+)为骨架,以来自pBEST501质粒上的新霉素抗性基... 从枯草杆菌(Bacillussubtilis)168的衍生菌株1094的基因组DNA中分别扩增了孢子形成的早期因子基因spo0A的上、下游片段spo0A front和spo0A back,并以大肠杆菌(E.coli)质粒pBluescriptⅡks(+)为骨架,以来自pBEST501质粒上的新霉素抗性基因(neor)为枯草杆菌中的筛选标记,构建了基于枯草杆菌spo0A基因位点的整合载体pYZQ 1.线性化后转化枯草杆菌,从新霉素和壮观霉素双抗性平板上挑取两株转化子,通过基因组的PCR鉴定,孢子形成率测定,孢子染色镜检,确定转化子为枯草杆菌的孢子形成spo0A基因缺失突变株(spo0A∶∶neor). 展开更多
关键词 同源重组法 枯草杆菌 spoOA基因 基因缺失 整合 革兰氏阳性芽孢杆菌
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枯草芽胞杆菌BSD-2中ybfB基因敲除及生物信息学分析 被引量:2
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作者 安丽康 胡彦婷 +5 位作者 王雅娜 刘洪伟 尹淑丽 程辉彩 张根伟 张丽萍 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2601-2609,共9页
在前期突变体库研究中发现,ybf B缺失的枯草芽胞杆菌Bacillus subtilis BSD-2丧失了其抑真菌活性。本研究通过敲除并恢复BSD-2中ybf B基因,进一步确认其缺失对菌株生物活性的影响,并利用生物信息学手段对其基因序列和编码蛋白质序列进... 在前期突变体库研究中发现,ybf B缺失的枯草芽胞杆菌Bacillus subtilis BSD-2丧失了其抑真菌活性。本研究通过敲除并恢复BSD-2中ybf B基因,进一步确认其缺失对菌株生物活性的影响,并利用生物信息学手段对其基因序列和编码蛋白质序列进行了预测分析。本研究成功敲除BSD-2菌株的ybf B基因,构建突变株B-Y-k,并成功构建其回复突变株B-Y,平板对峙实验结果显示突变其ybf B基因该菌株失去其抗真菌活性,回复突变株抗真菌活性恢复,表明该基因与其抗真菌相关。生物信息学分析显示该基因全长1 251 bp,编码416个氨基酸,具有12个跨膜螺旋区,为疏水性蛋白,推测该蛋白为疏水性跨膜转运蛋白,可能参与活性物质的转运。 展开更多
关键词 枯草芽胞杆菌BSD-2 YbfB基因 同源双交换重组 蛋白结构预测
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利用抗性基因替换的方法将两个拷贝外源基因表达单元整合到枯草芽孢杆菌染色体基因组同一位点 被引量:1
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作者 廖东庆 梁莲华 +2 位作者 韦玉琴 张云光 李晓明 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期570-577,共8页
本研究提供了一种新的整合多拷贝外源基因表达单元到枯草芽孢杆菌染色体同一位点的方法。以β-淀粉酶表达单元作为应用实例,本方法包括以下步骤:首先,构建含有一个拷贝β-淀粉酶表达单元的整合质粒pMLK83-CTBA,通过同源双交换获得单拷贝... 本研究提供了一种新的整合多拷贝外源基因表达单元到枯草芽孢杆菌染色体同一位点的方法。以β-淀粉酶表达单元作为应用实例,本方法包括以下步骤:首先,构建含有一个拷贝β-淀粉酶表达单元的整合质粒pMLK83-CTBA,通过同源双交换获得单拷贝β-淀粉酶表达单元整合到枯草芽孢杆菌1A751染色体α-淀粉酶基因位点的菌株1A751[CTBA]Neo+;然后,利用抗性基因替换质粒pVK71,将新霉素抗性基因替换为状观霉素抗性基因,得到1A751[CTBA]Neo-Spe+;最后,整合质粒pMLK83-CTBA再以同源单交换方式整合到1A751[CTBA]Neo-Spe+染色体,通过新霉素抗性和状观霉素抗性筛选出两个拷贝β-淀粉酶基因整合的重组菌1A751[CTBA2]Neo+Spe+。结果显示,利用此方法增加β-淀粉酶基因的拷贝数,能够显著和稳定地提高β-淀粉酶的表达量。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 Β-淀粉酶 整合表达 同源重组 抗性基因替换
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