二穗短柄草BdDREB1H基因的克隆和表达分析

植物DREB转录因子在应答干旱、低温和高盐等非生物胁迫过程中发挥着重要作用,为了探讨二穗短柄草BdDREB1H转录因子在应答逆境胁迫的作用,对其序列进行了克隆、生物信息学和转录激活分析。然后利用qRT-PCR法对其在根、茎、叶3种组织和冷、干旱、盐和过氧化氢4种非生物胁迫条件下的表达模式进行了研究。结果显示,BdDREB1H转录因子基因全长编码框为735 bp,编码244个氨基酸,相对分子量26.34 ku,理论等电点5.63,不稳定指数(Ⅱ)64.17,为不稳定蛋白质;总亲水平均值-0.261,为亲水蛋白。多序列比对与结构域分析结果表明,BdDREB1H转录因子含有一个典型的AP2结构域,属于AP2/EREBP(APETALA2/ethylene-responsive element binding protein)超家族的DREB亚家族成员。进化分析显示,它与普通小麦的CBF蛋白亲缘关系较近,序列相似性64.44%。酵母单杂分析显示,BdDREB1H转录因子具有转录活性。组织表达分析显示,BdDREB1H基因在根、茎、叶中均有表达,其中在茎中表达量最高。胁迫处理表达分析结果表明,冷处理条件下,BdDREB1H的表达先升高后下降;干旱和氧化胁迫处理条件下,BdDREB1H在2 h后表达水平均显著高于对照;而盐胁迫条件下,BdDREB1H在2 h后表达水平均显著低于对照。这些结果表明,BdDREB1H转录因子可能参与了植物逆境胁迫反应,为进一步探索其在二穗短柄草中的抗逆分子机制奠定了基础。

2022-2023年山东省A(H1N1)pdm09流感病毒HA、NA基因变异特征分析

目的 了解山东省2022-2023流感监测年度分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的变异特征,为流感的防控提供科学依据。方法 从流感监测网络实验室分离的流感毒株中按地市随机选取14株A(H1N1)pdm09亚型流感毒株,以WHO推荐的当季疫苗株为参考进行全基因组测序,并采用荧光法开展神经氨酸酶抑制(neuraminidase inhibition,NI)实验以评估药物敏感性。结果 山东省2022-2023年度分离的A(H1N1)pdm09流感病毒属于6B.1A分支中的5a.2a进化簇,核苷酸序列比对分析显示,HA和NA基因与2021-2023年度北半球疫苗株A/Victoria/2570/2019的亲缘关系较为接近,同源性分别为98.5%~98.7%和98.8%~99.1%。氨基酸序列分析显示,HA蛋白有20个位点发生了氨基酸序列变异,并发现1株病毒可能发生抗原漂移,有3株病毒发生了HA蛋白糖基化位点的缺失。NA酶相关重要位点未发生变异。NI实验显示,所测流感毒株均对抗流感病毒药物敏感。结论 所监测毒株与疫苗株整体同源性很高,但氨基酸存在一定程度变异,今后有必要持续开展流感病毒基因变异特征监测以了解流感流行的风险,以及评价基因变异对流感疫苗和治疗药物效果的影响。

2023年湖州市区pdm09 H1N1流感病毒NA基因特征分析

pdm09 H1N1流感病毒自2009年爆发引起全球大流行,目前已成为流感流行常见亚型之一[1]。该病毒包含由8个基因片段,其中神经氨酸酶(neuraminidase,NA)是嵌入流感病毒包膜表面的一种重要的功能糖蛋白[2]。主要负责成熟病毒从宿主细胞中释放,在感染下一个宿主细胞进行复制转录,最终使机体出现临床症状和体征[3]。

