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猪DAZL启动子克隆、转录表达及蛋白功能特性分析
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作者 许静 张霞 +5 位作者 刘志朋 王淑燕 李洪林 李小伟 王配 霍金龙 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2023年第6期1098-1106,共9页
【目的】研究猪类无精症缺失基因DAZL在版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)中的启动子特征、转录表达及蛋白功能。【方法】使用PCR技术克隆DAZL启动子序列,并分析其结构;使用RNA测序技术获得BMI睾丸组织中DAZL的表达量,... 【目的】研究猪类无精症缺失基因DAZL在版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)中的启动子特征、转录表达及蛋白功能。【方法】使用PCR技术克隆DAZL启动子序列,并分析其结构;使用RNA测序技术获得BMI睾丸组织中DAZL的表达量,并构建转录调控网络;分析DAZL的氨基酸同源性与蛋白功能特性,并构建互作蛋白网络。【结果】成功扩增了DAZL长度为2378 bp的启动子序列,含1个CpG岛、3个核心启动子以及Oct-1、Sp1、Pit-1a等10种转录因子结合位点;DAZL在BMI睾丸组织中有较高的正表达;ceRNA调控网络分析表明DAZL被sscmiR-199a-5p、ssc-miR-199b-5p、ssc-miR-17-5p、ssc-miR-103、ssc-miR-24-3p和ssc-miR-107等6个miRNAs靶向调控;功能注释发现其主要在精子发生、生殖细胞发育、翻译调控中发挥重要功能。DAZL及其邻近基因分析发现其在各物种中高度保守,且具有较为保守的邻近基因;蛋白互作网络、GO和KEGG富集分析显示DAZL与PUM2、DAZAP2和SYCE1等多个蛋白互作,主要参与精子发生、卵子发生、有性生殖等重要生殖相关通路;转录组数据与蛋白编码基因之间的表达量相关性显示DAZL的表达量与SOHLH1显著相关。【结论】本研究从DNA、RNA和蛋白质角度全面分析了猪DAZL的启动子结构、转录表达和蛋白功能,结果为更进一步研究DAZL在精子发生中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 DAZL 启动子 转录组测序 蛋白互作
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版纳微型猪近交系RNF4基因克隆、多组织qPCR表达及功能生物信息学分析 被引量:4
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作者 张霞 曾日彬 +3 位作者 霍金龙 王配 陈园园 王淑燕 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期24-30,共7页
RNF4基因调节精细胞分化和增殖过程,文章以Gen Bank下载的猪及近缘物种RNF4 mRNA序列为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)RNF4基因。应用qPCR分析15个重要组织mRNA表达谱,并对蛋白质序列作功能生物信息学分析,构建多物种... RNF4基因调节精细胞分化和增殖过程,文章以Gen Bank下载的猪及近缘物种RNF4 mRNA序列为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)RNF4基因。应用qPCR分析15个重要组织mRNA表达谱,并对蛋白质序列作功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得BMI RNF4 573 bp编码区序列(Gen Bank登录号:KU705638,对应氨基酸登录号:AOC89056),编码190个氨基酸,蛋白质分子质量(Mw)为21.43 ku,等电点(pI)为6.95。多组织荧光定量表达分析表明RNF4基因在尿道球腺、睾丸、肝、肺中高水平表达;在其他11个组织中呈中低水平表达。功能生物信息学分析表明RNF4蛋白质存在1个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端疏水,C末端疏水;有4类功能活性位点,位于细胞核概率为94.1%。系统进化分析表明,BMI与狗亲缘关系最近。结果为研究RNF4基因在猪精细胞分化和增殖方面作用奠定基础。 展开更多
关键词 RING指环 版纳微型猪近交系 组织表达 生物信息学
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版纳微型猪近交系GHR基因克隆及生物信息学分析 被引量:7
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作者 王淑燕 霍金龙 +2 位作者 潘伟荣 施晨 曾养志 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2014年第1期48-56,共9页
