甘蓝花叶病病毒种类鉴定及BrYV遗传变异分析

为了明确引起甘蓝花叶病的病毒种类,利用小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)高通量测序技术,并结合分子生物学方法查找甘蓝样品中的病毒序列,发现存在芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus,TuMV)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、蚕豆萎蔫病毒2(broad bean wilt virus2,BBWV2)、烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus,TMV)和芸薹黄化病毒(brassica yellows virus,BrYV)等5种病毒。采用RT-PCR技术进行验证,结果显示样品检测到BrYV、TuMV和CMV共3种病毒。对获得的BrYV外壳蛋白基因(coat protein,cp)进行测序和系统进化分析,获得1条576 bp的BrYV cp基因全长序列,与GenBank中BrYV分离物cp基因核苷酸序列同源率为88.0%~96.4%,氨基酸序列同源率为90.1%~95.8%。基于cp基因序列构建系统发育树,BrYV-GL为BrYV-C基因型,与中国内蒙古油菜BrYV(GenBank登录号EF079907)分离物cp基因序列聚集在一起,亲缘关系较近。BrYV cp基因共检测到4个潜在重组事件,可为后续甘蓝花叶病的研究和防治提供参考。

贵州芸薹黄化病毒的分子检测及基因型鉴定

【目的】对贵州省白菜、萝卜和甘蓝感染芸薹黄化病毒(Brassica yellows virus,BrYV)进行分子检测及基因型鉴定,为马铃薯卷叶病毒属病毒的防治提供理论参考。【方法】在贵州省遵义市、威宁县、关岭县、平坝县等县(市)共采集284份蔬菜(白菜、萝卜和甘蓝)疑似病毒病样品,利用马铃薯卷叶病毒属的通用引物进行RT-PCR分子检测,并对检测出的16个BrYV分离物进行P0和CP基因序列扩增,再与已报道的BrYV基因序列进行比对,从而构建系统发育进化树,鉴定其基因型。【结果】284份疑似病毒病样品中,有43份样品检测出BrYV,检出率为15.14%,其中,感染BrYV白菜样品12份,占白菜总样品数的12.77%;感染BrYV萝卜样品14份,占萝卜总样品数的20.29%;感染BrYV甘蓝样品17份,占甘蓝总样品数的14.05%。贵州16个BrYV分离物P0基因核苷酸序列的相似性为89.9%~100.0%,CP基因核苷酸序列的相似性为93.5%~100.0%,二者编码的氨基酸序列相似性均为100.0%。基于P0基因构建的系统发育进化树可知,BrYV-Pingba-BC-2、BrYV-Zunyi-LB-1和BrYV-Zhijing-BC-1均与BrYV-BJS和BrYV-BBJ聚为一类,其余13个分离物均与BrYV-ABJ和BrYV-AJS聚为一类。基于CP基因构建的系统发育进化树可知,贵州不同地区不同蔬菜作物的16个BrYV分离与BrYV-A和BrYV-B基因型无明显分界,亲缘关系均较近。BrYV P0基因检测到5个重组事件,BrYV CP基因未检测到潜在重组事件。【结论】BrYV在贵州白菜、萝卜和甘蓝上普遍发生,但对萝卜的危害最重,主要存在BrYV-A和BrYV-B 2种基因型。

草莓6种病毒多重PCR快速检测方法的建立

为快速鉴定草莓病毒病种类以预防病毒病扩散,根据草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓轻型黄边病毒(strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)、草莓白化病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)、草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)和芸薹黄化病毒(brassica yellows virus,BrYV)的基因保守区域设计特异性引物,建立了能够同时检测这6种病毒的多重PCR方法。该多重PCR反应体系中,2×SanTaq PCR Master Mix用量为10μL,上下游引物(10μmol/L)用量为4μL,其中SVBV为0.25μL、SMoV为0.50μL、SMYEV为0.10μL、SPaV为0.15μL、StrV-1为0.50μL和BrYV为0.50μL,模板1μL,ddH_(2)O为5μL,总体积20μL。多重PCR反应程序设定为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,53℃退火30 s,72℃延伸120 s,最后72℃延伸10 min,循环数为35。该检测体系的灵敏度可以达到107copies/μL。该多重PCR方法可以同时实现6种草莓病毒的高效快速检测,为草莓病毒病的早期发现和针对性防治提供了技术支持。