基于数据库挖掘分析PDZK1与乳腺癌氟维司群耐药的相关性

目的 探讨在乳腺癌氟维司群耐药中发挥关键作用的基因。方法 通过GEO公共数据库筛选两组氟维司群耐药细胞数据集,获取与氟维司群耐药相关的基因,分析蛋白互作网络(PPI)蛋白互作网络,筛选关键耐药基因,结合TCGA数据库分析关键基因临床预后相关性,通过细胞模型验证其生物学功能。结果 GEO数据库分析发现PDZ结构域蛋白1(PDZK1)在氟维司群耐药株呈显著低表达(P<0.05)。TCGA数据库显示PKZK1高表达与肿瘤临床分期呈显著负相关,分析发现PDZK1表达与乳腺癌患者预后良好显著相关,在乳腺癌细胞模型中过表达PDZK1基因可以提升氟维司群治疗的敏感度。结论 PDZK1的表达与氟维司群治疗耐药呈负相关,雌激素受体阳性乳腺癌患者中PDZK1高表达人群选择氟维司群治疗的临床获益更大。

弓形虫细胞核因子3基因的克隆及序列分析

为预测弓形虫细胞核因子3(TgNF3)基因作为抗弓形虫疫苗候选抗原的可能性,本试验以弓形虫RH株的总RNA为模板,应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增TgNF3基因并连接至pMD18-T载体。筛选阳性克隆后,测序鉴定。将测序结果正确的核苷酸序列翻译成氨基酸序列,运用生物信息学软件分析TgNF3蛋白的结构,预测抗原表位。结果显示,TgNF3基因长约950bp。TgNF3蛋白中包含1个跨膜结构域,9个α-螺旋区,4个β-折叠区,8个亲水区域和10个柔性区域,并预测含有9个线性B细胞抗原表位。结果表明,TgNF3蛋白可能具有良好的免疫原性,为研制以TgNF3为抗原的弓形虫亚单位疫苗及表位疫苗奠定了基础。

轨道交通预应力混凝土梁施工阶段徐变性能研究

以实际工程的轨道交通预应力混凝土梁为原型,以跨中截面应力等效与施工工艺相似为原则,共设计6根1∶5大尺度模型梁,对其施工过程中的徐变性能进行了试验研究,重点考察混凝土种类、预应力筋张拉方式和截面应力差等因素对轨道梁徐变变形的影响。基于大型商用软件SOFiSTiK和自行编制的步进法有限元程序对模型梁在施工阶段的徐变变形进行时随全过程分析,计算结果与试验值的误差在10%以内。在此基础上,提出了考虑混凝土种类、预应力筋张拉方式和跨中截面应力差等多因素影响的、轨道梁施工阶段徐变变形设计建议。本文研究成果可为轨道交通预应力混凝土梁的施工阶段徐变变形控制与计算提供依据和参考。

无芒隐子草CsPEAMT基因克隆及表达特性分析

以无芒隐子草(Cleistogenes songorica)干旱胁迫下的cDNA文库中磷酸乙醇胺N-甲基转移酶(phosphoethanolamine N-methyltransferase,PEAMT)基因的EST序列为基础,采用RACE方法克隆该基因编码区序列,该序列全长为2 104bp,开放读码框1 506bp,编码501个氨基酸。无芒隐子草PEAMT蛋白编码的氨基酸序列与多种植物的PEAMT氨基酸序列有较高相似性,其中与高粱SbPEAMT、玉米ZmPEAMT的蛋白序列相似性最高(93%),说明PEAMT基因在植物进化中非常保守。采用实时定量RT-PCR分析无芒隐子草幼苗在干旱过程中CsPEAMT基因的表达结果显示,干旱胁迫诱导CsPEAMT基因在根和叶中大量表达,且在干旱第8天时CsPEAMT基因在叶和根中表达量分别是未干旱对照的43.35倍和13.25倍,复水后CsPEAMT基因的表达量开始下调。研究表明CsPEAMT基因可能是无芒隐子草抗旱性相关的基因。

球头铣刀倾角对硬铝合金工件表面形貌的影响

基于运动齐次坐标的变换矩阵和矢量运算法则,结合多轴铣削的特点,在充分考虑刀具倾角变化的基础上,建立球头铣刀铣削过程中刀齿的运动轨迹方程,给出了加工表面形貌的仿真思路,并对仿真方法进行了优化.仿真分析了侧倾角和前倾角对表面形貌的影响规律,结果表明：刀具倾斜有利于提高表面质量,但是侧倾和前倾对表面形貌的影响规律不同,正向侧倾加工效果最好,负向侧倾加工效果最差;而正向前倾和负向前倾的加工效果基本一致,并且介于正向侧倾和负向侧倾之间;当侧倾角为10°～20°时或前倾角为±10°时加工表面粗糙度最小.分析结果对多轴铣削加工时刀具倾角的选择和调整具有较好的指导意义.