目的获得版纳微型猪近交系(BMI)生长激素受体基因(GHR)序列,通过生物信息学分析预测GHR功能并进行GHR mRNA多组织表达谱分析。方法以版纳微型猪近交系的肝脏组织为材料提取RNA,RTPCR方法扩增GHR基因编码区序列,将序列连接至pMD18-T载体... 目的获得版纳微型猪近交系(BMI)生长激素受体基因(GHR)序列,通过生物信息学分析预测GHR功能并进行GHR mRNA多组织表达谱分析。方法以版纳微型猪近交系的肝脏组织为材料提取RNA,RTPCR方法扩增GHR基因编码区序列,将序列连接至pMD18-T载体进行克隆、测序和生物信息学分析;半定量PCR检测GHR mRNA在BMI不同组织中表达量的差异。结果克隆出了BMI GHR编码区序列,提交GenBank获得登录号KC999114。该基因CDS长1917 bp,编码638个氨基酸。生物信息学分析表明,与长白猪的GHR序列相比BMI存在4处氨基酸替换,分别为p.E381D、p.A409S、p.L556V和p.A580G,均发生在胞内域。GHR基因多组织表达谱分析显示:GHR mRNA几乎在各组织中均有表达,在肌肉中表达量最高,在小肠、心、肝、神经纤维、脾、卵巢中表达量较高,在肺、胃、大脑、胰和肾中的表达量较低。结论成功克隆了版纳微型猪近交系GHR全长编码区序列,进行了生物信息学功能分析和组织表达谱分析,为进一步阐明版纳微型猪近交系生长矮小机理奠定了基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 生长激素受体 生物信息学分析
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版纳微型猪近交系AQP3克隆、序列分析及组织表达 被引量:5
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作者 王配 霍金龙 +2 位作者 李莲军 邹芬 曾养志 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2011年第5期366-371,共6页
目的克隆版纳微型猪近交系aquaporin 3(AQP3)基因,并利用生物信息学方法分析其序列特征,研究其在猪各组织中的表达情况。方法从版纳微型猪近交系脾脏中提取总RNA,利用RT-PCR方法扩增猪AQP3编码区序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转... 目的克隆版纳微型猪近交系aquaporin 3(AQP3)基因,并利用生物信息学方法分析其序列特征,研究其在猪各组织中的表达情况。方法从版纳微型猪近交系脾脏中提取总RNA,利用RT-PCR方法扩增猪AQP3编码区序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转化宿主菌DH 5α,筛选阳性克隆进行测序。并采用半定量RT-PCR方法分析版纳微型猪近交系不同组织中AQP3基因的表达情况。结果成功克隆出AQP3基因编码区全长873 bp的序列,GenBank登录号为HQ888860,其编码290个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,与牛的AQP3基因同源性最大,达99%。多组织半定量RT-PCR研究表明AQP3 mRNA在BMI猪的脾脏、肾脏、肺、小肠中均有表达,其中脾脏中表达最高。结论成功克隆出了版纳微型猪近交系AQP3基因全长编码区,并对其编码的蛋白质功能进行了预测,为进一步的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 AQP3克隆 序列分析 组织表达
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版纳微型猪近交系SRY基因编码区序列克隆及生物信息学分析 被引量:3
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作者 霍金龙 成文敏 +3 位作者 魏红江 潘伟荣 王配 曾养志 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2011年第4期324-330,319,共8页
目的获得版纳微型猪近交系(BMI)SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究。方法以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、Bi-oEdit、ClustalX、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、... 目的获得版纳微型猪近交系(BMI)SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究。方法以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、Bi-oEdit、ClustalX、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹等15个物种相应SRY编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ和ME法对其编码区氨基酸序列构建了分子系统进化树。结果 BMI猪SRY基因编码区序列长711 bp,编码236个氨基酸,GenBank登录号为GU991615。BMI猪与鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹的SRY基因编码区核苷酸序列相似性分别为83.7%、82.8%、78.4%、78.0%、76.9%、73.3%、73.1%、73.0%、72.9%、72.7%、72.7%、72.2%、71.6%、71.3%、70.8%,相应的氨基酸序列相似性分别为72.8%、54.5%、67.3%、64.5%、61.5%、61.9%、59.5%、61.4%、62.0%、59.1%、59.0%、62.0%、59.6%、59.6%、59.2%。结论 BMI猪同鲸鱼等15个物种的SRY基因编码区核苷酸和相应氨基酸序列具有较高的保守性。NJ和ME方法聚类构建的分子系统进化树表明,BMI猪与牛、绵羊、鹿聚为一个分支,符合分类学地位,它们分别为偶蹄目下的猪科、牛科和鹿科动物。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 SRY基因 序列分析 系统进化树
