烟草赤星病菌的Biolog代谢表型分析

为了解我国烟草赤星病的2种主要致病菌链格孢菌Alternaria alternata和长柄链格孢菌Alternaria longipes的碳氮源代谢表型。采用Biolog表型芯片技术分析了2株链格孢菌(中等致病力的CQ1和GZ11)及2株长柄链格孢菌(强致病力的HuN2和弱致病力的YN4)对PM1、PM2微孔板中190种碳源物质和PM3微孔板中95种氮源物质的代谢情况。结果发现,4株赤星病菌均能代谢PM1-PM3微孔板中24.21%的碳源和86.31%的氮源。不同致病力菌株间的碳氮源代谢能力表现出一定差异,长柄链格孢菌的强致病力菌株HuN2比弱致病力菌株YN4对D-甘露糖、D-木糖、D-甘露醇、b-环糊精、L-缬氨酸、D-天门冬酰胺、腺苷和i-赤藓糖醇等物质的代谢更显著;链格孢菌的中等致病力菌株CQ1比GZ11对L-鼠李糖、海带多糖和二羟基丙酮的代谢更好;弱致病力菌株YN4比强致病力菌株HuN2和中等致病力菌株CQ1、GZ11对水杨苷的代谢更明显。表明烟草赤星病菌的不同种群菌株对碳氮源的代谢情况总体趋势一致,但不同致病力菌株间存在一定差异。

微流控芯片流体剪切力和肿瘤坏死因子-α共同作用对大鼠软骨细胞表型的影响

流体剪切力是生物体内普遍存在的一种生物力学形式,是细胞微环境的重要组成部分,对细胞多种生物学行为有重要调节作用。该研究以微流控芯片技术为基础,建立了一种基于流阻原理能同时产生4个不同大小流体剪切力的微流控芯片平台,用以研究低流速的流体剪切力对大鼠原代软骨细胞表型维持的影响。结果表明,流体剪切力可促进软骨细胞的表型维持。还加入了肿瘤坏死因子-α(TNF-α),考察流体剪切力和TNF-α共同作用对软骨细胞表型的影响。结果表明,在剪切力和TNF-α共同作用下,软骨细胞的Ⅱ型胶原和蛋白多糖表达明显下调。该研究为软骨组织工程和骨性关节炎的疾病研究提供有力的研究平台,为骨关节疾病治疗和防治提供了理论依据。

组织芯片技术研究胃肠道间质瘤的病理特点及免疫表型特征

目的:利用组织芯片技术和免疫组化方法相结合探讨胃肠道间质瘤的病理特点及免疫表型特征,阐明其诊断和鉴别诊断的要点。方法:利用80点胃肠道间质瘤芯片以免疫组织化学S-P法对上述组织进行CD117、CD34、SMA、Desmin、Vimentin、NSE、S-100及Syn检测并分析其病理特点。同时以60点胃肠道平滑肌瘤与神经鞘瘤复合组织芯片作对比分析。结果:胃肠道间质瘤、平滑肌瘤、神经鞘瘤组织学上均以梭形细胞为主,恶性者出现明显异形性,伴多少不等出血、坏死、粘液变等。免疫组化染色胃肠道间质瘤CD117、CD34表达率分别为95.0%、84.3%,弥漫强阳性表达。平滑肌瘤CD117和CD34表达率分别为11.1%和20.0%,与胃肠道间质瘤组表达率差异具有显著性。神经鞘瘤中1例良性神经鞘瘤出现CD117表达,CD34未见表达。结论胃肠道间质瘤中CD117和CD34呈高表达,是其敏感的标记物,部分可伴有肌源性标记物或神经源性标记物表达。组织芯片技术具有高通量大样本的特点,为筛选肿瘤的免疫学标记物提供了一个很好的平台。