DYNC1H1导致婴儿癫痫性痉挛综合征2例并文献复习

目的报道2例DYNC1H1基因异常导致婴儿癫痫性痉挛综合征(IESS)患儿的临床特点、诊治过程并进行文献复习。方法回顾性分析2例解放军总医院第一医学中心住院治疗的DYNC1H1基因突变相关IESS患儿的临床资料,检索PubMed、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、中国知网、万方数据知识服务平台等数据库,结合文献总结DYNC1H1基因突变相关IESS患儿的临床特点,探讨其治疗及表型-基因关系。结果2例DYNC1H1变异相关的IESS患儿(病例1:c.874C>T,p.Arg292Trp;病例2:c.5884C>T,p.Arg1962Cys),痉挛发作均起始于婴儿期,多种药物控制效果均不佳。2例患儿均存在严重的发育迟缓,且病例1的头颅磁共振成像提示巨脑回畸形。搜索数据库并手动筛选共获得英文文献7篇,中文文献2篇。共15例DYNC1H1基因突变相关婴儿痉挛症,12例发展为药物难治性癫痫;12例存在显著的头颅先天性结构异常。共9个突变位点分别分布于3个结构域,其中尾端结构域4例,细胞活动相关的ATP酶结构域3例,茎或微管结合结构域2例。结论DYNC1H1基因异常可引起IESS,并常伴有脑发育异常和发育迟缓/智力障碍。预后不佳的原因可能是基因功能障碍和脑发育异常共同作用的结果。

长春市2016—2020监测年度甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因特征分析

目的分析长春市2016—2020年度甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因特征,了解其变异情况及遗传进化特征。方法选取2016—2020年度甲型H1N1流感病毒分离株109株,PCR扩增HA基因并进行序列测定;利用生物信息学软件对分离株的HA基因进行进化和变异分析。结果长春市109株分离株与疫苗株A/California/07/2009的HA蛋白相比均有S84N、S162N和I216T共同的氨基酸位点变异,且有1株发生了HA蛋白D222N位点突变,提示此毒株可引起患者下呼吸道症状。109株病毒株的HA基因之间核苷酸同源性为96.9%~100%,氨基酸同源性为97.2%~100%。在进化树分析上,都属于6B.1大分支,并且随着时间的推移,HA在基因进化树上离早期疫苗株A/California/7/2009越来越远,同一年份里也有毒株位于不同的小分支内。结论长春市2016—2020年度甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因在不断的变异中,应持续进行监测,为预防甲型H1N1流感大流行提供参考。

2019—2021年华东地区6株禽源H3亚型流感病毒的遗传进化分析

H3亚型流感病毒在自然界广泛存在,可感染人、猪、马、犬、禽等众多宿主并能发生跨种间传播,危害不容忽视。本研究于2019—2021年在华东地区活禽市场采集表观健康的家禽喉头与泄殖腔棉拭,通过血清学试验鉴定、筛选出6株代表性水禽源H3亚型流感病毒,并经RT-PCR试验确定5株为H3N2亚型、1株为H3N1亚型。进一步对6株分离株进行全基因组测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示:HA蛋白裂解位点处均为PEKQTR/GLF,不存在连续碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合位点处均为禽源特征性的226Q和228S,提示其跨种传播至哺乳动物的潜能较低;内部基因片段来源多样化,与H3N8、H4N6、H5N8、H6N1、H7N7、H0N3等众多亚型禽流感病毒的亲缘关系密切;除JS1018/19和JS1094/19的NS基因属于北美谱系以外,其余均属于欧亚谱系的禽源分支,与犬、马、猪、人等哺乳动物源毒株的亲缘关系较远,提示虽然可能存在不同进化谱系间的基因重组但并未发生从禽到哺乳动物宿主的基因交换。该研究结果丰富了H3亚型禽流感病毒的流行病学数据,为进一步了解我国低致病性禽流感病毒的分布特征提供了参考依据。