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版纳微型猪近交系性别决定基因(SRY)原核表达载体的构建及蛋白高效表达 被引量:2
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作者 霍金龙 王配 +2 位作者 成文敏 王淑燕 曾养志 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期198-202,共5页
为了构建版纳微型猪近交系SRY的原核表达载体pET-32a(+)-SRY,并通过诱导使其在大肠杆菌中获得高效表达,研究采用添加限制性内切酶位点的引物特异性扩增SRY,连入pMD19-T simple载体,转化入大肠杆菌DH5α,克隆后提取pMD19-T-SRY阳性重组质... 为了构建版纳微型猪近交系SRY的原核表达载体pET-32a(+)-SRY,并通过诱导使其在大肠杆菌中获得高效表达,研究采用添加限制性内切酶位点的引物特异性扩增SRY,连入pMD19-T simple载体,转化入大肠杆菌DH5α,克隆后提取pMD19-T-SRY阳性重组质粒,使用相同的内切酶同时对pMD19-T-SRY质粒和原核表达pET-32a(+)载体进行酶切,连接后使SRY定向克隆到pET-32a(+)表达载体中。经PCR、酶切和测序鉴定后,重组质粒转化大肠杆菌感受态DH5α,提取质粒后再次转化大肠杆菌Rosetta(DE3),用不同浓度的异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,并通过15%SDS-PAGE鉴定。结果显示,不同浓度IPTG诱导的SRY均在大肠杆菌中进行了高效特异性融合表达。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 Y染色体性别决定基因 SRY 原核表达
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猪类无精症缺失基因DAZL的cDNA全长克隆、组织表达和亚细胞定位 被引量:2
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作者 王配 王丽娜 +4 位作者 霍海龙 张霞 赵筱 王雪飞 霍金龙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期683-692,共10页
旨在获得猪类无精症缺失基因DAZL cDNA全长序列,阐明该基因的序列、mRNA组织表达模式、蛋白质结构特征及亚细胞定位情况。本研究以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)10月龄成年公猪为研究对象,屠宰收集组织样,利用RACE... 旨在获得猪类无精症缺失基因DAZL cDNA全长序列,阐明该基因的序列、mRNA组织表达模式、蛋白质结构特征及亚细胞定位情况。本研究以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)10月龄成年公猪为研究对象,屠宰收集组织样,利用RACE和RT-PCR技术获得DAZL基因cDNA全长序列;使用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测其mRNA多组织表达谱;在线分析蛋白质的结构特点和保守结构域;用体外细胞转染技术鉴定其在ST猪睾丸细胞中的定位。结果表明,BMI DAZL cDNA全长2985 bp(KU705632),包含888 bp的CDS区,编码295个氨基酸(AOC89050);该基因位于猪13号染色体,含11个外显子。qPCR结果显示,DAZL mRNA在睾丸中特异高表达。生物信息学分析表明,猪DAZL蛋白含有哺乳动物RMP和DAZ同源区,无规则卷曲在二级结构中超过50%。进化分析表明,BMI DAZL氨基酸序列高度保守,与牛科的亲缘关系最为接近。pEGFP-C1-DAZL转染ST细胞后的荧光共定位结果显示,DAZL蛋白主要分布在细胞核中。本研究分别从DNA、mRNA和蛋白质层面阐明了BMI DAZL基因的序列特征、表达、蛋白质结构和定位,为进一步研究DAZL在BMI精子发生方面的功能奠定基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 类无精症缺失基因(DAZL) 基因克隆 cDNA末端快速克隆(RACE) 组织表达 亚细胞定位
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版纳微型猪近交系生长激素基因克隆及原核表达研究 被引量:1