星形细胞肿瘤微血管组织芯片的构建和微血管壁组成细胞研究

目的初步探讨人脑星形细胞肿瘤中新生微血管的管壁组成成分与微血管构筑异质性(tumor microvascular architecturphenotype heterogeneity,T-MAPH)之间的关系。方法收集45例人脑星形细胞肿瘤标本,选择其新生微血管形态不同的“热点区域”制备组织芯片;在此基础上采用免疫组织化学染色技术分别进行GFAP、CD34和α-SMA标记,观察微血管管壁组成细胞的免疫表型与其不同形态特征之间的关系。结果成功构建了含幼稚微血管、厚壁微血管、肾小球样微血管及薄壁、蛇行状微血管等各种形态特征的153点组织芯片;各种形态的微血管中均可检测到呈单层排列、位于微血管最内层的CD34阳性的内皮细胞;α-SMA阳性反应可见于内皮细胞外相当于周细胞处,其阳性表达范围及数目在不同形态的微血管中呈现多样性:幼稚微血管仅见少量表达,而在厚壁和“肾小球样”微血管中α-SMA阳性细胞多呈活跃增生的单层或多层。结论星形细胞瘤微血管形态构筑的多样性(异质性)是由内皮细胞和α-SMA阳性周细胞共同参与形成的,而后者的作用可能更为突出和重要。

CYP2C19基因多态性及代谢表型在604例老年冠心病患者中的分布

目的:探讨老年冠心病患者细胞色素P450 2C19(CYP2C19)基因多态性及代谢表型的分布。方法:应用DNA微阵列芯片法对604例来我院就诊的老年冠心病患者进行CYP2C19基因分型。结果:本研究中检测到CYP2C19的6个不同基因型为:CYP2C19*1/*1,*1/*2,*1/*3,*2/*2,*2/*3,*3/*3,所占比例分别为40.2%、40.9%、6.6%、10.1%、2.0%及0.2%。CYP2C19三种代谢表型:快代谢型、中间代谢型、慢代谢型,所占比例分别为40.2%、47.5%、12.3%。男性:快代谢型占38.0%(168/442),中间代谢型占48.9%,(216/442),慢代谢型13.1%(58/442);女性:快代谢型占46.3%(75/162),中间代谢型占43.8%,(71/162),慢代谢型9.9%(16/162)。结论:604例老年冠心病患者中CYP2C19的基因型分布及代谢表型,与文献报道的中国汉族健康人群基本一致,其在男女间分布差异无统计学意义。

航天诱变小麦突变体籽粒表型分析和真实性鉴定

为探究航天诱变小麦突变体的真伪,以实践十号卫星搭载创制的周麦18 SP5突变群体为材料,对其籽粒表型进行分析,同时采用42对SSR标记和55K SNP芯片技术对籽粒表型差异较为显著的4个突变体进行真实性鉴定。籽粒表型分析发现,突变群体的千粒质量、粒长差异显著,其中千粒质量变异最为丰富,粒宽差异不显著,且突变群体的平均粒长、粒宽和千粒质量均显著高于野生型,说明航天诱变的有益突变频率较高。SSR标记鉴定发现,突变体ZM18-112与野生型的差异标记为18个,多态性比例高达42.85%,而ZM18-105、ZM18-26和ZM18-7与其野生型的差异标记均不超过3个。SNP芯片鉴定发现,ZM18-112与野生型的差异SNP位点所占比例高达13.3012%,而其他3个突变体与野生型的差异SNP位点所占比例不超过0.7689%。认为突变体ZM18-112是由于异花授粉或机械混杂产生的假突变体,而ZM18-105、ZM18-26和ZM18-7与野生型的遗传背景基本一致,是经过航天诱变而产生的真实突变体。

染色体基因芯片分析在临床遗传病诊断中的应用和结果解读

人类基因组的变异包括基于单个碱基或小片段插入缺失的单核苷酸多态性(SNP)和影响很多碱基的基因组拷贝数变异(CNV),CNV包括基因组的缺失和扩增等,片段从小于1 kb到Mb级不等。CNV与很多人类疾病相关[1~3]。由染色体微缺失和微扩增等导致的疾病称为基因组病,随着检测手段的提高,被认知的基因组病数量快速增加。染色体微缺失和微扩增在各种表型的患者中均有发现。

