用bioperl实现种子植物18S rRNA基因序列的大规模获取

基于bioperl设计了大规模获取基因序列的方法程序,成功实现了Genbank中种子植物18SrRNA基因序列的大规模获取,解决了构建种子植物18SrRNA基因序列二级数据库的大规模数据获取问题。同时,该程序为不同类型序列的大规模获取都提供了一种较好的解决办法。

基于Bioperl的基因序列获取的程序设计与实现

Bioperl在序列操作和数据库的远程获取方面有独特的优势。为了从Genbank获取大量硫酸盐还原菌的 16SrRNA基因序列 ,进一步研究硫酸盐还原菌的分子进化及系统发育规律 ,该文基于bioperl设计了远程获取大量基因序列的程序 ,并成功地实现了硫酸盐还原菌的 16SrRNA基因序列的批量获取。该程序小巧灵活方便快捷 ,perl语言强大的字符串操作和模式匹配功能使程序能实现不同类型基因序列的远程获取 。

充分利用Bioperl加速生物信息学的研究

Bioperl是Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集,是世界各地的Perl开发人员在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶,服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家。通过对Bioperl进行了详细的介绍,并利用几个研究中的应用实例充分说明Bioperl在生物信息学研究中的重要地位。

基于Bioperl的生物二次数据库的设计与实现

在分子生物学研究中,建立二次数据库可以更深入的进行特色物种的研究。通过分析了构建生物信息二次数据库的复杂性和必要性,在MySQL数据库的基础上利用Bioperl相关技术提出了可行性方案,并给出了关键的构建步骤,最后建立了一个生物信息研究平台。

基于BioPerl实现精确下载毛果杨蛋白质序列

本文以毛果杨(Populus trichocarpa)和蛋白质名称为关键词,基于BioPerl设计了下载毛果杨家族蛋白质序列的程序。此程序为构建毛果杨蛋白质二次数据库奠定了基础,也为以毛果杨蛋白质为研究对象的研究人员提供了一个方便快捷精确获取毛果杨蛋白质序列的手段。

基于Bioperl实现远程自动获取抗逆基因序列

BioPerl对于现今大量的生物数据来说,具有很好的获取和处理能力,并且NCBI提供了可以直接访问它下属的Entrez数据库(包括PubMed)的编程接口,即E-Utilities。为了从NCBI中自动获取大量抗逆基因序列,使得生物抗逆基因二次数据库得以搭建,该文基于BioPerl设计了远程自动获取大量抗逆基因序列的程序。此程序灵巧、精悍,Perl语言强大的文本处理功能使程序能实现不同类型基因序列的远程获取。

基于BioPerl实现从NCBI中精确下载LEA基因序列

近年来关于抗逆基因的研究,越来越受研究者们的关注,在新疆尤其重视抗干旱基因的研究。基于这些因素,本文根据LEA基因(late embriogenesis abundant gene, LEA)的保守结构域所在片段(下文简称保守结构片段)和相应的关键词,基于BioPerl设计了从NCBI中精确下载LEA基因序列的程序。此程序不仅解决了LEA基因的精确获取,同时也为不同类型序列的精确下载,提供了一种较好的解决办法。

分子生物学二次数据库资源平台的构建

在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行更深入的研究。针对分子生物学二次数据库资源平台的构建的迫切需要,利用biosql构建了分子生物学二次数据库,运用tomcat 6.0 + Myeclipse + mysql技术,MVC开发模式,实现了以抗逆基因为例的web资源数据库平台。该平台解决了分子生物二次数据库的构建与抗逆基因数据自动获取,能及时接受研究者数据的上传和抗逆基因的快速检索。该平台同样可以应用到其他类别的分子生物,加快了对某一范围内分子生物学的研究,使研究更具针对性。

分子生物学二次数据库资源平台的构建

在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行更深入的研究。针对分子生物学二次数据库资源平台的构建的迫切需要,利用biosql构建了分子生物学二次数据库,运用tomcat 6.0 + Myeclipse + mysql技术,MVC开发模式,实现了以抗逆基因为例的web资源数据库平台。该平台解决了分子生物二次数据库的构建与抗逆基因数据自动获取,能及时接受研究者数据的上传和抗逆基因的快速检索。该平台同样可以应用到其他类别的分子生物,加快了对某一范围内分子生物学的研究,使研究更具针对性。