蜡样杆菌(Bacillus cereus)M22 Mn-SOD cDNA片断的克隆

分析不同种细菌Mn SOD氨基酸序列的保守区域 ,设计一对简并引物进行RT PCR扩增 ,产物经T A载体连接转化大肠杆菌JM 1 0 9,筛选阳性克隆、测序并进行同源性分析 ,得到 4 36bpMn SODcDNA片段。根据此片段设计 5′端特异性引物 ,然后进行 5′RACE扩增 ,获得Mn SOD 5′端 387bpcDNA片断。将 2段序列进行拼接获得 5 94bpcDNA片断 ,编码 1 72个氨基酸。对推定氨基酸序列进行BLAST分析 ,结果表明其与炭疽芽孢杆菌 (Bacillusanthracis)同源性为 95 % ,且Gly77,Aly78,Phe86,Gln1 50 和Asp1 51 在已报道的Mn SOD中均存在 ,构成Mn SOD的活性中心。表明该序列为蜡样芽孢杆菌Mn

纳豆芽孢杆菌谷氨酸脱氢酶基因的克隆表达及其生物信息学分析

克隆表达Bacillus subtilis natto HSF 1410谷氨酸脱氢酶(GDH),测定其酶活性,并阐述其体内功能。将gdhA基因克隆入pET28a质粒在E.coli BL21(DE3)中表达,用生物信息学方法探究其蛋白结构、结构域特点。经测定Bacillus subtilis natto GDH同时具有NADP^+和NAD^+依赖活性,酶活比活力分别为3.140U/mg蛋白和0.251 4U/mg蛋白。生物信息学分析结果表明gdhA基因包含一个长度为1 275bp的开放阅读框,编码424个氨基酸,蛋白分子量为47.05kDa,理论等电点为5.58,不含跨膜区域,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。其三级结构表明,该蛋白在45—174位氨基酸残基形成二聚化结构域,191—424位氨基酸残基形成NAD(P)结合位域。B.subtilis natto HSF 1410与E.coli中gdhA的二聚化结构域、NAD(P)结合位域的氨基酸相似度分别为29.23%、29.27%,显著高于B.subtilis 168中gdhA的氨基酸相似度;与B.subtilis 168中gdhA蛋白空间结构相比,B.subtilis natto HSF 1410与E.coli中gdhA在空间结构上更为相似,在体内主要负责促α-酮戊二酸转化成谷氨酸。

蜡质芽孢杆菌aiiA基因的克隆及融合表达

设计一对可扩增aiiA基因完整的开放阅读框的简并引物对aiiA1和aiiA2,通过PCR技术对3株蜡质芽孢杆菌(Bc)的aiiA基因进行检测.结果表明,它们均含有aiiA基因.利用pMD18-T克隆载体直接从GP7菌株的PCR产物中克隆了aiiA基因.测序结果表明,该基因(GenBank登录号:AY943831)由753个碱基组成,编码含有250个氨基酸残基的蛋白质.该蛋白质推测的分子质量为28 ku,等电点约4.235.核苷酸序列的BLAST分析结果表明,与之同源性较高的基因均为Bc组aiiA基因(87%-99%).在氨基酸序列多重比较的基础上,应用PHYLIP软件构建了A iiA蛋白的系统发育树.此外,利用原核融合表达载体pMXB10初步研究了A iiA、几丁质结合蛋白(CBD)及Inte in融合蛋白诱导表达的情况.

蜡质芽孢杆菌酰基高丝氨酸内酯酶基因的克隆及序列分析

利用pMD18-T克隆载体从蜡质芽孢杆菌菌株T-HW 3中克隆了酰基高丝氨酸内酯酶基因(AHL-lactonase,aiiA)。测序结果表明,该基因(GenBank登录号为DQ000643)由753个碱基组成,编码含有250个氨基酸残基的蛋白质。该蛋白质的推测的分子量为28kDa,等电点为4.235左右。核苷酸序列的BLAST分析结果表明,与之同源性较高的基因均为蜡质芽孢杆菌组aiiA基因(86%-99%)。

一株乳源蜡样芽孢杆菌肠毒素基因克隆与序列分析

为研究患有耐药性奶牛乳房炎的致病菌毒力基因,本研究对从乳房炎患牛乳中分离鉴定的一株蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)2018CQ-CMM01株肠毒素基因(Enterotoxin,Ent)进行了克隆与序列分析。采用PCR方法扩增临床分离株Ent基因片段,结果表明克隆基因全长1 098bp,可编码349个氨基酸;经氨基酸序列分析,发现该蛋白质为碱性的疏水性蛋白,稳定性弱,无信号肽结构,有5个跨膜区域;二级结构预测发现,延伸链为该蛋白的主要二级结构元素。核苷酸序列的同源性分析表明,与其他几株肠毒素菌株相比,本研究中克隆的Ent基因(GeneBank登录号:MT814304)与B. cereus克隆Pnc9肠毒素FM样基因部分序列(EF453659.1)相似度最高,为96.45%;Ent基因系统进化树分析发现,本研究中Ent基因与中国菌株CP040336.1的同源性最高,与巴基斯坦B. cereus标准株CP026375.1,泰国株EF453659.1、EF453660.1等处于不同进化分支,说明该Ent基因与中国菌株CP040336.1遗传距离最近;同时在Ent基因的ORF中存在一个141bp的小ORFs编码区,结构预测发现,该编码区编码杆菌通道蛋白相关的内肽酶,可能是毒力基因调控因子。

蜡状芽胞杆菌nos基因簇基因克隆及生物信息学分析

为了探究革兰氏阳性菌蜡状芽胞杆菌HS-N10 nos基因簇相关基因的特点,PCR扩增获得了HS-N10 nos基因簇相关基因,其中包括nosZ全长1 914bp、nosR部分片段1 749bp、nosD部分片段946bp和nosF部分片段495bp。经BLASTN分析,HS-N10 nosZ序列和nosD序列分别与施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)相应序列相似性最高;HS-N10 nosR序列和nosF序列分别与裂环无色杆菌(Achromobacter cycloclastes)相应序列相似性最高。通过在线数据库与分析工具分别对HSN10nos基因簇相关基因进行了生物信息学分析。

蜡样芽孢杆菌LJ01中亚硝酸盐还原酶的基因克隆和生物信息学分析

为研究蜡样芽孢杆菌LJ01(Bacillus cereus LJ01)中亚硝酸盐还原酶(NiR)的酶学性质,获得高表达量的基因工程菌,本文对B.cereus LJ01的NiR序列进行了生物信息学分析,并将NiR基因克隆到表达载体pET-28a(+)和pET-32a(+)中,构建了基因工程菌pET-28a(+)-nir-BL21和pET-32a(+)-nir-BL21,随后探究了不同诱导条件对重组NiR表达量的影响。结果表明NiR编码蛋白的理论分子量约为60 kDa,理论pI为5.47,二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,是不具有跨膜结构的亲水性蛋白。随着诱导温度的升高,重组NiR的表达量逐渐减少,诱导温度为16℃时重组NiR表达量最高。在同一诱导温度下,NiR在pET-28a(+)-nir-BL21中的表达量明显高于p ET-32a(+)-nirBL21,因此选用pET-28a(+)-nir-BL21作为基因工程菌。从B. cereus LJ01中克隆了NiR基因,构建了基因工程菌pET-28a(+)-nir-BL21,为该重组NiR的理化性质研究和食源芽孢杆菌中NiR的异源表达奠定了基础。