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作者 王淑燕 霍金龙 +2 位作者 王配 潘伟荣 曾养志 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1669-1676,共8页
本研究旨在获得版纳微型猪近交系(BMI)生长激素基因编码区序列,揭示其原核表达规律。采用RT-PCR方法从版纳微型猪近交系(BMI)脑垂体中克隆生长激素(GH)基因,并将其连接到pMD 18-T载体进行测序和生物信息学分析。克隆得到的GH基因cDNA序... 本研究旨在获得版纳微型猪近交系(BMI)生长激素基因编码区序列,揭示其原核表达规律。采用RT-PCR方法从版纳微型猪近交系(BMI)脑垂体中克隆生长激素(GH)基因,并将其连接到pMD 18-T载体进行测序和生物信息学分析。克隆得到的GH基因cDNA序列长690bp,其中CDS长651bp,编码216个氨基酸,前26个氨基酸为信号肽序列。多猪种GH氨基酸序列比对表明其在各猪种中高度保守,版纳微型猪近交系的GH氨基酸序列与五指山猪和宁香猪的相似性均为100%,与藏猪、香猪、大乌猪、太湖猪、成华猪、内江猪、荣昌猪、长白猪、约克夏的相似性均为99%,与雅南猪、杜洛克的相似性均为98%。扩增GH成熟肽区编码序列,定向克隆至表达载体pET-32a(+),转化入大肠杆菌Rosseta(DE3)感受态细胞中,用IPTG诱导表达蛋白。SDS-PAGE和Westernblotting分析表明,重组质粒在大肠杆菌中获得了高效表达,融合蛋白以包涵体形式存在,分子质量约为40.6ku。以上结果为进一步探究GH基因对BMI矮小性状的影响奠定了基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 生长激素 矮小性状 原核表达
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版纳微型猪近交系KITLG基因克隆、组织表达及功能特性分析 被引量:1
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作者 张霞 王淑燕 +3 位作者 王配 查星琴 潘伟荣 霍金龙 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第2期255-261,共7页
【目的】研究KITLG基因在猪生殖细胞发育过程中的作用。【方法】从Gen Bank下载猪KITLG序列作为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(BMI)附睾组织中扩增KITLG基因完全编码序列及部分侧翼序列;应用半定量PCR技术检测BMI 10个重要... 【目的】研究KITLG基因在猪生殖细胞发育过程中的作用。【方法】从Gen Bank下载猪KITLG序列作为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(BMI)附睾组织中扩增KITLG基因完全编码序列及部分侧翼序列;应用半定量PCR技术检测BMI 10个重要组织的KITLG m RNA转录表达水平,并对KITLG翻译的蛋白质序列进行多种功能生物信息学分析,预测KITLG蛋白质的功能,最后构建KITLG的多物种氨基酸系统进化树。【结果】扩增得到BMI KITLG编码区序列长825 bp,编码274个氨基酸,序列已提交Gen Bank,基因登录号KU705624,对应的氨基酸登录号AOC89042。多组织相对半定量表达分析表明:KITLG基因在附睾、心、脾、肺、肾、胃中高表达,在大脑、肝、小肠和睾丸中低表达。功能生物信息学分析表明:KITLG存在1个保守结构域SCF,有1个跨膜螺旋结构,存在N端信号肽序列,N末端和C末端均亲水,二级结构以α螺旋为主,有5类功能活性位点。系统进化分析表明:KITLG在进化中高度保守,且与牛、羊的亲缘关系最近。【结论】研究结果为探索BMI KITLG基因在生殖细胞发育过程中的作用及功能奠定基础。 展开更多
关键词 干细胞因子 版纳微型猪近交系 组织表达 生物信息学
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版纳微型猪近交系TDRP1基因克隆、鉴定及mRNA的组织表达特性 被引量:1
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作者 王配 霍金龙 +4 位作者 王淑燕 潘伟荣 查星琴 施晨 曾养志 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2014年第6期9-16,共8页
目的克隆版纳微型猪近交系(BMI)不育和可育公猪TDRP1基因,分析其序列及mRNA表达水平上的差异,预测其蛋白质功能,并检测该基因在可育公猪中的组织表达分布情况。方法以猪NM_001198925序列为模板,设计特异引物,采用RT-PCR方法结合测序获... 目的克隆版纳微型猪近交系(BMI)不育和可育公猪TDRP1基因,分析其序列及mRNA表达水平上的差异,预测其蛋白质功能,并检测该基因在可育公猪中的组织表达分布情况。方法以猪NM_001198925序列为模板,设计特异引物,采用RT-PCR方法结合测序获得TDRP1的c DNA序列并进行生物信息学分析;采用半定量PCR方法检测TDRP1在不育和可育公猪睾丸中的表达规律,分析该基因在可育公猪17种组织中的表达特征。结果获得了BMI TDRP1基因的编码区序列(Gen Bank登录号:KJ186786),生物信息学分析表明其编码186个氨基酸,蛋白质相对分子质量(Mw)为20.49×10^3,等电点(p I)为5.86,无信号肽,有94.1%的概率位于细胞核,含有1个亮氨酸富集的核输出信号。