《中国青年政治学院学报》发展态势分析

发展态势分析逐渐成为图书馆学科服务的重要途径和方式之一。本文以《中国青年政治学院学报》的发展态势分析为例,从文献计量学的角度,利用Excel软件、SPSS统计分析软件,以及近年来迅速发展起来的可视化分析软件CiteSpace,通过对1995-2014年《中国青年政治学院学报》发表学术论文的主题趋向、核心作者,以及影响力等主要指标进行计量分析,探讨学报近20年的发展态势,并针对发展态势分析应注意的问题提出建议。

原发免疫性血小板减少症关键基因与通路的筛选及中药研究

目的:应用生物信息学方法初步筛选原发免疫性血小板减少症(ITP)的关键基因并探索其发病机制,进而预测治疗ITP的潜在中药(TCM)。方法:基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)的基因芯片原始数据集GSE80401,以P<0.05及|logFC|≥1条件筛选差异miRNA的标准进行分析,得到ITP的差异miRNA。采用miRTarBase、miRDB和TargetScan进行miRNA靶基因预测,在Genecards数据库搜索ITP的靶点,将预测的上调靶基因和下调靶基因分别与疾病靶点取交集,在此基础上,将映射的靶基因分别通过String数据库和Cytoscape构建PPI网络,筛选核心的靶基因,对核心靶基因在DAVID和Omicsbean数据库上进行GO和KEGG通路富集分析。将关键基因导入医学本体信息检索数据库(Coremine Medical)分析治疗关键基因的TCM。结果:筛选出符合条件的差异基因422个,关键基因17个,包括BCL2L1、CCND1、CD44、CDKN1A、CREB1、GRB2、MAPK1、MAPK8、PIK3R1、CDK2、CAV1、FGF2、IGF1、SMAD2、SMAD4、TLR4和VEGFA,主要涉及蛋白聚糖、FoXO、PI3K-Akt、人T细胞白血病病毒1感染、内分泌抵抗、黏着斑等信号通路。筛选得到包括人参、赤芍、当归、蜂毒、眼镜蛇、补骨脂、地黄、水牛角、火麻仁、菟丝子、五灵脂和金鸡纳皮等在内的具有防治ITP的TCM共12味。TLR4映射的TCM最多,其次是CCND1和VEGFA。在众多的TCM中,人参同时作用于17个靶点,赤芍、当归和蜂毒同时作用于11个靶点,眼镜蛇和补骨脂同时作用于9个和8个靶点,地黄和水牛角同时作用于7个靶点,火麻仁同时作用于4个靶点,菟丝子同时作用于3个靶点,五灵脂同时作用于2个靶点,提示上述药物具有多靶点防治ITP的潜能。结论:基于生信分析初步预测得到ITP的关键致病基因及具有防治作用的TCM,可为相关TCM新药开发提供靶点及研究思路。

糜子抗白粉病基因(Mlo)编码蛋白的序列特征及表达分析

[目的]探究糜子抗白粉病基因(Mlo)编码蛋白的序列特征及mRNA表达特性,以期为该基因的克隆提供基础数据。[方法]利用一系列生物信息学软件分析糜子Mlo蛋白理化特性,并采用室内接种和qRT-PCR技术检测在接种白粉菌后,糜子叶片Mlo基因mRNA表达量的变化。[结果]糜子中Mlo蛋白的化学式为C1856H3105N609O756S170,原子总数为6 496个,分子量为51 497.90Da;编码609个氨基酸,含有一个保守结构域(第1～348位氨基酸之间);该蛋白为分泌蛋白,具有信号肽,异亮氨酸为其核输出信号。7种植物Mlo蛋白序列进化树和多重序列比对结果表明糜子与黄瓜的序列一致性为100%,与3种葫芦科植物(西葫芦、苦瓜和南瓜)的一致性超过80%,与陆地棉的一致性为65%,与大豆的一致性为59%。实时定量PCR检测结果表明,在接菌处理后不同时间,糜子Mlo表达水平存在显著差异。随着接种天数增加,Mlo基因相对表达量呈现先增加后降低的趋势。6、9和12d时,mRNA含量与对照组呈极显著差异,9d时表达量最高,为对照的4.33倍,15d时mRNA含量与对照组差异不明显。[结论]糜子Mlo基因可以由接种白粉菌诱导表达。