黄石地区76例氯吡格雷治疗患者CYP2C19不同代谢表型的分布

目的探讨湖北黄石地区氯吡格雷治疗患者CYP2C19不同代谢表型的分布。方法取76例心内科住院氯吡格雷治疗患者的外周血,采用基因芯片方法对CYP2C19基因进行分型,了解其代谢表型的分布,并与文献报道的中国正常汉族人群进行比较。结果在76例检测标本中检测出CYP2C19的3种代谢表型,快代谢型、中间代谢型以及慢代谢型,所占比例分别为39.47%、44.74%和15.79%。与中国健康汉族人总体比例基本一致。结论湖北黄石地区氯吡格雷治疗患者的临床个体化用药方案可以中国汉族健康人群的个体化用药方案为参考依据。

小菜蛾幼虫肠道细菌桃色欧文氏菌的代谢表型组学分析（英文）

【目的】肠道细菌桃色欧文氏菌Erwinia persicina是小菜蛾Plutella xylostella幼虫肠道的优势细菌,本研究旨在阐明桃色欧文氏菌的代谢表型特征。【方法】采用BIOLOG细胞表型芯片技术系统研究了桃色欧文氏菌的细胞表型;采用PM 1-10代谢板,对桃色欧文氏菌的950种代谢表型进行了测定。【结果】桃色欧文氏菌能代谢39.47%的碳源、89.74%的氮源、100%的硫源和100%的磷源;高效代谢的碳源为有机酸类和碳水化合物类,高效代谢的氮源为氨基酸类。该肠道细菌表现出261种不同的氮源代谢通路和95种生物合成通路。桃色欧文氏菌具有广泛的适应性,能在分别具有高达9%氯化钠、4%氯化钾、5%硫酸钠、20%乙二醇、6%甲酸钠、2%尿素、6%乳酸钠、200mmol/L磷酸钠（p H 7.0）、20 mmol/L苯甲酸钠（p H 5.2）、100 mmol/L硫酸铵（p H 8.0）、100 mmol/L硝酸钠和100 mmol/L亚硝酸钠的渗透溶液中正常代谢;其适应p H值范围为4.5~10,最适7.0。在多种氨基酸的作用下,桃色欧文氏菌均表现出脱羧酶和脱氨酶活性。【结论】桃色欧文氏菌的代谢特征增加了我们对该肠道细菌,特别是其与宿主昆虫的互作及其在肠道环境中的适应性的认识,同时表明通过降低桃色欧文氏菌密度来防治小菜蛾的可能性。

生物芯片技术在造血系统肿瘤研究中的应用

生物芯片是根据生物分子间特异相互作用的原理 ,将生化分析过程集成于固相载体表面 ,从而实现对 DNA、RNA和蛋白质等生物成分的高通量快速检测。通过生物芯片分析基因表达谱在基因组 DNA克隆的作图和测序、基因表达及调控研究、基因突变及多态性分析、药物敏感性研究等方面产生了巨大的推动力。本文介绍了生物芯片在血液系统肿瘤凋亡和分化研究、免疫表型分析、新的诊断标记寻找。

基因芯片技术及其在疾病研究中的应用

人类基因组计划（human genome project,HGP）的完成,极大地带动了人类疾病相关基因的定位、克隆、结构与功能研究。人类基因组草图基本绘就之后,人类基因组计划也由此加入到功能基因组时代;生命科学的重点也由基因序列研究上升为基因功能研究,基因芯片就是在这个背景下发展起来的一项先进技术。与传统方法相比,它具有快速、高通量、高准确性、低成本等特点,能够满足临床基因检测的要求;且其操作简单、易于标准化、适于推广,显示出广阔的临床应用前景。本文就基因芯片技术的研究进展及其在疾病研究中的应用做一简要综述。

组织芯片技术及其在医学研究中的应用

组织芯片是指固定在玻片上的高密度的组织微点阵。讨论了组织芯片技术的发展历史、现状和在细胞表型、基因表达、疾病分子诊断、预后判定以及与基因芯片的结合等方面的应用 。