不同物种的氨基酸序列比对表明猪TDRP1与人、恒河猴、小鼠和大鼠等哺乳动物的TDRP1相似性在73%-83.2%之间,其中与人、恒河猴的相似性较高。mRNA表达分析表明,TDRP1在BMI不育和可育公猪睾丸间表达水平差异无显著,在精囊腺和前列腺中高表达,在睾丸和小脑中中度表达,在大脑和肾脏中低表达,在其余组织中不表达。结论成功克隆了BMI TDRP1基因的全长编码区序列并发现了BMI特有的2个SNP位点;TDRP1基因在BMI不育和可育公猪间序列完全一致,睾丸mRNA表达水平差异无显著性,多组织转录谱分析表明该基因存在明显的组织差异表达现象,在精囊腺和前列腺中有较高表达量,为深入研究TDRP1基因在精子发生方面的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 精子发生相关蛋白1 精子发生 版纳微型猪近交系 生物信息学 组织表达特性
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版纳微型猪近交系白细胞介素6基因克隆、生物信息学及组织表达分析 被引量:1
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作者 王配 陈园园 +6 位作者 霍金龙 霍海龙 王淑燕 潘伟荣 成文敏 查星琴 曾养志 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第8期1925-1934,共10页
白细胞介素6(IL-6)是机体重要的免疫调节因子,在佐剂的应用方面具有很好的发展前景。本研究以版纳微型猪近交系(BMI)为实验动物,通过PCR法获得IL-6基因编码区序列,提交GenBank数据库,登录号为JQ839263。对BMI IL-6基因和相应的蛋白序列... 白细胞介素6(IL-6)是机体重要的免疫调节因子,在佐剂的应用方面具有很好的发展前景。本研究以版纳微型猪近交系(BMI)为实验动物,通过PCR法获得IL-6基因编码区序列,提交GenBank数据库,登录号为JQ839263。对BMI IL-6基因和相应的蛋白序列进行了生物信息学分析,结果显示该基因编码212个氨基酸,分子质量为23.88ku,等电点(pI)为6.66,存在一个保守结构域,一个跨膜结构,N端和C端均疏水,且在N端存在信号肽,有89%的可能性定位于细胞核。将BMI的IL-6基因编码区序列与NCBI下载到的4条猪IL-6基因序列进行比对,结果显示BMI IL-6与GenBank登录号为NM_214399和DQ832259的核苷酸序列完全相同,与GenBank登录号为AF309651和AF518322的核苷酸序列各存在1处碱基差异;多物种氨基酸序列比对及系统进化分析结果表明,BMI与骆驼亲缘关系最近。同时利用半定量PCR法确定了IL-6基因mRNA在BMI 12个组织中的表达量,结果发现在肺脏、皮肤、肌肉中表达量较高。本研究为进一步研究猪IL-6基因的表达调控奠定了理论基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 白细胞介素6 免疫调节 基因克隆 组织表达
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版纳微型猪近交系TNF-α基因克隆、序列分析及分子系统进化研究 被引量:1
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作者 赵跃 王锐 +4 位作者 霍金龙 刘丽仙 霍海龙 朱国琪 曾养志 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第6期2327-2332,共6页
分别提取版纳微型猪近交系18种组织的RNA,反转录为cDNA,利用RT-PCR方法扩增肿瘤坏死因子(TNF-α)基因编码区全长序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH 5α,筛选阳性克隆并测定其序列,利用生物信息学方法分析其序列特征,... 分别提取版纳微型猪近交系18种组织的RNA,反转录为cDNA,利用RT-PCR方法扩增肿瘤坏死因子(TNF-α)基因编码区全长序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH 5α,筛选阳性克隆并测定其序列,利用生物信息学方法分析其序列特征,并与其他15个物种构建系统进化树。同时采用半定量RT-PCR方法分析TNF-α基因在版纳微型猪近交系18种组织中的表达情况。结果显示,版纳微型猪近交系TNF-α基因编码区全长699 bp(GenBank登录号:JF831365),编码232个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,与猫等12个物种具有80%以上的相似性,分子系统进化表明与牛、山羊、绵羊及海豚的关系较近。多组织半定量RT-PCR研究表明,TNF-αmRNA在版纳微型猪近交系的多个组织中均有表达,其中在中脑、卵巢、脾、肺、神经及胃中表达量较高。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 TNF-Α基因 序列分析 系统进化 组织表达
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猪睾丸表达序列37(TEX37)克隆、mRNA表达及蛋白质功能生物信息学分析