黄鳝AK1基因序列特征及在性腺中的表达模式分析

【目的】探究腺苷酸激酶1(adenylate kinase 1, AK1)序列特征及其在黄鳝性腺发育过程中的功能。【方法】克隆黄鳝AK1基因序列,对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测AK1在黄鳝各组织、不同发育时期性腺以及H2O2孵育后卵巢中的表达情况,并利用免疫组化技术定位AK1在黄鳝性腺中的表达位置。【结果】黄鳝AK1编码区序列为630 bp,编码209个氨基酸残基,具有AK家族保守的NMP和LID结构域,与其他鲤科鱼类的同源基因具有较高的序列相似性;黄鳝AK1在垂体、眼睛、心、肝、肾、肠、脾、肌肉、血液、卵巢和精巢中均有表达,在肌肉组织中的表达量最高,在血液中表达量最低。AK1在卵巢发育周期的卵黄生成早期性腺和性逆转周期的间性晚期性腺表达量最高,而在卵黄生成中晚期性腺和间性早期性腺表达最低。H2O2孵育后各浓度组AK活性的表达均呈现先下降后上升的趋势(P<0.05),浓度越高变化的趋势越明显(P<0.05);而AK1的表达均受到抑制。AK1主要定位于卵黄生成早期性腺的颗粒细胞中。【结论】AK1参与了黄鳝性腺的发育,这为揭示黄鳝性腺发育过程中的能量代谢等生物学过程奠定了一定的基础。

2017-2019年呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒基因特征分析

目的了解呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒遗传进化特征及抗原位点、糖基化位点和耐药位点的变异情况,为流感防控提供科学依据。方法采集2017-2019年呼和浩特市3家哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本进行核酸检测,阳性样本通过MDCK细胞和鸡胚进行病毒分离。随机抽取15株甲型A(H1N1)pdm09流感毒株进行基因测序分析。采用MEGA7.0.14软件、DNASTAR7.0.1软件和NetNGlyc1.0软件进行基因进化树分析、核苷酸同源性分析和糖基化位点分析。结果呼和浩特市2017-2019年15株甲型A(H1N1)pdm09分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018和A/Michigan/45/2015共同属于6B.1分支。各年度分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.004、0.011和0.013。相较于疫苗株A/California/07/2009和A/Michigan/45/2015,2017年起甲型A(H1N1)pdm09病毒抗原位点变异较大,但与疫苗株A/Brisbane/02/2018相比并未发生抗原漂移现象,与疫苗株匹配效果较好。分离株与疫苗株A/California/07/2009相比多了糖基化位点162NQS/T。分离株与神经氨酸酶抑制剂耐药相关的9个关键氨基酸位点没有发生变异。结论随着时间推移,呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒与疫苗株的基因相似性逐渐降低,提示呼和浩特市病毒在不断进化中,应持续监测。本次研究中的分离株与WHO推荐的2019-2020年北半球疫苗株A/Brisbane/02/2018相比未发生抗原漂移现象,WHO推荐的疫苗株对目前流行的甲型A(H1N1)pdm09流感仍有较好的保护效果。所有分离株NA基因均未发生H275Y耐药突变,提示呼和浩特市流行的甲型A(H1N1)pdm09流感仍然对奥司他韦等NA抑制剂药物敏感。

基于生物信息学分析甲型H1N1流感病毒性肺炎的生物标志物

目的通过基于基因表达综合(GEO)数据集的生物信息学方法筛选和分析甲型H1N1流感病毒性肺炎的潜在生物标志物。方法从GEO数据库获取甲型H1N1流感病毒性肺炎的数据集,并筛选差异表达基因,使用STRING 12.0数据库和Cytoscape 3.9.1软件对这些差异表达基因进行分析并筛选出Hub基因,使用DAVID数据库对这些差异表达基因进行功能富集分析。结果筛选出1019个差异表达基因,其中上调基因522个,下调基因497个。富集结果显示,这些差异表达基因的功能主要富集于细胞质、蛋白质磷酸化、免疫应答、补体成分、激酶活性、T细胞受体信号通路及FoxO信号通路等。最终确定了CDK1、CCNA2、CCNB2、CDC20、TOP2A、KIF20A、DLGAP5、BUB1、KIF11和TPX2为Hub基因。结论本研究阐明了10个Hub基因(CDK1、CCNA2、CCNB2、CDC20、TOP2A、KIF20A、DLGAP5、BUB1、KIF11和TPX2)有可能作为甲型H1N1流感病毒性肺炎诊断和治疗的潜在生物标志物,但仍需更多的实验来进一步探索这些Hub基因在甲型H1N1流感病毒性肺炎中的具体机制。