小鼠Agouti基因和毛色表型相关问题及其遗传变异探究

目的对小鼠Agouti基因和毛色表型相关问题及其遗传变异情况进行分析探讨。方法抽取存在毛色差异的8个染色体工程小鼠作为研究对象,经电脑测色配色仪对品系、C3H/He小鼠毛色进行检测,并对检测结果进行统计分析。结果所抽取的8个品系K/S值分别处在C3H/He小鼠的K/S值两侧,按照C3H/He小鼠的K/S值划分界限,将抽取的8个品系小鼠划分成浅灰色、深灰色两个类型,DNA芯片分析发现,有一个鼠灰色相关基因Agouti,将Agouti基因作为候选基因,经Sanger法对候选基因c DNA序列进行检测。结果发现,Agouti基因开放读码框长396bp,编码131个氨基酸的Agouti信号蛋白。结论在候选基因Agouti编码区检测到突变(R96G)为重要错义突变,对α-MSH结合受体MC1R等能力进行了抑制,导致Agouti小鼠毛色偏向于黑色。

痉挛性截瘫并共济失调表型的家系基因分析

以该院门诊收治的5例具有痉挛性截瘫合并共济失调表型的家系先证者为研究对象,运用高通量测序芯片结合毛细管电泳技术对这些家系先证者进行致病基因动态突变检测。发现了一个家系先证者携带有ATXN3/MJD1基因CAG重复84次,其妹妹CAG重复82次,其父CAG重复73次,该家系拟诊为遗传性脊髓小脑共济失调3型(SCA3/MJD)家系,并具有明显的临床异质性及遗传早现现象。建议对于兼有痉挛性截瘫及小脑性共济失调表型的患者,特别是具有显性遗传家族史的患者,应进行SCA3致病基因的动态突变检测,同时对家系内表型正常的成员应仔细查体,以防漏诊。

烟草内生真菌Penicillium janthinellum的代谢表型分析

为了研究烟草内生真菌Penicillium janthinellum的代谢表型特征,本文利用Biolog细胞表型芯片技术,对烟草内生真菌的950种代谢表型进行了测定。结果表明:烟草内生真菌能够代谢101种碳源、304种氮源、8种磷源和1种硫源;能在10%氯化钠、6%氯化钾、5%硫酸钠、20%乙二醇、6%甲酸钠、7%尿素、12%乳酸钠、200 mmol/L磷酸钠、100 mmol/L硝酸钠、100 mmol/L硫酸铵中较好生长;其适应的pH值范围为5~10;当pH值为5.2时,在20~200 mmol/L苯甲酸钠中无法生存。

烟草青枯病拮抗菌的高通量筛选及其复配菌群防效评估

构建烟草青枯病的高效生防菌群对生物防控病害至关重要。本研究从高抗烟草青枯病的品种岩烟97根际高通量分离细菌,通过平板喷雾对峙法和趋化特异性检测筛选出趋化性的青枯菌拮抗细菌,采用启发式算法选取拮抗单菌株并组合成生防菌群。通过盆栽试验评估复配菌群对感病烤烟品种红花大金元的抗病效果,利用荧光定量PCR技术检测其对根际土壤中的青枯菌的消减,通过Biolog碳源芯片技术分析该菌群对烟草根际微生态的影响。结果表明,共筛选到青枯菌拮抗菌109株,其中抑菌圈直径超过20 mm的菌株25株,从中优选了3株相互之间具备相容性、具有趋化基因CheA与生物膜形成能力的拮抗菌,组合成复配菌群(Y364+Y832+Y878)。16s DNA分子鉴定表明,Y364、Y832和Y878分别为烟磺假单胞菌(Pseudomonas nicosulfuronedens)、德里假单胞菌(Pseudomonas delhiensis)和高原芽胞杆菌(Bacillus altitudinis)。最终盆栽试验表明,复配菌群防效为79.75%,比单一菌株平均防效高36.22个百分点,发病率较Y364、Y832、Y878处理分别降低33.33、45.68和35.80个百分点,根际土壤青枯菌的数量显著低于CK,对根际土壤微生物功能多样性增加最大。该复配菌群具有潜在的协同增效和根际定殖能力,可为烟草青枯病的生物防治提供更多的生防资源。