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作者 霍海龙 张霞 +5 位作者 范俐 赵筱 王世雄 王荣琼 刘丽仙 霍金龙 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2020年第5期775-780,共6页
【目的】以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)为材料,初步探索猪睾丸表达序列37(TEX37)基因的特性和功能,为该基因在猪精子生成过程的作用研究奠定基础。【方法】利用Oligo7软件设计特异引物扩增BMI TEX37基因整个编码... 【目的】以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)为材料,初步探索猪睾丸表达序列37(TEX37)基因的特性和功能,为该基因在猪精子生成过程的作用研究奠定基础。【方法】利用Oligo7软件设计特异引物扩增BMI TEX37基因整个编码区,应用实时荧光定量PCR技术检测BMI 15个组织的TEX37 mRNA表达谱,并初步预测TEX37蛋白质的功能,最后构建TEX37的多物种氨基酸系统进化树。【结果】扩增得到BMI TEX37编码区序列长561 bp,编码186个氨基酸,基因登录号KU705619,氨基酸登录号AOC89037。多组织相对荧光定量表达分析表明:TEX37基因在睾丸中呈相对最高表达,在其他组织中呈相对较低表达。生物信息学分析表明:TEX37蛋白质含有TSC21结构域,二级结构以无规则卷曲为主,N末端疏水,C末端亲水,有2类磷酸化位点,无跨膜螺旋结构和信号肽。系统聚类表明:BMI与其他物种相似度在67%以上,进化较保守。【结论】该研究可为TEX37基因在猪精子生成方面的作用机理研究提供参考。 展开更多
关键词 睾丸表达序列37(TEX37) 版纳微型猪近交系 精子生成 荧光定量PCR 生物信息学
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版纳微型猪近交系TSARG7基因克隆及功能生物信息学分析
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作者 王淑燕 张霞 +4 位作者 霍金龙 王配 张永云 李卫真 姚茂东 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第6期1637-1644,共8页
为获得版纳微型猪近交系(Banna Mini-pig inbred line,BMI)TSATG7基因序列并分析组织表达情况,本研究以GenBank中猪及近缘物种的TSARG7基因mRNA序列为参考序列,设计特异引物扩增BMI TSARG7基因,半定量分析10个重要组织的表达谱,并对蛋... 为获得版纳微型猪近交系(Banna Mini-pig inbred line,BMI)TSATG7基因序列并分析组织表达情况,本研究以GenBank中猪及近缘物种的TSARG7基因mRNA序列为参考序列,设计特异引物扩增BMI TSARG7基因,半定量分析10个重要组织的表达谱,并对蛋白质序列进行功能生物信息学分析。结果显示,获得了BMI TSARG7基因1 371bp的编码区序列(GenBank登录号:KU950831,对应的氨基酸登录号:AMY60405),编码456个氨基酸,蛋白质分子质量为52.05ku,等电点(pI)为9.28。多组织表达分析表明,TSARG7基因在睾丸中高表达,在其他组织中呈中、低表达。功能生物信息学分析表明,TSARG7蛋白质存在1个保守结构域,有3个跨膜螺旋结构,无信号肽序列;N末端疏水,C末端亲水;有5类功能活性位点,位于细胞质的概率是94.1%。本试验结果为进一步研究TSARG7基因在猪精子发生和性成熟方面的作用及功能奠定基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 酰基转移酶 组织表达 生物信息学
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版纳微型猪近交系细胞色素P450家族基因CYP1A1克隆及生物信息学分析
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作者 王淑燕 王配 +4 位作者 霍金龙 查星琴 潘伟荣 张霞 王雪飞 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第3期442-449,共8页
【目的】克隆版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)细胞色素P450家族基因CYP1A1的编码区序列,并对其进行生物信息学分析。【方法】利用RT-PCR方法获得CYP1A1基因的全长CDS序列,运用生物信息学对其核酸及蛋白序列进行分析,... 【目的】克隆版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)细胞色素P450家族基因CYP1A1的编码区序列,并对其进行生物信息学分析。【方法】利用RT-PCR方法获得CYP1A1基因的全长CDS序列,运用生物信息学对其核酸及蛋白序列进行分析,构建系统进化树。【结果】获得的BMI CYP1A1 CDS长度为1551 bp,编码516个氨基酸,蛋白质分子量为58.39 ku,等电点为7.83,位于内质网的概率是94.1%。CYP1A1蛋白质含有1个细胞色素P450半胱氨酸血红素配体位点,1个N-豆蔻酰化位点,1个酰胺化作用位点,2个N-糖基化位点、6个蛋白酶C磷酸化位点和5个蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。11个物种构建的系统进化分析表明,BMI(猪)CYP1A1与牛和山羊的关系最近。【结论】以上结果将为进一步研究版纳微型猪近交系CYP1A1基因功能奠定基础。 展开更多