基于生物信息学探究NR1H4在慢性萎缩性胃炎及药物预测中的作用

目的通过生物信息学方法获得慢性萎缩性胃炎(chronic atrophic gastritis,CAG)的差异基因,预测治疗CAG的小分子药物。方法通过基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取2份CAG芯片(GSE27411、GSE116312)基因表达样本,利用R语言筛选出CAG差异表达基因,获得CAG免疫相关基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选出核心基因,进一步研究核心基因的免疫浸润,预测其小分子化合物,通过MOE2022进行分子对接,通过GEPIA2网站进行生存分析。结果基于GEO数据库筛选出差异基因517个。GO富集分析发现主要涉及粒细胞趋化性、白细胞趋化性、中性粒细胞趋化性等生物过程。KEGG富集分析显示主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、核因子κB信号通路、白细胞介素-17信号通路。PPI网络筛选前6个核心基因即NR1H4、CCK、CCL20、CXCL1、LCN2、SAA1,通过相关验证,NR1H4作为核心基因。免疫细胞浸润分析结果显示中央记忆CD8 T细胞、效应记忆CD4 T细胞、γδT细胞、自然杀伤细胞、中性粒细胞等免疫细胞可能参与CAG的发生发展,而中性粒细胞与NR1H4呈正相关。分子对接显示柯里拉京、豆甾醇、栀子苷、桔皮素、鹅去氧胆酸、表没食子儿茶素-3-没食子酸酯6种小分子药物与NR1H4有较好的结合力。结论本研究初步探讨CAG的潜在机制,NR1H4作为关键基因与中性粒细胞可能在CAG“炎-癌转化”进程中具有重要意义,可为CAG的“炎–癌转化”机制研究提供一定的参考依据。

hil-1基因通过饮食限制通路调节秀丽隐杆线虫寿命

目的揭示H1连接子组蛋白基因(H1 linker histone gene,hil-1)的生理学功能,以及其调控线虫寿命的分子机制。方法以秀丽隐杆线虫为模式生物,采用RNA干扰菌喂食、hil-1(gk229)突变体回交纯化以及过表达质粒显微注射技术来敲降、敲除以及过表达hil-1基因,然后观察线虫存活寿命及产卵情况,通过热耐受实验、百草枯应激实验和重金属Cr6+应激实验评价hil-1(gk229)突变体的抗逆性,利用实时荧光定量PCR实验以及构建双突变体线虫进一步确定hil-1调控寿命所关联的信号通路和作用靶点。结果与野生型N2线虫相比,RNA干扰后的线虫寿命以及hil-1(gk229)突变体线虫寿命明显缩短(P<0.001),而hil-1全身性过表达后线虫寿命延长(P<0.05)。与野生型N2线虫相比,hil-1(gk229)突变体线虫对热压力和氧化压力的耐受性明显降低(P<0.001,P<0.05),而对重金属的耐受能力无差异(P>0.05)。并且,相比于野生型N2线虫,hil-1(gk229)突变体线虫的发育周期缩短(P<0.001),产卵提前(P<0.001),但产卵总量没有显著变化(P>0.05)。给eat-2(ad465)突变体线虫喂食hil-1 RNA干扰菌后,hil-1表达下调不影响eat-2(ad465)突变体线虫的寿命(P>0.05)。相较于野生型N2线虫,hil-1(gk229)突变体线虫中daf-16表达水平明显下调(P<0.001),其下游基因mtl-1和ctl-1表达也下调(P<0.05,P<0.001)。与daf-2(e1370)突变体相比,daf-2(e1370),hil-1(gk229)双突变体线虫的寿命无明显变化(P>0.05),而与daf-16(mu 86)突变体相比,daf-16(mu86),hil-1(gk229)双突变线虫的寿命明显缩短(P<0.001)。与对照组相比,在表皮和肠道中RNA干扰hil-1基因表达后线虫寿命明显缩短(P<0.001)。结论hil-1基因缺失明显缩短线虫寿命,同时使线虫对热压力和氧化压力的耐受性降低。hil-1基因可能通过饮食限制信号通路调控秀丽隐杆线虫的寿命,且该作用主要在表皮和肠道。