利用表型芯片技术筛选利于枯草芽胞杆菌Bacillussubtilis BAB-1生长与芽胞形成的营养物质

为获得枯草芽胞杆菌Bacillus subtilis BAB-1菌株的芽胞高效率生产技术,采用Biolog微生物细胞表型芯片(phenotype microarray,PM)技术分析了适合该菌株细胞生长的营养物质、渗透压和pH等生长环境条件;通过单因素试验分析了5种碳源及5种氮源对该菌株生长及芽胞形成的影响。结果表明,BAB-1菌株能够利用114种碳源、228种氮源、29种磷源及29种硫源作为其营养物质,其中52种碳源、66种氮源、3种硫源及1种磷源能够明显促进该菌株的细胞生长;BAB-1菌株对渗透压的忍受能力较强,在1%~10%氯化钠、3%~6%氯化钾、2%~5%硫酸钠、5%~20%乙二醇、1%~6%甲酸钠、2%~7%尿素、1%~12%乳酸钠、20~200 mmol/L磷酸钠、10~100 mmol/L硝酸钠、10~100 mmol/L硫酸铵中均能较好的生长;BAB-1菌株对pH的耐受范围较广,在4.5≤pH≤10.0条件下均能够生长。葡萄糖与氯化铵分别是最适宜BAB-1菌株生长的碳源与氮源,在不同培养时间其菌体总量均最高,48 h时该菌株的菌体总量分别达到6.90×10~8CFU/mL与6.87×10~8CFU/mL;培养12 h时,D-木糖、D-核糖、L-阿拉伯糖及熊果苷能够显著提高BAB-1菌株的芽胞形成率,其中L-阿拉伯糖与熊果苷的芽胞形成率较高,分别为61.94%与66.92%;培养12~36 h,L-脯氨酸、L-谷氨酰胺及L-天冬酰胺能够显著提高BAB-1菌株的芽胞形成率,芽胞形成率介于27.88%~82.37%之间。表明表型芯片技术可以应用于枯草芽胞杆菌生长及芽胞形成营养物质的高通量分析及培养工艺的优化中。

6号环状染色体致隐匿性阴茎1例报告及文献复习

目的探讨6号环状染色体片段缺失与临床表型的关系。方法报道1例因隐匿性阴茎就诊男性患儿,通过常规染色体核型和全基因组染色体微阵列芯片技术,分析缺失片段位置及包含基因与临床表型的关系;同时进行文献复习。结果患儿染色体核型分析结果为6号环状染色体,全基因组染色体微阵列芯片检测发现,6号染色体短臂和长臂末端均存在缺失,del6p25.3p25.1.seq[GRCh37/hg39](204909-4210858)×1,del6q27.seq[GRCh37/hg39](170438227-170898549)×1,短臂p25区域缺失4.01 Mb,包含DUSP22、IRF4、EXOC2、HUS1B、LOC285768、FOXQ1、FOXF2、FOXC1等30个基因,而长臂6q27区域发生0.46 Mb缺失,包含LOC154449、DLL1、FAM120B、PSMB1、TBP、PDCD2等7个基因。分析比较本例患儿和文献报道的6号环状染色体病例,发现所有患儿均存在神经或生长发育障碍,但仅本例和另1例患儿有生殖道畸形。结论 6号环状染色体患者的临床表型与染色体缺失部位、缺失片段大小以及环状染色体稳定性密切相关。

HIV-1分型技术进展

建立发展大规模、准确、快速、经济的HIV - 1分型技术对于及时监测HIV - 1流行状况 ,预测流行趋势 ,制定科学的防治策略具有重要的参考价值。该文就近年来HIV - 1基因分型、血清学分型、表型分型等分型技术的发展及其优缺点做一综合比较。