关键词 细胞色素P450家族 CYPIAI基因 编码区序列 版纳微型猪近交系 生物信息学 药物代谢
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版纳微型猪近交系LRWD1基因克隆及功能生物信息学分析
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作者 张霞 王配 +5 位作者 霍金龙 王淑燕 查星琴 潘伟荣 丁贤群 陈园园 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第1期63-69,共7页
LRWD1基因在精子形成过程中起重要作用。从Gen Bank下载猪及近缘物种的LRWD1 mRNA序列作为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)LRWD1基因。对蛋白质序列进行功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得了BMI LRWD1 ... LRWD1基因在精子形成过程中起重要作用。从Gen Bank下载猪及近缘物种的LRWD1 mRNA序列作为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)LRWD1基因。对蛋白质序列进行功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得了BMI LRWD1 1 944 bp的编码区序列(Gen Bank登录号:KU705639,对应的氨基酸登录号:AOC89057),编码647个氨基酸,蛋白质分子量(Mw)为71.40 k D,等电点(p I)为7.52。功能生物信息学分析表明LRWD1蛋白质存在2个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端和C末端均疏水;有6类功能活性位点,位于细胞质的概率是70.6%。系统进化分析表明,BMI与狗、大熊猫的亲缘关系最近。研究结果将为进一步研究LRWD1基因在猪精子发生方面的作用及功能奠定基础。 展开更多
关键词 富含亮氨酸的重复序列(LRR) 色氨酸-天冬氨酸重复序列(WD) 版纳微型猪近交系 生物信息学
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版纳微型猪近交系GOT1基因克隆、序列分析及表达分析
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作者 王配 张霞 +5 位作者 霍金龙 霍海龙 王淑燕 潘伟荣 滕晓红 程霞 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2019年第1期29-36,共8页
【目的】细胞质型天冬氨酸氨基转移酶又称谷草转氨酶,由细胞核GOT1基因编码,催化天冬氨酸的氨基转移到α-酮戊二酸形成草酰乙酸和谷氨酸,在物质代谢调控中起重要作用。本研究以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料... 【目的】细胞质型天冬氨酸氨基转移酶又称谷草转氨酶,由细胞核GOT1基因编码,催化天冬氨酸的氨基转移到α-酮戊二酸形成草酰乙酸和谷氨酸,在物质代谢调控中起重要作用。本研究以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料,克隆GOT1基因,并对其进行生物信息学及组织mRNA表达分析。【方法】利用RT-PCR技术扩增猪GOT1基因,并进行生物信息学分析,同时应用半定量RT-PCR技术明确其mRNA的组织表达特征。【结果】获得了BMI GOT1基因全长1 484 bp的cDNA序列(GenBank登录号:KU705636.1),包含1 242 bp的开放阅读框。生物信息学分析表明:猪GOT1基因位于14号染色体,包含9个外显子和8个内含子;猪GOT1蛋白无信号肽,无跨膜螺旋,有36个磷酸化位点和1个O连接的糖基化位点,定位于细胞质的概率是94.1%,与水牛、黄牛、黑猩猩、人、食蟹猴、大鼠和小鼠的GOT1蛋白依次有95.6%、95.4%、93.0%、92.7%、92.5%、90.3%和90.1%的同源性;二级结构中以α螺旋为主,无规则卷曲和延伸链含量中等,β转角只在局部出现;三级结构同源建模成功。组织表达分析表明:GOT1 mRNA在检测的15个组织中差异表达,肌肉中表达量最高。【结论】为进一步了解该基因的生理功能及调控机制积累了资料。 展开更多
关键词 细胞质型谷草转氨酶 版纳微型猪近交系 组织表达 生物信息学
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猪雄性增强抗原1基因MEA1编码区克隆、表达及生物信息学分析
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作者 霍海龙 张霞 +7 位作者 范俐 赵筱 唐宏涛 高林青 王世雄 杨云 浦仕飞 刘丽仙 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第6期1075-1080,共6页