鸭源性H6N1亚型禽流感病毒在猪和人呼吸道的复制及其基因特点

目的:探索鸭源性H6N1亚型禽流感病毒是否可在人以及流感病毒的重要中间宿主猪中有效复制、感染。方法:选择前期分离的2株鸭源性H6N1病毒DK/Jiangxi/35634/2016、DK/Guiyang/2462/2007,受体结合特异性法分析病毒的受体结合特性,全基因组测序分析病毒基因位点的变化,体外感染人和猪呼吸道组织。结果:2株鸭源性H6N1病毒均与禽型SAα-2,3Gal受体结合,基因测序分析显示HA裂解位点为PQIETR/GL,属低致病性禽流感病毒的分子特征,HA、NA、PB2等主要基因位点未发生突变,但病毒可在人肺组织的肺泡细胞和巨噬细胞、猪气管上皮细胞以及肺组织的肺泡细胞和巨噬细胞增殖并引起细胞损伤、组织结构的破坏。结论:鸭源性H6N1亚型禽流感病毒具有禽流感病毒的基因特点,虽然仍与禽型SAα-2,3Gal受体结合,但已具有跨种间屏障感染猪和人的能力。因此,必须密切监测家禽中流感病毒H6N1流行和进化演变。

Wilms瘤基因1、B7家族成员H3及自然杀伤细胞表面受体在多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的表达及临床意义

目的探讨Wilms瘤基因1(WT1)、B7家族成员H3(B7H3)及自然杀伤(NK)细胞表面受体在多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的表达及临床意义。方法选取56例多发性骨髓瘤患者和50例淋巴瘤患者,分别作为骨髓瘤组和淋巴瘤组,采用流式细胞仪检测两组患者NK细胞占有核细胞比例,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测两组患者WT1、B7H3 mRNA相对表达量以及NK细胞表面受体NKG2D、CD69、程序性死亡受体1(PD-1)mRNA的相对表达量。随访1年,比较不同预后情况多发性骨髓瘤和淋巴瘤患者WT1、B7H3 mRNA相对表达量及NK细胞占有核细胞比例。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积(AUC),评估各指标对多发性骨髓瘤患者和淋巴瘤患者预后的预测价值。结果骨髓瘤组患者B7H3 mRNA相对表达量低于淋巴瘤组,PD-1、NKG2D mRNA相对表达量及NK细胞占有核细胞比例均高于淋巴瘤组,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。随访结束,56例多发性骨髓瘤患者中,预后不良15例,预后良好41例,预后良好的多发性骨髓瘤患者B7H3 mRNA相对表达量明显低于预后不良患者,差异有统计学意义(P﹤0.01)。B7H3预测多发性骨髓瘤患者预后的AUC为0.748(95%CI:0.605~0.891),cut-off值为3.29,此时的灵敏度为0.867,特异度为0.659。随访结束,淋巴瘤组患者中,预后不良19例,预后良好31例,预后良好淋巴瘤患者B7H3 mRNA相对表达量低于预后不良患者,NK细胞占有核细胞比例高于预后不良患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。B7H3、NK细胞占有核细胞比例联合检测预测淋巴瘤患者预后的AUC为0.852(95%CI:0.731~0.973),灵敏度为0.871,特异度为0.737。结论B7H3及NK细胞受体在多发性骨髓瘤和淋巴瘤患者中的表达水平存在差异,但WT1水平的差异不明显,B7H3及NK细胞占有核细胞比例对多发性骨髓瘤及淋巴瘤患者的预后有一定的预测意义。

2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲(A)型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976～2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。

2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析

目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒(A/H1N1)全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2(polymerase B2,PB2)和聚合酶A(polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrixprotein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。

H1N1亚型猪流感病毒中国分离株血凝素基因分子演化的研究

对 2 0 0 1年中国华南及东北地区的 15株H1N1亚型猪流感病毒 (SIV)分离株的血凝素 (HA)基因进行了序列测定和分析 ,并绘制了进化树。研究结果表明 ,15株H1N1SIV和HA基因核苷酸全长为 1778bp ,共编码 5 6 6个氨基酸 ;而且 ,15株H1N1亚型SIV的HAI蛋白在 10、11、2 3、87、2 87位都存在高度保守的糖基化位点 ,此外 ,在 2 76位多了一个“_NTT_”糖基化位点 ,与参考毒株SW /IW / 93/ 0 1一致 ,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征。本研究进一步发现 ,15株H1N1亚型SIV的HA基因切割位点氨基酸组成为IPSIQSR↓G ,具有非高致病力毒株分子特征 ;而其受体结合位点在HA蛋白上第 2 2 6位是Q ,第 2 2 8位是G ,可能具有感染禽的潜力。经同源性比较 ,15株H1N1亚型SIV的HA基因与古典型H1N1猪谱系中的WIS/ 4 75 4 / 94的同源性相对最高 ,核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到 95 7%～ 96 1%和96 5 %～ 97 2 %。由同源性比较结果和进化树分析可见 。

