笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析

对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。

家蚕核糖体18S RNA基因的序列分析及分子系统学研究

为研究家蚕18S DNA基因的特点及分子进化,以家蚕丝腺为材料提取家蚕基因组DNA,通过PCR扩增、测序鳞翅目家蚕(Bombyx mori)核糖体小亚基18S RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与等翅目、直翅目、衤责翅目、鞘翅目、膜翅目、双翅目、捻翅目、弹尾目、蜉蝣目各一种昆虫的18S rDNA进行了比较。用DNAstav软件分析并进行序列比对,结果表明,昆虫18S rDNA有4段序列较为保守,以18S rDNA比对的第2保守区段构建的分子系统发育树表明鳞翅目和双翅目、膜翅目、鞘翅目进化关系最近,等翅目、直翅目、衤责翅目进化上较为接近,捻翅目昆虫与弹尾目昆虫的亲缘关系较为接近,捻翅目在分类上应是一种古老的昆虫。

亚洲玉米螟核糖体18S rRNA基因的序列分析及分子系统学研究

从鳞翅目亚洲玉米螟(Ostrinia funacalis(Guenée))3龄幼虫提取基因组DNA,通过PCR扩增和测序,获得其核糖体小亚基18S rRNA基因(18S rDNA)的序列,利用C lustalW与六足总纲中22个目(纲)昆虫的18S rRNA基因序列进行多重联配.结果表明,昆虫18S rRNA有4段序列较为保守,其中第2区段最为保守.分别用全长序列和第2保守区段构建分子系统发育树,结果显示:保守区段构建的系统发育关系比较符合传统分类,所列各目(纲)中毛翅目与鳞翅目亲缘关系最近,昆虫纲中的衣鱼目、蜉蝣目、蜻蜓目与弹尾纲、双尾纲、原尾纲距离较近,属于比较古老的昆虫类群.

动物线粒体DNA的特异结构及应用分子系统学分析的方法

动物线粒体是一种存在真核生物细胞质中的细胞器,根据已经测序的动物线粒体DNA,它可编码13种蛋白质,2种rRNA,22种tRNA,和非编码区(D-Loop),已有报道发现了新的R-Loop结构,呈现母性遗传特点,且其平均进化速度是核基因组的10倍,尤其是D-Loop区.同时在线粒体DNA控制区中发现的重复序列在种间甚至种内存在着差异可作为动物特异的分子标记。根据线粒体的结构和遗传特点,借助生物信息学手段和丰富的数据库资源,对动物种间及种内群体进行分子系统学的研究,并确定分类地位,亲缘关系。

基于COⅠ和Cyt b基因序列的凤蝶科六属分子系统学研究

对凤蝶科6属25种的COⅠ基因和20种Cytb基因的部分序列进行测定和分析,探讨它们之间的系统发育关系;以茶小卷叶蛾Adoxop hyeshonmai为外群,用邻接法(neighbor-joining,NJ)、最大简约法(maximum parsimony,MP)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)重建了凤蝶科6属的分子系统树。结果表明:COⅠ基因部分序列长度为661bp,其中保守位点417个,可变位点244个,简约信息位点191个;A+T的平均含量为70.3%,明显高于C+G的平均含量29.6%。Cytb基因部分序列长度为433bp,其中保守位点239个,可变位点194个,简约信息位点135个;A+T的平均含量为74.2%,明显高于C+G的平均含量25.7%。分子系统树表明,凤蝶属Papilio、斑凤蝶属Chilasa、尾凤蝶属Bhutanitis、珠凤蝶属Pachliopta和喙凤蝶属Teinopalpus为单系性,与传统形态分类结果相一致。但青凤蝶属Graphium单系性不够明确,需要进一步探讨。研究结果为我国凤蝶科分子系统学研究积累了资料。

火丝菌科(盘菌目)部分属的系统学研究(英文)

本文以核糖体小亚基(SSUrDNA)为分子标记,对28个属60个种的71个序列片段进行序列分析,探讨火丝菌科的属间亲缘关系。研究结果支持广义的火丝菌科概念,表明该科是单起源的,显示5个主要分支。腐生或与植物共生形成菌根、囊盘被表面具有毛状物的15个属构成A分支,该分支中仅部分属之间的关系比较明确;与苔藓植物生长在一起的4个属构成B分支;C分支包括Otidea和Otideopsis两属,后者与Otidea的成员混杂在一起;D分支仅包括Acervus的成员;E分支由Geopyxis,Tarzetta,Paurocotylis等5个属组成。分子系统学的研究结果与形态学分类系统之间存在一定差异,依据形态特征和超微结构建立的亚科和族均未获得支持。

串珠藻目分子系统学研究进展

串珠藻目(Batrachospermales)是淡水红藻中最主要的类群。近年来,应用DNA序列分析探讨串珠藻目的系统发育,并与传统的形态学和生态学特征相结合,为串珠藻目系统学研究拓展了新的思路。本文回顾了串珠藻目的建立及其所含类群的研究历史,归纳了目前在串珠藻目系统发育与进化研究中常用的分子标记方法,其中包括核基因组的18S rDNA、26S rDNA和ITS序列,叶绿体基因组的rbcL序列,线粒体基因组的cox2-3序列,以及新兴的ISSR技术,并对各种分子标记的特点及适用范围做了评述。结果表明,ITS序列多适用于种群分化及相近种间遗传分析,ISSR标记适用于种下分类群间及同一种群不同个体间基因多态性分析,cox2-3序列在一定程度上也可用于同一种群不同个体间的基因多态性分析,而18S rDNA与rbcL序列既可用于种间关系分析,又可用于更高水平分析的构建系统树。这些分子标记已被证明在研究串珠藻目系统地理、物种起源和散布机制方面有着广泛的应用前景。同时,本文对串珠藻目分子系统学研究的最新进展也进行了概述,并对今后的研究方向做了展望。

自来水厂中摇蚊rDNA系统学分析

在传统形态学分类的基础上,通过检索基因数据库 (GenBank)中摇蚊的rDNA同源序列,设计出特异性扩增引物,对南方某城市 4座自来水厂中摇蚊rDNA的内部转录间隔序列(ITS1)进行PCR扩增和限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP),同时对摇蚊ITS1区进行DNA序列测定,并根据ITS1区的序列差异构建了摇蚊的系统进化树。结果表明:摇蚊的ITS1可以作为摇蚊种分类阶元的理想分子标记。