【目的】克隆猪MEA1基因编码区序列,获得基因表达谱并了解其蛋白质的基本功能。【方法】从GenBank下载猪及近缘物种MEA1序列作为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(BMI)睾丸组织中扩增MEA1基因完全编码序列及部分侧翼序列,对MEA... 【目的】克隆猪MEA1基因编码区序列,获得基因表达谱并了解其蛋白质的基本功能。【方法】从GenBank下载猪及近缘物种MEA1序列作为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(BMI)睾丸组织中扩增MEA1基因完全编码序列及部分侧翼序列,对MEA1翻译的蛋白质序列进行多种功能生物信息学分析并构建多物种系统进化树,最后用实时荧光定量PCR技术检测BMI 15个重要组织的MEA1 mRNA转录表达水平。【结果】扩增得到BMI MEA1编码区序列长525 bp,编码174个氨基酸。功能生物信息学分析表明:MEA1含有1个完整的保守结构域,无跨膜螺旋结构,无N端信号肽序列,二级结构以无规卷曲为主,N末端疏水,C末端均亲水,有3类功能活性位点。系统进化分析表明:MEA1基因在进化中高度保守,且与人、长臂猿的亲缘关系最近,符合物种的系统分类地位。多组织相对荧光定量表达分析表明:MEA1基因在睾丸中高表达,在心、肝等其他14个组织中低表达。【结论】为探索BMI MEA1基因在睾丸形成和精子发生过程中的作用及功能奠定基础。 展开更多
关键词 雄性增强抗原 版纳微型猪近交系 组织表达 生物信息学
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版纳微型猪近交系RNF148基因生物信息分析、组织差异表达及亚细胞定位
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作者 张霞 王配 +5 位作者 梁六金 霍金龙 宋雪 霍海龙 李罗刚 王雪飞 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期95-99,共5页
指环蛋白RNF148与睾丸形成和精子发生密切相关。本研究以猪及其他近缘物种的RNF148 mRNA为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)睾丸组织中扩增RNF148基因完全编码序列;对RNF148蛋白质序列进行生... 指环蛋白RNF148与睾丸形成和精子发生密切相关。本研究以猪及其他近缘物种的RNF148 mRNA为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)睾丸组织中扩增RNF148基因完全编码序列;对RNF148蛋白质序列进行生物信息学分析,预测其功能,并构建RNF148的多物种系统进化树;应用实时荧光定量PCR技术检测BMI 15个重要组织的RNF148 mRNA转录表达水平;构建真核表达载体,转染猪睾丸细胞系,并进行亚细胞定位分析,检测该蛋白在细胞中的表达部位。结果表明:扩增得到BMI RNF148编码区序列长912bp,编码303个氨基酸;RNF148包含3个保守结构域PA_GRAIL_like、RING_Ubox和zf-rbx1超家族,存在1个跨膜螺旋结构,有N端信号肽序列,二级结构以α螺旋为主,N末端和C末端均疏水,有4类功能活性位点,在进化中高度保守,91.4%位于细胞质中;在睾丸中特异高表达,在心、肝等其他14个组织中相对低表达;成功构建了融合的绿色荧光蛋白真核表达载体,并确定RNF148多在细胞质中表达。研究结果为探索RNF148基因在BMI公猪繁殖性能方面的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 指环蛋白148 版纳微型猪近交系(bmi)组织表达 亚细胞定位
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猪与人肝脏蛋白合成能力匹配研究 被引量:2
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作者 张璘 李幼平 +3 位作者 程惊秋 彭志英 李胜富 曾养志 《四川大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期781-783,共3页
目的 分析版纳微型猪近交系 (BMI)与人肝脏合成蛋白能力匹配程度 ,从肝脏合成蛋白水平方面探讨猪到人异种肝移植的可行性。方法 分别测定 BMI和健康志愿者血清总蛋白及白、球蛋白含量 ,测定其血清各种类球蛋白含量。结果  BMI与人肝... 目的 分析版纳微型猪近交系 (BMI)与人肝脏合成蛋白能力匹配程度 ,从肝脏合成蛋白水平方面探讨猪到人异种肝移植的可行性。方法 分别测定 BMI和健康志愿者血清总蛋白及白、球蛋白含量 ,测定其血清各种类球蛋白含量。结果  BMI与人肝脏合成白蛋白及 α、β球蛋白总体水平无统计学差异。淋巴和浆细胞合成的 γ球蛋白含量 ,BMI约为人的 2 .4倍 ,BMI与人之间不同球蛋白含量存在差异。结论  BMI肝脏合成白、球蛋白总体水平与人相当 ,提示 BMI肝脏合成蛋白能力与人基本匹配。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 白蛋白 α球蛋白 Β蛋白 Γ球蛋白
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