福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A/Fujian/01/2009(H1N1)进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60.98%。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明:该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A/Swine/Iowa/15/1930(H1N1)存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD-CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。

茶树冷胁迫诱导H1-histone基因的克隆与序列分析

利用cDNA-AFLP技术对茶树不同低温胁迫处理下的基因表达差异进行了分析,获得一低温诱导后特异表达片段TDF8(transcript derived fragment,TDF)。BLAST比对结果显示,该片段与其它物种的逆境诱导特异表达的H1-histone基因有很高的相似性。通过RACE分别扩增出其3′和5′末端序列,成功获得该基因cDNA全长序列(GenBank登录号EU716314)。所得序列全长916 bp,其开放阅读框共编码207氨基酸,蛋白分子量约为30.77 kD。该基因氨基酸序列分析表明,与烟草的胁迫诱导H1-histone基因的氨基酸序列一致性达79%。可以认为,该基因应该属于逆境诱导条件下表达的H1-histone基因家族成员之一。

2009年新型甲型H1N1流感病毒基质蛋白及核蛋白基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)基质蛋白(M)及核蛋白(NP)基因的进化规律。方法:从NCBI数据库下载147条甲型H1N1流感病毒M基因及NP基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对M基因和NP基因序列进行比对,并用NJ法构建进化树,同时采用EpiInfo软件分析1918～2009年人H1N1病毒的M基因和NP基因序列进化距离的线性趋势。采用MEGA4.0软件对M2蛋白氨基酸序列进行比对。结果:不同地区的2009年新型甲型H1N1流感病毒M基因、NP基因同源性高,但与历史上流行的H1N1流感病毒M基因、NP基因差异较大,且M基因进化距离随分离年限变化的趋势性检验结果有统计学意义(Ptrend=0.001)。2009年新型甲型A/H1N1流感病毒M2蛋白与1918～2008年人A/H1N1病毒M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示在第11、43、54、57、77、78氨基酸位点发生了改变;与猪、禽A/H1N1的M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示仅在第43、77位氨基酸位点发生改变。结论:2009年新型甲型A/H1N1流感病毒NP基因片段较以往流行的人H1N1流感病毒NP基因发生了改变;M2蛋白位于胞外编码区的第11位氨基酸、位于TM结构域的第43位氨基酸突变可能导致了新型甲型A/H1N1流感病毒对金刚烷胺类特异性抗病毒药物产生耐药。

中国“人-猪-禽”基因重排H1N2亚型猪流感病毒全基因克隆及遗传进化的研究

【目的】为了研究2006年从广西病猪肺组织中分离的H1N2亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Guangxi/13/2006(H1N2)(Sw/GX/13/06)的遗传学特性和8个基因的来源。【方法】运用RT-PCR方法对其全基因进行了克隆并运用分子生物学软件对其基因序列进行了遗传进化分析。【结果】血凝素(HA)、核蛋白(NP)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因来源于猪古典H1N1亚型流感病毒;神经氨酸酶(NA)和聚合酶蛋白(PB1)基因来源于人的H3N2亚型流感病毒;聚合酶蛋白(PA)和聚合酶蛋白(PB2)基因来自于禽流感病毒。【结论】可见Sw/GX/13/06是一株"人-猪-禽"三源基因重排H1N2亚型SIV,且与美国(1999?2001年)和韩国(2002年)分离到该型病毒的有明显的亲缘关系。据我们所知,这是中国首次报道含有禽流感病毒基因片段的重排H1N2SIV,该病毒是否对养猪业和人类公共卫生健康具有潜在的威胁,有待于进一步研究。