乳腺导管癌差异表达基因的生物信息学分析

目的通过生物信息学的分析,比较乳腺导管癌和癌旁正常细胞的差异表达基因,挖掘筛选关键基因,为进一步的研究提供参考。方法通过利用ONCOMINE癌症微阵列数据库,挖掘差异表达基因,通过STRING、DAVID等工具使用生物信息学方法对其进行分析。结果挖掘出差异基因256个,其中不同分级的基因本体论(GO)194类,京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路236种。这些基因主要与血管生成、Ⅰ型干扰素信号通路、蛋白结合等有关,参与了生物化学信号通路、癌症信号通路、细胞受体信号传导通路、促分裂素原活化蛋白激酶信号通路等。构建表达蛋白的蛋白与蛋白互相作用的网络图,提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互作用。结论通过对乳腺导管癌易感差异基因的分析,对其易感基因有了系统的认识,针对关键基因的大样本研究及网络化基因分析是未来的研究方向。

ALKBH5在肾透明细胞癌中的表达水平及临床意义

目的采用生物信息学方法探讨肾透明细胞癌(KIRC)组织中烷烃羟化酶同源5基因(ALKBH5)mRNA和蛋白的表达及临床意义。方法下载UCSC Xena数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中KIRC、乳头状肾细胞癌(KIRP)、嫌色细胞癌(KICH)的转录组测序(RNAseq)数据、临床病理参数和总生存期数据,并下载基因型和基因表达量关联数据库(GTEx)中对应的正常组织数据。比较KIRC组织及癌旁组织中ALKBH5 mRNA表达水平,分析ALKBH5 mRNA表达水平与不同临床病理学指标的关系;绘制ROC曲线分析ALKBH5 mRNA表达水平对KIRC的诊断价值;利用阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析数据库(UALCAN)分析ALKBH5蛋白表达水平与不同临床病理学指标的关系,比较ALKBH5 m RNA表达水平对患者预后的影响;利用LinkedOmics数据库行基因富集分析ALKBH5在KIRC中可能参与的信号通路。结果与癌旁组织相比,KIRC组织中ALKBH5 mRNA和蛋白均显著高表达(均P<0.05)。不同年龄、种族、病理分期、组织学分级、肿瘤发生部位KIRC患者组织中ALKBH5 mRNA表达水平比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。女性KIRC患者组织中ALKBH5mRNA和蛋白表达水平均显著高于男性患者(均P<0.05),A亚型KIRC患者组织中ALKBH5 mRNA表达水平显著高于B亚型患者(P<0.01)。酵母交换型转换/蔗糖不发酵(SWI/SNF)染色质重塑复合物突变组患者ALKBH5蛋白表达水平显著高于SWI/SNF复合物未突变组患者(P<0.01)。ROC曲线分析显示,ALKBH5 mRNA表达水平诊断KIRC的AUC为0.813,显著高于KIRP(AUC=0.605)和KICH(AUC=0.707)(均P<0.05)。相较ALKBH5 mRNA低表达组,ALKBH5 m RNA高表达组总生存率显著升高(P<0.01);男性KIRC患者ALKBH5 mRNA表达水平与预后无关(P>0.05),而女性KIRC患者ALKBH5 m RNA高表达组总生存率显著高于低表达组(P<0.05)。富集分析显示,ALKBH5 mRNA表达相关的基因可能参与糖酵解、果糖和甘露糖代谢、氨基酸生物合成等信号通路。结论ALKBH5 mRNA和蛋白表达水平在KIRC中具有较高的诊断、预后评估价值,可能通过糖酵解信号通路发挥作用。ALKBH5 mRNA可能成为判定KIRC患者预后的分子标志物和新的治疗靶点。

大数据在测绘地理信息方面的应用

地理信息数据在测绘地理信息事业中的重要位置不可替代，这既是测绘地理信息工作多年的实践的检验和反映，也是由测绘地理信息工作的本质特点所决定。本文基于以上分析，就大数据在测绘地理信息方面的应用进行了研究。

长流程钢铁企业检化验设施的现代化设计

检化验系统对钢铁企业的进厂原料检验、中间产品检测、出厂产品质量判定等有着重要意义。对钢铁企业检化验系统的设置原则、组成和发展趋势进行了介绍,集中化、智能化和信息化是现代化钢铁企业检化验系统的特点。重点论述了原料取制样系统、原料分析中心、冶炼分析中心和轧钢检测中心的建设设计理念。随着中国智能制造发展,全自动智能检测系统、信息流过程自动化及实验室管理自动化已成为当今钢铁企业检化验系统设计不可避免的趋势。